Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa

Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh Ly thượng bì bóng nước, Bạch tạng và Thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa.

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ Ma Thị Huyền Thương NGHIÊN CỨU BIẾN THỂ DI TRUYỀN LIÊN QUAN ĐẾN CÁC BỆNH LY THƯỢNG BÌ BĨNG NƯỚC, BẠCH TẠNG VÀ THIỂU SẢN VÀNH TAI BẰNG GIẢI TRÌNH TỰ HỆ GEN MÃ HĨA LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội – 2023 iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC HÌNH x MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Bệnh ly thượng bì bóng nước 1.1.1 Giới thiệu chung ly thượng bì bóng nước 1.1.2 Dịch tễ học bệnh ly thượng bì bóng nước 1.1.3 Cơ chế bệnh sinh gen liên quan đến ly thượng bì bóng nước 10 1.1.4 Các phương pháp chẩn đốn ly thượng bì bóng nước 14 1.1.5 Chăm sóc điều trị người bệnh ly thượng bì bóng nước 17 1.2 Bệnh bạch tạng 18 1.2.1 Giới thiệu chung bệnh bạch tạng 18 1.2.2 Dịch tễ học bệnh bạch tạng 19 1.2.3 Cơ chế bệnh sinh gen liên quan đến bạch tạng 21 1.2.4 Các phương pháp chẩn đoán, sàng lọc bạch tạng 25 1.2.5 Chăm sóc điều trị người bệnh bạch tạng 26 1.3 Thiểu sản vành tai 27 1.3.1 Giới thiệu chung thiểu sản vành tai 27 1.3.2 Dịch tễ học thiểu sản vành tai 28 1.3.3 Các yếu tố nguy dẫn đến thiểu sản vành tai 32 iv 1.3.4 Điều trị chăm sóc người bệnh thiểu sản vành tai 36 1.4 Cơng nghệ giải trình tự hệ nghiên cứu bệnh .36 1.5 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 38 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Đối tượng nghiên cứu 40 2.2.1 Bệnh ly thượng bì bóng nước 40 2.2.2 Bệnh bạch tạng 41 2.2.3 Bệnh thiểu sản vành tai 42 2.2 Đạo đức nghiên cứu 42 2.3 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 42 2.4 Hóa chất, trang thiết bị dụng cụ 43 2.5 Phương pháp nghiên cứu 44 2.5.1 Chuẩn bị DNA tổng số 45 2.5.2 Giải trình tự tồn hệ gen mã hóa 45 2.5.3 Phân tích liệu giải trình tự tồn hệ gen mã hóa 49 2.5.4 Giải trình tự Sanger 51 2.5.5 Phân tích ảnh hưởng ghép nối biến thể splicing 53 2.5.6 Khuếch đại đa đầu dò phụ thuộc phản ứng ghép nối (MLPA) 54 2.5.7 Phân tích mạng lưới tương tác protein-protein 54 2.5.8 Phân tích làm giàu tập hợp gen theo KEGG 55 2.5.9 Phân loại khả gây bệnh biến thể theo Hiệp hội Bệnh học phân tử Di truyền Y học Hoa Kỳ 55 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 58 3.1 Đặc điểm lâm sàng người bệnh 58 3.1.1 Ly thượng bì bóng nước 58 3.1.2 Bạch tạng 61 v 3.1.3 Thiểu sản vành tai 64 3.2 Tách chiết DNA tổng số 65 3.3 Dữ liệu thơ tồn hệ gen mã hóa người bệnh 65 3.4 Các biến thể liên quan đến bệnh 67 3.4.1 Ly thượng bì bóng nước 67 3.4.2 Bạch tạng 80 3.4.3 Thiểu sản vành tai 88 CHƯƠNG THẢO LUẬN 102 4.1 Mối tương quan kiểu gen, kiểu hình nhóm người bệnh ly thượng bì bóng nước mang biến thể gen COL7A1 KRT5 102 4.2 Phân tích di truyền giúp chẩn đốn xác phân nhóm bạch tạng mà lâm sàng khó 108 4.3 Yếu tố di truyền thiểu sản vành tai 112 4.4 Ý nghĩa chẩn đoán phân tử công tác tư vấn di truyền quản lý bệnh 115 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 122 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 124 TÀI LIỆU THAM KHẢO 125 PHỤ LỤC 144 vi CHỮ VIẾT TẮT Tên viết tắt 1000G 5'UTR ACMG AD ANNOVAR AR AVV BA1 Bmps BMZ BOR BP1-7 BS1-4 BWA CAD CAM cDNA CFM CGH CHS CNV COLVII dbSNP DDEB DEB DMSO DNA dNTP EB EBS ECM EDTA ESE ESS FATHMM FDR Tên đầy đủ tiếng Anh The 1000 genome project 5’ untranslated region American College of Medical Genetics Autosomal Dominant ANNOtate VARiation Autosomal Recessive Adeno associated viral vector Benign stand-alone Bone morphogenetic proteins Basement Membrane Zone Branchiootorenal syndrome Benign supporting 1-6 Benign strong 1-4 Burrows-Wheeler Alignment Computer-assisted design Computer-aided manufacturing Complementary DNA Craniofacial Microsomia Comparative Genomics Hybridization Nghĩa tiếng Việt Dự án 1000 hệ gen Vùng không dịch mã đầu 5' Hiệp hội Bệnh học phân tử Di truyền Y học Hoa Kỳ Di truyền trội nhiễm sắc thể thường Chú giải biến thể Di truyền lặn nhiễm sắc thể thường Chediak-Higashi syndrome Copy Number Variation Type VII collagen Database of single nucleotide polymorphisms Dominant Dystrophic Epidermolysis Bullosa Dystrophic epidermolysis bullosa Dimethyl sulfoxit Deoxyribonucleic acid Deoxynucleoside triphosphate Epidermolysis Bullosa Epidermolysis bullosa simplex Extracellular matrix Ethylenediaminetetraacetic acid Exonic Splicing Enhancers Exonic Splicing Silencers Functional Analysis through Hidden Markov Models False discovery rate Hội chứng Chediak-Higashi Biến thể số lượng Collagen loại VII Cơ sở liệu đa hình nucleotide đơn Tiêu chí lành tính độc lập Các protein hình thái xương Màng Hội chứng cung mang-tai-thận Tiêu chí lành tính định hướng 1-6 Tiêu chí lành tính mạnh 1-4 Thuật tốn Burrows-Wheeler Thiết kế máy tính Gia cơng với hỗ trợ máy tính DNA bổ sung Thiểu sản sọ mặt Phép lai so sánh hệ gen Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng di truyền trội Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng ADN, axit deoxiribonucleic Ly thượng bì bóng nước Ly thượng bì bóng nước đơn giản Cấu trúc ngoại bào Các yếu tố tăng cường ghép nối exon Các yếu tố bất hoạt ghép nối exon Phân tích chức thơng qua mơ hình Markov ẩn Tỉ lệ phát sai vii FGFs GATK gnomAD GS-EBS HGMD HPS HPV HSF IFM Indels JEB L-DOPA LRT MetaSVM MITF MLPA mRNA MTOR NEBR NICU NOH NTC OA OAVS OCA OCA1-8 OCA1A OCA1B PCR PM1-6 PP1-5 PS1-4 PTC PVS1 qPCR RDEB Fibroblast growth factors The Genome Analysis Toolkit The Genome Aggregation Database Generalized severe epidermolysis bullosa Human genome mutation database Hermansky-Pudlak syndrome Human papillomavirus Human Splicing Finder Các yếu tố tăng trưởng nguyên bào sợi Bộ công cụ phân tích hệ gen Cơ sở liệu tổng hợp hệ gen ImmunoFluorescence antigen Mapping Insertions/Deletions Junctional epidermolysis bullosa Levodopa Likelihood ratio test Meta-analytic support vector machine Microphthalmia Transcription Factor Multiplex ligation dependent probe amplification Messenger Ribonucleic acid Mammalian target of rapamycin The National EB Registry Neonatal Intensive Care Unit National Otorhinolaryngology Hospital Negative control Ocular albinism Oculo-auriculo-vertebral spectrum Oculocutaneous albinism Oculocutaneous albinism type 1-8 Oculocutaneous albinism type 1A Oculocutaneous albinism type 1B Polymerase chain reaction Pathogenic moderate 1-6 Pathogenic supporting 1-5 Pathogenic strong 1-4 Premature termination codon Pathogenic very strong Quantitative PCR Recessive dystrophic Nhuộm miễn dịch huỳnh quang Ly thượng bì bóng nước đơn giản thể lan tỏa nặng Cơ sở liệu đột biến người Hội chứng Hermansky-Pudlak Vi rút gây u nhú người Xác định vị trí ghép nối trình tự hệ gen người Thêm/mất nucleotide Ly thượng bì bóng nước liên kết Kiểm tra tỉ số Hệ thống thuật toán giám sát Yếu tố phiên mã cảm ứng tế bào hắc tố Khuếch đại đa dầu dò phụ thuộc phản ứng ghép nối ARN thơng tin Đích rapamycin động vật có vú Hệ thống đăng ký EB quốc gia Đơn vị chăm sóc tích cực trẻ sơ sinh Bệnh viện Tai Mũi Họng Trung ương Đối chứng âm Bạch tạng mắt Hệ thống mắt-tai-cột sống Bạch tạng da mắt Bạch tạng da mắt loại 1-8 Bạch tạng da mắt loại 1A Bạch tạng da mắt loại 1B Phản ứng đồng trùng hợp Tiêu chí gây bệnh trung bình 1-6 Tiêu chí gây bệnh định hướng 1-5 Tiêu chí gây bệnh mạnh 1-4 Mã kết thúc sớm Tiêu chí gây bệnh mạnh PCR định lượng Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng di viii RNA RPE SCC SIFT SMAD SMaRT SNVs SPF SSCP TEM THD WES Wnts epidermolysis bullosa truyền lặn Ribonucleic acid Retinal Pigment Epithelium Squamous Cell Carcinoma Sorting Intolerant From Tolerant Small Mothers Against Decapentaplegic Spliceosome-mediated RNA transsplicing Single nucleotide variants Sun Protection Factor ARN, axit ribonucleic Biểu mô sắc tố võng mạc Ung thư biểu mô tế bào vảy Single Strand Conformation Polymorphism Transmission Electron Microscopy Triple helix domain Whole exome sequencing Wingless/INT Các biến thể đơn nucleotide Định mức đo lường khả chống lại tia UVB/Chỉ số chống nắng Đa hình cấu trúc sợi đơn Kỹ thuật hiển vi điện tử Vùng xoắn ba Giải trình tự tồn hệ gen mã hóa