Thông tin tài liệu
VIỆNHÀNLÂMKHOAHỌC VÀCÔNGNGHỆVIỆTNAM VIỆNCÔNGNGHỆSINHHỌC ĐINHTHỊ THUHẰNG NGHIÊNCỨUPHÁTTRIỂN KỸ THUẬT MULTIPLEX PCRXÁCĐỊNHNHANH ĐỒNGTHỜI BacillusanthracisVÀYersiniapestis LUẬNÁN TIẾNSỸSINHHỌC HàNội-2017 ĐINHTHỊTHUHẰNG NGHIÊNCỨUPHÁTTRIỂN KỸ THUẬT MULTIPLEX PCRXÁCĐỊNHNHANH ĐỒNGTHỜI BacillusanthracisVÀYersiniapestis Chuyên ngành: Vi sinh vật họcMãsố:62420107 LUẬNÁN TIẾNSỸSINHHỌC Ngườihướngdẫnkhoahọc: 1.PGS.TS.NguyễnTháiSơn Họcviện Quân y 2.PGS.TS.NghiêmNgọcMinh ViệnNghiêncứuhệgen LỜICẢMƠN Trên đường khoa học đầy vinh quang chơnggai hồn thành luận án bước khởi đầu, tơi thấy thật may mắnbởilncónhữngngườithầy,cộngsự,ngườithânđãđồnghànhcùngtơi Tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS TS NguyễnTháiSơnvàPGS.TS.NghiêmNgọcMinh,nhữngngườithầylntậntụy,gópýchotơi, tạo mọiđiềukiệntốtnhấtchotơitrongsuốtqtrìnhnghiêncứuvàhồnthànhluậnán Luận án thực Bộ môn Vi sinh y học; Trung tâm Nghiên cứu YDược học Quân sự, Học viện Qn y Phịng Cơng nghệ sinh học môi trường,Viện Công nghệ sinh học, với giúp đỡ tận tình thầy cơ, anh chị em đồngnghiệp giành cho, tơi xin phép gửi tới lịng biết ơn chân thành Luận ánnhận hỗ trợ quý báu đề tài cấp Bộ Quốc Phòng “Nghiên cứu chế tạo kitPCR đa mồi xác định nhanh đồng thời hai tác nhân vi khuẩn than dịch hạch”, doPGS.TS.NguyễnTháiSơnlàmchủnhiệm Đồng thời, để hồn thành chương trình học tập hồnthành luận án, tơi nhận nhiều giúp đỡ quý báu nhiệt tình cánhânvàcơquan,tơixinbàytỏlịngcảmơnsâusắc đến: GS TS Trương Nam Hải, nguyên Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học đãdành cho tơi đóng góp q báu nội dung nghiên cứu giai đoạn đầucủanghiêncứusinhcùngnhữngquantâm,độngviêngiúptơihồnthànhluậnán Ban Lãnh đạo, Bộ phận Đào tạo Viện Công nghệ sinh học; Đảng ủy, BanGiám đốc Học viện Qn y; Ban Cán bộ, Phịng Chính trị; Chỉ huy Trung tâmNghiên cứu Y Dược học Quân tạo điều kiện thời gian, kinh phí trangthiếtbị TS Đoàn Trọng Tuyên, Cục Quân y tạo điều kiện thuận lợi chủngnghiên cứu chia sẻ kiến thức, kinh nghiệm quý báu nghiên cứuvớicácmầmbệnhnguyhiểm Cuối gia đình thân yêu bạn bè ln tin tưởng, động viên, giúpđỡtơitrongsuốt qtrìnhhọc tập vàthựchiệnthànhcơngluậnánnày ĐinhThịThuHằng LỜICAMĐOAN Tơixincamđoan: Đây cơng trình nghiên cứu tơi thực số kết cùngcộngtácvớicáccộngsự khác Các số liệu kết trình bày trongluậnán trung thực,mộtp h ầ n đ ã đượccơngbốtrêncáctạp chíkhoahọcchunngànhvớisựđồngývàchophé pcủacác đồngtácgiả Phầncịnlạichưađượcaicơngbốtrongbấtkỳcơngtrìnhnàokhác HàNội,ngày tháng năm2017 NCS.ĐinhThịThuHằng DANHMỤCCÁCKÝHIỆU VÀCHỮVIẾTTẮT Chữviếttắt Tênđầy đủ Giảinghĩa API Analyticalprofileindex BHI Brainheartinfusion MôitrườngdinhdưỡngBHI BLAST Basiclocalalignmentsearchtool Công Bp Basepairs cụxếpcơbản Cặpbase BSL-3 Bio-safetylevel3 Antồnsinhhọccấp3 CDC CFU CentersforDiseaseControlandPre vention Colonyformingunit Trungtâmkiểmsốtvàphịngngừ adịch bệnh Đơnvịhìnhthànhkhuẩnlạc CRMs Certifiedreferencematerials Vậtliệuthamchiếuđượcchứngnhậ n dNTPs Deoxynucleotidetriphosphates EQA Externalqualityassessment Đánhgiáchấtlượngtừbênngồi IC Internalamplificationcontrol Chứngnộitại ID Identification Địnhdanh IS Internationalstandard Mẫuchuẩn quốctế ISO Kb International organization Kilobase LAMP Loop LB mediatedamplification Luria-Bertani MCS Multiplexcloningsite standard isothermal tìm kiếm TổchứcTiêuchuẩnQuốctế Khuếchđại đẳngnhiệt tạovòm Vùngđađiểmcắt mPCR MultiplexPCR PCRđamồi NAT Xétn g h i ệ m k h u ế c h đ i d ự a t r ê n axitnucleic TrungtâmQuốcgiavề thôngtincôngnghệsinhhọc NGS Nucleicacidamplificationtesti ng The National Center forBiotechnologyInformatio n Nextgenerationsequencing NIBSC The ViệnQuốcgiavềkiểmchuẩnsinhh ọc NCBI National Institute Giảitrìnhtựthếhệ OD forBiologicalStandardsandControl The National Institute ofStandardsandTechnology Opticaldensity ORF Openreadingframe Khungđọc mở PCR PolymeraseChainReaction Phảnứngchuỗitrùnghợp QA Qualityassurance Đảmbảochấtlượng QC Qualitycontrol Kiểmsoátchấtlượng RMs Referencematerials Cácvậtliệuthamchiếu Rpm Resolutionper minute Vịng/phút SNPs Đahìnhnucleotide đơn SRMs Single nucleotide polymorphisms StandardReferenceMaterials TBE Tris-Borate-EDTA YHDPQĐ Yhọcdựp h ò n g Quân đội WHO WorldHealthOrganization NIST ViệnQuốcgiavềTiêuchuẩnvà Côngnghệ Mậtđộquanghọc Cácvậtliệuthamchiếu chuẩn TổchứcYtếThếgiới DANHMỤCBẢNG Trang Bảng1.1 Đặcđ i ể m h ệ g e n c ủ a c h ủ n g B a n t h r a c i s A m e s Bảng2.1 Thôngtincácchủngvikhuẩnnghiêncứu 34 Bảng2.2 Cácm isửdụngtrongnghiên c ứu nhândịngvà giảitrình tự 36 Bảng2.3 Trìnhtựcặp mồitạodịngchứngnội tạicạnhtranh 37 Bảng2.4 Cácm y v t h i ế t b ị c h í n h 37 Bảng2.5 ThànhphầndựkiếncủamPCRxácđịnhđồngthờiB.anthracis vàY p e s t i s 41 Bảng3.1 Thôngt i n c ặ p m i c ủ a m P C R x c đ ị n h B a n t h r a c i s v Y pestis 52 Bảng3.2 Tổnghợp kếtquảtốiưunhiệtđộgắnmồitrongm P C R 60 Bảng3.3 TổnghợpkếtquảtốiưunồngđộMgCl2trong mPCR 60 Bảng3.4 Tổnghợpk ết quảtố i ưunồng độdN TP st r o n g mPC R 62 Bảng3.5 TổnghợpkếtquảtốiưudungdịchđệmtrongmPCR 62 Bảng3.6 Các thành phần cho mPCR tối ưu với cặp mồi xác định genvrrA, pagA, capA, ypo2088, pla, caf1phát đồng thờiB.anthracisvàY.pestis 63 Bảng3.7 Bảngp h a lo ã n g D N A x cđ ị n h n g ỡ n g p h t h i ệ n B a n t h r a c is 70 Bảng3.8 BộmẫuchuẩnđộnhạymPCRxácđịnhB.anthracis 71 Bảng3.9 Bảngph a l o ã n gD N A x c đ ị n h ng ỡ n g ph th i ệ n Y p e st is 72 Bảng3.10 BộmẫuchuẩnđộđặchiệukiểmđịnhkitB.anthracis 74 Bảng3.11 Đánhgiáđộnhạy củamPCRvớiB.anthracistrênbộmẫuchuẩn 75 Bảng3.12 Đánhgiá độ nhạy củabộ kit mPCR vớiY pestistrênbộ mẫuchuẩn 76 Bảng3.13 Đánhgiáđộđặchiệu bộk it m P C R v i B a n t h r a c i s 77 Bảng3.14 ĐánhgiáđộđặchiệucủakitmPCRvớiY.pestistrênbộmẫu chu ẩn 78 Bảng3.15 Tổnghợ p k ế t q uả đ ị n h d a n h x c đ ị n h c c c h ủ n g B a n t h r a c i s 82 bằngk i t A P I C H Bảng3.16 Tổnghợ pcácđột biếnđ ợ c xácđịnhtrên cácchủng B a c i l l u s anthracis 92 DANHMỤCHÌNH Trang Hình1.1 Bacillusa n th c i s t r ê n t i ê u b ả n n h u ộ m Gramtừ b ệ n h p h ẩ m m u Hình1.2 Khuẩnl c B a n t h r a c i s t r ê n m ô i t r n g t h c h m u c u Hình1.3 Yersiniap e s t i s t r ê n t i ê u b ả n n h u ộ m W r i g h t - 11 G i e m s a Hình1.4 Khuẩnl c Y p e s t i s t r ê n m ô i t r n g t h c h m u 12 Hình2.1 SơđồqtrìnhtạodịngchứngnộitạitáitổhợppJET1.2-capAIC1 43 Hình3.1 CácđoạnsảnphẩmPCRtươngứngvới5cặpmồikhácnhaugen vrrA 48 Hình3.2 ThơngtincáccặpmồikhuếchđạigenvrrAvớikíchthướckhácnh au 49 Hình3.3 ThơngtincáccặpmồikhuếchđạigenpagAvớikíchthướckhácnhau 49 Hình3.4 ThơngtincáccặpmồikhuếchđạigencapAvớikíchthướckhácnha 50 u Hình3.5 Thôngt i n c c c ặ p m i k h u ế c h đ i g e n y p o 8 v i k í c h t h c khácnhau 50 Hình3.6 Thơngt i n c c c ặ p m i k h u ế c h đ i g e n p l a v i k í c h t h c k h c 51 Hình3.7 Thơngtincáccặpmồikhuếch đạigencaf1với kíchthướckhácn hau 51 Hình3.8 Sảnphẩmkhuếchđại3genđíchcủaB.anthracisBa1bằngPCRđơnm ồi 53 Hình3.9 Sảnphẩmkhuếchđạiđồngthời3genđíchcủaB.anthracisbằngmPC
Ngày đăng: 30/08/2023, 20:41
Xem thêm:
