Luận án nghiên cứu phát triển kỹ thuật multiplex pcr xác định nhanh đồng thời bacillus anthracis và yersinia pestis

1 MỞ ĐẦU Bacillus anthracis Yersinia pestis hai loài vi khuẩn gây bệnh tối nguy hiểm tương ứng bệnh than dịch hạch, gây nên nỗi kinh hồng lịch sử lồi người, bị lợi dụng làm vũ khí sinh học Bởi tính chất dễ lây truyền tỷ lệ tử vong cao qua đường hơ hấp, theo Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa dịch bệnh Hoa Kỳ (Centers for Disease Control and Prevention, USA - CDC), B anthracis Y pestis phân loại tác nhân khủng bố sinh học nhóm A (nhóm tác nhân sinh học tối nguy hiểm) Ở Việt Nam, B anthracis xuất rải rác tỉnh miền núi phía Bắc, Y pestis vẫn tồn số loài gặm nhấm khu vực Tây Nguyên bùng phát thành dịch lúc Mặt khác, cần có phương án ứng phó nhanh, kịp thời phòng chống khủng bố sinh học Trong vụ cơng nghi ngờ có khủng bố sinh học hay mẫu môi trường nghi nhiễm mầm bệnh này, việc phát nhanh, xác tác nhân sinh học yếu tố định đến sức khỏe cộng đồng an ninh quốc gia Việc sàng lọc nhanh mẫu nghi ngờ giúp kiểm soát lây lan đảm bảo điều trị xác Phương pháp nuôi cấy truyền thống xem “tiêu chẩn vàng” xác định B anthracis Y pestis Tuy nhiên, có độ nhạy cao, phương pháp địi hỏi thời gian - ngày, số trường hợp độ đặc hiệu không cao, cần tiến hành thử nghiệm bổ sung Ngồi ra, phương pháp ni cấy cần tiến hành điều kiện phịng an tồn sinh học cấp (Biosafety level 3, BSL-3) với nhân viên đào tạo có kinh nghiệm Các phương pháp miễn dịch nghiên cứu dạng que thử nhanh thuận tiện độ nhạy, độ đặc hiệu thấp Do đó, phương pháp khó ứng dụng chẩn đốn thực địa phịng chống khủng bố sinh học Hiện nay, có số kỹ thuật dựa PCR dùng để xác định nhanh xác B anthracis Y pestis phát triển với ưu điểm bật độ nhạy, độ đặc hiệu cao thực với mẫu bất hoạt (nên cần thực điều kiện phịng an tồn sinh học cấp 2) Tuy nhiên, hầu hết kỹ thuật phát loại plasmid độc lực với tác nhân nên không phát trường hợp chủng thiếu plasmid Đối với B anthracis tự nhiên, để chẩn đốn xác chủng gây bệnh, gen đặc trưng nhiễm sắc thể, cần có mặt đầy đủ hai plasmid độc lực pXO1 pXO2 Trong thực tế có chủng B anthracis thiếu hai plasmid nên khả gây bệnh thay đổi Tương tự, Y pestis chứa hai plasmid liên quan đến tính độc pPCP1 pMT1 với gen đặc trưng tương ứng Do đó, kỹ thuật khơng đánh giá đầy đủ tình trạng độc lực B anthracis, Y pestis phải phụ thuộc vào thiết bị chuyên dụng đắt tiền vẫn bỏ sót chẩn đốn, chưa đề cập đến chúng khơng phù hợp với số chủng nước Ở Việt Nam, việc sử dụng kỹ thuật dựa PCR để chẩn đoán B anthracis Y pestis số tác giả công bố, nhiên nghiên cứu dừng việc thiết kế kỹ thuật PCR để chẩn đoán loại vi khuẩn Điều có nghĩa thực tế bệnh dịch xảy mà chưa biết tác nhân sử dụng, dùng PCR với tác nhân thứ cho kết âm tính phải dùng PCR lần thứ hai với tác nhân khác, địi hỏi thời gian kinh phí Do đó, kỹ thuật PCR đa mồi (multiplex PCR - mPCR) xác định xác đồng thời hai loại tác nhân B anthracis Y pestis lựa chọn khả thi Xuất phát từ vấn đề trên, luận án: “Nghiên cứu phát triển kỹ thuật multiplex PCR xác định nhanh đồng thời Bacillus anthracis Yersinia pestis” thực với hai mục tiêu: - Phát triển kỹ thuật multiplex PCR xác định nhanh đồng thời B anthracis Y pestis - Đánh giá khả phát kỹ thuật multiplex PCR mẫu chuẩn chủng phân lập Đóng góp luận án Luận án cơng trình Việt Nam thành công nghiên cứu phát triển kỹ thuật multiplex PCR xác định nhanh đồng thời B anthracis Y pestis Kỹ thuật multiplex PCR với cặp mồi thiết kế, tối ưu cho phép khuếch đại đồng thời sản phẩm bao gồm: gen đích vrrA (thuộc nhiễm sắc thể), pagA (thuộc plasmid pXO1), capA (thuộc plasmid pXO2) B anthracis; gen đích ypo2088 (thuộc nhiễm sắc thể), pla (thuộc plasmid pPCP1), caf1 (thuộc plasmid pMT1) Y pestis, gen chứng nội plasmid tái tổ hợp để xác minh kết chẩn đốn Do đó, khắc phục tượng dương tính giả trường hợp chủng vi khuẩn B anthracis Y pestis không đầy đủ độc lực, phân biệt với chủng gây bệnh, giúp giảm giá thành chẩn đoán so với việc phải thực lần PCR riêng rẽ, rút ngắn thời gian chẩn đoán Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 TỔNG QUAN VỀ VI KHUẨN B anthracis VÀ Y pestis 1.1.1 Tổng quan vi khuẩn B anthracis 1.1.1.1 Đặc điểm sinh học B anthracis trực khuẩn thuộc chi Bacillus, họ Bacillaceae Chi Bacillus gồm vi khuẩn Gram dương sinh bào tử, đa số không gây bệnh, số gây nhiễm trùng nhiễm độc thức ăn (Bacillus cereus), số có lợi cho người (Bacillus subtilis, Bacillus thuringiensis, Bacillus mycoides) Đặc điểm hình thái, tính chất sinh lý, sinh hố, tính chất ni cấy loài thuộc chi Bacillus giống Tuy nhiên, B anthracis có đặc điểm khác biệt với lồi trực khuẩn hiếu khí sinh bào tử khác, có plasmid pXO1 mã hóa cho ngoại độc tố plasmid pXO2 mã hoá protein vỏ B anthracis hình thẳng, hai đầu vng, kích thước từ 11,51,58 µm, thường xếp thành chuỗi dài (Hình 1.1) Ở ngoại cảnh mơi trường ni cấy, vi khuẩn hình thành bào tử nằm thân không làm thay đổi hình dạng tế bào Trên động vật bị bệnh mơi trường ni cấy đặc biệt, vi khuẩn có vỏ, không di động (Lê Thu Hồng, 2011; Christine, 2015) Hình 1 B anthracis tiêu nhuộm Gram từ bệnh phẩm máu (Nguồn: Christine, 2015) B anthracis dễ sinh trưởng môi trường nuôi cấy thông thường, nhiệt độ thích hợp 37C, pH 6,9 - 7,0 Trên môi trường thạch thường, vi khuẩn mọc thành khuẩn lạc dạng R (Rough - dạng xù xì), đường kính - mm, màu trắng ngà, bờ khơng đều, dai, bám chặt vào bề mặt môi trường Trên môi trường thạch máu cừu, vi khuẩn phát triển thành khuẩn lạc không làm tan máu, khuẩn lạc phóng đại vài chục lần có hình thể búi tóc xoăn bờm sư tử (Hình 1.2) Vi khuẩn mọc không làm đục môi trường lỏng, tạo cặn bơng lắng xuống đáy, lắc khơng tan Tính chất lên men đường B anthracis bao gồm: Lên men không sinh với đường glucose, manitol, saccarose, không lên men đường salicin, làm lỏng gelatin, đông huyết tương, không mọc môi trường thạch Mac Conkey (Geo, 2013) Hình Khuẩn lạc B anthracis mơi trường thạch máu cừu (Nguồn: Christine, 2015) Thể sinh dưỡng B anthracis có sức đề kháng khơng cao, bị diệt điều kiện nhiệt độ 60°C 30 phút, 100°C phút chất khử trùng thơng thường Thể bào tử có sức đề kháng cao, tồn điều kiện tự nhiên nhiều năm, tới vài chục năm mà vẫn cịn khả gây bệnh (Geo, 2013) Tuy nhiên, bào tử bị phá hủy hấp ướt điều kiện 121°C sau 20 phút (Fasanella, 2003) Độc lực B anthracis tạo thành yếu tố ngoại độc tố protein vỏ Ngoại độc tố B anthracis hợp thành từ yếu tố riêng biệt mã hóa plasmid pXO1 Yếu tố gây phù làm ức chế chức bạch cầu đa nhân trung tính, yếu tố bảo vệ giúp độc tố xâm nhập vào tế bào chủ yếu tố gây chết làm tăng hoạt hóa đại thực bào, hoạt hóa q trình đốt oxy, giải phóng cytokin, bất hoạt protein kinase (Lê Thu Hồng, 2011; Jang, 2011) Protein vỏ có chất chuỗi trùng hợp axit poly-D-glutamic mà tổng hợp liên quan đến xuất plasmid pXO2 Plasmid truyền từ lồi có khả hình thành vỏ sang lồi khơng có khả (Jang, 2011; Lê Thu Hồng, 2011; Christine, 2015) Những chủng khơng có khả hình thành vỏ khả gây bệnh thường dùng để chế tạo vắc xin (Okinaka, 2014) Bản thân protein vỏ khơng gây độc có chức bảo vệ vi khuẩn có khả chống lại phức hợp bổ thể tượng thực bào bạch cầu Vỏ vi khuẩn hình thành động vật mắc bệnh môi trường nuôi cấy điều kiện khí trường CO2 5%, phát phương pháp như: Nhuộm mực tàu, kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang Đây phương pháp để phân biệt B anthracis với B cereus B thuringiensis chúng khơng có khả tổng hợp vỏ Với chủng B anthracis khơng có plasmid pXO2, thành tế bào xuất lớp S-layer (Surface layer), gồm loại protein EA1 (Extractable Antigen 1- Kháng nguyên tách chiết) Sap (Surface array protein- Protein bề mặt), mã hóa gen nhiễm sắc thể Đây dạng siêu cấu trúc xuất phổ biến số đơn bào nguyên thủy vi khuẩn khác Lớp S-layer cho có vai trị quan trọng mối liên hệ vi khuẩn mơi trường bên ngồi, đảm bảo hình dạng vi khuẩn nơi gắn kết phage Ngồi ra, S-layer cịn có vai trị giúp vi khuẩn chống lại tác động bổ thể thay đổi khả tiếp cận đại thực bào vật chủ (Fouet, 1999) 1.1.1.2 Đặc điểm hệ gen Hệ gen B anthracis gồm nhiễm sắc thể dạng vòng plasmid độc lực pXO1, pXO2 Hệ gen với hàm lượng nucleotide AT cao, GC chiếm khoảng 35% Điều cho thấy DNA B anthracis có nhiệt độ nóng chảy thấp lồi khác Các plasmid tương đối lớn mã hóa cho nhiều gen khác nhau, quan trọng gen mã hóa cho ngoại độc tố protein vỏ Plasmid pXO1 chứa gen độc tố quan trọng pagA, lef cyaA Plasmid pXO2 mang gen tổng hợp protein vỏ cần thiết cho tính độc đầy đủ B anthracis Nhiễm sắc thể Một chủng nghiên cứu đầy đủ B anthracis Ames, dịng Ames sử dụng công khủng bố bào tử than Mỹ năm 2001 Nhiễm sắc thể B anthracis Ames có kích thước 5.227.293 nucleotide (5,2 Mb) với 5.508 gen mã hóa protein liên quan đến khả tồn tại, trao đổi chất B anthracis gen quy định đặc tính sinh học (Klee, 2010) Trong đó, có 33 gen RNA ribosome (23S, 16S 5S) xếp 11 operon với 95 gen RNA vận chuyển Nhiễm sắc thể chiếm khoảng 95% hệ gen, lại plasmid độc lực (pXO1 = 181.677 bp, sao/ tế bào; pXO2 = 94.829 bp, sao/ tế bào) (Straub, 2013) Chủng B anthracis Ames khác biệt vài nucleotide so với chủng tổ tiên B anthracis Ames Ancestor, có kích thước nhiễm sắc thể 5.227.419 bp, pXO1 181.677 bp pXO2 94.830 bp (Ravel, 2009) Đồng thời, so sánh chủng khác B anthracis H9401 (Hàn Quốc) với B anthracis Ames Ancestor cho thấy chúng có độ tương đồng 99,68% nucleotide (trong đó, nhiễm sắc thể 99,69%; pXO1 99,57%; pXO2 99,58%) 99,87% axit amin (Read, 2003; Chun, 2012) Trên nhiễm sắc thể B anthracis, gen đặc trưng thường dùng cho chẩn đoán gyrA, vrrA, Ba813, SG-850 rpoB Trong gen đặc trưng trên, gen vrrA (variable repeat region A) mã hóa cho protein glutamine, khối lượng phân tử khoảng 30 kDa (Keim, 1999), vrrA có hầu hết chủng B anthracis bị biến đổi tự nhiên ni cấy (Jackson, 1997; Perdue, 2003) Vì vậy, vrrA gen phù hợp để xác định B anthracis Việc tổng hợp nên protein khung đọc mở có liên quan tới trình tự chèn Các trình tự chèn gắn tự vào vị trí hệ gen vi khuẩn Hoạt động gắn tách khỏi hệ gen không phụ thuộc vào thông tin di truyền nhiễm sắc thể Khi gắn vào vị trí mới, chúng làm cho đoạn gen gắn vào bị chức Bảng 1 Đặc điểm hệ gen chủng B anthracis Ames Đặc điểm Nhiễm sắc thể pXO1 pXO2 Kích thước (bp) 5.227.293 181.677 94.829 Số lượng gen 5.508 217 113 Tỷ lệ replicon mã hóa (%) 84,3 77,1 76,2 Kích thước gen trung bình (nucleotide) 800 645 639 Tỷ lệ G+C (%) 35,4 32,5 33,0 Số rRNA operon 11 0 tRNAs 95 0 sRNAs Số gen phage 62 0 Số gen transposon 18 15 Số khung đọc bị phá vỡ 37 Số gen chức 2.762 65 38 Số gen hypothetical bảo tồn 1.212 22 19 Số gen chưa biết chức 657 Số gen hypothetical 877 122 51 (Nguồn: Read, 2003) Plasmid Toàn độc lực B anthracis nằm plasmid pXO1 pXO2 Plasmid pXO1 có khối lượng 110 MDa, kích thước khoảng 182 kb, gồm 217 gen, tỷ lệ GC 32,5% Trên plasmid pXO1 có 143 khung đọc mở, gần 70% ORF mã hóa cho protein khơng rõ chức năng, 11 ORF dự đốn mã hóa cho protein cấu trúc Hầu hết chức plasmid quy định “đảo gây bệnh” PAI (Pathogenicity Island), nằm vị trí từ 117.177 đến 162.013 plasmid, kích thước 44,8 kb, tỷ lệ nucleotide GC 30% giới hạn đoạn chèn IS1627 đầu Đây vùng chứa tất gen mã hóa cho protein độc tố pXO1 gen pagA, cya, lef, gen điều hòa atxA gen mã hóa toiposomerase (topA) (Okinaka, 1999; Pannucci, 2002) Trong đó, gen pagA kích thước 2.295 bp, mã hóa kháng ngun bảo vệ PA (Protective Antigen) có vai trị quan trọng, PA trung tâm cho hoạt động yếu tố gây chết, gây phù B anthracis Kháng nguyên bảo vệ môi trường trung gian bắt buộc để chuyển yếu tố gây chết, gây phù vào tế bào vật chủ (Ramisse, 1996; Price, 1999) Chính vậy, sử dụng gen pagA chẩn đốn B anthracis giúp xác định chủng B anthracis có khả gây độc Điều phù hợp với nhiều nghiên cứu tác giả gần (Safari Foroshani, 2013; Ogawa, 2015; Banada, 2017) Gen cya kích thước 2.403 bp, mã hóa cho yếu tố gây phù nề EF (Edema Factor) Trong đó, tiểu phần khối lượng phân tử 30 KDa EF liên kết với PA có lực cao giúp EF xâm nhập vào nội bào Tiểu phần lại khối lượng phân tử 58 kDa adenylyl cyclase phụ thuộc calmodulin (CaM) hoạt động điều hịa nồng độ cation Ca2+ sinh lý Tiểu phần chia thành hai đơn vị chức năng, phần khối lượng 43 kDa có vai trị phân hủy adenosine triphosphate (ATP) thành cyclic adenosine monophosphate (cAMP) phần khối lượng 17 kDa cịn lại khơng có hoạt tính xúc tác tạo điều kiện để CaM kích hoạt EF (Guo, 2004) Gen lef kích thước 2.430 bp, mã hóa cho yếu tố gây chết LF (Lethal Factor), gồm đoạn peptide tín hiệu 33 axit amin phân tử protein trưởng thành kích thước 776 axit amin, khơng chứa cystein (khối lượng 90,2 kDa), mà mã hóa trình tự nucleotide giàu AT (hàm lượng nucleotide AT khoảng 70%) Protein protease phụ thuộc cation Zn2+, làm ức chế đường dẫn truyền tín hiệu MAPK (Mitogen activated protein kinase), thông qua việc phân tách enzyme hoạt hóa MAPK gần đầu amin nó, ngăn cản phosphoryl hóa thành phần p38, ERK (extracellular signal-regulated kinases), JNK (c-Jun aminoterminal kinases) Hoạt động LF gây tổn thương lan rộng, tổn hại đa 10 hệ thống hệ miễn dịch, hệ tuần hoàn, hệ nội tiết, gây chết tế bào (Agrawal, 2004) Plasmid pXO2 có khối lượng 60 MDa, kích thước khoảng 95 kb, gồm 113 gen, 85 ORF, có gen capA, capB, capC liên quan đến tổng hợp protein vỏ Đồng thời, protein vỏ yếu tố độc lực q trình xâm nhập B anthracis (khi kết hợp với yếu tố LF EF) Nhờ điện tích âm mà protein vỏ ức chế bảo vệ vật chủ thông qua ức chế thực bào đại thực bào Một báo cáo gần cho thấy protein vỏ B anthracis kích hoạt sinh Interleukin-1β từ tế bào monocyte, gây ảnh hưởng lâu dài đến lympho T máu mô hình động vật thí nghiệm (Jang, 2011) Các gen tổng hợp protein vỏ xếp theo thứ tự capB, capC capA, với kích thước tổng thể 3.244 bp Việc tổng hợp protein vỏ điều hòa gen atxA pXO1 gen acpA plasmid pXO2 (Drysdale, 2004) Gen capA kích thước 1.235 bp, mã hóa cho protein capA (411 axit amin, khối lượng phân tử 46 kDa), thường sử dụng chẩn đoán B anthracis (Irenge, 2010; Ogawa, 2015) Gen capB kích thước 1.394 bp, mã hóa cho protein capB (397 axit amin, khối lượng phân tử 44 kDa) Gen capC kích thước 449 bp, mã hóa cho protein capC (149 axit amin, khối lượng phân tử 16 kDa) Để xác định xác B anthracis gây bệnh tự nhiên, gen đích nhiễm sắc thể, cần thiết kế thêm cặp mồi xác định gen plasmid độc lực pXO1 pXO2 Plasmid pXO1 pXO2 trì ổn định B anthracis phát triển thể chủ Tuy nhiên, q trình ni cấy, hay tự nhiên, áp lực chọn lọc, plasmid pXO2 bị Ngược lại, plasmid pXO1 bị mất, ổn định liên quan đến topoisomerase thuộc plasmid B anthracis phục hồi plasmid qua nuôi cấy điều kiện 43oC bổ sung novobiocin nồng độ tiền gây chết (Koehler, 2009) Như vậy, để chứng minh chủng B anthracis có độc lực cần xác định chủng có đầy đủ plasmid M 10 Sau thời gian tháng bảo quản M 10 Sau thời gian tháng bảo quản M 10 Sau thời gian tháng bảo quản M Sau thời gian 10 tháng bảo quản 10 Sau thời gian 11 tháng bảo quản Phụ lục Minh họa kết giải trình tự gen đích B anthracis (pagA, capA, vrrA) Y pestis (pla, caf1, ypo2088) từ băng tinh gel Trình tự đoạn gen vrrA Trình tự đoạn gen pagA Trình tự đoạn gen pla Trình tự đoạn gen caf1 Phụ lục 10 Kiểm tra sản phẩm tách plasmid từ thể biến nạp chứa gen pla, caf1 chủng Y pestis Yp1 PCR khuẩn lạc enzyme giới hạn M Marker kb (Thermo Scientific); a) PCR khuẩn lạc, 1-4 Các dòng khuẩn lạc 1-4 với gen pla; 5-8 Các dòng khuẩn lạc 1-4 với gen caf1; b) Cắt kiểm tra cặp enzyme giới hạn AvaI XbaI; 1-4 Sản phẩm cắt dòng khuẩn lạc 3; 1, 2, với gen pla; c) Cắt kiểm tra cặp enzyme giới hạn AvaI XbaI; 1, Sản phẩm cắt dòng khuẩn lạc 1, với gen caf1 Phụ lục 11 So sánh trình tự axit amin kháng nguyên bảo vệ PA chủng B anthracis Ba1, Ba3 Ba4 với 15 chủng tham chiếu Phụ lục 12 Một số trình tự nucleotide B anthracis đăng ký Genbank Bacillus anthracis strain 4NS plasmid pX01 protective antigen gene, complete cds GenBank: KP213103.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS KP213103 2322 bp DNA linear BCT 18-APR-2015 DEFINITION Bacillus anthracis strain 4NS plasmid pX01 protective antigen gene, complete cds ACCESSION KP213103 VERSION KP213103.1 GI:806993499 KEYWORDS SOURCE Bacillus anthracis ORGANISM Bacillus anthracis Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group REFERENCE (bases to 2322) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Study the complete sequence of protective antigen gene on Bacillus anthracis strains VCM1168, 4NS and 1C3 isolated in northern Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 2322) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (28-NOV-2014) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Dong, Ha Noi, Viet Nam, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 2322 /organism="Bacillus anthracis" /mol_type="genomic DNA" /strain="4NS" /host="Homo sapiens" /db_xref="taxon:1392" /plasmid="pX01" /country="Viet Nam" CDS 14 2308 /note="pag" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="protective antigen" /protein_id="AKC34323.1" /db_xref="GI:806993500" /translation="MKKRKVLIPLMALSTILVSSTGNLEVIQAEVKQENRLLNESESS SQGLLGYYFSDLNFQAPMVVTSSTTGDLSIPSSELENIPSENQYFQSAIWSGFIKVKK SDEYTFATSADNHVTMWVDDQEVINKASNSNKIRLEKGRLYQIKIQYQRENPTEKGLD FKLYWTDSQNKKEVISSDNLQLPELKQKSSNSRKKRSTSAGPTVPDRDNDGIPDSLEV EGYTVDVKNKRTFLSPWISNIHEKKGLTKYKSSPEKWSTASDPYSDFEKVTGRIDKNV SPEARHPLVAAYPIVHVDMENIILSKNEDQSTQNTDSQTRTISKNTSTSRTHTSEVHG NAEVHASFFDIGGSVSAGFSNSNSSTVAIDHSLSLAGERTWAETMGLNTADTARLNAN IRYVNTGTAPIYNVLPTTSLVLGKNQTLATIKAKENQLSQILAPNNYYPSKNLAPIAL NAQDDFSSTPITMNYNQFLELEKTKQLRLDTDQVYGNIATYNFENGRVRVDTGSNWSE VLPQIQETTARIIFNGKDLNLVERRIAAVNPSDPLETTKPDMTLKEALKIAFGFNEPN GNLQYQGKDITEFDFNFDQQTSQNIKNQLAELNATNIYTVLDKIKLNAKMNILIRDKR FHYDRNNIAVGADESVVKEAHREVINSSTEGLLLNIDKDIRKILSGYIVEIEDTEGLK EVINDRYDMLNISSLRQDGKTFIDFKKYNDKLPLYISNPNYKVNVYAVTKENTIINPS ENGDTSTNGIKKILIFSKKGYEIG" ORIGIN aaggagaacg tatatgaaaa aacgaaaagt gttaatacca ttaatggcat tgtctacgat 61 attagtttca agcacaggta atttagaggt gattcaggca gaagttaaac aggagaaccg 121 gttattaaat gaatcagaat caagttccca ggggttacta ggatactatt ttagtgattt 181 gaattttcaa gcacccatgg tggttacctc ttctactaca ggggatttat ctattcctag 241 ttctgagtta gaaaatattc catcggaaaa ccaatatttt caatctgcta tttggtcagg 301 atttatcaaa gttaagaaga gtgatgaata tacatttgct acttccgctg ataatcatgt 361 aacaatgtgg gtagatgacc aagaagtgat taataaagct tctaattcta acaaaatcag 421 attagaaaaa ggaagattat atcaaataaa aattcaatat caacgagaaa atcctactga 481 aaaaggattg gatttcaagt tgtactggac cgattctcaa aataaaaaag aagtgatttc 541 tagtgataac ttacaattgc cagaattaaa acaaaaatct tcgaactcaa gaaaaaagcg 601 aagtacaagt gctggaccta cggttccaga ccgtgacaat gatggaatcc ctgattcatt 661 agaggtagaa ggatatacgg ttgatgtcaa aaataaaaga acttttcttt caccatggat 721 ttctaatatt catgaaaaga aaggattaac caaatataaa tcatctcctg aaaaatggag 781 cacggcttct gatccgtaca gtgatttcga aaaggttaca ggacggattg ataagaatgt 841 atcaccagag gcaagacacc cccttgtggc agcttatccg attgtacatg tagatatgga 901 gaatattatt ctctcaaaaa atgaggatca atccacacag aatactgata gtcaaacgag 961 aacaataagt aaaaatactt ctacaagtag gacacatact agtgaagtac atggaaatgc 1021 agaagtgcat gcgtcgttct ttgatattgg tgggagtgta tctgcaggat ttagtaattc 1081 gaattcaagt acggtcgcaa ttgatcattc actatctcta gcaggggaaa gaacttgggc 1141 tgaaacaatg ggtttaaata ccgctgatac agcaagatta aatgccaata ttagatatgt 1201 aaatactggg acggctccaa tctacaacgt gttaccaacg acttcgttag tgttaggaaa 1261 aaatcaaaca ctcgcgacaa ttaaagctaa ggaaaaccaa ttaagtcaaa tacttgcacc 1321 taataattat tatccttcta aaaacttggc gccaatcgca ttaaatgcac aagacgattt 1381 cagttctact ccaattacaa tgaattacaa tcaatttctt gagttagaaa aaacgaaaca 1441 attaagatta gatacggatc aagtatatgg gaatatagca acatacaatt ttgaaaatgg 1501 aagagtgagg gtggatacag gctcgaactg gagtgaagtg ttaccgcaaa ttcaagaaac 1561 aactgcacgt atcattttta atggaaaaga tttaaatctg gtagaaaggc ggatagcggc 1621 ggttaatcct agtgatccat tagaaacgac taaaccggat atgacattaa aagaagccct 1681 taaaatagca tttggattta acgaaccgaa tggaaactta caatatcaag ggaaagacat 1741 aaccgaattt gattttaatt tcgatcaaca aacatctcaa aatatcaaga atcagttagc 1801 ggaattaaac gcaactaaca tatatactgt attagataaa atcaaattaa atgcaaaaat 1861 gaatatttta ataagagata aacgttttca ttatgataga aataacatag cagttggggc 1921 ggatgagtca gtagttaagg aggctcatag agaagtaatt aattcgtcaa cagagggatt 1981 attgttaaat attgataagg atataagaaa aatattatca ggttatattg tagaaattga 2041 agatactgaa gggcttaaag aagttataaa tgacagatat gatatgttga atatttctag 2101 tttacggcaa gatggaaaaa catttataga ttttaaaaaa tataatgata aattaccgtt 2161 atatataagt aatcccaatt ataaggtaaa tgtatatgct gttactaaag aaaacactat 2221 tattaatcct agtgagaatg gggatactag taccaacggg atcaagaaaa ttttaatctt 2281 ttctaaaaaa ggctatgaga taggataagg taattctagg tg // Bacillus anthracis strain 4NS plasmid pX01 lethal factor gene, complete cds GenBank: KP759886.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS KP759886 2490 bp DNA linear BCT 16-AUG-2015 DEFINITION Bacillus anthracis strain 4NS plasmid pX01 lethal factor gene, complete cds ACCESSION KP759886 VERSION KP759886.1 GI:914408428 KEYWORDS SOURCE Bacillus anthracis ORGANISM Bacillus anthracis Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;Bacillus cereus group REFERENCE (bases to 2490) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T., Nghiem,M.N., Cao,D.T and Trieu,N.T TITLE Development of a recombinant internal amplification control in multiplex PCR assay for simultaneous detection of Bacillus anthrasis and Yersinia pestis in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 2490) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T., Nghiem,M.N., Nguyen,A.V., Nguyen,V.T and Tran,K.D TITLE Sequence analysis of specific target gene and virulence genes on plasmids pXO1 and pXO2 of Bacillus anthracis strains isolated in Vietnam and application of virulence Bacillus anthracis detection JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 2490) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T., Nghiem,M.N., Cao,D.T and Trieu,N.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (07-FEB-2015) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 2490 /organism="Bacillus anthracis" /mol_type="genomic DNA" /strain="4NS" /host="Homo sapiens" /db_xref="taxon:1392" /plasmid="pX01" /country="Viet Nam" CDS 52 2481 /note="lef" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="lethal factor" /protein_id="AKV71981.1" /db_xref="GI:914408429" /translation="MNIKKEFIKVISMSCLVTAITLSGPVFIPLVQGAGGHGDVGMHV KEKEKNKDENKRKDEERNKTQEEHLKEIMKHIVKIEVKGEEAVKKEAAEKLLEKVPSD VLEMYKAIGGKIYIVDGDITKHISLEALSEDKKKIKDIYGKDALLHEHYVYAKEGYEP VLVIQSSEDYVENTEKALNVYYEIGKILSRDILSKINQPYQKFLDVLNTIKNASDSDG QDLLFTNQLKEHPTDFSVEFLEQNSNEVQEVFAKAFAYYIEPQHRDVLQLYAPEAFNY MDKFNEQEINLSLEELKDQRMLARYEKWEKIKQHYQHWSDSLSEEGRGLLKKLQIPIE PKKDDIIHSLSQEEKELLKRIQIDSSDFLSTEEKEFLKKLQIDIRDSLSEEEKELLNR IQVDSSNPLSEKEKEFLKKLKLDIQPYDINQRLQDTGGLIDSPSINLDVRKQYKRDIQ NIDALLHQSIGSTLYNKIYLYENMNINNLTATLGADLVDSTDNTKINRGIFNEFKKNF KYSISSNYMIVDINERPALDNERLKWRIQLSPDTRAGYLENGKLILQRNIGLEIKDVQ IIKQSEKEYIRIDAKVVPKSKIDTKIQEAQLNINQEWNKALGLPKYTKLITFNVHNRY ASNIVESAYLILNEWKNNIQSDLIKKVTNYLVDGNGRFVFTDITLPNIAEQYTHQDEI YEQVHSKGLYVPESRSILLHGPSKGVELRNDSEGFIHEFGHAVDDYAGYLLDKNQSDL VTNSKKFIDIFKEEGSNLTSYGRTNEAEFFAEAFRLMHSTDHAERLKVQKNAPKTFQFINDQIKFIINS" ORIGIN tactttattt tattgttgaa atgttcactt ataaaaaagg agagattaaa tatgaatata 61 aaaaaagaat ttataaaagt aattagtatg tcatgtttag taacagcaat tactttgagt 121 ggtcccgtct ttatccccct tgtacagggg gcgggcggtc atggtgatgt aggtatgcac 181 gtaaaagaga aagagaaaaa taaagatgag aataagagaa aagatgaaga acgaaataaa 241 acacaggaag agcatttaaa ggaaatcatg aaacacattg taaaaataga agtaaaaggg 301 gaggaagctg ttaaaaaaga ggcagcagaa aagctacttg agaaagtacc atctgatgtt 361 ttagagatgt ataaagcaat tggaggaaag atatatattg tggatggtga tattacaaaa 421 catatatctt tagaagcatt atctgaagat aagaaaaaaa taaaagacat ttatgggaaa 481 gatgctttat tacatgaaca ttatgtatat gcaaaagaag gatatgaacc cgtacttgta 541 atccaatctt cggaagatta tgtagaaaat actgaaaagg cactgaacgt ttattatgaa 601 ataggtaaga tattatcaag ggatatttta agtaaaatta atcaaccata tcagaaattt 661 ttagatgtat taaataccat taaaaatgca tctgattcag atggacaaga tcttttattt 721 actaatcagc ttaaggaaca tcccacagac ttttctgtag aattcttgga acaaaatagc 781 aatgaggtac aagaagtatt tgcgaaagct tttgcatatt atatcgagcc acagcatcgt 841 gatgttttac agctttatgc accggaagct tttaattaca tggataaatt taacgaacaa 901 gaaataaatc tatccttgga agaacttaaa gatcaacgga tgctggcaag atatgaaaaa 961 tgggaaaaga taaaacagca ctatcaacac tggagcgatt ctttatctga agaaggaaga 1021 ggacttttaa aaaagctgca gattcctatt gagccaaaga aagatgacat aattcattct 1081 ttatctcaag aagaaaaaga gcttctaaaa agaatacaaa ttgatagtag tgatttttta 1141 tctactgagg aaaaagagtt tttaaaaaag ctacaaattg atattcgtga ttctttatct 1201 gaagaagaaa aagagctttt aaatagaata caggtggata gtagtaatcc tttatctgaa 1261 aaagaaaaag agtttttaaa aaagctgaaa cttgatattc aaccatatga tattaatcaa 1321 aggttgcaag atacaggagg gttaattgat agtccgtcaa ttaatcttga tgtaagaaag 1381 cagtataaaa gggatattca aaatattgat gctttattac atcaatccat tggaagtacc 1441 ttgtacaata aaatttattt gtatgaaaat atgaatatca ataaccttac agcaacccta 1501 ggtgcggatt tagttgattc cactgataat actaaaatta atagaggtat tttcaatgaa 1561 ttcaaaaaaa atttcaaata tagtatttct agtaactata tgattgttga tataaatgaa 1621 aggcctgcat tagataatga gcgtttgaaa tggagaatcc aattatcacc agatactcga 1681 gcaggatatt tagaaaatgg aaagcttata ttacaaagaa acatcggtct ggaaataaag 1741 gatgtacaaa taattaagca atccgaaaaa gaatatataa ggattgatgc gaaagtagtg 1801 ccaaagagta aaatagatac aaaaattcaa gaagcacagt taaatataaa tcaggaatgg 1861 aataaagcat tagggttacc aaaatataca aagcttatta cattcaacgt gcataataga 1921 tatgcatcca atattgtaga aagtgcttat ttaatattga atgaatggaa aaataatatt 1981 caaagtgatc ttataaaaaa ggtaacaaat tacttagttg atggtaatgg aagatttgtt 2041 tttaccgata ttactctccc taatatagct gaacaatata cacatcaaga tgagatatat 2101 gagcaagttc attcaaaagg gttatatgtt ccagaatccc gttctatatt actccatgga 2161 ccttcaaaag gtgtagaatt aaggaatgat agtgagggtt ttatacacga atttggacat 2221 gctgtggatg attatgctgg atatctatta gataagaacc aatctgattt agttacaaat 2281 tctaaaaaat tcattgatat ttttaaggaa gaagggagta atttaacttc gtatgggaga 2341 acaaatgaag cggaattttt tgcagaagcc tttaggttaa tgcattctac ggaccatgct 2401 gaacgtttaa aagttcaaaa aaatgctccg aaaactttcc aatttattaa cgatcagatt 2461 aagttcatta ttaactcata agtaatgtat // Bacillus anthracis plasmid pX02 capsule biosynthesis protein CapC gene, complete cds; and capsule biosynthesis protein CapB (capB) gene, partial cds GenBank: KP759892.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS KP759892 1848 bp DNA linear BCT 16-AUG-2015 DEFINITION Bacillus anthracis plasmid pX02 capsule biosynthesis protein CapC gene, complete cds; and capsule biosynthesis protein CapB (capB) gene, partial cds ACCESSION KP759892 VERSION KP759892.1 GI:914408442 KEYWORDS SOURCE Bacillus anthracis ORGANISM Bacillus anthracis Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;Bacillus cereus group REFERENCE (bases to 1848) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T and Nghiem,M.N TITLE Sequence analysis of specific target gene and virulence genes on plasmids pXO1 and pXO2 of Bacillus anthracis strains isolated in Vietnam and application of virulence Bacillus anthracis detection JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1848) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T., Nghiem,M.N., Cao,D.T and Trieu,N.T TITLE Development of a recombinant internal amplification control in multiplex PCR assay for simultaneous detection of Bacillus anthrasis and Yersinia pestis in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1848) AUTHORS Dinh,H.T.T and Nguyen,S.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (09-FEB-2015) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1848 /organism="Bacillus anthracis" /mol_type="genomic DNA" /strain="4NS" /host="Homo sapiens" /db_xref="taxon:1392" /plasmid="pX02" /country="Viet Nam" CDS complement(21 470) /codon_start=1 /transl_table=11 /product="capsule biosynthesis protein CapC" /protein_id="AKV71989.1" /db_xref="GI:914408443" /translation="MFGSDLYIALVLGVTLSLIFTERTGILPAGLVVPGYLALVFNQP VFMLVVLFISILTYVIVTYGVSRFMILYGRRKFAATLITGICLKLLFDYCYPVMPFEI FEFRGIGVIVPGLIANTIQRQGLPLTIGTTILLSGATFAIMNIYYLF" gene complement(485 >1848) /gene="capB" CDS complement(485 >1848) /gene="capB" /codon_start=3 /transl_table=11 /product="capsule biosynthesis protein CapB" /protein_id="AKV71990.1" /db_xref="GI:914408444" /translation="HDEAIRIEHRISELYSDEFGVVYAGNHLIFNWYQRLYLSRNILI SKKSKSRKGLIQMIFIIGICTVFLIIYGIWEQRCHQKRLNSIPIRVNINGIRGKSTVT RLITGVVQEAKYKTVGKTTGTSARMIYWFTDEEQPIKRRKEGPNIGEQRRVVKEAADL EAEALICECMAVQPDYQIIFQNKMIQANVGVIVNVLEDHMDVMGPTLDEVAEAFTATI PYNGHLVTIESEYLDYFKEVAEERNTKVIVADNSRISEEFLRKFDYMVFPDNASLALA VAEALGIDEETAFRGMLNAHPDPGAMRITRFADQSKPAFFVNGFAANDPSSTLRIWER VDDFGYSNLAPIVIMNCRPDRVDRTEQFARDVLPYIKAEIVIAIGETTAPITSAFEKG DIPTQEYWNLEGWSTSEIMSRMRPYLKNRIVYGVGNIHGAAEPLIDMIMEEQIGKKQAKVI" ORIGIN tcgtctcatt ctacctcacc ttaaaataag taataaatat tcatgattgc aaatgttgca 61 ccacttaaca aaattgtagt tccaattgtt aatggtaacc cttgtctttg aattgtattt 121 gcaattaatc ctggaacaat aactccaata ccacggaatt caaaaatctc aaatggcata 181 acaggataac aataatcaaa taaaagtttt aaacaaatac ctgtaattag cgttgccgca 241 aattttctac ggccatataa aatcatgaat cttgaaacac catacgtaac gattacatat 301 gttaaaatac tgataaataa aacaaccaac ataaatacgg gctgattaaa aacgagtgct 361 aaataaccag gtacaactaa acctgcaggt aaaatacctg ttctttctgt aaaaataagg 421 ctcagtgtaa ctcctaatac taatgcaata tataaatctg atccaaacat tcctgtccct 481 ccacttaaat cacttttgct tgctttttgc caatttgttc ttccataatc atatcgatta 541 atggctcagc tgcaccatga atattaccca ctccatatac aatccgattt tttaaatatg 601 gacgcatacg agacataatt tcacttgttg accagccttc taagttccaa tactcttgcg 661 ttggaatatc tcctttttca aaagcacttg taataggtgc agtcgtttct ccaatcgcaa 721 taactatttc cgctttaata tatggcaaaa catccctagc aaactgctca gtacgatcaa 781 cgcggtcagg gcggcaattc ataattacaa ttggagctag attactatat ccaaaatcat 841 ccacacgttc ccaaatacgt aatgttgatg agggatcatt cgctgcaaaa ccatttacga 901 agaacgcagg cttagattgg tcagcaaaac gtgtaattct cattgctcct ggatccggat 961 gagcattcaa cataccacgg aatgctgttt cctcatcaat cccaagagcc tctgctaccg 1021 ctaaagcaag cgatgcatta tctgggaaga ccatgtaatc aaattttcgt aagaattctt 1081 ctgaaattct agaattatcc gcaacaatca cttttgtatt tctctcttct gcaacctctt 1141 taaagtaatc caagtattca ctttcaatag tgactaaatg tccattatat ggaatggtag 1201 cagtgaaagc ttcagctact tcgtcaagtg taggtcccat aacatccata tgatcttcta 1261 aaacatttac aatcactcca acatttgctt gaatcatttt attttggaag ataatttgat 1321 aatcgggttg aactgccata cattcacaaa taagtgcttc tgcttctaaa tcagcagcct 1381 ctttaactac cctgcgttgc tcaccgatat taggaccttc tttacggcgc ttaatcggtt 1441 gctcctcgtc agtaaaccaa tatatcattc gcgcagatgt accagttgtt ttccctacag 1501 tcttatattt cgcttcttgt acaacacctg taattagtct tgtaacggta gatttacctc 1561 gaattccatt tatgtttact cgaattggga tagaattgag ccttttctga tggcaacgtt 1621 gttcccatat accataaata atcaaaaaca ctgtacatat acctattatg aagatcatct 1681 gtattaatcc cttcctgctt ttcgatttct tgcttattaa gatatttcga cttaagtaga 1741 gtcgttgata ccaattaaaa attaggtggt tccctgcata tacaacaccg aattcatctg 1801 agtataattc tgaaatccta tgttcaatgc gtattgcctc atcatgtt // Bacillus anthracis strain 4NS VrrA gene, complete cds GenBank: KP759889.1 FASTA Graphics PopSet LOCUS KP759889 519 bp DNA linear BCT 16-AUG-2015 DEFINITION Bacillus anthracis strain 4NS VrrA gene, complete cds ACCESSION KP759889 VERSION KP759889.1 GI:914408434 KEYWORDS SOURCE Bacillus anthracis ORGANISM Bacillus anthracis Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;Bacillus cereus group REFERENCE (bases to 519) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T and Nghiem,M.N TITLE Sequence analysis of specific target gene and virulence genes on plasmids pXO1 and pXO2 of Bacillus anthracis strains isolated in Vietnam and application of virulence Bacillus anthracis detection JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 519) AUTHORS Dinh,H.T.T., Nguyen,S.T., Nghiem,M.N., Cao,D.T and Trieu,N.T TITLE Development of a recombinant internal amplification control in multiplex PCR assay for simultaneous detection of Bacillus anthrasis and Yersinia pestis in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 519) AUTHORS Dinh,H.T.T and Nguyen,S.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (09-FEB-2015) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 519 /organism="Bacillus anthracis" /mol_type="genomic DNA" /strain="4NS" /host="Homo sapiens" /db_xref="taxon:1392" /country="Viet Nam" CDS 18 461 /codon_start=1 /transl_table=11 /product="VrrA" /protein_id="AKV71984.1" /db_xref="GI:914408435" /translation="MQHHPEQMIPPQMYESNETRGGAATTAASSSGIGSFFSNLISNP TNMINNIEKVSQVVQSVSPVVEQYGPIMRNLPSIVKILTSGKSTEENPTEDQTEDLTE KVEVATPPPPQKKRKRKKMVIEPVIEKEVREEPVQKIATKPKLYV" ORIGIN agcaatacca accatacatg cagcatcatc ccgagcaaat gatccctcct caaatgtatg 61 aatcaaacga aacgcgcggc ggtgcagcaa ctacagcagc atcaagtagc ggcatcggta 121 gttttttttc gaatttaatt tcgaatccaa ctaatatgat aaataatatc gaaaaagtat 181 cacaagtcgt tcaatctgta agccctgtcg tcgaacagta cggtcccatt atgcgtaacc 241 taccaagcat cgttaaaatc ctcacctctg gaaaaagtac ggaagaaaat ccaaccgaag 301 atcaaactga agacctaaca gaaaaggttg aagtagcaac tccacctcct ccacaaaaaa 361 aaagaaaaag aaaaaaaatg gtgattgagc cagttataga aaaagaagtg cgcgaggagc 421 ctgttcaaaa aatagcaaca aaaccaaaac tatatgtgta acaatccttt gttttctatc 481 cactcctcct ttataatgta aaagactatg cacaaaagt// Phụ lục 13 Một số trình tự nucleotide Y pestis đăng ký Genbank Yersinia pestis plasmid pPCP1 plasminogen activator (pla) gene, complete cds GenBank: KM880025.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS KM880025 1019 bp DNA linear BCT 03-FEB-2015 DEFINITION Yersinia pestis plasmid pPCP1 plasminogen activator (pla) gene, complete cds ACCESSION KM880025 VERSION KM880025.1 GI:751384056 KEYWORDS SOURCE Yersinia pestis ORGANISM Yersinia pestis Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;Enterobacteriaceae; Yersinia REFERENCE (bases to 1019) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Sequence analysis of pla, caf1 and ypo2088 genes of Yersinia pestis isolate in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1019) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-OCT-2014) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1019 /organism="Yersinia pestis" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:632" /plasmid="pPCP1" /country="Viet Nam" gene 23 961 /gene="pla" CDS 23 961 /gene="pla" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="plasminogen activator" /protein_id="AJF83857.1" /db_xref="GI:751384057" /translation="MKKSSIVATIITILSGSANAASSQLIPNISPDSFTVAASTGMLS GKSHEMLYDAETGRKISQLDWKIKNVAILKGDISWDPYSFLTLNARGWTSLASGSGNM DDYDWMNENQSEWTDHSSHPATNVNHANEYDLNVKGWLLQDENYKAGITAGYQETRFS WTATGGSYSYNNGAYTGNFPKGVRVIGYNQRFSMPYIGLAGQYRINDFELNALFKFSD WVRAHDNDEHYMRDLTFREKTSGSRYYGTVINAGYYVTPNAKVFAEFTYSKYDEGKGG TQTIDKNSGDSVSIGGDAAGISNKNYTVTAGLQYRF" ORIGIN gcagagagat taagggtgtc taatgaagaa aagttctatt gtggcaacca ttataactat 61 tctgtccggg agtgctaatg cagcatcatc tcagttaata ccaaatatat cccctgacag 121 ctttacagtt gcagcctcca ccgggatgct gagtggaaag tctcatgaaa tgctttatga 181 cgcagaaaca ggaagaaaga tcagccagtt agactggaag atcaaaaatg tcgctatcct 241 gaaaggtgat atatcctggg atccatactc atttctgacc ctgaatgcca gggggtggac 301 gtctctggct tccgggtcag gtaatatgga tgactacgac tggatgaatg aaaatcaatc 361 tgagtggaca gatcactcat ctcatcctgc tacaaatgtt aatcatgcca atgaatatga 421 cctcaatgtg aaaggctggt tactccagga tgagaattat aaagcaggta taacagcagg 481 atatcaggaa acacgtttca gttggacagc tacaggtggt tcatatagtt ataataatgg 541 agcttatacc ggaaacttcc cgaaaggagt gcgggtaata ggttataacc agcgcttttc 601 tatgccatat attggacttg caggccagta tcgcattaat gattttgagt taaatgcatt 661 atttaaattc agcgactggg ttcgggcaca tgataatgat gagcactata tgagagatct 721 tactttccgt gagaagacat ccggctcacg ttattatggt accgtaatta acgctggata 781 ttatgtcaca cctaatgcca aagtctttgc ggaatttaca tacagtaaat atgatgaggg 841 caaaggaggt actcagacca ttgataagaa tagtggagat tctgtctcta ttggcggaga 901 tgctgccggt atttccaata aaaattatac tgtgacggcg ggtctgcaat atcgcttctg 961 aaaaatacag atcatatctc tcttttcatc ctcccctagc ggggaggatg tctgtggaa // Yersinia pestis plasmid pMT1 F1 capsule antigen (caf1) gene, complete cds GenBank: KM880026.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS KM880026 654 bp DNA linear BCT 03-FEB-2015 DEFINITION Yersinia pestis plasmid pMT1 F1 capsule antigen (caf1) gene, complete cds ACCESSION KM880026 VERSION KM880026.1 GI:751384058 KEYWORDS SOURCE Yersinia pestis ORGANISM Yersinia pestis Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia REFERENCE (bases to 654) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Sequence analysis of pla, caf1 and ypo2088 genes of Yersinia pestis isolate in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 654) AUTHORS Hang,D.T.T and Son,N.T TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-OCT-2014) Medical Microbiology, Vietnam Military Medical University, 160 Phung Hung, Ha Noi, Ha Dong 84, Viet Nam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 654 /organism="Yersinia pestis" /mol_type="genomic DNA" /plasmid="pMT1" /country="Viet Nam" gene 60 572 /gene="caf1" CDS 60 572 /gene="caf1" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="F1 capsule antigen" /protein_id="AJF83858.1" /db_xref="GI:751384059" /translation="MKKISSVIAIALFGTIATANAADLTASTTATATLVEPARITLTY KEGAPITIMDNGNIDTELLVGTLTLGGYKTGTTSTSVNFTDAAGDPMYLTFTSQDGNN HQFTTKVIGKDSRDFDISPKVNGENLVGDDVVLATGSQDFFVRSIGSKGGKLAAGKYTDAVTVTVSNQ" ORIGIN ggacacaagc cctctctacg aatttgttcg tggattggat tattcgatag aggtaatata 61 tgaaaaaaat cagttccgtt atcgccattg cattatttgg aactattgca actgctaatg 121 cggcagattt aactgcaagc accactgcaa cggcaactct tgttgaacca gcccgcatca 181 ctcttacata taaggaaggc gctccaatta caattatgga caatggaaac atcgatacag 241 aattacttgt tggtacgctt actcttggcg gctataaaac aggaaccact agcacatctg 301 ttaactttac agatgccgcg ggtgatccca tgtacttaac atttacttct caggatggaa 361 ataaccacca attcactaca aaagtgattg gcaaggattc tagagatttt gatatctctc 421 ctaaggtaaa cggtgagaac cttgtggggg atgacgtcgt cttggctacg ggcagccagg 481 atttctttgt tcgctcaatt ggttccaaag gcggtaaact tgcagcaggt aaatacactg 541 atgctgtaac cgtaaccgta tctaaccaat aatccatata gataatagat aaaggagggc 601 tattatgccc tcctttaata tttatgaatt atcctacttt gagcctaacc ctcg // Phụ lục 14 Kết kiểm định Quốc gia ... mPCR xác định nhanh đồng thời B anthracis Y pestis - Thiết kế, tối ưu mPCR xác định nhanh đồng thời B anthracis Y pestis - Đánh giá khả phát kỹ thuật mPCR chẩn đoán đồng thời B anthracis Y pestis. .. tiêu: - Phát triển kỹ thuật multiplex PCR xác định nhanh đồng thời B anthracis Y pestis - Đánh giá khả phát kỹ thuật multiplex PCR mẫu chuẩn chủng phân lập 3 Đóng góp luận án Luận án cơng trình... tác nhân B anthracis Y pestis lựa chọn khả thi Xuất phát từ vấn đề trên, luận án: ? ?Nghiên cứu phát triển kỹ thuật multiplex PCR xác định nhanh đồng thời Bacillus anthracis Yersinia pestis? ?? thực