Đánh giá tác động của ô nhiễm kim loại nặng đến cấu trúc của khu hệ vi khuẩn trong đất và sự xuất hiện của các vi khuẩn đa kháng kháng sinh ở một số địa điểm thuộc tỉnh thái nguyên việt nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO NGUYỄN TRÍ THÀNH TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI - ` LUẬN VĂN THẠC SỸ CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC “Đánh giá tác động ô nhiễm kim loại nặng đến cấu trúc khu hệ vi khuẩn đất xuất vi khuẩn đa kháng kháng sinh số địa điểm thuộc tỉnh Thái Nguyên, Việt Nam.” NGUYỄN TRÍ THÀNH 2019-2021 HÀ NỘI - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI - LUẬN VĂN THẠC SĨ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã ngành: 8420201 Đề tài: “Đánh giá tác động ô nhiễm kim loại nặng đến cấu trúc khu hệ vi khuẩn đất xuất vi khuẩn đa kháng kháng sinh số địa điểm thuộc tỉnh Thái Nguyên, Việt Nam.” HỌC VIÊN THỰC HIỆN: Nguyễn Trí Thành HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Phạm Hoàng Nam HÀ NỘI - 2021 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin trân trọng cảm ơn thầy hướng dẫn tơi TS Phạm Hồng Nam, khoa Khoa học Sự sống, trường Đại học Khoa học Cơng nghệ Hà Nội Thầy tận tình hướng dẫn tơi q trình học tập việc hoàn thành luận văn Xin chân thành cảm ơn thầy, cô thuộc khoa Công Nghệ Sinh Học trường Đại Học Mở Hà Nội tận tình giảng dạy cho thời gian học tập Xin cảm ơn thầy, cô hội đồng đọc luận văn cho nhận xét quý báu, chỉnh sửa sai sót tơi thảo luận văn Xin cảm ơn Quỹ Quốc gia Phát triển Khoa học Công nghệ (NAFOSTED) mã dự án 106.02-2019.23 tài trợ cho nghiên cứu Do giới hạn kiến thức khả lý luận thân nhiều thiếu sót hạn chế, kính mong dẫn đóng góp thầy, để luận văn tơi hồn thiện Xin chân thành cảm ơn! LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu luận văn tốt nghiệp “Đánh giá tác động ô nhiễm kim loại nặng đến cấu trúc khu hệ vi khuẩn đất xuất vi khuẩn đa kháng kháng sinh số địa điểm thuộc tỉnh Thái Nguyên, Việt Nam” trung thực chép hay sử dụng để bảo vệ học vị Tất giúp đỡ cho việc xây dựng sở lý luận cho luận trích dẫn đầy đủ ghi rõ nguồn gốc rõ ràng phép công bố Hà Nội, ngày… tháng… năm 20… Học viên thực Nguyễn Trí Thành MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU I.1 Tổng quan KLN I.1.1 Định nghĩa I.1.2 Các nguồn ô nhiễm KLN I.2 Cộng đồng vi khuẩn đất bối cảnh ô nhiễm KLN I.2.2 Tác động KLN đến cấu trúc đa dạng cộng đồng vi khuẩn I.2.3 Đất bị ô nhiễm KLN - ổ chứa tiềm ẩn vi khuẩn đa kháng thuốc I.2.4 Các phương pháp nghiên cứu tác động KLN đến cộng đồng vi khuẩn đất 12 I.2.5 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 14 I.3 Cơ chế tác dụng số nhóm kháng sinh sử dụng đề tài 16 CHƯƠNG II : ĐỐI TƯỢNG, PHẠM VI VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 II.1 Đối tượng, phạm vi nghiên cứu 19 II.2 Hóa chất & thiết bị nghiên cứu 20 II.3 Phương pháp nghiên cứu 22 II.3.1 Phương pháp đánh giá mức độ ô nhiễm kim loại đất 22 II.3.2 Phương pháp định lượng tính tốn tỉ lệ vi khuẩn đề kháng kháng sinh 23 II.3.3 Thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh 25 II.3.4 Phương pháp tách chiết DNA tổng số phân tích metagenomics 26 CHƯƠNG III: KẾT QUẢ 27 III.1 Nồng độ kim loại đất 27 III.2 Tỷ lệ vi khuẩn kháng kháng sinh đất 28 III.3 Kết đánh giá đa kháng thuốc (MDR) chủng phân lập chọn 29 III.3.1 Kết đánh giá đa kháng thuốc (MDR) chủng phân lập chọn Tân Long 33 III.3.2 Kết đánh giá đa kháng thuốc (MDR) chủng phân lập chọn Trại Cau 35 III.3.3 Kết đánh giá đa kháng thuốc (MDR) chủng phân lập chọn Hà Thượng 36 III.3.4 Kết đánh giá đa kháng thuốc (MDR) chủng phân lập chọn TP Thái Nguyên 37 III.4 Tác động ô nhiễm kim loại đến cấu trúc đa dạng cộng đồng vi khuẩn 38 III.5 Bàn luận 42 III.5.1 Nồng độ kim loại đất 42 III.5.2 Ảnh hưởng KLN đến xuất vi khuẩn kháng kháng sinh đất 43 III.5.3 Tác động ô nhiễm kim loại lên cấu trúc đa dạng cộng đồng vi khuẩn đất 46 CHƯƠNG IV: KẾT LUẬN 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC TÊN VIẾT TẮT Từ viết tắt KLN MDR ARG GEN NOR SMX TET IPM ICP-MS NGS Zn Cu Pb Nội dung Kim loại nặng Multiple drug resistance (Đa kháng thuốc) Antibiotic resistance genes (Các gen kháng thuốc) Gentamicin Norfloxacin Sulfamethoxazole Tetracycline Imipenem Inductively coupled plasma mass spectroscopy Công nghệ giải trình tự hệ Kẽm Đồng Chì DANH MỤC HÌNH HÌNH 1.1 CÁC NGUỒN Ơ NHIỄM KLN (ATHAR VÀ CS, 2018) HÌNH 1.2 VÍ DỤ VỀ CƠ CHẾ CHỌN LỌC ĐỒNG THỜI KHÁNG SINH VÀ KIM LOẠI (CRAIG BAKER-AUSTIN VÀ CỘNG SỰ 2006) HÌNH 1.3 VÍ DỤ VỀ ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CỦA HỆ THỐNG KHÁNG KHÁNG SINH VÀ KIM LOẠI CỦA VI KHUẨN (CRAIG BAKER-AUSTIN VÀ CỘNG SỰ 2006) 12 HINH 1.4.MINH HỌA ỨNG DỤNG NGS DỂ NGHIEN CỨU CỘNG DỒNG VI KHUẨN (LEE VA CS, 2021) 14 HÌNH 1.5 MỎ THIẾC HÀ THƯỢNG, ĐIỂM NĨNG Ô NHIỄM KLN Ở TỈNH THÁI NGUYÊN .15 HINH 1.6 PTERIS VITTATA TRONG DỂ CẢI TẠO DẤT Ở MỎ THIẾC HA THƯỢNG, THAI NGUYEN 16 HÌNH 2.1 BẢN ĐỒ HÀNH CHÍNH TỈNH THÁI NGUYÊN - ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 19 HÌNH 2.2.THIẾT BỊ ICP-MS(PERKIN ELMER ELAN 9000, PERKIN ELMER SCIEX PENLIVIA CANADA) 23 HÌNH 2.3 MỘT MẪU VI KHUẨN CHANG Ở NỒNG ĐỘ 10-3 SAU 48H, 28°C 25 HÌNH 3.2.KIỂM TRA TÍNH NHẠY CẢM VỚI KHÁNG SINH CỦA BA CHỦNG MDR TỪ MỎ TRẠI CAU (TC-1) VÀ TÂN LONG (TL-4 VÀ TL-7.) 32 HÌNH 3.2 SỰ PHONG PHÚ TƯƠNG ĐỐI CỦA PHYLA VI KHUẨN TỪ CÁC ĐỊA ĐIỂM Ô NHIỄM VÀ KHƠNG Ơ NHIỄM Ở TỈNH THÁI NGUN (GIẢI TRÌNH TỰ ILLUMINA): TÂN LONG (TL), HÀ THƯỢNG (HT), THÀNH PHỐ THÁI NGUYÊN (TN) VÀ TRẠI CAU (TC) 40 HÌNH 3.3 SỰ PHONG PHÚ TƯƠNG ĐỐI CỦA CÁC GIỐNG MẦM BỆNH CƠ HỘI TIỀM ẨN TỪ CÁC ĐỊA ĐIỂM Ô NHIỄM VÀ KHÔNG Ô NHIỄM Ở TỈNH THÁI NGUYÊN (GIẢI TRÌNH TỰ ILLUMINA) TÂN LONG (TL), HÀ THƯỢNG (HT), THÀNH PHỐ THÁI NGUYÊN (TN) VÀ TRẠI CAU (TC) 41 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Bảng tuần hồn ngun tố hóa học .4 Bảng 1.2 Các nguồn KLN mơi trường [24] .6 Bảng 2.1 Tóm tắt thơng tin tính chất lý hóa mẫu đất thu thập 20 Bảng 3.1.Hàm lượng kim loại nặng (ppm) mẫu đất lấy điểm khác tỉnh Thái Nguyên, Việt Nam: Tân Long (TL), Hà Thượng (HT), thành phố Thái Nguyên (TN) Trại Cau (TC) 27 Bảng 3.2.Kết thử nghiệm khuếch tán đĩa kháng sinh chủng kháng chọn lọc từ Tân Long 34 Bảng 3.3.Kết thử nghiệm khuếch tán đĩa kháng sinh chủng kháng chọn lọc từ Trại Cau 35 Bảng 3.4.Kết thử nghiệm khuếch tán đĩa kháng sinh chủng kháng chọn lọc từ Hà Thương 36 Bảng 3.5 Kết thử nghiệm khuếch tán đĩa kháng sinh chủng kháng chọn lọc từ TP Thái Nguyên 37 Bảng 3.6 Tóm tắt thơng số đa dạng phong phú cộng đồng vi khuẩn Tất giá trị thu ngưỡng nhận dạng 97% (TL Tân Long (TL),Hà Thượng(HT), thành phố Thái Nguyên (TN) Trại Cau (TC).Error! not defined Bookmark MỞ ĐẦU Từ kỉ trước, ô nhiễm kim loại nặng (KLN) môi trường mối quan ngại hàng đầu nhân loại, đặc biệt nước phát triển Việt Nam Kẽm (Zn), đồng (Cu) hay chì (Pb) tồn tự nhiên với vai trò thành phần vỏ trái đất, nhiên nhiều hệ sinh thái, nồng độ nguyên tố vượt cao mức cho phép, tới mức độc hại với quần thể vi sinh vật [2,5,6] Nguyên nhân dẫn tới nồng độ cao kim loại nặng tác động người khai thác mỏ kim loại, chất thải cơng nghiệp nặng hay việc sử dụng hóa chất nông nghiệp Nhiều nghiên cứu tỉ lệ vi sinh vật kháng kim loại đất ngày gia tăng để thích nghi với ô nhiễm KLN [7,12,14] Đa kháng thuốc kháng sinh [tức "Đa kháng thuốc" (MDR)] vấn đề ngày đáng lo ngại bệnh viện, đơn vị điều trị Bên ngồi mơi trường y tế, vi khuẩn có kiểu hình MDR ngày phổ biến môi trường ô nhiễm tác động người, có nhiễm KLN [12] Cũng đây, nhiều báo cáo ghi nhận xảy chế đề kháng kháng sinh thông qua chọn lọc kim loại kháng sinh Theo nghiên cứu WHO, Việt Nam nằm số nước có mức độ kháng kháng sinh cao với tỉ lệ đáng báo động vi khuẩn kháng kháng sinh mạnh Carbapenem loại kháng sinh mạnh nhất, nhiên Việt Nam có tỉ lệ đề kháng cao lên tới 50% trường hợp kháng thuốc xuất chủ yếu vi khuẩn Gram âm Một số nguyên nhân quan tâm nghiên cứu gia tăng đa kháng thuốc việc lạm dụng kháng sinh bừa bãi y tế chăn ni, thủy sản Bên cạnh đó, ngày có nhiều chứng cho thấy có mặt tác nhân hóa học mơi trường (KLN, chất diệt khuẩn) đóng vai trị to lớn việc chọn lọc trì mức độ cao gen đề kháng, thông qua số chế đặc thù, đáng ý hệ thống bơm ngược dòng (efflux pump) [28,29,30] [32] [14] C Seiler, TU Berendonk 2012 “Heavy metal driven co-selection of antibiotic resistance in soil and water bodies impacted by agriculture and aquaculture.” Frontiers in microbiology [15] C Voica, MH Kovacs, A Dehelean, D Ristoiu 2012 “ICP-MS determinations of heavy metals in surface waters from Transylvania.” Romanian Journal [16] Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, et al 2010 “QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.” Nat Methods 7: 335–336 [17] Carolina Alvarez-Ortega, Jorge Olivares and José L Martínez 2013 “RND multidrug efflux pumps: what are they good for?” Front Microbiol [18] Chantziaras, I 2017 “Epidemiology of antimicrobial resistance in commensal E coli: focus on selection and spread of fluoroquinolone resistance in broilers.” [19] CraigBaker-Austina, Meredith S.Wrightab, Ramunas Stepanauskasc, J.V.McArthura 2006 “Co-selection of antibiotic and metal resistance.” Trends in Microbiology 14 (4): 176-182 [20] Dang, D.K 2010 “Study on phytoremediation of heavy metal - contaminated soils in mining areas.” National project [21] Handelsman, Jo 2004 "Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms." Microbiology and Molecular Biology Reviews 68(4): 669685 [22] David P H Lejon, Jean M F Martins, Jean Lévêque, Lorenzo Spadini, Noémie Pascault, David Landry, Marie-Jeanne Milloux, Virginie Nowak, Rémi Chaussod, and Lionel Ranjard 2008 “Copper Dynamics and Impact on Microbial Communities in Soils of Variable Organic Status.” Environ Sci Technol 42 (8): 2819-2825 [23] E.Linkins, Robert L.SinsabaughRobert K.AntibusArthur 1991 “An enzymic approach to the analysis of microbial activity during plant litter decomposition.” Agriculture, Ecosystems & Environment 34 (1-4): 43-54 [24] Emily B Graham, Joseph E Knelman, Andreas Schindlbacher, Steven Siciliano, Marc Breulmann, Anthony Yannarell, JM Beman, Guy Abell, Laurent Philippot, James Prosser, Arnaud Foulquier, Jorge C Yuste, Helen C 2016 “Microbes as Engines of Ecosystem Function: When Does Community Structure Enhance Predictions of Ecosystem Processes?” Front Microbiol [25] F Kandeler, C Kampichler & O Horak 1996 “Influence of heavy metals on the functional diversity of soil microbial communities.” Biology and Fertility of Soils 299–306 [26] Fabienne Gremion, Antonis Chatzinotas, Karin Kaufmann, William von Sigler, Hauke Harms 2004 “Impacts of heavy metal contamination and phytoremediation on a microbial community during a twelve-month microcosm experiment.” FEMS Microbiology Ecology 48 (2): 273-283 [27] G E Morfill, H M Thomas, U Konopka, H Rothermel, M Zuzic, A Ivlev, and J Goree 1999 “Condensed Plasmas under Microgravity.” Phys Rev Lett [28] Hamed Azarbad, Maria Niklińska,Cornelis A.M van Gestel,Nico M van Straalen,Wilfred F.M Röling,Ryszard Laskowski 2013 “Microbial community structure and functioning along metal pollution gradients.” Environmental Toxicology and Chemistry 32 (9): 1992-2002 [29] Huilin Huang, Hengyou Weng, Jianjun Chen 2018 “Recognition of RNA N6methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation.” Nature Cell Biology 285–295 [30] J Gregory Caporaso, Christian L Lauber, William A Walters, Donna BergLyons, James Huntley, Noah Fierer, Sarah M Owens, Jason Betley, Louise Fraser, Markus Bauer, Niall Gormley, Jack A Gilbert, Geoff Smith & Rob Knight 2012 “Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms.” The ISME Journal 1621-1624 [31] J.J.Kelly, M.Häggblom, R.L.TateIIIa 1999 “Changes in soil microbial communities over time resulting from one time application of zinc: a laboratory microcosm study.” Soil Biology and Biochemistry 31 (10): 14551465 [32] J.Parradoc, M.Tejadaa J.L.Gonzalezb A.M.García-Martínezc 2008 “Effects of different green manures on soil biological properties and maize yield.” Bioresource Technology 99 (6): 1758-1767 [33] Järup, Lars 2003 “Hazards of heavy metal contamination ” British Medical Bulletin 68 (1): 167–182 [34] Jeanette Berg, Maja K Thorsen, Peter E Holm, John Jensen, Ole Nybroe, and Kristian K Brand 2010 “Cu Exposure under Field Conditions Coselects for Antibiotic Resistance as Determined by a Novel Cultivation-Independent Bacterial Community Tolerance Assay.” Environ Sci Technol 44 (22): 8724–8728 [35] Jennifer LKirk, Lee A Beaudette, Miranda Hart, Peter Moutoglis, John N Klironomos, Hung Lee ,Jack T Trevors 2004 “Methods of studying soil microbial diversity.” Journal of Microbiological Methods 58 (2): 169-188 [36] Jianwen Chen, Junjian Li, Hong Zhang, Wei Shi and Yong Liu 2019 “Bacterial Heavy-Metal and Antibiotic Resistance Genes in a Copper Tailing Dam Area in Northern China.” Front Microbiol [37] JoakimLarsson, JohanBengtsson-PalmeD.G 2016 “Concentrations of antibiotics predicted to select for resistant bacteria: Proposed limits for environmental regulation.” Environment International 86: 140-149 [38] Jun Li, GanZhang, ShihuanQi, Xiangdong Li, Xiangzhi Peng 2006 “Concentrations, enantiomeric compositions, and sources of HCH, DDT and chlordane in soils from the Pearl River Delta, South China.” Science of The Total Environment 372 (1): 215-224 [39] K Perron, O Caille, C Rossier, C Van Delden 2004 “CzcR-CzcS, a Twocomponent System Involved in Heavy Metal and Carbapenem Resistance in Pseudomonas aeruginosa.” Journal of Biological [40] Kelly, James M 1999 “The role of damping in seismic isolation.” Earthquake Engineering & Structural Dynamics 28 (1): 3-20 [41] Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, et al 2013 “Development of a Dual-Index Sequencing Strategy and Curation Pipeline for Analyzing Amplicon Sequence Data on the MiSeq Illumina Sequencing Platform.” Appl Environ Microbiol 79: 5112–5120 [42] L Leita, M De Nobili, G Muhlbachova, C Mondini, L Marchiol & G Zerbi 1995 “Bioavailability and effects of heavy metals on soil microbial biomass survival during laboratory incubation.” Biology and Fertility of Soils 103–108 [43] Li-Guan Li, Yu Xia & Tong Zhang 2017 “Co-occurrence of antibiotic and metal resistance genes revealed in complete genome collection.” The ISME Journal 651–662 [44] Lionel Ranjard, Franck Poly, Sylvie Nazaret 2000 “Monitoring complex bacterial communities using culture-independent molecular techniques: application to soil environment.” Research in Microbiology 151 (3): 167-177 [45] Lyngine H.Calizo, Adaure Akanwa, Xiaohang Ma, Yu-zhen Pan, Julia C.Lemos, Caryne Craige, Lydia A.Heemstra, Sheryl G.Beck 2011 “Raphe serotonin neurons are not homogenous: Electrophysiological, morphological and neurochemical evidence.” Neuropharmacology 61 (3): 524-543 [46] M Chodak, M Gołębiewski, J Morawska-Płoskonka 2013 “Diversity of microorganisms from forest soils differently polluted with heavy metals.” Applied Soil Ecology 64: 7-14 [47] M Fakruddin, K Mannan 2013 “Methods for Analyzing Diversity of Microbial Communities.” Ceylon Journal of Science 42 (1): 19-33 [48] Marcin Gołębiewski, Edyta Deja-Sikora, Marcin Cichosz, Andrzej Tretyn & Borys Wróbel 2014 “16S rDNA Pyrosequencing Analysis of Bacterial Community in Heavy Metals Polluted Soils.” Microbial Ecology 635–647 [49] Masayuki Kuraoka, Aaron G.Schmidt, Takuya Nojima, FengFeng, Akiko Watanabe, Daisuke Kitamura, Stephen C.Harrison, Thomas B.Kepler, Garnett Kelsoe 2016 “Complex Antigens Drive Permissive Clonal Selection in Germinal Centers.” Immunity 44 (3): 542-552 [50] Meredith S Wright, Craig Baker-Austin, Angela H Lindell, Ramunas Stepanauskas, Hatch W Stokes & J Vaun McArthur 2008 “Influence of industrial contamination on mobile genetic elements: class integron abundance and gene cassette structure in aquatic bacterial communities.” The ISME Journal 417-428 [51] Mi-Soon Han, Hyunsoo Kim, Yangsoon Lee, Myungsook Kim, Nam Su Ku, Jun Yong Choi, Dongeun Yong, Seok Hoon Jeong, Kyungwon Lee, and Yunsop Chong 2016 “Relative Prevalence and Antimicrobial Susceptibility of Clinical Isolates of Elizabethkingia Species Based on 16S rRNA Gene Sequencing.” Clinical Microbiology [52] Nunes I, Jacquiod S, Brejnrod A, et al 2016 “Coping with copper: legacy effect of copper on potential activity of soil bacteria following a century of exposure FEMS Microbiol Ecol.” [53] P C Nagajyoti, K D Lee & T V M Sreekanth 2010 “Heavy metals, occurrence and toxicity for plants: a review.” Environmental Chemistry Letters 199–216 [54] Pham et al 2020 “Impact of metal contamination to the emergence of (multi) antibiotic resistant bacteria in Thai Nguyen, Viet Nam.” Journal of Biotechnology [55] Pham, H.N., Michalet, S., Bodillis, J., Nguyen, T.D., Nguyen, T.K.O., Le, T.P.Q., Haddad, M., Nazaret, S., Dijoux-Franca, M.-G 2017 “Impact of metal stress on the production of secondary metabolites in Pteris vittata L and associated rhizosphere bacterial communities.” Environ Sci Pollut Res Int 16735–16750 [56] 1997 “Purification of primitive human hematopoietic cells capable of repopulating immune-deficient mice.” Mickie Bhatia, Jean C Y Wang, Ursula Kapp, Dominique Bonnet, and John E Dick 5320-5325 [57] R Tambat, M Jangra, N Mahey, N Chandal 2019 “Microbe-Derived Indole Metabolite Demonstrates Potent Multidrug Efflux Pump Inhibition in Staphylococcus aureus.” Front Microbiol [58] Ramon Rosselló-Mora, Rudolf Amann 2001 “The species concept for prokaryotes ” FEMS Microbiology Reviews 25 (1): 39–67 [59] Reichman, S M 2002 The Responses of Plants to Metal Toxicity Australian minerals & energy environment foundation [60] Riina Turpeinen, Timo Kairesalo, Max M Häggblom 2004 “Microbial community structure and activity in arsenic-, chromium- and coppercontaminated soils ” FEMS Microbiology Ecology 47 (1): 39-50 [61] S Tipayno, CG Kim, T Sa 2012 “T-RFLP analysis of structural changes in soil bacterial communities in response to metal and metalloid contamination and initial phytoremediation.” Applied Soil Ecology 61: 137-146 [62] Schloss PD, Westcott SL, Ryabin T, et al 2009 “Introducing mothur: opensource, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.” Appl Environ Microbiol 75: 7537– 7541 [63] T Bera, D Bhaduri, B Sarkar, S Mandal 2019 “A review on biochar modulated soil condition improvements and nutrient dynamics concerning crop yields: Pathways to climate change mitigation and global food security.” Chemosphere 227: 345-365 [64] UrsulaTheuretzbacher 2012 “Accelerating resistance, inadequate antibacterial drug pipelines and international responses.” International Journal of Antimicrobial Agents 39 (4): 295-299 [65] Wang H, Guo C, Yang C, et al 2016 “Distribution and diversity of bacterial communities and sulfate-reducing bacteria in a paddy soil irrigated with acid mine drainage.” J Appl Microbiol [66] Sevgi, E , Coral, G , Gizir, A , Sangün, M (2010) Investigation of heavy metal resistance in some bacterial strains isolated from industrial soils Turkish Journal of Biology, 34 (4): 423-431 [67] Aka R.J.N, Babalola O.B (2017) Identification and characterization of Cr-, Cd-, and Ni-tolerant bacteria isolated from mine tailings, Bioremediation Journal, 21(1): 1-19 [68] Younessi N., Sinegani A A S & Khodakaramian G (2020) Comparison of antibiotic resistance of coliforms and Escherichia coli strains in industrial and antimicrobial-free poultry manure, Archives of Agronomy and Soil Science, DOI: 10.1080/03650340.2020.1831692 [69] Mandal S M., Paul D (2019) Bacterial adaptation to co-resistance Springer Singapore DOI: https://doi.org/10.1007/978-981-13-8503-2 [70] Youenou B, Favre-Bonté S, Bodilis J, et al (2015) Comparative Genomics of Environmental and Clinical Stenotrophomonas maltophilia Strains with Different Antibiotic Resistance Profiles Genome Biol Evol 7:2484–2505 doi: 10.1093/gbe/evv161 [71] Tran T.P (2010) Đánh giá ô nhiễm kim loại nặng môi trƣờng đất sau khai thác khoáng sản khu vực mỏ sắt Trại Cau - huyện Đồng Hỷ - tỉnh Thái Ngun Tạp chí Khoa học Cơng nghệ, 78(02): 93-96 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI Độc lập – Tự – Hạnh phúc Hà Nội, ngày tháng năm 2022 BẢN GIẢI TRÌNH (Về nội dung bổ sung, sửa chữa luận văn theo góp ý Hội đồng) Kính gửi: Trường Đại học Mở Hà Nội Tên tơi là: Nguyễn Trí Thành Sinh ngày: 02/07/1996 Khóa học: 2019 -2021 Hình thức đào tạo: Chính quy Sau thực bổ sung, sửa chữa luận văn theo góp ý Hội đồng, đến tơi chỉnh sửa hoàn thiện luận văn thạc sĩ với đề tài: “Đánh giá tác động ô nhiễm kim loại nặng đến cấu trúc khu hệ vi khuẩn đất xuất vi khuẩn đa kháng kháng sinh số địa điểm thuộc tỉnh Thái Nguyên, Việt Nam.” Ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 42 02 01 Sau nội dung bổ sung, sửa chữa luận văn: Stt Những thiếu sót, vấn đề cần Nội dung sửa chữa, bổ sung học viên (nội dung bổ sung, sửa chữa theo nhận xét phản khơng tiếp thu biện góp ý Hội đồng nêu rõ lý do) Mục Gộp chương chương thành chương để Đã sử theo yêu cầu Thêm CHƯƠNG KẾT LUẬN Chương 3- gắn kết chặt chẽ kết thảo luận Chương Danh mục chưa phân tách tài liệu tiếng Việt Đã sửa theo yêu cầu TLTK Trang 33-52 63 tiếng Anh Tên latin số thực vật vi sinh chưa viết Đã sửa theo yêu cầu 13,16,23 nghiêng Tiêu đề số hình chưa Việt hóa (Hình 1.1, Khơng tiến hành Việt hóa để đảm báo tính khách quan 1.2, 1.3, 1.4) Chú ý quyền 11,12,16,21 độ tin cậy mặt ý nghĩa bảng mang lại Chủ yếu bảng lấy từ nguồn cho phép sử dụng liệu Thêm phần Tổng quan kháng sinh Bổ sung thêm tác dụng họ kháng sinh sử dụng I.3 24,25,26 đề tài Sửa lỗi tả, lỗi đánh máy, lỗi cơng thức, lỗi Đã sửa theo yêu cầu 7-50 đơn vị thống cách ghi đơn vị chữ số thập phân Xem xét lại thuật ngữ: “Chất chuẩn hiệu chuẩn đa Đổi thành “Chất hiệu chuẩn đa gia tốc ICP” 28 gia tốc ICP” Giải thích rõ hàm lượng KLN gồm 20 chất Theo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia giới hạn KLN III.1 đất nơng nghiệp (QCVN 03: 2015/BTNMT) có 20 35,57 Stt Những thiếu sót, vấn đề cần Nội dung sửa chữa, bổ sung học viên (nội dung bổ sung, sửa chữa theo nhận xét phản khơng tiếp thu biện góp ý Hội đồng nêu rõ lý do) Mục mà đánh giá chất? 10 chất xác định giới hạn cho từ đánh giá mức độ Chương IV: nhiễm KLN KẾT LUẬN Bổ sung giải thích vào luận văn Đánh giá loại kháng sinh mà kết đề cập Do đa phần VSV nghiên cứu nhạy cảm với loại III.2 kháng sinh TET, IPM nên số liệu thu thập VSV kháng tới nhóm loại kháng sinh khơng có ý nghĩa thống kê Trang Bổ sung giải thích vào luận văn Tác giả cần đề cập 26 chủng phân lập Luận văn chưa sâu vào định danh VSV nên đặt tên III.3 chủng mã hóa theo vùng phân lập VD: TL1, TL2 đối chủng nào, đâu với chủng phân lập Tân Long, kèm theo kết khả kháng thể rõ cho chủng, loại kháng sinh cho địa điểm bảng 3.2, 3.3, 3.4, 3.5, 11 Cần bổ sung giá trị độ lệch chuẩn kết Không bổ sung Do đề tài tác giả nằm đề tài lớn Hình 3.1 nhóm nghiên cứu Nên số liệu mà tác giả sử dụng phân tích? nhóm nghiên cứu cung cấp cho phép sử dụng phạm vi định 13 Cần đánh giá hàm lượng tồn dư kháng sinh Tác giả ghi nhận mặt hạn chế đề tài tiếp thu để đất gây hoạt động khác với khai tiếp túc phát triển cho đề tài sau thác mỏ 29 30-38 Stt 14 Những thiếu sót, vấn đề cần Nội dung sửa chữa, bổ sung học viên (nội dung bổ sung, sửa chữa theo nhận xét phản không tiếp thu biện góp ý Hội đồng nêu rõ lý do) Bổ sung phần kết luận theo mục tiêu nghiên cứu Trang Bổ sung theo yêu cầu Ý KIẾN CỦA PHẢN BIỆN (Xác nhận, ký, ghi rõ họ tên) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG (Ký, ghi rõ họ tên) Mục Ý KIẾN CỦA PHẢN BIỆN (Xác nhận, ký, ghi rõ họ tên) NGƯỜI HƯỚNG DẪN (Ký, ghi rõ họ tên) HỌC VIÊN (Ký, ghi rõ họ tên)