Nghiên cứu tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy và gene kháng thuốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử

BỘGIÁO DỤCVÀĐÀOTẠO BỘYTẾ ĐẠIHỌCYDƯỢCTHÀNHPHỐHỒCHÍMINH TRẦNMINHGIANG NGHIÊNCỨUTÁCNHÂN VI KHUẨN GÂY VIÊM PHỔI THỞ MÁYVÀGENEKHÁNGTHUỐC BẰNGKỸTHUẬTSINHHỌCPHÂNTỬ NGÀNH: HỒI SỨC CẤP CỨU VÀ CHỐNG ĐỘCMÃSỐ:62720122 LUẬNÁNTIẾNSĨYHỌC NGƯỜIHƯỚNGDẪNKHOAHỌC: PGS.TS.TRẦNVĂNNGỌC THÀNHPHỐHỒCHÍMINH-NĂM2019 LỜI CAMĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết quảnghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa từngđượccôngbốởbấtkỳ nơinào Tácgiảluận án TrầnMinhGiang MỤCLỤC Trang TrangphụbìaL ờicamđoan Bảng từ viết tắt đối chiếu thuật ngữ Anh – ViệtDanhmụccácbảng Danh mụccácbiểu đồ, sơđồ Chương1:TỔNGQUANTÀILIỆU .3 1.1 Định nghĩa… 1.2 Tỉlệmớimắccủaviêmphổi thởmáy .5 1.3 Tỉlệtử vong .6 1.4 Bệnh nguyên .8 1.5 Cácyếutốnguycơ .25 1.6 Chẩn đoán 28 1.7 Thựchiệnkhángsinhđồtrênvikhuẩnphânlậpđượctừ VPTM 29 1.8 Ứngdụngsinh họcphântử trongpháthiệngenekhángthuốc 30 Chương2 ĐỐITƯỢNGVÀPHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU .32 2.1 Thiếtkếnghiêncứu 32 2.2 Địađiểmnghiêncứu 32 2.3 Thời giannghiêncứu 32 2.4 Đốitượngnghiêncứu 32 2.5 Cỡ mẫuvàcơngthứctínhcỡmẫu 32 2.6 Tiêuchuẩnchọnmẫu 33 2.7 Phương pháptiếnhành .34 2.8 Phương pháppháthiệngenekhángthuốc 45 2.9 Thuthậpsốliệuvàphântíchdữ liệu .45 2.10 Đạođứctrongnghiêncứu… 46 2.11 Liệtkêvàđịnhnghĩacácbiếnsố(phụlục11) .46 2.12 Sơ đồnghiêncứu 47 Chương3:KẾTQUẢ NGHIÊNCỨU 48 3.1 Đặcđiểmchung 48 3.2 Định danhvikhuẩndựatrênvisinhkinhđiển .50 3.3 Định danhvikhuẩndựatrêngiảitrìnhtựgene16S-rRNA .51 3.4 Tổng sốlồi vikhuẩnpháthiệnđượctrêntừng mẫudịchrửaphếquản phếnang 55 3.5 Sosánhgiữagiảitrìnhtựgene16S-rRNA vàvisinh kinhđiểntrongđịnh danhvikhuẩn 56 3.6 TínhđộnhạyvàđộđặchiệucủaPGM 58 3.7 Thời giannằmICUvàtácnhânvikhuẩngâyviêmphổithởmáy 59 3.8 Kếtquảkhángsinhđồ 60 3.9 KếtquảkhángsinhđồMIC dựatrênE-test 66 3.10 KếtquảPCRtìmgenekhángthuốc 73 3.11 Kếtquảđiềutrị 75 Chương4:BÀNLUẬN 76 4.1 Định danhvikhuẩn 77 4.2 Kếtquảkhángsinhđồ 91 4.3 Xácđịnhgenekhángthuốcvàmốiliênquanvớiđề khángkhángsinh 98 KẾTLUẬN 105 KIẾNNGHỊ 108 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨUTÀILIỆUTHAMKHẢO PHỤLỤC BẢNGVIẾTTẮTVÀĐỐICHIẾUTHUẬTNGỮANH -VIỆT Từviếttắt APACHE ARDS ATS BA BAL BN Bp BVCR BVNDGĐ CAHI CDC CFU CMV COPD CPIS ThuậtngữtiếngAnh AcutePhysiologyand Chronic ThuậtngữtiếngViệt Thangđiểmlượnggiábệnh HealthEvaluation AcuteRespiratoryDistress Syndrome AmericanThoracicSociety Bloodagar Bronchial-alveolarlavage lýcấptính mạntính Hộichứngnguyngậphơhấp cấp HộiLồngNgựcHoa Kỳ Đĩathạchmáu Rửaphếquảnphếnang Bệnhnhân Cặpbase BệnhviệnChợRẫy BệnhviệnNhânDânGia Định Thạchchocolatecho Haemophilusinfluenzae Trungtâmkiểmsoátbệnh tậtHoaKỳ Đơnvịtạokhuẩn lạc Viruscytomegalovirus Bệnhphổitắcnghẽn mạn tính Thangđiểmviêmphổilâm sàng ProteinCphảnứng Dịchrửaphếquảnphếnang Thạcheosinmethyleneblue Tỉlệhiện mắccủanhiễm khuẩnICUtrênbệnhnhânCh âuÂu Menβ-lactamasephổrộng Basepair ChocolateagarHaemophilus influenzae CentersforDiseaseControland Prevention Colony-FormingUnit Cytomegalovirus ChronicObstructivePulmonary Disease Clinicalpulmonoryinfectionscore CRP DRPQPN EBM EPIC C-reactive protein ESBL Extended-SpectrumBetaLactamase Eosinmethyleneblueagar TheEuropeanPrevalenceofInfe ctioninIntensiveCare Từviếttắt FiO2 HIV ThuậtngữtiếngAnh Fractionofinspiredoxygene Humanimmunodeficiencyvirus ICU IDSA Intensivecareunit InfectiousDiseasesSocietyof America Interquartilerange Infection-related ventilator associatedcomplication IQR IVAC KIA KSĐ KTC MA MH MIC MICU MRSA MSSA NC NCBI NGS NKQ NNIS NSPQ NTNT Kligleriron agar Confidenceinterval MacKonkeyagar MuellerHintonagar Minimalinhibitoryconcentration Medicalintensivecareunit Methycillin-Resistant Staphylococcusaureus Methycillin-Sensitive Staphylococcusaureus National center for biotechnologyinformation Nextgenerationsequencing NationalNosocomialInfectionsSur veillanceSystem ThuậtngữtiếngViệt Phânsuất oxykhíthởvào Virusgâysuygiảmmiễn dịchởngười Khoasănsócđặcbiệt Hộibệnhlýtruyền nhiễm HoaKỳ Khoảngtứphânvị Biếnchứngliênquannhiễm khuẩn bệnh nhân thởmáy Thạchkligleriron Khángsinhđồ Khoảngtincậy ThạchMacKonkey ThạchMuellerHinton Nồngđộứcchếtối thiểu KhoaICUnội Tụcầuvàngkháng methycillin Tụcầuvàngnhạy methycillin Nghiêncứu Trung tâm quốc gia thơngtincơngnghệsinh học Hoa Kỳ Giảitrìnhtựthếhệ Nộikhíquản Hệ thống khảo sát nhiễmkhuẩnbệnhviệnquố cgia HoaKỳ Nộisoiphếquản Ngưngtimngưngthở Từviếttắt OR PCT PEEP PGM PK/PD Possible VAP PPI Probable VAP PSB ThuậtngữtiếngAnh Oddsratio Procalcitonin Positiveend-expiratorypressure Personalgenome machine pharmacokinetic/pharmacodynamic possibleventilator-associated pneumonia Protonpumpinhibitors Probableventilator -associated pneumonia ProtectedSpecimen Brush RR SaO2 SICU SpO2 Riskratio ArterialoxygeneSaturation Surgicalintensivecareunit Pulseoximetricsaturation SSĐB TBMMN THA T0 VAC VAE VK VP VPTM Ventilator- associatedcondition Ventilator-associatedevent ThuậtngữtiếngViệt Tỷsốsốchênh Procalcitonin Áplựcdươngcuốithìthởra Máybộgenecáthể Dượcđộng/dượclực Cóthểviêmphổi thởmáy Ứcchếbơmproton Cóthểcókhảnăngviêm phổithởmáy Chảiphếquảncónịngbảo vệ Tỷsốnguycơ Độbảohịaoxyđộng mạch Khoahồisứcngoại Độbãohịa oxytheo mạch đập Sănsócđặc biệt Taibiếnmạchmáu não Tănghuyếtáp Nhiệtđộ Biếnchứngliênquanthở máy Biếncốliênquanthởmáy Vikhuẩn Viêmphổi Viêmphổi thở máy DANHMỤCCÁCBẢNG Bảng1.1.Tửsuấtthôtheođiềutrịkháng sinh banđầu: Bảng1.2 Bệnhnguyêncủaviêmphổithởmáy .8 Bảng1.3.TầnsuấtvikhuẩnphânlậpđượctừICUbệnh việnFatmawati: 11 Bảng1.4.TầnsuấtvikhuẩnphânlậpđượctừcácbệnhnhânviêmphổitạicáckhoaICUởViệt Nam 12 Bảng1 T c n h â n v i k huẩ n p h â n l ậ p đ ượ c t c c bệ n h n h â n th m y tạ iI C U bệnhviện BệnhNhiệtĐớithành phốHồChí Minh: 13 Bảng1 T c n h â n v i k huẩ n p h â n l ậ p đ ượ c t c c bệ n h n h â n th m y tạ iI C U bệnhviện BệnhNhiệt Đớithành phốHồChíMinh(tiếptheo): 14 Bảng1.6.Tínhđa dạngcủavikhuẩnphát đượcbằnggiảitrìnhtựgene: 25 Bảng1.7 Cácyếu tốnguycơcủa VPTM: 26 Bảng 2.1 Thành phầnphản ứng tạo amplicon- p h ả n ứ n g t o “ b ả n s a o ” c c vùngV3, V6,V7vàV9tronggen16S-rRNA: .38 Bảng 2.2 Thành phần hóa chất thêm vào dung dịch rửa việc tinh phảnứngPCRkhuếchđạicácvùngV3,V6,V7vàV9tronggene16S-rRNA:3 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng tạo amplicon hoàn chỉnh - tạo “đầu bằng” cho cácbảnsaocủavùngV3, V6,V7vàV9tronggene16S-rRNA: .40 Bảng2.4.Thànhphầnphảnứngtạo“thưviện”-phảnứnggắnAdaptervàtrP1vào2 đầu bảnsao“đầubằng”củavùngV3,V6,V7vàV9tronggene16S-rRNA: 40 Bảng2.5.Thànhphầnphảnứngtạo“bảnsao”củacácthưviện 41 Bảng2.6.Thànhphầndungdịch sửdụngcho việcgắn“thư viện”genevàohạtISP: …………………………………………………………………………………… 42 Bảng2.7.Thànhphầnphảnứngchuẩnbịgắn “thưviện”genevàohạtISP: 43 Bảng 2.8 Thành phần phản ứng tách mạch “thư viện” gene khỏi gắn trênhạtSP: .43 Bảng3.1.Đặcđiểmlâmsàngcủabệnhnhân nghiêncứu: 49 Bảng3.2.Phânbố vikhuẩnphânlậpđượcbằngđịnhdanhtruyềnthống: 51 Bảng3.3.So sánhhaip hư n g phápđịnhdanhvikhuẩndựa onicấy vàgiải trìnhtựtrênhệ thống PGM: .57 Bảng3.4 ĐộnhạyvàđộđặchiệucủaPGM: 58 Bảng3.5 Kếtquả khángsinhđồkhuếchtánchung: .60 Bảng3.6 KhángsinhđồkhuếchtánđốivớiAcinetobacterspp: 61 Bảng3.7.KhángsinhđồkhuếchtánđốivớiKlebsiellaspp: 62 Bảng3.8 KhángsinhđồkhuếchtánđốivớiPseudomonasspp: 63 Bảng3.9 Kếtquả khángsinhđồ MICđốivớiAcinetobacterbaumannii .66 Bảng3.10.Kếtquả khángsinhđồ MICđốivớiK.Pneumoniae 67 Bảng3.11 KếtquảkhángsinhđồMICđốivớiPseudomonasaeruginosa .68 Bảng3.12.Kếtquả khángsinhđồ MICđốivớiEscherichiacoli 69 Bảng3.13.Kếtquả khángsinhđồ MICđốivớiBurkholderiacepacia 70 Bảng3.14.Phânbốgenekhángthuốcpháthiệnđược: 73 Bảng3.15 Mốiliênquangiữagenekhángthuốcvàđềkhángkhángsinh: .74 Bảng3.16 Kếtquảngườibệnhrakhỏikhoachung: .75 Bảng3.17 Kếtquảđiềutrị: .75 DANHMỤC CÁCBIỂUĐỒ,SƠĐỒ Sơđồ2.1.Sơđồtạothư việnchokỹthuậtNGS: 38 Sơđồ2.2.Sơđồnghiêncứu: .47 Biểuđồ3.1.Phântíchcụmtrên99lồivikhuẩnđịnhdanhbằnggiảitrìnhtự16S-rRNA: 53 Biểuđồ3.2.Sốloàivi khuẩnphát hiệnđượctrêntừngmẫuDRPQPN: 55 Biểuđồ3.3.MốiliênquangiữavikhuẩnphânlậpđượcvàsốngàynằmICU .59 Biểuđồ3.4.MạnglướicủađakhángkhángsinhđốivớiA.baumannii,K.pneumoniaevàP aeruginosa 65 Biểuđồ3.5.Tỉlệ sốkhángsinhbị đềkháng: 72