Phạm thanh thuỷ phát hiện các gen mã hoá yếu tố độc lực của vi khuẩn escherichia coli trong các mẫu thịt lợn, thịt gà và thịt bò thu mua ở một số chợ, siêu thị tại hà nội luận văn thạc sĩ dược học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC DƯỢC HÀ NỘI PHẠM THANH THUỶ PHÁT HIỆN CÁC GEN MÃ HOÁ YẾU TỐ ĐỘC LỰC CỦA VI KHUẨN Escherichia coli TRONG CÁC MẪU THỊT LỢN, THỊT GÀ VÀ THỊT BÒ THU MUA Ở MỘT SỐ CHỢ, SIÊU THỊ TẠI HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC HÀ NỘI – 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC DƯỢC HÀ NỘI PHẠM THANH THUỶ PHÁT HIỆN CÁC GEN MÃ HOÁ YẾU TỐ ĐỘC LỰC CỦA VI KHUẨN Escherichia coli TRONG CÁC MẪU THỊT LỢN, THỊT GÀ VÀ THỊT BÒ THU MUA Ở MỘT SỐ CHỢ, SIÊU THỊ TẠI HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC CHUYÊN NGÀNH HOÁ SINH DƯỢC MÃ SỐ: 8720208 Người hướng dẫn khoa học: TS Dương Tuấn Linh PGS TS Phùng Thanh Hương HÀ NỘI – 2023 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc trân trọng cảm ơn hai người thầy: TS Dương Tuấn Linh – Viện Dinh dưỡng PGS TS Phùng Thanh Hương – Trường Đại học Dược Hà Nội, tạo điều kiện thuận lợi, trực tiếp dẫn dắt, động viên, giúp đỡ nhiều phương diện ủng hộ suốt trình thực đề tài viện Tơi xin gửi lời chân thành cảm ơn tới ThS Nguyễn Ánh Ngọc DS Đỗ Hải An, anh chị Khoa Vi sinh & Sinh học Phân tử Khoa Dinh dưỡng & Bệnh không lây nhiễm – Viện Dinh dưỡng dành tâm huyết thời gian để dẫn dắt tơi đến ngày hồn thành luận văn Đồng thời chân thành cảm ơn thầy giáo mơn Hóa sinh ln nhiệt tình giúp đỡ, động viên cho tơi ý kiến đóng góp q báu q trình thực luận văn Ngồi ra, tơi xin cảm ơn Ban lãnh đạo Trường Đại học Dược Hà Nội, phòng ban trường tạo điều kiện, sở vật chất để tơi có hội mơi trường học tập rèn luyện Cuối cùng, muốn dành lời cảm ơn tới gia đình, người bạn bên cạnh tôi, nguồn động viên lớn lao với học tập, công tác sống Trong q trình làm luận văn khơng tránh khỏi sai sót, tơi mong nhận đóng góp q báu từ phía thầy bạn bè để tơi có kết tốt Tơi xin trân trọng cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2023 Người viết Phạm Thanh Thủy MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN 1: TỔNG QUAN 1.1 Escherichia coli 1.1.1 Đặc điểm sinh học 1.1.2 Cơ chế độc lực vi khuẩn Escherichia coli liên quan đến gen độc lực khảo sát 1.1.3 Dịch tễ tình hình nghiên cứu gen mã hoá độc lực vi khuẩn Escherichia coli 12 1.2 Phương pháp phát gen mã hoá yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli 14 1.2.1 Phương pháp PCR 15 1.2.2 Phương pháp multiplex PCR 16 PHẦN 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Nguyên liệu, thiết bị nghiên cứu 17 2.1.1 Nguyên liệu phương pháp thu thập 17 2.1.2 Thiết bị, hoá chất nghiên cứu 17 2.2 Nội dung nghiên cứu 19 2.3 Phương pháp nghiên cứu 20 2.3.1 Thiết kế cỡ mẫu 20 2.3.2 Phương pháp khảo sát số thông số phản ứng multiplex PCR khuếch đại đồng thời gen mã hóa yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli 21 2.3.3 Phương pháp tăng sinh vi khuẩn Escherichia coli mẫu thịt 26 2.3.4 Quy trình tách chiết ADN từ dung dịch tăng sinh chọn lọc cho vi khuẩn 27 2.3.5 Phương pháp tiến hành phát gen mã hóa yếu tố độc lực vi khuẩn 28 2.3.6 Phương pháp xử lý số liệu 29 PHẦN 3: NỘI DUNG VÀ KẾT QUẢ ĐẠT ĐƯỢC 30 3.1 Khảo sát xây dựng quy trình m-PCR, xác định thơng số thích hợp để phát gen mã hoá yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli 30 3.1.1 Kết phân tích cặp mồi lựa chọn phương pháp tin sinh học 30 3.1.2 Kết khảo sát nhiệt độ phản ứng PCR đơn mồi 30 3.1.3 Kết khảo sát chu trình nhiệt phản ứng PCR đa mồi mẫu dung dịch E coli tách chiết ADN chứng dương 35 3.1.4 Kết khảo sát lại thông số phản ứng PCR đa mồi mẫu dung dịch E coli tách chiết ADN cần phát 36 3.2 Phát gen mã hoá yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli mẫu thịt lợn, thịt gà thịt bò thu mua số chợ, siêu thị Hà Nội 39 3.2.1 Tỷ lệ nhiễm E coli có gen độc lực loại thịt 39 3.2.2 Tỷ lệ lưu hành gen độc lực E coli thịt lợn 41 3.2.3 Tỷ lệ lưu hành gen độc lực E coli thịt bò 44 3.2.4 Tỷ lệ lưu hành gen độc lực E coli thịt gà 47 PHẦN 4: BÀN LUẬN 51 4.1 Về kết khảo sát số thông số phản ứng m-PCR để phát gen mã hoá yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli 51 4.2 Về kết phát gen mã hoá yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli mẫu thịt lợn, thịt gà thịt bò thu mua số chợ, siêu thị Hà Nội 52 4.2.1 Tỷ lệ nhóm chủng E coli 52 4.2.2 Tỷ lệ nhiễm gen mã hoá yếu tố độc lực cho chủng E coli 52 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 54 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT Tên tiếng Anh Tên tiếng Việt AE Attaching and Effacing ADN Acid deoxyribonucleic BHI Brain Heart Infusion BPW Buffered Peptone Water E coli Escherichia coli DAEC Diffusely adherent E coli dNTP Deoxynucleoside triphosphate EAEC Enteroadherent E coli E coli bám dính EHEC Enterohaemorrhagic E coli E coli gây xuất huyết đường ruột EIEC Enteroinvasive E coli E coli xâm nhập đường ruột EPEC Enteropathogenic E coli E coli gây bệnh đường ruột ETEC Enterotoxigenic E coli E coli gây độc đường ruột HUS Hemolytic Uremic Syndrome Hội chứng tán huyết – ure huyết LAMP Loop-Mediated Isothermal Amplification LEE Locus of Enterocyte Effacement Multiplex Polymerase Chain m-PCR Reaction E coli bám dính khuếch tán PCR đa mồi STEC Shigatoxigenic E coli E coli sinh độc tố Shiga VTEC Verotoxigenic E coli E coli gây độc tế bào Vero PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp RTX Repeats in Toxin UPEC Uropathogenic E coli E coli gây nhiễm trùng đường tiết niệu DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng số trang Bảng 2.1 Bộ đa mồi thứ nhất: để phân nhóm A, B1, B2 D 22 Bảng 2.2 Bộ đa mồi thứ hai: để phát gen mã hóa yếu tố độc lực 23 Bộ đa mồi thứ ba: để xác định E coli chủng kháng nguyên Bảng 2.3 Bảng 3.1 O157 O111 Tỷ lệ phân nhóm E coli trên loại thịt tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone Peptone 24 39 Tỷ lệ nhiễm gen độc lực cần khảo sát E coli Bảng 3.2 loại thịt tăng sinh vi khuẩn môi trường 40 Tryptone Peptone Tỷ lệ phân nhóm E coli mẫu thịt lợn Bảng 3.3 tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone Peptone 41 Tỷ lệ nhiễm gen độc lực E coli mẫu thịt Bảng 3.4 lợn tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 42 Peptone Tỷ lệ nhiễm E coli chủng O157 O111 mẫu thịt Bảng 3.5 lợn tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 43 Peptone Bảng 3.6 Tỷ lệ phân nhóm E coli mẫu thịt bị tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 44 Tỷ lệ nhiễm gen độc lực E coli mẫu thịt Bảng 3.7 bò tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 45 Peptone Tỷ lệ nhiễm E coli chủng O157 O111 mẫu thịt Bảng 3.8 bò tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 46 Peptone Bảng 3.9 Tỷ lệ phân nhóm E coli mẫu thịt gà tăng 47 sinh vi khuẩn môi trường Tryptone Peptone Tỷ lệ nhiễm gen độc lực E coli mẫu thịt Bảng 3.10 gà tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 48 Peptone Bảng 3.11 Tỷ lệ nhiễm E coli chủng O157 O111 mẫu thịt gà tăng sinh vi khuẩn môi trường Tryptone 49 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Hình 1.1 Hình 1.2 Tên hình Vi khuẩn Escherichia coli Sơ đồ trình phân loại Escherichia coli theo nhóm A, B1, B2, D Số trang Hình 1.3 Sơ lược cấu trúc hệ thống tiết loại 1, 2, 3, 4, 5, Hình 1.4 Cấu trúc độc tố Stx 10 Mơ hình bám dính Escherichia coli với bề mặt tế Hình 1.5 bào vật chủ 11 Hình 2.1 Sơ đồ trình thực mục tiêu 19 Hình 2.2 Sơ đồ trình thực mục tiêu 20 Hình 2.3 Kết khảo sát cặp mồi O157 chủng Escherichia coli phần mềm NCBI – BLAST Sơ đồ chu trình nhiệt phản ứng PCR đơn mồi khảo sát Hình 2.4 nhiệt độ cho trình gắn mồi Kết điện di phát gen chuA (279 bp) dung Hình 3.1 dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen yjaA (211 bp) dung Hình 3.2 Hình 3.3 dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen TspE4.C2 (152 bp) dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen stx1 (180 bp) dung Hình 3.4 Hình 3.5 Hình 3.6 Hình 3.7 dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen stx2 (225 bp) dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen eaeA (384 bp) dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen hlyA (534 bp) dung 25 29 30 30 31 32 32 33 33 dịch mẫu E coli tách chiết ADN Hình 3.8 Kết điện di phát gen O157 (259 bp) dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát gen O111 (406 bp) dung Hình 3.9 Hình 3.10 Hình 3.11 dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di set phản ứng PCR phát E coli dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN Kết điện di phát E coli dung dịch mẫu E coli tách chiết ADN set để phân nhóm A, B1, B2 D Kết điện di phát E coli dung dịch tách chiết Hình 3.12 ADN set để phát gen stx1, stx2, eaeA, hlyA Kết điện di phát E coli dung dịch tách chiết Hình 3.13 ADN set phát gen chủng O157 O111 34 34 35 36 37 38 khỏe cộng đồng liên quan đến quy trình giết mổ gia súc, gia cầm sở giết mổ Theo Zhang cộng (2015) tiến hành nghiên cứu miền nam Trung Quốc [49], tỉ lệ lưu hành gen stx1, stx2, eaeA hlyA 10,71; 21,43; 85,71 25% Các tỉ lệ cao đáng kể so với tỷ lệ gen mã hoá yếu tố độc lực nghiên cứu Trong nghiên cứu khác tiến hành Hàn Quốc vào năm 2004-2006 thịt lợn, thịt bò, thịt gia cầm, tỷ lệ lưu hành chủng mang gen mã hoá cho chủng ETEC, EIEC, EAEC, 0111, EHEC (stx1 stx2), EPEC (eaeA) chiếm tỷ lệ chung 14,3%; với tỷ lệ riêng cho thịt bò 35,5%m thịt gia cầm 24,3%, thịt lợn 9,0%; tỷ lệ ETEC chiếm 43,6%, EHEC chiếm 35, 9%, EPEC chiếm 20,5% chủng cho loại thịt [63] Tỷ lệ nhiễm chủng E coli gây bệnh nghiên cứu cao so với kết Vào năm 1999, Hoa Kỳ, Elder cộng khảo sát tỷ lệ E coli O157 từ phân bò da bò, tác giả xác định tỷ lệ lưu hành chủng O157 28% 11% [64] Kết cho thấy tỷ lệ lưu hành chủng E coli O157 phân động vật phổ biến, nên nguồn lây lan tiềm tàng từ động vật sang người Trong nghiên cứu gần Ethiopia Abdissa cộng (2017) [65] thu mẫu nhà máy sản xuất thịt bò, tỷ lệ E coli O157: H7 phát phân bò 1,89%, mơ nhày ruột bị 0,81%, da bị 0,54% mặt phía da bị sau giết mổ 0,54%; da bò cửa hàng bán lẻ thịt 0,8% Trong tỷ lệ lưu hành E coli O157 mẫu thịt thu mua miền nam Trung Quốc năm 2015, với mẫu thịt bò chiếm 13,32%, thịt lợn chiếm 6,90%, thịt gà 3,28% thịt vịt 2,54% [49] Trong nghiên cứu khác tiến hành Iran từ năm 2010 – 2011, tỷ lệ lưu hành E coli O157 mẫu thịt bò 8,2%, thịt trâu 5,3%, thịt cừu 4,8%, thịt lạc đà 2,0%, thịt dê 1,7%, tỷ lệ chung 4,7% [66] Như tỉ lệ lưu hành chủng E coli O157 nghiên cứu tương đương với tỉ lệ chung tiến hành Ethiopia Iran thấp đáng kể so với kết công bố Trung Quốc 53 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Sau tiến hành nghiên cứu việc phát gen mã hóa yếu tố độc lực Escherichia coli mẫu thịt lợn, thịt gà thịt bò thu mua chợ, siêu thị Hà Nội, thu kết sau đây: Đã khảo sát thành công thông số phản ứng multiplex PCR để phát gen mã hóa yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli Lựa chọn cặp mồi phù hợp cho nghiên cứu Lựa chọn thông số phản ứng multiplex PCR: Nhiệt độ gắn mồi: 55C; nồng độ mồi 10pmol/l; tỷ lệ mồi 1:1; thể tích dung dịch ADN khn 2l Đã phát gen mã hóa yếu tố độc lực vi khuẩn Escherichia coli Phân loại nhóm chủng E coli: Nhóm A (T: 43,04%; P: 50,63%); B2 (T: 41,77%; P: 32,91%); D (T: 12,97%; P: 12,03%); B1 (T: 2,22%; P: 4,43%) Phát gen mã hóa độc lực: stx1 (9,49%); stx2 (7,28%); eaeA (5,06%); hlyA (0,63%); O157 (14,24%); O111 (1,90%) KIẾN NGHỊ Phát triển thêm kỹ thuật multiplex PCR cho việc phát gen kháng kháng sinh mẫu dung dịch tăng sinh vi khuẩn Cần tiến hành định lượng vi khuẩn Escherichia coli mẫu thịt thu mua chợ siêu thị, so sánh với quy định giới hạn ô nhiễm vi sinh vật Bộ Y Tế để đánh giá chất lượng thịt 54 TÀI LIỆU THAM KHẢO Đàm Sao Mai, Trần Thị Mai Anh, and Hải, Vũ Chí (2021), "Vệ sinh an tồn & thực phẩm", Sách, p Sperandio, V., et al (1999), "Quorum sensing controls expression of the type III secretion gene transcription and protein secretion in enterohemorrhagic and enteropathogenic Escherichia coli", Proc Natl Acad Sci U S A, 96(26), pp 15196-15201 Makino, S., et al (2003), "Distribution of the secondary type III secretion system locus found in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 isolates among Shiga toxin-producing E coli strains", J Clin Microbiol, 41(6), pp 2341-2347 Armstrong, G L., Hollingsworth, J., and Morris, J G., Jr (1996), "Emerging foodborne pathogens: Escherichia coli O157:H7 as a model of entry of a new pathogen into the food supply of the developed world", Epidemiol Rev, 18(1), pp 29-51 Pacheco, A R., et al (2018), "CRISPR Screen Reveals that EHEC's T3SS and Shiga Toxin Rely on Shared Host Factors for Infection", mBio, 9(3) Rangel, J M., et al (2005), "Epidemiology of Escherichia coli O157:H7 outbreaks, United States, 1982-2002", Emerg Infect Dis, 11(4), pp 603-609 Frank, C., et al (2011), "Epidemic profile of Shiga-toxin-producing Escherichia coli O104:H4 outbreak in Germany", N Engl J Med, 365(19), pp 1771-1780 Piercefield, Emily W., et al (2010), "Hemolytic Uremic Syndrome After an Escherichia coli O111 Outbreak", Archives of Internal Medicine, 170(18), pp 1656-1663 Bentley, R and Meganathan, R (1982), "Biosynthesis of vitamin K (menaquinone) in bacteria", Microbiol Rev, 46(3), pp 241-280 10 Hudault, S., Guignot, J., and Servin, A L (2001), "Escherichia coli strains colonising the gastrointestinal tract protect germfree mice against Salmonella typhimurium infection", Gut, 49(1), pp 47-55 11 Kaper, J B., Nataro, J P., and Mobley, H L (2004), "Pathogenic Escherichia coli", Nat Rev Microbiol, 2(2), pp 123-140 12 Tobe, Toru, et al (1999), "Complete DNA sequence and structural analysis of the enteropathogenic Escherichia coli adherence factor plasmid", 67(10), pp 5455-5462 13 Nataro, James P and Kaper, James B %J Clin Microbiol Rev (1998), "Escherichia coli diarrheagenic", 11, p 142 14 Doyle, Michael (1989), Foodborne bacterial pathogens, CRC Press 15 Mehlman, Ira J, et al (1982), "Detection of invasiveness of mammalian cells by Escherichia coli: collaborative study", 65(3), pp 602-607 16 Percival, Steven L and Williams, David W (2014), "Chapter Six - Escherichia coli", in Percival, Steven L., et al., Editors, Microbiology of Waterborne Diseases (Second Edition), Academic Press, London, pp 89-117 17 Pai, M., et al (1997), "An epidemic of diarrhoea in south India caused by enteroaggregative Escherichia coli", Indian J Med Res, 106, pp 7-12 18 Scaletsky, I C., et al (2002), "Diffusely adherent Escherichia coli as a cause of acute diarrhea in young children in Northeast Brazil: a case-control study", J Clin Microbiol, 40(2), pp 645-648 19 Melton-Celsa, A R (2014), "Shiga Toxin (Stx) Classification, Structure, and Function", Microbiol Spectr, 2(4), pp Ehec-0024-2013 20 Bielaszewska, M., et al (2014), "Hemolysin of enterohemorrhagic Escherichia coli: structure, transport, biological activity and putative role in virulence", Int J Med Microbiol, 304(5-6), pp 521-529 21 Chakraborty, A., et al (2015), "Characterization of Escherichia coli Phylogenetic Groups Associated with Extraintestinal Infections in South Indian Population", Ann Med Health Sci Res, 5(4), pp 241-246 22 Clermont, O., Bonacorsi, S., and Bingen, E (2000), "Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group", Applied and environmental microbiology, 66(10), pp 4555-4558 23 Green, E R and Mecsas, J (2016), "Bacterial Secretion Systems: An Overview", Microbiol Spectr, 4(1) 24 Navarro-Garcia, Fernando, et al (2016), "Secretion systems of pathogenic escherichia coli", pp 221-249 25 Thomas, Sabrina, Holland, I Barry, and Schmitt, Lutz (2014), "The Type secretion pathway — The hemolysin system and beyond", Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 1843(8), pp 1629-1641 26 Patrick, Marcella, et al (2010), "Type II Secretion in Escherichia coli", EcoSal Plus, 4(1) 27 Ho Theresa, D., et al (2008), "Type Secretion Promotes Enterohemorrhagic Escherichia coli Adherence and Intestinal Colonization", Infection and Immunity, 76(5), pp 1858-1865 28 Schüller, S (2011), "Shiga toxin interaction with human intestinal epithelium", Toxins (Basel), 3(6), pp 626-639 29 Frankel, G., et al (2001), "Intimin and the host cell is it bound to end in Tir(s)?", Trends Microbiol, 9(5), pp 214-218 30 Nougayrède, Jean-Philippe, Fernandes, Paula J., and Donnenberg, Michael S (2003), "Adhesion of enteropathogenic Escherichia coli to host cells", 5(6), pp 359-372 31 Stanley, P., Koronakis, V., and Hughes, C (1998), "Acylation of Escherichia coli hemolysin: a unique protein lipidation mechanism underlying toxin function", Microbiol Mol Biol Rev, 62(2), pp 309-333 32 Ristow, Laura C and Welch, Rodney A (2016), "Hemolysin of uropathogenic Escherichia coli: A cloak or a dagger?", Biochimica et Biophysica Acta (BBA) Biomembranes, 1858(3), pp 538-545 33 Blattner, F R., et al (1997), "The complete genome sequence of Escherichia coli K-12", Science, 277(5331), pp 1453-1462 34 Riley, L W., et al (1983), "Hemorrhagic colitis associated with a rare Escherichia coli serotype", N Engl J Med, 308(12), pp 681-685 35 Centers for Disease, Control and Prevention (1999), "Outbreak of Escherichia coli O157:H7 and Campylobacter among attendees of the Washington County Fair-New York, 1999", MMWR Morb Mortal Wkly Rep, 48(36), pp 803-805 36 Pennington, T H (2014), "E coli O157 outbreaks in the United Kingdom: past, present, and future", Infect Drug Resist, 7, pp 211-222 37 Paton, A W and Paton, J C (1998), "Detection and characterization of Shiga toxigenic Escherichia coli by using multiplex PCR assays for stx1, stx2, eaeA, enterohemorrhagic E coli hlyA, rfbO111, and rfbO157", Journal of clinical microbiology, 36(2), pp 598-602 38 Thuấn, Cao and Khai, Lý Thị Liên (2018), "Phân lập khảo sát đề kháng kháng sinh chủng vi khuẩn Escherichia coli vịt tỉnh Vĩnh Long", Can Tho University Journal of Science, 54(6) 39 Lê Chí Kiên, et al (2021), Khảo sát phát Escherichia coli sinh new delhi metallo-β-lactamase (BlaNDM-1) chó khỏe mạnh trại thú cưng Đắk Lắk, Tạp chí khoa học - Trường Đại học Sư phạm TP Hồ Chí Minh, 18, pp 976-986 40 Nguyễn Khánh Thuận and Khai, Lý Thị Liên (2020), "Sự diện gene độc lực tính đề kháng kháng sinh vi khuẩn Escherichia coli O157:H7/Hphân lập từ bị Đồng Bằng Sơng Cửu Long", Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 56, pp 112-118 41 Phạm Văn Doanh, et al (2015), "Thực trạng nhiễm Escherichia coli bàn tay người chế biến thức ăn đường phố số yếu tố liên quan Thành phố Pleiku- Gia Lai năm 2013", Tạp chí Y học dự phòng, XXV, p 451 42 Nguyễn Đắc Trung, Nguyễn Thị Thu Thái, and Cảnh, Trần Quang (2018), "Ứng dụng kỹ thuật Multiplex-PCR chẩn đoán Escherichia coli gây tiêu chảy người", Tạp chí Y - Dược học Quân sự, 2, pp 32-38 43 Vidal, Roberto, et al (2004), "Multiplex PCR for diagnosis of enteric infections associated with diarrheagenic Escherichia coli", microbiology, 42(4), pp 1787-1789 Journal of clinical 44 Ok, M., et al (2009), "The studies on the aetiology of diarrhoea in neonatal calves and determination of virulence gene markers of Escherichia coli strains by multiplex PCR", Zoonoses and public health, 56(2), pp 94-101 45 Toma, Claudia, et al (2003), "Multiplex PCR assay for identification of human diarrheagenic Escherichia coli", Journal of clinical microbiology, 41(6), pp 2669-2671 46 Jenkins, C., et al (2012), "Assessment of a real-time PCR for the detection and characterization of verocytotoxigenic Escherichia coli", J Med Microbiol, 61(Pt 8), pp 1082-1085 47 Amani, J., et al (2015), "Detection of E coli O157:H7 and Shigella dysenteriae toxins in clinical samples by PCR-ELISA", Braz J Infect Dis, 19(3), pp 278284 48 Jahandeh, Nadia, et al (2015), "Uropathogenic Escherichia coli virulence genes: invaluable approaches for designing DNA microarray probes", Central European journal of urology, 68(4), pp 452-458 49 Zhang, Shuhong, et al (2015), "Prevalence and characterization of Escherichia coli O157 and O157:H7 in retail fresh raw meat in South China", Annals of Microbiology, 65(4), pp 1993-1999 50 Bingen-Bidois, Martine, et al (2002), "Phylogenetic analysis and prevalence of urosepsis strains of Escherichia coli bearing pathogenicity island-like domains", Infection and immunity, 70(6), pp 3216-3226 51 Vidová, Barbora, et al (2011), "Multiplex PCR for detection of Escherichia coli O157:H7 in foods", Biologia, 66(3), pp 401-405 52 De Spiegeleer, P., et al (2004), "Source of tryptone in growth medium affects oxidative stress resistance in Escherichia coli", Journal of Applied Microbiology, 97(1), pp 124-133 53 Rezaee, Nasim, et al (2022), "Study on the use of bovine blood protein hydrolysate as a peptone in microbial culture media", Preparative Biochemistry & Biotechnology, pp 1-12 54 Pedersen, K B (1976), "Some factors influencing the haemolysis of Bordetella bronchiseptica", Acta Pathol Microbiol Scand B, 84(2), pp 75-78 55 Gołuszko, P., Gospodarek, E., and Bugalski, R (1988), "Haemolytic activity of Morganella morganii strains", Acta Microbiol Pol, 37(1), pp 65-71 56 Lehmacher, A., et al (1998), "Detection of hemolysin variants of Shiga toxinproducing Escherichia coli by PCR and culture on vancomycin-cefiximecefsulodin blood agar", Appl Environ Microbiol, 64(7), pp 2449-2453 57 Yang, Chih-Yu, et al (2020), "Aggregation Temperature of Escherichia coli Depends on Steepness of the Thermal Gradient", Biophysical Journal, 118(11), pp 2816-2828 58 Buras, Netty and Kott, Yehuda (1969), "A simple test for differentiation between E coli and A aerogenes", Water Research, 3(12), pp 973-978 59 Feng, Peter, Weagant, Stephen D., and Jinneman, Karen (2021), Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 4A: Diarrheagenic Escherichia coli, Food and Drug Administration, accessed, from https://www.fda.gov/food/laboratory-methods-food/bam-chapter-4adiarrheagenic-escherichia-coli 60 Montso, P K., Mlambo, V., and Ateba, C N (2019), "The First Isolation and Molecular Characterization of Shiga Toxin-Producing Virulent Multi-Drug Resistant Atypical Enteropathogenic Escherichia coli O177 Serogroup From South African Cattle", Front Cell Infect Microbiol, 9, p 333 61 Wiriyaprom, R., et al (2022), "Prevalence and Virulent Gene Profiles of Sorbitol Non-Fermenting Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Isolated from Goats in Southern Thailand", Trop Med Infect Dis, 7(11) 62 Koo, H J., et al (2012), "Phylogenetic group distribution and prevalence of virulence genes in Escherichia coli isolates from food samples in South Korea", World J Microbiol Biotechnol, 28(4), pp 1813-1816 63 Lee, Gi Yun, et al (2009), "Prevalence and classification of pathogenic Escherichia coli isolated from fresh beef, poultry, and pork in Korea", International Journal of Food Microbiology, 134(3), pp 196-200 64 Elder, R O., et al (2000), "Correlation of enterohemorrhagic Escherichia coli O157 prevalence in feces, hides, and carcasses of beef cattle during processing", Proc Natl Acad Sci U S A, 97(7), pp 2999-3003 65 Abdissa, Rosa, et al (2017), "Prevalence of Escherichia coli O157:H7 in beef cattle at slaughter and beef carcasses at retail shops in Ethiopia", BMC Infectious Diseases, 17(1), p 277 66 Rahimi, E., Kazemeini, H R., and Salajegheh, M (2012), "Escherichia coli O157:H7/NM prevalence in raw beef, camel, sheep, goat, and water buffalo meat in Fars and Khuzestan provinces, Iran", Vet Res Forum, 3(1), pp 15-17 PHỤ LỤC Tên địa chợ thu thập mẫu thịt nghiên cứu Stt Quận Tên Chợ Địa Phố Châu Long, Phường Trúc Ba Đình Chợ Châu Long Ba Đình Chợ Cống Vị Đội Cân, Phường Vĩnh Phúc Ba Đình Chợ Làng Hồ Thuỵ Khuê, Bưởi Ba Đình Chợ Linh Lang 53 Linh Lang, Cống vị Ba Đình Chợ Hữu Tiệp Phường Ngọc Hà Ba Đình Chợ Thành Cơng B Ba Đình Chợ Long Biên Phố Phúc Xá, Phường Phúc Xá Ba Đình Chợ Ngọc Hà Đội cấn Bắc Từ Liêm Chợ Phú Diễn Mới 10 Bắc Từ Liêm Chợ Cổ Nhuế 11 Bắc Từ Liêm Chợ Cầu Đá Trần Cung, xã Cổ Nhuế 12 Bắc Từ Liêm Chợ Xuân Đỉnh Xã Xuân Đỉnh 13 Bắc Từ Liêm Chợ Viện E Cổ Nhuế 14 Bắc Từ Liêm Chợ Canh Xã Xuân Phương 15 Bắc Từ Liêm Chợ Vẽ Đông Ngạc Xã Đông Ngạc 16 Bắc Từ Liêm Chợ Kẻ Xã Thượng Cát 17 Bắc Từ Liêm Chợ Noi Xã Cổ Nhuế 18 Cầu Giấy Chợ Trung Kính 19 Cầu Giấy Chợ Tạm Trung Hoà 20 Cầu Giấy Chợ Nguyễn Thị Thập Bạch Khu tập thể Bắc Thành Cơng, Thành Cơng, Ba Đình, Hà Nội Đức Diễn, Làng Phú Diễn, Phú Diễn Phố Cổ Nhuế, Phường Cổ Nhuế Phố Trung Kính, Phường Trung Hồ Ngõ 43 Trung Kính, Trung Hồ Nguyễn Thị Thập, Trung Hồ, Nhân Kính Phố Phạm Tuấn Tài, Phường 21 Cầu Giấy Chợ Sinh Viên 22 Cầu Giấy Chợ Cóc Nguyễn Khang 23 Cầu Giấy Chợ Nhà Xanh 24 Cầu Giấy Chợ Sinh Viên Dịch Vọng 25 Cầu Giấy Chợ Đồng Xa 26 Cầu Giấy Chợ tạm Nghĩa Tân 27 Cầu Giấy 28 Cầu Giấy Chợ Nghĩa Tân Nghĩa Tân, Phường Nghĩa Tân 29 Cầu Giấy Chợ Cầu Giấy Cầu Giấy, Phường Quan Hoa 30 Cầu Giấy Chợ Dịch Vọng Đường Xuân Thuỷ 31 Cầu Giấy Chợ Trần Duy Hưng Đường Trần Duy Hưng 32 Cầu Giấy Chợ Quan Hoa 33 Đống Đa Chợ cóc Lương Đình Của 89 Phố Lương Định Của 34 Đống Đa Chợ Trung Tự C3 Ngõ 46C Phạm Ngọc Thạch 35 Đống Đa Chợ Ngô Sỹ Liên 14 Nguyễn Như Đổ 36 Đống Đa Chợ Ngõ 74 Trường chinh ngõ 74 Trường Chinh 37 Đống Đa Chợ Khương Thượng Tôn Thất Tùng 38 Đống Đa Chợ Đông Tác Tôn Thất Tùng 39 Đống Đa Chợ Nam Đồng 119 Hồ Đắc Di 40 Đống Đa Chợ Cóc Thuỷ Lợi 95 Khương Thượng 41 Đống Đa Chợ Thành Công 387 Đê La Thành 42 Đống Đa Chợ Láng Thượng Chùa Láng Chợ Hợp Nhất - Trung Kính Dịch Vọng Hậu Ngõ 87 Nguyễn Khang, Yên Hoà Phố Phan Văn Trường, Khu tập thể ĐH SP Xuân Thuỷ, Phường Dịch Vọng Hậu 214 Mai Dịch, Phường Mai Dịch 131 Nguyễn Phong Sắc, Phường Nghĩa Tân Trung Kính, Phường n Hồ Phố Dương Quảng Hàm, Phường Quan Hoa 43 Đống Đa Chợ Vĩnh Hồ Phố Vĩnh Hồ, Ngã Tư Sở 44 Đống Đa Chợ Thái Thịnh 45 Đống Đa Chợ Láng Hạ B 46 Đống Đa Chợ Láng Hạ A 47 Đống Đa Chợ Khâm Thiên Ngõ Chợ Khâm Thiên 48 Đống Đa Chợ Thổ Quan Ngõ Thổ Quan 49 Đống Đa Chợ Láng Hạ Láng Hạ 50 Đống Đa Chợ Thái Hà Trung Liệt - Đặng Tiến Đông 51 Gia Lâm Chợ Nành Ninh Hiệp, Ninh Hiệp 52 Hà Đông Chợ Vồ Phố Quang Trung, Hà Đông 53 Hà Đông Chợ Cầu Bươu Đường Cầu Bưou, Hà Đông 54 Hà Đông Chợ Hà Đông 55 Hai Bà Trưng Chợ Hồ Bình Trần Cao Vân 56 Hai Bà Trưng Chợ Chợ Trời 33 Thịnh Yên 57 Hai Bà Trưng Chợ Chợ Giời 319 Phố Huế 58 Hai Bà Trưng Chợ Khu C Hồng Mai, Quỳnh Lôi 59 Hai Bà Trưng Chợ Quỳnh Mai ngõ 10 phố 8/3 60 Hai Bà Trưng Chợ VĨnh Tuy Phố Vĩnh Tuy 61 Hai Bà Trưng Chợ Nguyễn An Ninh Nguyễn An Ninh, Tương Mai 62 Hai Bà Trưng Chợ Mơ 459 Bạch Mai 63 Hai Bà Trưng Chợ Gốc Đề Minh Khai 64 Hai Bà Trưng Chợ Bách Khoa - Cổng 103 K14 Lê Thanh Nghị 65 Hai Bà Trưng Chợ 107 Lĩnh Nam 66 Hai Bà Trưng Chợ Trương Định Ngõ Thái Thịnh 1, Phường Thịnh Quang 564-566, Đường Láng, Phường Láng 772 Đường Láng, Phường Láng Hạ Trần Hưng Đạo, Phường Nguyễn Trãi Ngõ 107 Đường Lĩnh Nam, Phường Vĩnh Hưng 461 Trương Định, Phường Tân Mai Nguyễn Công Chứ, Phường 67 Hai Bà Trưng Chợ Nguyễn Cơng Chứ 68 Hai Bà Trưng Chợ Cóc Nguyễn Cao 12-40 Nguyễn Cao 69 Hai Bà Trưng Chợ Hôm - Đức Viên 79 Phố Huế 70 Hai Bà Trưng Chợ Bách Khoa Đại Cồ Việt 71 Hai Bà Trưng Chợ Đồng Tâm 246 Lê Thanh Nghị 72 Hoàn Kiếm Chợ Cóc Bảo Khánh 26 Phố Bảo Khánh 73 Hoàn Kiếm Chợ Cửa Nam 34 Cửa Nam 74 Hoàn Kiếm Chợ Âm PHủ 19 tháng 12, Trần Hưng Đạo 75 Hoàn Kiếm Chợ Thiện Thuật 21 Nguyễn Thiện Thuật 76 Hồn Kiếm Chợ Cầu Đơng 77 Hồn Kiếm Chợ Bắc Qua Nguyễn Thiện Thuật 78 Hoàn Kiếm Chợ Hàng Bè Nguyễn Thiện Thuật 79 Hoàn Kiếm Chợ Hàng Da Hàng Da, Phường Cửa Đơng 80 Hồn Kiếm Chợ Đồng Xuân 81 Hoàng Mai Chợ Mai Động Lĩnh Nam 82 Hồng Mai Chợ Lịng Thuyền 467 Lĩnh Nam 83 Hồng Mai Chợ Đầu Mối phía Nam Phố Tân Mai, Hoàng Văn Thụ 84 Hoàng Mai Chợ Xanh Định Cơng 85 Hồng Mai Chợ Tạm Tân Mai 86 Hoàng Mai Chợ Đại Từ 87 Hoàng Mai Chợ Trương Định 88 Hoàng Mai Chợ Mai Động 89 Hoàng Mai Chợ Cầu Nghè Phố Huế Cao Thắng/5A Nguyễn Thiện Thuật Đồng Xuân, Phường Đồng Xuân Trần Nguyên Đán, Khu đô thị Định Công, Định Công Phố Tân Mai, Phường Tân Mai Phó Đại Từ, Phường Hồng Liệt 416 Trương Định, Phường Tân Mai 177 Tam Trinh, Phường Mai Động Xóm Phường Lĩnh Nam 90 Hồng Mai Chợ Hoàng Liệt Linh Đàm, Phường Hoàng Liệt 91 Hoàng Mai Chợ Giáp Nhị Phường Thịnh Liệt 92 Long Biên Chợ Tư Đình Tư Đình, Phường Long Biên 93 Long Biên Chợ Bồ Đề Ngõ 199 Phú Viên, Bồ Đề 94 Long Biên Chợ Gia Lâm 95 Long Biên Chợ Thạch Bàn 96 Long Biên Chợ Ngọc Thuỵ 97 Long Biên Chợ Việt Hưng 98 Long Biên Chợ Ô Cách Phường Đức Giang 99 Long Biên Chợ Đức Hoà Phường Thượng Thanh 100 Long Biên Chợ Gia Quất Phường Thượng Thanh 101 Long Biên Chợ Thượng Cát Phường Thượng Thanh 102 Long Biên Chợ Dốc Lã Phường Thượng Thanh 103 Nam Từ Liêm Chợ Phùng Khoang Phùng Khoang, Trung Văn 104 Nam Từ Liêm Chợ Mĩ Đình Trần Bình, xã Mỹ Đình 105 Nam Từ Liêm Chợ Nhổn Quốc Lộ 32, xã Xuân Phương, 106 Nam Từ Liêm Chợ Miêu Nha Xã Tây Mỗ 107 Tây Hồ Chợ Bưởi 108 Tây Hồ Chợ Nhật Tân Phường Nhật Tân 109 Tây Hồ Chợ Phú Gia Phường Phú Thượng 110 Tây Hồ Chợ Quảng An Phường Quảng An 111 Tây Hồ Chợ Tứ Liên Phường Tứ Liên 112 Tây Hồ Chợ Xuân La Phường Xuân La 113 Tây Hồ Chợ Tam Đa Thuỵ Khuê, Tây Hồ 114 Tây Hồ Chợ Yên Phụ Ngõ 108 Nghi Tàm, Yên Phụ Phố Nguyễn Sơn, Phường Ngọc Lâm Thạch Bàn, Long Biên Ngõ 264 Đường Ngọc Thuỵ, Phường Gia Thượng 144 Ngô Gia Tự, Phường Đức Giang Đường Lạc Lông Quân, Phường Bưởi 115 Thanh Xuân Chợ Thượng Đình 116 Thanh Xuân Chợ Vương Thừa Vũ 117 Thanh Xuân Chợ Hoàng Văn Thái 118 Thanh Xuân Chợ Thanh Xuân Bắc 119 Thanh Xuân Chợ Khương Đình 120 Thanh Xuân Chợ Nhân Chính 121 Thanh Xuân Chợ Ngã Tư Sở 122 Thanh Xuân Chợ Kim Giang 123 Thanh Trì Chợ Triều Khúc 132 Nguyễn Trãi Vương Thừa Vũ, Khương Trung Hoàng Văn Thái, Phường Khương Mai Phố nguyễn Quý Đức, Phường Thanh Xuân Bắc Phố Khương Đình, Phường Hạ Đình Nhân Hồ Đường Nguyễn Trãi, Phường Ngã Tư Sở Phố Kim Giang, Phường Kim Giang Xã Tân Triều