Chọn lọc và thiết kế bộ mồi scot (start codon target) cho cây vú sữa (chrysophyllum cainino)0001

TRƯỜNG ĐẬI HỘC NGUYỄN TẴT THẰNH KHOA NỔNG NGHIỆP CỔNG NGHỆ CAO VÀ CƠNG NGHỆ 8» HỌC KHĨA LUẬN TỐT NG CHỌN LỌC VÀ THIẾT KÊ BỘ Mồi SCOT (START CODON TARGET) CHO CAY VO SỮA iChrysophyllum caininoj SVTH i NGUYỄN NGỌC ÁNH TRU*ỜNG NGẲNH í CỔNG NGHỆ SINH HỌC KHỐA i 2015 • 2017 GVHD : Ths vữ THỊ HUYỀN TRANG ( i u» Hồ CHÍ MINH - NĂM 2017 LỜI CẤM ƠN Thực tế cho thấy, thảnh cóng gắn liền với hỗ trợ, giúp đỡ người xung quanh giúp đỡ hay nhiều, trực tiếp hay gián tiếp Trong suốt thời gian từ bắt đầu khóa luận đến nay, em nhận quan tâm, bào, giúp đờ cùa thầy cô, gia đình bạn bè xung quanh Với lịng biết ơn vô sâu sắc, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đáy lòng đến quý Thầy Cô trường Đại học Nguyễn Tất Thành dùng — thức tâm huyết cùa để truyền đạt cho chúng em vốn kiến thức quý biu suốt thời gian học tập trường Đặc biệt, em xin chân thành cảm ơn ThS Vũ Thị Huyền Trang tận tâm ch; bảo hướng dẫn em qua buổi học, buổi nói chuyện, thào luận đề tài nghiên cứu Nhờ có lời hướng dẫn, dạy bảo đó, khóa luận em hoàn thành cách xuất sắc Một lần nữa, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đen cò Bài khóa luận thực 06 tháng Ban đầu em cịn bỡ ngỡ vốn kiến thức em cịn hạn chế Do vậy, khơng tránh khỏi thiếu sót, em mong nhận ý kiến đóng góp q Thầy Cơ bạn học lớp để luận hoàn thiện Nguyễn Ngọc Anh Trường TÓM TÁT Đề tài: “Chọn lọc thiết kế mồi SCoT (Start Codon Target) cho Vú Sữa (Chrysophyllum cainino)” thực từ tháng 02/2017 đến 08/2017 Khoa Nơng Nghiệp Cơng Nghệ Cao Cịng Nghệ Sinh Học với mục tiêu sư dụng dừ liệu tài liệu liệu trình tự tìm kiếm thiết kế mồi SCoT cho Vú Sữa Đe tài có bốn nội dung: tìm kiếm liệu trình tự Vú Sữa lồi họ hàng CSDL NCBI, tìm kiếm dừ liệu tài liệu liên quan đến SCoT, chọn lọc vã thỉế: kế mồi SCoT cho Vú Sữa dựa vào dừ liệu tìm kiếm được, khảo sát tính dặc hiệu cùa mồi SCoT cho Vú Sữa công cụ BLAST Ket đạt được: Thiết kế mồi SCoT cho Vú Sữa dựa vào việc tham khảo \img trình tự lồi họ hàng Vú Sữa Chọn lọc mồi SCoT tham khảo cho Vú Sữa dựa vào công trinh nghiên cứu trước kỳ thuật SCoT thực vật Kiểm tra độ đặc hiệu mổi SCoT độ tưcmg đồng với trình tự họ hàng cùa Vú Sữa iii MỤC LỤC Trang BÌA LĨT i LÒI CÁM ƠN ii TÓM TẮT íií MỤC LỤC ív DANH MỤC CÁC CHỦ VIÉT TẤT vi DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC HÌNH vĩiì MỞ ĐẦU Chưo-ng TÓNG QUAN 1.1 Tổng quan Vú Sữa (Chrysophyllum cainino') 1.2 Tổng quan moi (primer) cho phản ứng PCR .3 1.2.1 Khái niệm PCR 1.2.2 Nguyên tắc thiết kế mồi cho phản ứng PCR 1.2.2.1 Độ dài cùa mồi 1.2.2.2 Đầu 3’ 5’ mồi 1.2.2.3 Nhiệt độ nóng chảy mồi Tm 1.2.2.4 Nhiệt độ gắn mồi Ta 1.2.2.5 Mật độ mồi 1.2.2.6 Cấu trúc bậc thiết kế mồi 1.3 Các kỹ thuật thị DNA 1.3.1 Một số thị phân từ sử dụng PCR 1.3.1.1 Kỹ thuật đa hình DNA nhân ngẫu nhiên (RAPD) 1.3.1.2 Kỹ thuật PCR với mồi ngẫu nhiên (PCR-AP-PCR) lấy dấu nhân DNA (DAF) 1.3.1.3 Kỹ thuật đa hình độ dài đoạn nhân chọn lọc (AFLP) 1.3.1.4 Kỹ thuật chuỗi lặp lại đom giàn (SSR) 1.3.1.5 Kỹ thuật đa hình độ dài chuỗi đom giàn (SSLP) 10 1.3.1.6 Kỹ thuật chuỗi lặp lại đom giản (ISSR) 10 iv 1.3.2 Kỹ thuật SCoT 12 1.4 Tình hình nghiên cứu 13 1.4.1 Tình hình nghiên cứu nước 13 1.4.2 Tình hình nghiên cứu ngồi nước 13 Chuông NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 17 2.1 Nội dung nghiên cứu 17 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu í *■ 2.3 Phương pháp nghiên cứu 18 2.3.1 Chiến lược tìm kiếm liệu trình tự trênNCBI 18 2.3.2 Chiến lược tìm kiếm dừ liệu tài liệu cáccơng cụ tìm kiếm 20 2.3.3 Thiết kế mồi cho Vú Sữa 21 2.3.4 Khảo sát mồi SCoT cho Vú Sữa công cụ BLAST 22 Chuông 3.KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 3.1 Kết tìm kiếm dừ liệu trình tự NCBI 23 3.2 Kết quà tìm kiếm liệu tài liệu SCoT thực vật 54 3.3 Kết kiểm tra BLAST 66 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 70 TÀI LIỆU THAM KHẢO 71 PHỤ LỤC 73 V DANH MỤC CẮC CHŨ VIÉT TAT A Adenine AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism AP Arbitarily Primed BLAST Basic Local Alignment Search Tool c Cytosine CSDL Cơ Sở Dữ Liệu DAF DNA amplification fingerprinting DNA Deoxyribonucleic acid G Guanine GAP Good Agricultural Practices ISSR InterSimple Sequence Repeat NCBI National Center for Biotechnology Information Nu Nucleotide PCA Principal Component Analysis RAPD Random Amplification of Polymorphic DNA RCP Polymerase Chain Reaction SCoT Start Codon Target SSLP Single Sequence Length Polymorphism SSR Simple Sequence Repeats T Thymine UPGMA Unweighted pair-group method with arithmetic mean vi DANH MỤC CÁC BĂNG Trang Bảng 3.1: Bộ 492 trình tự tham khảo lồi Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) 23 Bảng 3.2: Bộ mồi dự kiến từ trình tự tham khảo lồi Pouteria campechiana 26 Bảng 3.3: số lượng trình tự tham khảo từ Ericales -3 Bảng 3.4: Bộ trình tự tham khảo lồi Actinidia chinensis — Bảng 3.5: Bộ trình tự tham khảo cùa loài Diospyros lotus 4-6 Bảng 3.6: Bộ trình tự tham khảo loài Vaccinium macrocarpon 49 Bảng 3.7: Bộ trình tự tham khảo cùa lồi Primula veris 52 Bảng 3.8: Các báo tham khảo mồi SCoT 53 Bảng 3.9: Bộ mồi tham khảo từ nguồn 15 liệu tài liệu chọn lọc 55 Bảng 3.10: số lượng mồi tham khảo từ nguồn 15 liệu tài liệu chọn lọc 58 vii DANH MỤC CẤC HÌNH Trang Hình 1.1 Cây Vú Sữa {Chrysophyllum Camino) Hình 1.2 Nguyên tắc hoạt động phản ứng PCR Hình 1.3 Hình thành dimer hai mồi Hình 1.4 Cấu trúc kẹp tóc Hình 1.5 Nguyên tắc hoạt động kỹ thuật RAPD “ Hình 1.6 Thiết kế mồi ISSR .: I Hình 1.7 Nguyên tắc hoạt động mồi SCoT ì Hình 3.1 Mồi 1TTTACCATGACTGCAAT gen psbA lồi Pouteria campechiana • họ Sapotaceae với Vú Sữa) 66 Hình 3.2 Mồi ACTTATCATGAATCCACT gen atpH lồi Pouteria campechìana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) 67 Hình 3.3 Đoạn trình tự tưong đồng lồi Camellia azalea tìm kiếm bàng mồi SCoT từ gen psbA Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa).67 Hình 3.4 Kết kiếm tra trình tự đoạn gen tng đồng genome lục lạp hồn chỉnh loài Camellia azale (cùng Ericales với Vú Sữa) 68 Sơ đồ 2.1 Nội dung nghiên cứu đề tài 17 Sơ đồ 2.2 Thu nhận trình tự tham khảo từ genome công bố NCBI 19 Sơ đồ 2.3 Thu nhận trình tự tham khảo từ genome không công bố ừên NCBI 20 Sơ đồ 3.1 Quá trình tìm kiếm liệu tài liệu viii MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Vú Sữa xếp vào nhóm có giá trị kinh tế cao, bền, khai thác lâu dài Bên cạnh đó, loại cịn mang vị ngon ngọt, ngồi việc cung cấp khoảng 67,2 Kcal/100 gr cịn có nhiều vitamin glucid, calcium, sắt, chất xơ protein lipid (dầu acid malic) Việc phải lựa chọn đầu dòng mang ứnh trạng tốt để tiến hành nhân giống bảo tồn Vú Sữa đạt chất lượng '■ :ệc cần thiết với người nông dân Trước đây, công việc tiến hành dựa ữèn phản loại hình thái sau thời gian, giống bị thối hóa khơng thể tiếp tục lựa chọn phương pháp cũ Vì thế, nhu cầu chọn giống Vú Sữa bang phương pháp cần thiết cấp bách Ở Việt Nam, có nhiều phương pháp thị DNA chọn lọc bắt đầu sử dụng từ cuối năm 90 kỷ XX Tuy nhiên, việc sử dụng cịn hạn chế chù yếu sử dụng kỹ thuật đa hình DNA nhân ngẫu nhiên, kỹ thuật chuỗi lặp lại đơn giản hay tiểu vệ tinh, kỹ thuật đa hình độ dài đoạn nhân chọn lọc nghiên cứu Gần đây, kỹ thuật chi thị phân từ SCoT (Start Codon Target) tỏ lợi việc chọn giống trồng, bời kỹ thuật dựa vào thị có liên quan trực tiếp đến gen mã hóa tính trạng, ứng dụng trực tiếp vào chọn giống Xuất phát từ lý trên, tiến hành chọn đề tài: “Chọn lọc thiết kế mồi SCoT (Start Codon Target) cho Vú Sữa (Chrysophyỉlum caininoỴ' phục vụ mục đích chọn giống, bảo tồn góp phần vào liệu sinh học phân từ giới Mục tiêu Thiết kế mồi SCoT cho Vú Sữa Ý nghĩa khoa học Đề tài phục vụ mục đích chọn giống, chọn tính hạng mong muốn Vú Sữa từ góp phần nâng cao suất, chất lượng trồng, bào tồn gen tốt Chương TỔNG QUAN 1.1 rống quan Vú Sữa (Chrysophyllum cainìnó) Vú Sữa (Chrysophyllutn cainino) có nguồn gốc đảo Antilles châu Mỳ r.h.ệ' đới Đây loại trồng lớn nhanh, thân dẻo, tán rộng, chiều cao lên tới từ 10 - '5 mét Trái Vú Sữa to khoảng nam tay, da màu xanh, chín chuyển sang miư hồng nhạt, ăn ngon Cây Vú Sữa đưa vào danh mục làm cánh khu nhà biệt thự thành phố Vú Sữa thường xanh, mọc so le, hình ơvan đơn, mép lien, dãi 5-15 cm; mặt bóng màu vảng nhìn từ xa Các hoa nhị màu trang ánh tia có mùi thơm ngát Cây Vú Sữa loại lưỡng tính (tự thụ phấn) Quả Vú Sữa trịn, có lớp vỏ màu tía nâu ánh lục chín, thường có màu xanh lục xung quanh đài hoa, với kiểu hình cùi thịt Có vài giống cho màu trắng ánh xanh lục vỏ nhiều latex (nhựa mủ) không ăn Các hạt dẹt có màu nâu nhạt cứng Nó quanh năm sau đạt đến năm tuôi trở lên Vú Sữa có vị ngọt, hay phục vụ dạng tươi làm lạnh (khoảng 10 - 15°C) Lá Vú Sữa dùng số khu vực làm dạng chè người ta coi có tác dụng chống bệnh đái đường thấp khớp, vỏ coi có chứa chất bổ có tác dụng kích thích, nước sắc vỏ dùng để chống ho Hình 1.1 Cây Vú Sữa (ChtysophyHum caininò) Discrimination of grape varieties by Start Codon 15 Targeted Krisztina Miró cộng Vitaceae genotyping 2017 using partially AATGGCCCACATA/CCC CAATGGCCCACACTACC ACAATGGCCCTACATAC AACAATGGCCCTACACT ACAACAATGGCTCCACA TCAACAATGGCTCCTAC degenerate primers 3.3 Kết kiếm tra BLAST Bộ 492 trình tự mồi SCoT dự kiến, tham khảo từ liệu trình tự ỉồi Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) tiên hành kiểm tra độ đặc hiệu bang công cụ BLAST Sau số kết BLAST lấy ngẫu nhiên từ nhũng trình tự mồi tham khảo để hiểu rõ công việc kiểm tra Max Total Query E score score cover value Description Ident Accession Camellia azalea chloroplast, complete genome 362 36.2 100% 4.0 100% KY85674- • Broussonetia oaoyrifera plastid, complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% KX828844 Ocimum baslllcum chloroplast, complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% KY623639.Ị Cistanthe longiscapa chloroplast, complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% &lQSpy(p.s.f-‘.risos.a voucher I4CS8Ộ99 p-a.i-tid complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% 100% ■MF ITS* •- Sladeni-a celastrifoilq voucher 14CS8355plaaỉid, complete genome 36 36 100% 4.0 styrax.grand Horus youcher_ucsg3.1O-PlasUd complete-genome 36.2 36 100% 4.0 100% Aomand.r3 H2!I!IfittiJ_££>u£tiftr_j4GSă4ẻ2-Rlssì^complete genome 36 36.2 100% 4.0 100% • - ■ ~ 7-4 :■ • AdJnandra anguslifQlla voucher 14CS8678 plastid, complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% ■ - lemsirpenra-OzmoaniheiA.youcher 13,0.3 7JZ8-Pl&itid c.omp'.ete genome 36 36.2 100% 4.0 100% Barrington: J racemosa voucher 14038144 Plastte complete genome 36.2 36.2 100% 4.0 100% Py rena ria diospyrlcarpa voucher 13CS6582 plastid, complete genome 36 36.2 100% 4.0 100% r *— ’ * ”• ~ J Hình 3.2 Mồi ACTTATCATGAATccACT gen atpH lồi Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) icết BLAST từ hình 3.2 cho thấy trình tự mồi từ gen atpH Poưteria campechiana cỏ độ tương đồng 100% độ giống (Identities) 100% với đoạn trình tự nhiều loài Camellia azalea, Melliodendron xylocarpum, Sinọịackia rehderiana, Pentaphylax eutyoides, Anneslea fragrans (cùng Ericales với Vú Sữa) Camellia azalea chloroplast, complete genome Sequence ID: KY856741.1 Length: 157039 Number of Matches: Range 1: 1510 to 1527 GenBank Graphics Score 36.2 bits(18) Query Expect 4.0 TTTTACCATGACTGCAAT Identities Gaps 18/18(100%)0/18(0%) strand Plus/Minus 18 Sbjct.1L, I i ill 111111 II!! L 1527 TTTTACCATGACTGCAAT 1510 Hình 3.3 Đoạn trình tự tương đồng lồi Camellia azalea tìm kiềm mồi SCoT từ gen psbA Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) Kết từ hình 3.3 cho thấy, đoạn gen mang trình tự tương đồng 100% độ giống (Identities) 100% với trình tự mồi tìr gen psbA cùa Pouteria campechỉana 67 (cung họ Sapolaceae với Vú Sừa) năm từ vị tri nu thứ 1510 đốn nu thứ 1527 genome lục lạp hồn chình lồi Camellia azalea (cùng Ericales với Vú Sữa) Sau tiên hành kiêm tra vị trí từ nu thứ 1510 đến nu thứ 1527 genome lục lạp hoàn chỉnh cùa lồi Camellia azalea Kết thu hình 3.4 gene tRNA gene CDS PNSALRKVARVRLTSGFEITAYIPGIGHNSQEHSWLVRGGRVKDLPGVRYHIVRG* DAVGVKDRQQGRSSAL" complement(2 76) /gene="trnH-GUG" complement(2 76) /gene="trnH-GUG" /product="tRNA-His" /note="anticodon:GUG" complement(459 1520) /gene=“ịỊJĩE" complement(459 1520) /gene="psbA" /codon_start=l /transl_table=.ll /product="photosystem II protein DI" Hình 3.4 Ket kiếm tra trình tự đoạn gen tương đồng genome lục lạp hoàn chỉnh loài Camellia azale (cùng Ericales với Vú Sữa) Kết từ hình 3.4 cho thấy, vị trí từ nu thứ 1510 đến nu thứ 1527 genome lục lạp hoàn chỉnh loài Camellia azalea thuộc gen psbA Điều chứng tỏ rằng, trình tự mồi từ gen psbA Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) cho kết đoạn trình tự tương đồng gen nhiều loài khác Ericales với Vú Sữa Do số lượng trình tự lớn, nên khóa luận khơng thể thể hết tất kết BLAST thực Nhưng cần nhấn mạnh tất trình tự mồi chọn lọc thiết kế từ nghiên cứu kiểm tra kỹ lưỡng công cụ BLAST Trong 492 trinh tự mồi SCoT dự kiến, tham khảo từ liệu trình tự lồi Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) tât cà đêu cho kêt BLAST có độ tương đồng 100% độ giống (Identities) 100% với đoạn gen định gen nhiều loài khác Ericales với Vũ Sữa, sử dụng tất đưa vào khảo sát thực nghiệm Từ kết cho thấy, trình tự mồi SCoT tham khảo cho Vú Sừa lấy từ genome loài Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) khơng mang tính đặc hiệu cao cho riêng lồi Pouteria campechiana Nhờ 68 mồi có nhiều khả khuếch đại tốt trình tự Vú Sữa Bén cạnh đó, kết kiểm tra vị trí genome đoạn trình tự tưomg đồng thuộc vé gen tưomg ứng với đoạn trình tự dùng làm mồi SCoT genome lục lạp hoán chỉnh lồi Pouteria campechiana Điều mang tính khả quan cao vé kha náng khuếch đại trình tự gen cụ thể biết trước, để chọn lọc mói SCoT cho Vú Sữa 69 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận Việc xây dựng mồi chì thị phân tử phục vụ chọn giống cho Vú Sữa thời điểm cấp thiết, kỹ thuật SCoT tò ưu việc Do mồ; SCoT khuếch đại vùng gen từ khu vực ba mở đầu ATG, nên đoạn trinh ĩự khuếch đại gắn liền với tính trạng, không khuếch đại ngẫu nhiên đoạn gen số kỹ thuật khác Tuy nhiên, chưa có cơng trình nghiên cứu genome hồn chinh ưên Vú Sữa nên dẫn đến việc thiếu thông tin sinh học phân tử loài Vú Sữa, nên việc thiết kế mồi SCoT việc chọn giống dự đoán, mồi SCoT cử dựa dừ liệu sinh học phân tử loài họ hàng gần với Vú Sữa phối hợp đồng thời phương pháp: thiết kế mồi dựa trình tự họ hàng sử dụng mồi có sẵn từ nghiên cứu cơng bố trước Đe tài thành công việc xây dựng mồi SCoT cho Vú Sữa Tổng cộng có 1037 mồi SCoT đề xuất sử dụng cho Vú Sữa Trong có 752 mồi thiết kế dựa vào việc tìm kiếm liệu trình tự lồi họ hàng với Vú Sữa, 285 mồi tham khảo ghi nhận dựa vào cơng trình nghiên cứu trước Bộ mồi SCoT đề tài ứng dụng để phục vụ hữu ích tức thời cho nghiên cứu chọn giống Vú Sữa Đề nghị Tôi đề nghị giải trình tự genome hồn chỉnh Vú Sừa Từ đó, hiểu rõ trình tự gen Vú Sữa để thiết kế thêm số mồi SCoT khác hiệu cao khẳng định mồi SCoT 70 TÀI LIỆL THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt Nguyên Đức Thành, 2014 Các kỹ thuật chì thị DNA nghiên cứu chọn iọc thực vật Tạp sinh học 265- 294 trang Tài liệu Tiếng Anh Aboulila, A A and M Mansour, 2017 Efficiency of Triple-SCoT Primer in Characterization of Genetic Diversity and Genotype-Specific Markers against SSR Fingerprint in Some Egyptian Barley Genotypes American Jouma' of Molecular Biolog)) 07(03): 123-137 Ahmad Shahlaei, s T., Mahmood Khosroshahli, 2014 Efficiacy of SCoT and ISSR marekers in assesment of tomato (Lycopersicum esculentum Mill.) genetic diversity International Journal of Biosciences (IJB) 5(2): 14-22 Akkaya, M s., A A Bhagwat and p B Cregan, 1992 Length polymorphisms of simple sequence repeat DNA in soybean Genetics 132(4): 1131-1139 Baird, E., s Cooper-Bland, R Waugh, M DeMaine and w Powell, 1992 Molecular characterisation of inter and intra-specific somatic hybrids of potato using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers Molecular and General Genetics MGG 233(3): 469-475 Chambers, G K and E s MacAvoy, 2000 Microsatellites: consensus and controversy Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol 126(4): 455-476 Collard, B c Y and D J Mackill, 2008 Start Codon Targeted (SCoT) Polymorphism: A Simple, Novel DNA Marker Technique for Generating GeneTargeted Markers in Plants Plant Molecular Biology Reporter 27(1): 86 Dintinger J A., s s R B., 2014 QTL mapping of a partial resistance to the com delphacid-transmitted viruses in Lepidopteran-resistant maize line Mp705 Plant Breed 133(1): 19-27 Graner, A., A Jahoor, J Schondelmaier, H Siedler, K Pillen, G Fischbeck, G Wenzel and R G Herrmann, 1991 Construction of an RFLP map of barley Theor Appl Genet 83(2): 250-256 71 10 Ibrahim, s D., s s Adawy, M A M Atia A M Alsamman and M M Mokhtar, 2016 Genetic diversity, variety identification and gene detection in some Egyptian grape varieties by SSR and SCoT markers Plant Omics 9(5): 311318 11 Lin, X c., Y F Lou, J Liu, J s Peng, G L Liao and w Fang, 2010 Crossbreeding of Phyllostachys species (Poaceae) and identification of the:' hybrids using ISSR markers Genet Mol Res 9(3): 1398-1404 12 Luo, c., x.-h He, H Chen, s.-j Ou, M.-p Gao, J s Brown, c T Tondo and R- J Schnell, 2011 Genetic diversity of mango cultivars estimated using SCoT and ISSR markers Biochemical Systematics and Ecology 39(4-6): 676-684 13 Luo, c., X He, H Chen, s Ou and M Gao, 2010 Analysis of diversity and relationships among mango cultivars using Start Codon Targeted (SCoT) markers Biochemical Systematics and Ecology 38(6): 1176-1184 14 Mishra, p K., R T V Fox and A Culham, 2003 Inter-simple sequence repeat and aggressiveness analyses revealed high genetic diversity, recombination and long-range dispersal in Fusarium culmorum Annals of Applied Biology 143(3): 291-301 15 Nair, A G H., 2016 Analysis of genetic variability in sweet potato accessions using Start Codon Targeted (SCoT) polymorphism International Journal of Biotechnology and Biochemistry 12(2): 111-121 16 Satya, p., M Karan, s Jana, s Mitra, A Sharma, p G Karmakar and D p Ray, 2015 Start codon targeted (SCoT) polymorphism reveals genetic diversity in wild and domesticated populations of ramie (Boehmeria nivea L Gaudich.), a premium textile fiber producing species Meta Gene 3: 62-70 17 Travis, s E., J Maschinski and p Keim, 1996 An analysis of genetic variation in Astragalus cremnophylax var cremnophylax, a critically endangered plant, using AFLP markers Mol Ecol 5(6): 735-745 18 Weng, J.-M w Y.-R L L.-T Y F.-X F H.-z s H.-Q T M w M.-L., 2013 cDNA-SCoT: A novel rapid method for analysis of gene differential expression in sugarcane and other plants Australian Journal of Crop Science (5): 659 72 PHỤ LỤC Các trình tự tìm từ NCB1 - Bộ 66 gen lây từ genome hoàn chinh của loài Actinidia chinensis (cùng Ericales với Vú Sừa) Mã sô tham chiêu cùa genome lục lạp hoàn chinh loai Actinidia chinensis: AONSOOOOOOOO.l Bảng 1: Bộ gen tham khảo loài Actinidia chinensis STT GI Number Gen STT GI Number Gen 23764091 psbB 34 23764006 psbH 23764090 psbT 35 23764005 psbN 23764086 rps7 36 23764004 rpl20 23764081 ndhB 37 23764002 rpsl8 23764064 ccsA 38 23763999 petG 23764063 ndhF 39 23763998 petL 23764055 psaJ 40 23763997 psbE 23764051 ndhJ 41 23763996 psbF 23764048 rps4 42 23763995 psbL 10 23764047 rpsl4 43 23763994 psbJ 11 23764044 psbZ 44 23763993 petA 12 23764038 petN 45 23763992 cemA 13 23764037 atpA 46 23763991 ycf4 14 23764035 psbK 47 23763990 psal 15 23764031 rpslS 48 23763989 accD 16 23764030 ndhH 49 23763988 pbcL 17 23764029 ndhA 50 23763981 ycí3 18 23764028 ndhl 51 23763980 psaA 19 23764027 ndhG 52 23763979 psaB 20 23764026 ndhE 53 23763974 psbM 21 23764025 psaC 54 23763972 rpoB 22 23764022 rpl32 55 23763971 rpoCl 73 23 23764020 rp123 56 23763970 rpoC2 24 23764019 rpl2 57 23763969 rp$2 25 23764015 rpl 16 58 23763968 atpl 26 23764014 rpll4 59 23763967 atpH 27 23764013 rps8 60 23763966 atpF 28 23764012 infA 61 23763964 psbl 29 23764011 rpl36 62 23763962 rpsló 30 23764010 rpsll 63 23764084 ycfl5 31 23764009 rpoA 64 23764083 ycf2 32 23764008 petD 65 23764032 ycfl 33 23764007 petB 66 11378341 ORF5 - Bộ 75 gen lấy từ genome hoàn chỉnh của loài Diospyros lotus (cùng Ericales với Vú Sữa) Mã số tham chiếu cùa genome lục lạp hoàn chinh loài Diospyros lotus: JRBH00000000.1 Bảng 2: Bộ gen tham khảo loài Diospyros lotus STT GI Number Gen STT GI Number Gen 28482559 rpl2 39 28482483 psbF 28482558 rpl23 40 28482482 psbL 28482553 ndhB 41 28482481 psbJ 28482552 rps7 42 28482480 petA 28482541 rpsl5 43 28482479 cemA 28482540 ndhH 44 28482478 ycf4 28482539 ndhA 45 28482477 psal 28482538 ndhl 46 28482476 accD 28482537 ndhG 47 28482475 rbcL 10 28482536 ndhE 48 28482470 ndhC 11 28482535 psaC 49 28482469 ndhK 12 28482533 ccsA 50 28482468 ndhJ 13 28482531 rp!32 51 28482464 rps4 74 14 28482530 ndhF 52 28482461 psaA 15 28482519 rps7 53 28482460 psaB 16 28482518 ndhB 54 28482459 rpsl4 17 28482513 rpl23 55 28482456 psbZ 18 28482512 rpl2 56 28482448 psbM 19 28482508 rplló 57 28482445 rpoB 20 28482507 rpll4 58 28482444 rpoCl 21 28482506 rps8 59 28482443 proC2 22 28482505 infA 60 28482442 rps2 23 28482504 rpl36 61 28482440 atpH 24 28482503 rpsll 62 28482441 atpl 25 28482502 rpoA 63 28482439 atpF 26 28482501 petD 64 28482438 atpA 27 28482500 petB 65 28482434 psbl 28 28482499 psbH 66 28482433 psbK 29 28482498 psbN 67 28482431 rpsl6 30 28482496 psbB 68 28482428 psbA 31 28482495 clpP 69 28482556 ycf2 32 28482493 rpl20 70 28482555 ycfl5 33 28482492 rpsl8 71 28482542 ycíl 34 28482491 rpl33 72 28482516 ycfis 35 28482490 psaj 73 28482515 ycf2 36 28482486 petG 74 28482529 ycfl 37 28482485 petL 75 28482462 ycf3 38 28482484 psbE - Bộ 84 gen lấy từ genome hoàn chỉnh của loài Vaccinium macrocarpon (cùng Ericales với Vú Sưa) Ma sô tham chieu cua bọ genome lục lạp hoan chinh loài Vacciniiưn macrocarpon' JOTOOOOOOOOO.l 75 Bảng 3: Bộ gen tham khảo cùa loài Vacciniutn macrocarpon STT GI Number Gen STT GI Number Gen 18251043 atp8 43 14049496 rp!23 18251042 and7 44 14049492 rps3 18251041 cob 45 14049488 rp!14 18251039 matR 46 14049487 rps8 18251038 nad6 47 14049485 rpl36 18251037 nad4 48 14049484 rpsll 18251036 atpl 49 14049483 rpoA 18251035 cox2 50 14049482 rpoB 18251034 rpsl 51 14049481 rpoCl 10 18251033 ccmFc 52 14049478 atpl 11 18251032 rpslS 53 14049476 atpH 12 18251029 shd4 54 14049473 atpA 13 18251028 cox3 55 14049470 psbl 14 18251027 atp9 56 14049469 psbK 15 18251026 ccmC 57 14049467 psbA 16 18251025 nad3 58 14049466 psaB 17 18251024 rpsl2 59 14049465 rpsl4 18 18251022 rplio 60 14049462 ihbA 19 18251021 rps4 61 14049456 petD 20 18251020 rpl2 62 14049454 psbH 21 18251019 rplló 63 14049453 psbN 22 18251018 rpl5 64 14049451 psbB 23 18251017 atp4 65 14049450 psbL 24 8251015 rpsl9 66 14049449 psbF 25 18251014 rpsio 67 14049448 psbE 26 18251013 rpsl3 68 14049446 petL 27 18251012 ccmFn 69 14049440 rp!33 76 28 18251011 nad9 70 14049439 rpsĨ8 29 18251010 coxl 71 14049429 petA 30 14049541 rpslõ 72 14049428 cemA 31 14049540 ndhH 73 14049427 ycf4 32 14049539 ndhA 74 14049426 psaỉ 33 14049538 ndhl 75 14049415 psbM 34 14049536 ndhE 76 14049416 psaJ 35 14049537 ccmB 77 14049413 petG 36 14049535 psaC 78 14049418 psbJ 37 14049531 rpl32 79 14049422 rbcL 38 14049530 ndhF 80 14049418 ndhJ 39 14049525 psaC 81 14049414 rps4 40 14049524 nhdE 82 14049410 matK 41 14049501 rps7 83 14049421 rpsl4 42 14049500 ndhB 84 14049502 rpsl2 - Bộ 35 gen lấy từ genome hoàn chỉnh của loài Primula veris (cùng Ericales với Vú Sừa) Mã số tham chiếu genome lục lạp hoàn chinh loài Primula veris\ JTKG00000000.1 Bảng 4: Bộ gen tham khảo loài Primula veris STT GI Number Gen Gen STT GI Number 29293565 rps7 19 29293531 rps8 29293563 ndhF 20 29293529 psbF 29293560 atpA 21 29293527 psbE 29293559 psbK 22 29293524 psbL 29293557 ndhJ 23 29293523 psbH 29293555 rpl23 24 29293522 rpl33 29293550 rpsl4 25 29293517 rpsl8 29293548 psbA 26 29293516 petB 29293546 psaJ 27 29293515 ndhE 10 29293545 ccsA 28 29293514 atpl 77 11 29293543 ndhB 29 29293511 petL 12 29293542 petN 30 29293509 rp!2 13 29293540 rps4 31 29293508 rpl2 14 29293538 psbM 32 29293506 ndhG 15 29293537 psbZ 33 29293505 psaB 16 29293536 petG 34 29293504 rpl20 17 29293533 psbN 35 29293501 rplló 18 29293532 pafll - Bộ 82 gen lấy từ genome hoàn chỉnh của loài Pouteria campechiana (cùng họ Sapotaceae với Vú Sữa) Mã số tham chiếu genome lục lạp hoàn chinh loài Pouteria campechiana: NC_033501.1 Bảng 5: Bộ gen tham khảo loài Pouteria campechiana STT GI Number Gen STT GI Number Gen 30898470 psbA 42 30898532 rpl33 30898472 matK 43 30898533 rps!8 30898473 rpsló 44 30898534 rpl20 30898475 psbK 45 30898536 clpP 30898476 psbl 46 30898537 psbB 30898480 atpA 47 30898538 psbT 30898481 atpF 48 30898539 psbN 30898482 atpH 49 30898540 psbH 30898483 atpl 50 30898541 petB 10 30898484 rps2 51 30898542 petD 11 30898485 rpoC2 52 30898543 rpoA 12 30898486 rpoCl 53 30898544 rpsll 13 30898487 rpoB 54 30898545 rpl36 14 30898489 petN 55 30898546 infA 15 30898490 psbM 56 30898547 rps8 16 30898491 psbD 57 30898548 rpll4 17 30898496 psbC 58 30898549 rplló 78 18 30898498 psbZ 59 30898550 rps3 19 30898501 rpsl4 60 30898551 rp]22 20 30898502 psaB 61 30898553 rp!2 I 21 30898503 psaA 62 30898554 rpl23 22 30898504 ycf3 63 30898556 ycf2 23 30898506 rps4 64 30898558 ndhB 24 30898510 nhdJ 65 30898559 rps7 25 30898511 ndhK 66 30898569 ycfl 26 30898512 ndhC 67 30898570 ndhF 27 30898515 atpE 68 30898571 rpl32 28 30898516 atpB 69 30898573 ccsA 29 30898517 rbcL 70 30898575 psaC 30 30898518 accD 71 30898576 ndhE 31 30898519 psal 72 30898577 ndhG 32 30898520 ycf4 73 30898578 ndhl 33 30898521 cemA 74 30898579 ndhA 34 30898522 petA 75 30898580 ndhH 35 30898523 psbJ 76 30898581 rpsl5 36 30898524 psbL 77 30898582 ycfl 37 30898525 psbF 78 30898593 rps7 38 30898526 psbE 79 30898594 ndhB 39 30898527 petL 80 30898596 ycf2 40 30898528 petG 81 30898598 rpl23 41 30898531 psaJ 82 30898599 rpl2 79 Ý kiến giảng viên hướng dẫn Tp Hồ Chí Minh, Tháng 08 Năm 2017 Người thực hiẹn Nguyễn Ngọc Anh Trường