Khóa luận tốt nghiệp nghiên cứu phân lập, giám định và một số đặc điểm sinh học của vi khuẩn gây bệnh thối nhũn hoa lan tại ninh bình

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA NÔNG HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP TÊN ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU PHÂN LẬP, GIÁM ĐỊNH VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VI KHUẨN GÂY BỆNH THỐI NHŨN HOA LAN TẠI NINH BÌNH GIÁO VIÊN HƯỚNG DẪN : PGS.TS HÀ VIẾT CƯỜNG BỘ MÔN BỆNH CÂY - KHOA NÔNG HỌC GIÁO VIÊN HƯỚNG DẪN : TS NGUYỄN MINH CHÍ TTNC BẢO VỆ RỪNG - VIỆN KHLNVN SINH VIÊN THỰC HIỆN : TRẦN THỊ TUYẾT NGA MÃ SINH VIÊN : 610045 LỚP : K61-BVTVA HÀ NỘI - 2021 LỜI CAM ĐOAN Em xin cam đoan số liệu kết báo cáo khóa luận tốt nghiệp trung thực chưa sử dụng đề tài nghiên cứu khoa học Những số liệu, hình ảnh, nội dung trình bày báo cáo em tự thu thập, ghi chép, điều tra, soạn thảo, không chép từ tài liệu khác Nếu phát có gian lận em xin hoàn toàn chịu trách nhiệm nội dung báo cáo Hà Nội, ngày 27 tháng 07 năm 2021 Sinh viên thực Trần Thị Tuyết Nga i LỜI CẢM ƠN Trong trình thực đề tài tốt nghiệp, em nhận nhiều giúp đỡ động viên tận tình từ thầy cơ, gia đình bạn bè Trước hết, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thầy giáo PGS.TS Hà Viết Cường - người hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian, đóng góp ý kiến vơ quan trọng tạo điều kiện để em thực hoàn thành đề tài Trân trọng cảm ơn thầy cô giáo môn Bệnh cây, Côn trùng, tất thầy cô giáo Khoa Nông học dạy dỗ, truyền đạt kiến thức để em hồn thành chương trình học tập đại học thực đề tài Em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến TS Nguyễn Minh Chí tạo điều kiện ln tận tình bảo cán Trung tâm nghiên cứu Bảo vệ rừng- Viện Khoa học Lâm Nghiệp VN giúp đỡ, động viên em trình thực đề tài Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến gia đình bạn bè - người bên cạnh động viên, giúp đỡ em suốt q trình học tập thực khóa luận tốt nghiệp Một lần em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 27 tháng 07 năm 2021 Sinh viên thực Trần Thị Tuyết Nga ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC BẢNG BIỂU vi DANH MỤC BIỂU ĐỒ vii DANH MỤC HÌNH ẢNH viii DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT ix TÓM TẮT x PHẦN : MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích 1.3 Yêu cầu PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU NGHIÊN CỨU 2.1 Nguồn gốc đặc điểm thực vật học loài lan 2.1.1 Nguồn gốc đặc điểm thực vật học lan hồ điệp (Phalaenopsis amabilis) 2.1.2 Nguồn gốc đặc điểm lan phi điệp 2.1.3 Nguồn gốc, đặc điểm lan hài 2.2 Tình hình nghiên cứu nước 2.2.1 Tình hình phát triển hoa lan Việt Nam 2.2.2 Tình hình sâu bệnh hại hoa lan Việt Nam .9 2.3 Tình hình nghiên cứu giới 13 2.3.1 Tình hình phát triển hoa lan giới 13 2.3.2 Tình hình sâu, bệnh hại 13 2.4 Tổng quan khu vực Ninh Bình 17 2.4.1 Vị trí địa lý đặc điểm địa hình 17 iii 2.4.2 Nguồn tài nguyên đất tài nguyên nước 17 2.4.3 Tình hình phát triển kinh tế sâu, bệnh hại lan Ninh Bình .18 2.5 Giới thiệu vi khuẩn Dickeya fangzhongdai 19 PHẦN 3: VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 3.1 Đối tượng nghiên cứu 20 3.2 Vật liệu nghiên cứu 20 3.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 20 3.4 Nội dung nghiên cứu 21 3.5 Phương pháp nghiên cứu 21 3.5.1 Phương pháp điều tra, thu thập mẫu mô tả triệu chứng bệnh thối nhũn hoa lan 21 3.5.2 Phương pháp phân lập, mô tả hình thái, xác định nguyên nhân gây bệnh, giám định DNA 22 3.5.3 Phương pháp nghiên cứu ảnh hưởng số yếu tố nhiệt độ, độ ẩm đến phát triển vi khuẩn 25 3.6 Cơng thức tính tốn xử lý số liệu 26 3.6.1 Cơng thức tính tốn 26 3.6.2 Xử lý số liệu 26 PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 4.1 Kết điều tra, thu mẫu bệnh triệu chứng bệnh thối nhũn hoa lan Hồ điệp, Phi điệp lan Hài Ninh Bình 27 4.1.1 Kết điều tra, thu mẫu bệnh thối nhũn hoa lan Ninh Bình 27 4.1.2 Triệu chứng bệnh 29 4.2 Kết phân lập tác nhân gây bệnh định danh 31 4.2.1 Kết phân lập tác nhân gây gây bệnh 31 4.2.2 Kết nghiên cứu tính gây bệnh vi khuẩn 33 4.2.3 Đặc điểm hình thái vi khuẩn 39 4.2.4 Kết giám định DNA 41 iv 4.3 Kết nghiên cứu ảnh hưởng nhiệt độ độ ẩm đến phát triển vi khuẩn 43 4.3.1 Ảnh hưởng nhiệt độ đến phát triển vi khuẩn 43 4.3.2 Ảnh hưởng độ ẩm đến phát triển vi khuẩn 46 PHẦN : KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 49 5.1 Kết luận 49 5.2 Kiến nghị 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 PHỤ LỤC 55 v DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng 3.1: Phân cấp khả gây bệnh vi khuẩn 23 Bảng 4.1: Tỷ lệ bệnh lan Hồ điệp, lan Phi điệp lan Hài NB 28 Bảng 4.2: Triệu chứng bệnh thối nhũn lan 29 Bảng 4.3 : Đặc điểm mẫu vi khuẩn lan Hài 32 Bảng 4.4: Đặc điểm mẫu vi khuẩn lan Hồ điệp 32 Bảng 4.5: Đặc điểm mẫu vi khuẩn lan Phi điệp 33 Bảng 4.6: Kết đánh giá tính gây bệnh chủng vi khuẩn 34 Bảng 4.7: Tính gây bệnh chủng vi khuẩn 36 Bảng 4.8: Kích thước tế bào chủng vi khuẩn 40 Bảng 4.9: Ảnh hưởng nhiệt độ đến phát triển vi khuẩn 44 Bảng 4.10 : Ảnh hưởng độ ẩm đến phát triển vi khuẩn 466 vi DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 4.1 Diện tích vết bệnh gây bệnh điều kiện nhiệt độ khác 44 Biểu đồ 4.2 Diện tích vết bệnh gây bệnh điều kiện độ ẩm 47 vii DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 2.1: Hoa lan Hồ điệp trắng Hình 2.2: Hoa lan Phi điệp: a-Hoa lan phi điệp; b- Cây lan phi điệp Hình 2.3: Hoa lan Hài gấm Hình 2.4: Triệu chứng bệnh nấm gây 12 Hình 2.5: Rệp hại triệu chứng bệnh thán thư 13 Hình 4.1: Các vườn lan điều tra Ninh Bình 27 Hình 4.2: Triệu chứng bệnh thối nhũn hoa lan: 30 Hình 4.3: Kết phân lập vi khuẩn gây bệnh thối nhũn hoa lan 31 Hình 4.4: Lá hoa lan Phi điệp sau gây bệnh ngày 35 Hình 4.5: Kết thí nghiệm gây bệnh 38 Hình 4.6: Tế bào vi khuẩn gây bệnh 39 Hình 4.7: Cây phả hệ kết hợp với loài thuộc chi Dickeya dựa đoạn gen 16s rDNA 42 Hình 4.8: Kết thí nghiệm ảnh hưởng nhiệt độ đến khả gây bệnh vi khuẩn Dickeya fangzhongdai 45 Hình 4.9: Kết thí nghiệm ảnh hưởng độ ẩm đến khả gây bệnh vi khuẩn Dickeya fangzhongdai 48 viii DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT NCBI National Center for Biotechnology Information PCR Polymerase Chain Reaction RFLP Restriction Fregment Length Polymorphism AFLP Amplified Fregment Length Polymorphism RAPD Random Amplified Polymorphic DNA ADN Acid Deoxyribonucleic CFU Colony Form Units NaCl Natri clorua PDA Potato Dextrose Agar D fangzhongdai Dickeya fangzhongdai D anosmum Dendrobium anosmum Ph amabilis Phalaenopsis amabilis Pa concolor Paphipedilum concolor ix 14 c c c 80 90 100 Diện tích vết bệnh (cm2) 12 10 a b 60 70 Độ ẩm (%) Biểu đồ 4.2 Diện tích vết bệnh gây bệnh điều kiện độ ẩm (Ghi chú: Các giá trị biểu đồ với ký tự giống khơng có sai khác thống kê với P = 0,05 so sánh tiêu chuẩn Dunncan) Ở điều kiện độ ẩm thấp (60-70%), vi khuẩn sinh trưởng không gây bệnh Ở độ ẩm 80- 90% vi khuẩn gây bệnh hại mạnh với diện tích vết bệnh trung bình đạt 12,85- 12,88 cm2 Vi khuẩn hoạt động gây bệnh mạnh độ ẩm đạt 100% tỷ lệ diện tích vết bệnh hại 12,91 cm2 ( kết từ bảng 4.10 biểu đồ 4.2) Kết thí nghiệm cho thấy ngưỡng nhiệt độ 25℃, diện tích vết bệnh phát triển rõ ràng qua mức độ ẩm khác Khi độ ẩm khơng khí cao, khả gây bệnh vi khuẩn D.fangzhongdai đến phận nặng thể qua hình 4.9 47 Hình 4.9: Kết thí nghiệm ảnh hưởng độ ẩm đến khả gây bệnh vi khuẩn Dickeya fangzhongdai a 60%; b 70%; d 90%; e 100% 48 PHẦN : KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Điều tra nhiều thành phần bệnh thối nhũn vi khuẩn Dickeya fangzhongdai đối tượng gây hại vườn, bệnh gây hại chủ yếu với triệu chứng điển hình chuyển màu vàng, thối, héo; phần thân, phía vết bệnh bị thối, khô gây chết Các chủng vi khuẩn phân lập từ loài lan có đặc điểm hình thái giống sinh trưởng nhanh Đánh giá tính gây bệnh xác định chủng gây bệnh mạnh mạnh có tương đồng cao thân từ loài lan D anosmum, Pa concolor Ph amabilis thí nghiệm gây bệnh nhân tạo Xác định đặc điểm hình thái vi khuẩn Dickeya fangzhongdai: dạng hình gậy, có lơng roi bao quanh, vi khuẩn Gram âm, có khả di ng Kớch thc trung bỡnh 2-3,5ì0,6-1,0 àm T trỡnh tự gen 16s rDNA chủng phân lập từ D anosmum, Ph amabilis Pa concolor so sánh với trình tự tham chiếu tải xuống từ sở liệu ngân hàng gen (NCBI GenBank) xác định phân lập thuộc vi khuẩn D.fangzhongdai Vi khuẩn Dickeya fangzhongdai phát triển mạnh ngưỡng nhiệt độ 2530℃ độ ẩm 80-100% 49 5.2 Kiến nghị Từ khó khăn trở ngại q trình nghiên cứu nên tơi đưa số đề nghị sau: Nghiên cứu bệnh thối nhũn hoa lan đề tài mới, số lượng mẫu thu chưa đa dạng thời gian đề tài có hạn khiến lượng mẫu cịn hạn chế Vì thế, cần tiếp tục thực đề tài, tiến hành thu thập thêm mẫu tiếp tục nghiên cứu, lây nhiễm để khẳng định kết đề tài Cần có đề tài nghiên cứu cụ thể hiệu lực ức chế số loại thuốc hóa học hoạt chất ức chế sinh học vi khuẩn D fangzhongdai 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Nguyễn Minh Chí, Phạm Quang Thu, Trần Xuân Hinh, Dương Thế Quân Nguyễn Văn Nam (2019) Nấm gây bệnh thối rễ, vàng cam thuộc họ Pythiaceae Quảng Ninh, Việt Nam Tạp chí Nơng nghiệp phát triển nông thôn, 3+4: 97-103 Nguyễn Kim Vân- Trường ĐHNN1 “Bệnh hại hoa lan, hồng, cúc vùng Hà Nội vùng phụ cận năm 2005” Survery on diseases of orchirds, rose and chrysanthemy in Hanoi region in 2005 Trần Thị Thu Hà, Nguyễn Văn Đức Tiến, Trần Thanh Duyên – Chi cục BVTV thành phố HCM “Kết khảo sát thành phần sinh vật hại hoa Lan Tp.HCM ”- BVTV số 4/2011 Nguyễn Thị Thanh Hà “Phát vi khuẩn Erwinia carotovora subsp carotovora địa lan (Cymbidium) phương pháp PCR”tháng 8/2006 Trần Thị Thiên An, 2005 Trường Đại học Nơng Lâm TP.HCM “Nghiên cứu tình hình sâu bệnh biện pháp phịng trừ sâu bệnh hại số loại hoa cảnh (hoa lan, hoa huệ thiên tuế) TP Hồ Chí Minh” Viện Bảo vệ thực vật, 1997 Phương pháp nghiên cứu bảo vệ thực vật tập NXB Nông nghiệp Hà Nội, tr 46- 57 Trần Hợp, 1998 Phong Lan Việt Nam NXB Nông nghiệp, tr 52-56 51 Tài liệu tiếng anh Abdullah H, Kadzimin S (1993) Etiology of bacterial soft rot of orchids Pertanika Journal of Tropical Agricutural Science 16:1-4 Alič Š, Pédron J, Dreo T, Van Gijsegem F (2019) Genomic characterisation of the new Dickeya fangzhongdai species regrouping plant pathogens and environmental isolates BMC Genomics 20:34 Alič Š, Van Gijsegem F, Pedron J, Ravnikar M, Dreo T (2018) Diversity within the novel Dickeya fangzhongdai sp., isolated from infected orchids, water and pears Plant Pathol 67:1612-1620 Balamurugan A, Kumar A, Sakthivel K, Ashajyothi M, Sahu KP, Karthikeyan M (2020) Characterization of Dickeya fangzhongdai causing bacterial soft rot disease on Dendrobium nobile in India Eur J Plant Pathol 158:773780 Burkholder, W H., McFadden, L.A., and Dimock, A.W.(1953) A bacterial blight of chrysanthemums Phytopathology 43:522-526 Brady C, Cleenwerck I, Denman S, Venter S, Rodríguez-Palenzuela P, Coutinho TA, (2012) Emendation of the description of the genus Brenneria, reclassification of Dickeya dieffenbachiae as Dickeya dadantii subsp dieffenbachiae comb nov., and emendation of the description of Dickeya dadantii Int J Syst Evol Microbiol 62:1592–602 Cating RA and Palmateer AJ (2011) Bacterial Soft Rot of Oncidium Orchids Caused by a Dickeya sp (Pectobacterium chrysanthemi) in Florida 173:697 Darrasse et al (1994) PCR and restriction fragment length polymorphism of a Pel gene as a tool to identify Erwinia carotovora in relation to potato disease Applied and Environmental Microbiology 60(5):1437-43 Fiori and Schiaffino,(2003) Bacterial Stem Rot in Greenhouse Pepper (Capsicum annuum L.) in Sardinia (Italy): Occurrence of Erwinia carotovora subsp carotovora J Phytopathology 152, 28–33 10 Jaffar NS, Osman MS, Koyube MNK (2019) New bacterial fruit rot disease of jackfruit caused by Dickeya fangzhongdai in Malaysia Malaysian Journal of Microbiology 15:214-219 11 Joko T, Kiswanti D, Hanudin SS (2011) Occurence of bacterial soft-rot of Phalaenopsis orchids in Yogyakarta and West Java, Indonesia Paper presented at the Proceeding of internasional seminar on “Natural resources, climate change and food security in developing countries, Surabaya, Indonesia 12 Keith LM, Sewake KT, Zee FT (2005) Isolation and characterization of Burkholderia gladioli from orchids in Hawaii Plant Dis 89:1273-1278 52 13 Khoiri S, Damayanti TA, Giyanto G (2017) Identification of quorum quenching bacteria and its biocontrol potential against soft rot disease bacteria, Dickeya dadantii Agrivita J Agric Sci 39:45-55 14 Samson, R., Legendre, J B., Christen, R., Fischer-Le Saux, M., Achouak, W., and Gardan, L (2005) Transfer of Pectobacterium chrysanthemi (Burkholder et al 1953) Brenner et al 1973 and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen nov as Dickeya chrysanthemi comb nov and Dickeya paradisiaca comb nov and delineation of four novel species, Dickeya dadantii sp nov., Dickeya dianthicola sp nov., Dickeya dieffenbachiae sp nov and Dickeya zeae sp nov International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 55: 1415–1427 15 Shen Y, Lv WG, Du YH, Zhang YX, Li HP (2019) First report of Dickeya fangzhongdai causing soft rot of Phalaenopsis aphrodite in China Plant Dis 103:2665-2665 16 Sudarsono S, Elina J, Sukma D (2017) Pathogen causing Phalaenopsis soft rot disease-16S rDNA and virulence characterisation Plant Protect Sci 54:1-8 17 Tian Y, Zhao Y, Yuan X, Yi J, Fan J, Xu Z, Hu B, De Boer SH, Li X (2016) Dickeya fangzhongdai sp nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from pear trees (Pyrus pyrifolia) International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology 66:2831-2835 18 Tran, T.T.T., Pham, T.Q., Barber, P.A., Nguyen, C.M., 2018 Control of Ceratocystis manginecans causing wilt disease on Acacia mangium seedlings Australas Plant Pathol, 47:579-586 19 Van Vaerenbergh J, Baeyen S, De Vos P, Maes M (2012).Sequence diversity in the Dickeya fliC gene: phylogeny of the Dickeyagenus and TaqMan® PCR for “D solani”, New Biovar variant on potato in Europe PLoS One 20 Zhou et al (2012) First Report of a Soft Rot of Phalaenopsis aphrodita Caused by Dickeya dieffenbachiae in China 21 Zhang J, Hu J, Shen H, Zhang Y, Sun D, Pu X, Yang Q, Fan Q, Lin B (2018) Genomic analysis of the Phalaenopsis pathogen Dickeya sp PA1, representing the emerging species Dickeya fangzhongdai BMC Genomics 19:782 53 TRANG WED https://www.cabi.org/isc/datasheet/122019 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Hội Hoa Lan Việt Nam ,DS Trần Việt Hưng www.hoalanvietnam.org Ninh Bình – Wikipedia tiếng Việt 54 PHỤ LỤC Trình tự DNA chủng >NB1 (rDNA 16s) - VT3147 CGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGGGGG ATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCA AAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAGATGG GATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTA GCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTC CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGG AAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTT GTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAACCTT GCCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCA GCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATGACTG GGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCC CGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAGTCTC GTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGA TCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTG ACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT GGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGA GGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTA CGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAA GCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACC TACTCTTGACATCCAGCGAAGACTG Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 907/908(99.89%) 55 > NB2 (rDNA 16s) - VT3148 GCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGA GGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCA AGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCC AGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACG ATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGAC ACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAA TGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTT CGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAAT AACCTTGCCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAA TGACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGA AATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAG AGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGT AGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAA GACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCC CTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGG GAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACC TTACCTACTCTTGACATCC Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 901/902 (99.89%) > NB (rDNA 16s) - VT3149 AGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGGG GGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGA CCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAGAT GGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCC TAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGG TCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG GGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGG TTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAACCT 56 TGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATGACT GGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAATCC CCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAGTCT CGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAG ATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACT GACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTG AGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGT ACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACA AGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTAC CTACTCTTGACATCCAGC Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 902/902 (100%) > NB (rDNA 16s) - VT3150 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT 57 GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AA Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 839/839 (100%) > NB (rDNA 16s) - VT3152 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGC Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 841/841 (100%) 58 > NB (rDNA 16s) - VT3153 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAA Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 870/870 (100%) > NB (rDNA 16s) - VT3150 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT 59 GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAA Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 839/839 (100%) > NB (rDNA 16s) - VT3151 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG 60 TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGC Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 841/841 (100%) > NB (rDNA 16s) - VT3152 GAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGG GGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAG ACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGAACCCAG ATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATC CCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACAC GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCG GGTTGTAAAGCACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGGCAAGGTTAATAA CCTTGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATG ACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAA TCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAG TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG AGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTT GAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGCC Dickeya fangzhongdai Sequence ID: KT992690 Identities: 841/841 (100%) 61