Phân lập, tuyển chọn và khảo sát một số đặc điểm sinh học của vi khuẩn nội sinh từ cây cỏ voi (pennisetum purpureum schumach) (khóa luận tốt nghiệp)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: PHÂN LẬP, TUYỂN CHỌN VÀ KHẢO SÁT MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VI KHUẨN NỘI SINH TỪ CÂY CỎ VOI (Pennisetum purpureum Schumach) Hà Nội, 2021 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: PHÂN LẬP, TUYỂN CHỌN VÀ KHẢO SÁT MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VI KHUẨN NỘI SINH TỪ CÂY CỎ VOI (Pennisetum purpureum Schumach) Sinh viên thực : Đỗ Thị Thùy Giang Ngành : Công nghệ sinh học Giảng viên hƣớng dẫn : PGS.TS Nguyễn Văn Giang PGS.TS Trần Đăng Khánh Hà Nội, 2021 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan khóa luận hồn tồn đƣợc hồn thiện tìm hiểu nghiên cứu khoa học thân dƣới hƣớng dẫn PGS.TS Nguyễn Văn Giang, giảng viên khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam PGS.TS Trần Đăng Khánh, Trƣởng môn Kỹ thuật Di truyền, Viện Di truyền Nông nghiệp Việt Nam Tất số liệu, hình ảnh, kết đƣợc trình bày khóa luận tốt nghiệp hồn tồn trung thực, khơng chép cơng trình nghiên cứu ngƣời khác mà không rõ nguồn tham khảo Các tài liệu tham khảo đƣợc sử dụng khóa luận liệt kê danh mục tài liệu tham khảo khóa luận, giúp đỡ đƣợc cảm ơn Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan trƣớc Hội đồng chấm khóa luận tốt nghiệp Học viện Hà Nội, ngày 16 tháng 02 năm 2021 Sinh viên Đỗ Thị Thùy Giang ii LỜI CẢM ƠN Sau thời gian thực tập Bộ môn Công nghệ Vi sinh Khoa Công nghệ sinh học, đƣợc quan tâm, giúp đỡ dìu dắt tận tình thầy, giáo, cán phịng thí nghiệm Bộ mơn, cố gắng nỗ lực thân, em hồn thành khóa luận tốt nghiệp Trƣớc hết, em xin gửi lời cảm ơn đến Ban Giám đốc Học viện, Ban chủ nhiệm khoa Cơng nghệ sinh học tồn thể thầy, cô giáo truyền đạt cho em kiến thức vô quan trọng quý báu suốt thời gian học tập, rèn luyện Học viện Nông nghiệp Việt Nam Đặc biệt, em xin bày tỏ lòng kính trọng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn Văn Giang, Bộ môn Công nghệ Vi sinh, Khoa Công nghệ Sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam PGS.TS Trần Đăng Khánh tận tình giúp đỡ trực tiếp hƣớng dẫn em suốt trình thực đề tài Qua đây, em xin gửi lời cảm ơn đến PGS.TS Nguyễn Xuân Cảnh, ThS.Trần Thị Đào, ThS.Nguyễn Thanh Huyền, ThS.Trần Thị Hồng Hạnh, anh chị bạn bè, toàn thể cán thuộc Bộ môn Công nghệ Vi sinh, thầy, cô giáo Khoa Công nghệ Sinh học giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi giúp em thực tốt khóa luận Và cuối cùng, với tất lịng kính trọng biết ơn, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, đặc biệt bố mẹ, nguồn động viên động lực cho em suốt trình học tập nghiên cứu Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 16 tháng 02 năm 2021 Sinh viên Đỗ Thị Thùy Giang iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN ii LỜI CẢM ƠN iii MỤC LỤC iv DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH viii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ix TÓM TẮT x PHẦN 1: ĐẶT VẤN ĐỀ 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu yêu cầu đề tài 1.3 Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài 1.3.1 Ý nghĩa khoa học 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan vi khuẩn nội sinh 2.1.1 Nguồn gốc vi khuẩn nội sinh 2.1.2 Vị trí vi khuẩn nội sinh 2.1.3 Cách thức xâm nhập vi khuẩn nội sinh 2.1.4 Sự di chuyển vi khuẩn nội sinh 2.1.5 Vai trò vi khuẩn nội sinh 2.1.6 Các nhóm vi khuẩn nội sinh thƣờng gặp 2.2 Tình hình nghiên cứu vi khuẩn nội sinh có khả kích thích sinh trƣởng thực vật giới nƣớc 12 2.2.1 Tình hình nghiên cứu vi khuẩn nội sinh có khả kích thích sinh trƣởng thực vật giới 12 2.2.2 Tình hình nghiên cứu vi khuẩn nội sinh có khả kích thích sinh trƣởng thực vật nƣớc 13 2.2 Tổng quan cỏ voi 14 iv PHẦN 3: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 3.1 Đối tƣợng, địa điểm thời gian nghiên cứu 18 3.1.1 Đối tƣợng nghiên cứu 18 3.1.2 Địa điểm, thời gian nghiên cứu 18 3.1.3 Nội dung nghiên cứu 18 3.2 Dụng cụ thiết bị nghiên cứu 18 3.2.1 Dụng cụ, thiết bị 18 3.2.2 Hóa chất 19 3.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 19 3.3.1 Phân lập chủng vi khuẩn nội sinh từ cỏ voi 19 3.3.2 Sàng lọc tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh có khả kích thích sinh trƣởng trồng 21 3.3.3 Khảo sát số yếu tố ảnh hƣởng đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn tuyển chọn 24 3.3.4 Khảo sát khả đối kháng chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn với chủng vi khuẩn gây bệnh 25 3.3.5 Phản ứng hóa sinh kiểm nghiệm vi khuẩn 26 3.3.6 Định danh chủng đƣợc tuyển chọn phƣơng pháp xác định định trình tự nucleotide 16S rRNA 29 PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 31 4.1 Kết phân lập 31 4.2 Sàng lọc, tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh có khả kích thích sinh trƣởng trồng 32 4.2.1 Sàng lọc, tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh có khả tổng hợp IAA 32 4.2.2 Sàng lọc chủng vi khuẩn nội sinh sinh siderophore 35 4.2.3 Sàng lọc chủng vi khuẩn nội sinh phân giải phosphate khó tan 36 4.3 Khảo sát ảnh hƣởng pH, nồng độ Trp, thời gian nuôi cấy nhiệt độ đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh tuyển chọn 38 4.3.1 Khảo sát ảnh hƣởng pH đến khả sinh IAA chủng đƣợc tuyển chọn 38 v 4.3.2 Khảo sát ảnh hƣởng nồng độ Trp đến khả sinh IAA chủng đƣợc tuyển chọn 40 4.3.3 Khảo sát ảnh hƣởng thời gian nuôi đến khả sinh IAA chủng đƣợc tuyển chọn 42 4.3.4 Khảo sát ảnh hƣởng nhiệt độ đến khả sinh IAA chủng đƣợc tuyển chọn 43 4.4 Khả đối kháng với chủng vi khuẩn gây bệnh 45 4.5 Khảo sát đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn 47 4.5.1 Đặc điểm hình thái 47 4.5.2 Khả di động 48 4.5.3 Thử nghiệm Catalase 49 4.5.4 Phản ứng Methyl Red (MR) 50 4.5.5 Phản ứng khử citrate 50 4.6 Kết định danh chủng vi khuẩn HDR5 52 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 57 5.1 Kết luận 57 5.2 Kiến nghị 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 vi DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Pha dung dịch chuẩn làm việc IAA 22 Bảng 4.1 Kết phân lập chủng vi khuẩn nội sinh 31 Bảng 4.3 Kết đối kháng chủng vi khuẩn nội sinh với vi khuẩn gây bệnh 45 Bảng 4.4 Mô tả đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn nội sinh 47 Bảng 4.5 Tổng kết kết đánh giá số đặc điểm hóa sinh, đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn 51 Bảng 4.6 So sánh đặc điểm chủng Enterobacter cloacae chủng HDR5 56 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Cây cỏ voi 15 Hình 4.1 Một số chủng vi khuẩn nội sinh phân lập từ cỏ voi 32 Hình 4.2 Đƣờng chuẩn thể mối tƣơng quan số OD530 nồng độ IAA 33 Hình 4.3 Hàm lƣợng IAA đƣợc tổng hợp chủng vi khuẩn nội sinh phân lập đƣợc 34 Hình 4.4 Khả sinh siderophore chủng vi khuẩn nội sinh phân lập từ cỏ voi môi trƣờng CAS 36 Hình 4.5 Khả phân giải phosphate khó tan chủng vi khuẩn nội sinh môi trƣờng NBRIP 37 Hình 4.6 Ảnh hƣởng pH đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn 39 Hình 4.7 Ảnh hƣởng nồng độ Trp đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn 41 Hình 4.8 Ảnh hƣởng thời gian ni cấy đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn 42 Hình 4.9 Ảnh hƣởng nhiệt độ đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh 44 Hình 4.10 Khả đối kháng chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn với hai chủng vi khuẩn gây bệnh Xanthomonas Xanthomonas axonopodis 46 Hình 4.11 Khả di động chủng vi khuẩn nội sinh 49 Hình 4.12 Kết thử nghiệm catalase chủng vi khuẩn nội sinh 49 Hình 4.13 Kết phản ứng MR chủng vi khuẩn nội sinh 50 Hình 4.14 Kết khử citrate chủng vi khuẩn nội sinh 51 Hình 4.15 Phổ điện di DNA tổng số tách chiết từ sinh khối vi khuẩn chủng HDR5 52 Hình 4.16 Phổ điện di sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen 16S rRNA chủng vi khuẩn HDR5 53 Hình 4.17 Các trình tự gần gũi với chủng HDR5 NCBI 55 Hình 4.18 Cây phả hệ chủng vi khuẩn HDR5 56 viii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Giải nghĩa µg Microgram µl Microliter ml Milliter nm Nanometer NA Nitriat agar CAS Chrome azurol S IAA Indole-3-acetic acid ĐC Đối chứng MR Methyl Red Trp Tryptophan PGPR Plant Growth Promoting Rhizobacteria ABC ATP-binding cassette transporter DNA Deoxyribonucleic Acid RNA Ribonucleic Acid ix 12 Nguyễn Thị Thu Hà, Hà Thanh Toàn & Cao Ngọc Điệp (2009) Phân lập đặc tính dòng vi khuẩn nội sinh số cỏ chăn ni Tạp chí Cơng nghệ sinh học 7(2): 241-250 13 Nguyễn Thị Thu Hà, Hà Thanh Toàn & Cao Ngọc Điệp (2009) Phân lập đặc tính dòng vi khuẩn nội sinh số cỏ chăn ni Tạp chí Cơng nghệ sinh học 7(2): 241-250 14 Nguyễn Trọng Thể (2004) Chọn lọc sử dụng vi khuẩn đối kháng Pseudomanas fluorescens để phòng trừ bệnh nấm Rhizoctonia solani nấm Sclerotium rolfsii gây hại vải cà chua Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp, Đại học Nông Lâm Tp.HCM 52-53 15 Nguyễn Văn Giang, Nguyễn Thu Trang, Trần Thị Thúy Hà & Nguyễn Xuân Trƣờng (2018) Phân lập khảo sát số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn nội sinh từ rễ hồ tiêu Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Nơng nghiệp Việt Nam 10(95) 16 Nguyễn Văn Giang, Trần Thị Đào & Trịnh Thị Thúy An (2016) Phân lập đánh giá đặc điểm sinh học số chủng vi khuẩn nội sinh từ rễ Nha đam Tạp chí KH Nông nghiệp Việt Nam 14(5): 772-778 17 Nguyễn Văn Minh, Mai Hữu Phúc, Võ Ngọc Yến Nhi, Dƣơng Nhật Linh & Nguyễn Anh Nghĩa (2014) Sàng lọc vi sinh vật nội sinh cao su có khả kiểm sốt sinh học vi nấm Corynespora cassiicola Tạp chí sinh học 36(1se): 173179 18 Trần Bảo Trâm, Nguyễn Thị Hiền, Phạm Hƣơng Sơn, Nguyễn Thị Thanh Mai, Võ Thu Giang & Phạm Thế Hải (2017) Phân lập tuyển chọn vi khuẩn sinh tổng hợp IAA (Indole Acetic Acid) từ đất trồng sâm Việt Nam Quảng Nam Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Công nghệ 33(2S): 219-226219 19 Trần Thanh Phong (2012) Đánh giá khả cố định đạm vi khuẩn nội sinh đến suất chất lƣợng trái khóm trồng huyện Tân Phƣớc, tỉnh Tiền Giang Luận án Tiến sĩ, Trƣờng ĐH Cần thơ 117 trang 20 Trần Thị Tuyết & Nguyễn Văn Giang (2017) Phân lập đánh giá số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn nội sinh từ rễ nghệ (Curcuma longa L.) Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam 9(82) 59 21 Trần Trọng Hiếu & Nguyễn Hữu Hiệp (2016) Phân lập khảo sát đặc tính vi khuẩn nội sinh trinh nữ (Mimosa pudica L.) tỉnh Trà Vinh Tạp chí khoa học trƣờng Đại học Cần Thơ 46: 23-29 Tiếng Anh: 22 Abd-alla M H & Rasmey A M (2013) Indole-3-acetic acid (IAA) production by Streptomyces atrovirens isolated from rhizospheric soil in Egypt Journal of Biology and Earth Sciences 3(2): B182-B193–B193 23 Ajay K., Ritu S., Akhilesh Y., Giri DD, Singh PK & Kapil D P (2016) Isolation and characterization of bacterial endophytes of Curcuma longa L Biotech 6: 60 24 Ahlich K & Sieber T N (1996) The profusion of dark septate endophytic fungi in non-ectomycorrhizal fine roots of forest trees and shrubs New Phytol, 132 pages 25 Alhogbi B G (2017) 済無No Title No Title In Journal of Chemical Information and Modeling 53(9) 26 Apine O A & Jadhav J P (2011) Optimization of medium for indole-3-acetic acid production using Pantoea agglomerans strain PVM Journal of Applied Microbiology 110(5): 1235–1244 27 Bengoechea J A & Sa Pessoa J (2019) Klebsiella pneumoniae infection biology: Living to counteract host defences FEMS Microbiology Reviews 43(2): 123–144 https://doi.org/10.1093/femsre/fuy043 28 Berg G & J Hallmann (2006) Control of plant pathogenic fungi with bacterial endophytes In: Microbial root endophytes Schulz B, Boyle C, Sieber TN (Eeds.) Springer, Berlin 53-67 29 Bogdan A V (1977) Tropical pasture and fodder plants Longman 475 pages 30 Bulgari D., Casati P., Quaglino F & Bianco P A (2014) Endophytic bacterial community of grapevine leaves influenced by sampling date and phytoplasma infection process BMC Microbiology 14(1): 1–11 31 Burkill H M (1985) Entry for Pennisetum purpureum Schumacher [family POACEAE] In: The useful plants of West tropical Africa, Vol 2, Royal Botanic Gardens, Kew, UK 32 Castro R A., Quecine M C., Lacava P T., Batista B D., Luvizotto D M., Marcon J., Ferreira A., Melo I S & Azevedo J L (2014) Isolation and enzyme bioprospection of endophytic bacteria associated with plants of Brazilian mangrove ecosystem SpringerPlus 3(1): 1–9 60 33 Cheplick G P (2004) Recovery from drought stress in Lolium perenne (Poaceae): Are fungal endophytes detrimental? American Journal of Botany 91(12): 1960– 1968 34 Chen C., Bauske EM., Musson G & Kloepper J W (1994) Biological control potential and population dynamic of endophytic bacteria in a cotton Fusarium wilt system In improving plant productivity with rhizosphere bacteria Plant Soil 137: 75-79 35 Chung H., Park M., Madhaiyan M., Seshadri S., Song J., Cho H & Sa T (2005) Isolation and characterization of phosphate solubilizing bacteria from the rhizosphere of crop plants of Korea Soil Biol Biochem 37(10): 1970-1974 36 Currah R S & Tsuneda A (1993) Vegetative and reproductive morphology of Phialocephala fortinii (Hyphomycetes, Mycelium radicis atrovirens) in culture Trans Mycol Soc Japan 34 37 DAFF (2014) Elephant grass (Pennisetum purpureum) Dept Agric Fish Forest., PP67 Factsheet, Queensland Gov., Australia 38 Duke J A (1983) Handbook of Energy Crops NewCROPS web site, Purdue University 39 Hadacek F & Greger H (2000) Testing of antifungal natural products: methodologies, comparability of results and assay choice Phytochem Anal 11: 137-147 40 Elvira-Recuenco M & Van Vuurde J W L (2000) Natural incidence of endophytic bacteria in pea cultivars under field conditions Canadian Journal of Microbiology 46(11): 1036–1041 41 EPA (2013) Epa issues supplemental final rule for new qualifying renewable fuels under the RFS program US Env Prot Agency, Transport Air Qual., EPA-420-F13-040 42 FAO (2015) Grassland Index A searchable catalogue of grass and forage legumes FAO, Rome, Italy 43 Francis J K (2004) Pennisetum purpureum Schumacher In: Francis, J K (Ed.) Wildland shrubs of the United States and its Territories: thamnic descriptions: volume Gen Tech Rep IITF-GTR-26 USDA Forest Service, Int Inst Trop Forestry 830 pages 44 Hallmann J W K & Benhamou N (1997) Bacterial endophytes in cotton: mechanisms of entering the plant Canadian Journal of Microbiology 61 45 Hossain M M., Das K C., Yesmin S & Shahriar S (2016) Effect of plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) in seed germination and root-shoot development of chickpea (Cicer arietinum L.) under different salinity condition Research in Agriculture Livestock and Fisheries 3(1): 105–113 46 Hwangbo H., Park R D., Kim Y W., Rim Y S., Park K H., Kim T H., Suh J S & Kim K Y (2003) 2-Ketogluconic acid production and phosphate solubilization by Enterobacter intermedium Current Microbiology 47(2): 87–92 47 James E K & Olivares F L (1998) Infection and Colonization of Sugar Cane and Other Graminaceous Plants by Endophytic Diazotrophs Critical Reviews in Plant Sciences 17(1): 77–119 48 Kaul S., Gupta S., Ahmed M & Dhar M K (2012) Endophytic fungi from medicinal plants: A treasure hunt for bioactive metabolites Phytochemistry Reviews 11(4): 487–505 49 Khan Z R., Midega C A O., Wadhams L J., Pickett J A & Mumuni A (2007) Evaluation of Napier grass (Pennisetum purpureum) varieties for use as trap plants for the management of African stemborer (Busseola fusca) in a push–pull strategy Entomol Exp Applic 124(2): 201–211 50 Khamna S., Yokota A., Peberdy J F & Lumyong S (2010) Indole-3-acetic acid production by Streptomyces sp isolated from some Thai medicinal plantrhizosphere soils EurAsia Journal of Biosciences 4: 23-32 51 Kumar R & Singh A Y (2016) Isolated and characterization of bacterial endophytes of Curcuma longa L Biotech 6: 60 52 Li X., Geng X., Xie R., Fu L., Jiang J., Gao L & Sun J (2016) The endophytic bacteria isolated from elephant grass (Pennisetum purpureum Schumach) promote plant growth and enhance salt tolerance of Hybrid Pennisetum Biotechnology for Biofuels 9(1): 1–12 53 Lodewyckx C., Vangronsveld J., Porteous F., Moore E.R.B., Taghavi S., Mezgeay M & van der Lelie D (2002) Endophytic bacteria and their potential applications Crit Rev Plant Sci 21: 583-606 54 Maheshwari D K., Aeron A & Saraf M (2013) Bacteria in agrobiology: Crop productivity In Bacteria in Agrobiology: Crop Productivity (Issue June) 55 Mannetje L.'t (1992) Pennisetum purpureum Schumach Record from Proseabase Mannetje L.'t & Jones R.M (Editors) PROSEA (Plant Resources of South-East Asia) Foundation, Bogor, Indonesia 62 56 Mano H & Morisaki H (2008) Endophytic bacteria in the rice plant Microbes and Environments 23(2): 109–117 57 Mapato C & Wanapat M (2018) New roughage source of Pennisetum purpureum cv Mahasarakham utilization for ruminants feeding under global climate change Asian-Australasian Journal of Animal Sciences 31(12): 1890 pages 58 Mohite B (2013) Isolate and characterization of indole acetic acid (IAA) producing bacteria from rhizospheric soil and its effect of plant growth 59 Mutai C., Njuguna J & Ghimire S (2017) Brachiaria Grasses (Brachiaria spp.) harbor a diverse bacterial community with multiple attributes beneficial to plant growth and development MicrobiologyOpen 6(5): 1–11 60 Nalini G & Rao Y R., Tirupati K V (2014) Effect of Different Carbon and Nitrogen Sources on Growth and Indole Acetic Acid Production by Rhizobium Species Isolated from Cluster Bean [Cyamopsis tetragonoloba (L.)] British Microbiology Research Journal 4(11): 1189-1197 61 Ngoc N., Chau B & Nguyen Q (2018) Isolation endophytic bacteria from elephant grass ( Pennisetum purpureum Schumach ) and their potential application ISOLATION ENDOPHYTIC BACTERIA FROM ELEPHANT GRASS ( PENNISETUM PURPUREUM SCHUMACH ) AND THEIR POTENTIAL APPLICATION 62 Panigrahi S., Mohanty S & Rath C C (2020) Characterization of endophytic bacteria Enterobacter cloacae MG00145 isolated from Ocimum sanctum with Indole Acetic Acid (IAA) production and plant growth promoting capabilities against selected crops South African Journal of Botany 134: 17-26 63 Patil N B., Gajbhiye M., Ahiwale S S., Gunjal A B & Kapadnis B P (2011) Optimization of Indole - acetic acid (IAA) production by Acetobacter diazotrophicus L1 isolated from Sugarcane International Journal of Environmental Sciences 2(1): 295–302 64 Pham Quang Hung & Annapurna K (2004) Isolati and characterization of endophytic bacteria soybean (Glycine sp.) Omonrice 12: 92-101 65 Pretty M B., Ta Y W., Ramakrishnan N R & Jamaliah Md J.(2017) Reusing colored industrial wastewaters in a photofermentation for enhancing biohydrogen production by using ultrasound stimulated Rhodobacter sphaeroides Environ Sci Pollut Res Int 24(19):15870-15881 doi: 10.1007/s11356-017-8807-x Epub 2017 Apr 13 63 66 Ruiz J., Álvarez P., Arbib Z., Garrido C., Barragán J & Perales J A (2011) Effect of Nitrogen and Phosphorus Concentration on Their Removal Kinetic in Treated Urban Wastewater by Chlorella Vulgaris International Journal of Phytoremediation 13(9): 884–896 67 Santoyo G., Moreno-Hagelsieb G., del Carmen Orozco-Mosqueda M & Glick B R (2016) Plant growth-promoting bacterial endophytes Microbiological Research 183: 92–99 68 Spaepen S & Vanderleyden J (2011) Auxin and Plant-Microbe Interactions Cold Spring Harbor perspectives in biology 3(4): a001438 69 Sauvetre A & Schröder P (2015) Uptake of carbamazepine by rhizomes and endophytic bacteria of Phragmites australis Frontiers in Plant Science 6(FEB): 1– 11 70 Shaik S P & Thomas P (2019) In vitro activation of seed-transmitted cultivationrecalcitrant endophytic bacteria in tomato and host–endophyte mutualism Microorganisms 7(5) 71 Schwyn B & Neilands J.B (1987) Universal chemical assay for the detection and determination of siderophores Analytical Biochemistry 160: 47-56 72 Skerman P J & Riveros F (1990) Tropical grasses FAO Plant Production and Protection Series 23 FAO, Rome 73 Stoyke G & Currah R S (1991) Endophytic fungi from the mycorrhizae of alpine ericoid plants Can J Bot, 69 74 Sudha M., Gowri R., Paulraj D P., Astapriya P., Devi S & Arul S (2012) Production and Optimization of Indole Acetic Acid by Indigenous Micro Flora using Agro Waste as Substrate Pakistan Journal of Biological Sciences: PJBS 15: 39–43 75 Szaniszlo P J., Powell P E., Reid C P P & Cline G R (1981) Production of hydroxamate siderophore iron chelators by ectomycorrhizal fungi Mycologia 73 76 Tchamba M N & Sembe P M (1993) Diet and feeding behaviour of the forest elephant in the Santchou Reserve, Cameroon Afric J Ecol 31(2): 165-171 77 Tien T., Gaskins M & Hubbell D (1979) Plant growth substances produced by Azospirillum brasilense and their effect on the growth In Applied and Environmental Microbiology 37(5): 1016–1024 78 Van Niel C.B (1966) Microbiology and molecular biology In The Quarterly review of biology 41(2): 105–112 64 79 Wilcox H E & Wang C J K (1987) Mycorrhizal and pathological associations of dematiaceous fungi in roots of 7-month-old tree seedlings Can J Forestry Res, 17 80 Zakria M., Udonishi K., Ogawa T., Yamamoto A., Saeki Y & Akao S (2008) Influence of inoculation technique on the endophytic colonization of rice by Pantoea sp isolated from sweet potato and by Enterobacter sp isolated from sugarcane Soil Science and Plant Nutrition 54(2): 224–236 81 Zinniel D K., Lambrecht P., Harris N B., Feng Z., Kuczmarski D., Higley P., Ishimaru C A., Arunakumari A., Barletta R G & Vidaver A K (2002) Isolation and characterization of endophytic colonizing bacteria from agronomic crops and prairie plants Applied and Environmental Microbiology 68(5): 2198–2208 65 PHỤ LỤC Đặc điểm hình thái khuẩn lạc chủng vi khuẩn nội sinh phân lập đƣợc Hình thái khuẩn lạc Chủng Hình Nhuộm Bề Đặc Viền Màu Hình ảnh thái tế gram mặt tính khuẩn sắc bào quang lạc học HDR1 Trơn Đục Tròn Trắng Trực bóng đục khuẩn ngắn HDR3 Trơn bóng Trong Tròn Vàng nhạt Cầu khuẩn + HDR4 Trơn nhầy Trong Tròn Trắng Cầu khuẩn + HDR’4 Trơn bóng Trong Lƣợn sóng Trắng Trực khuẩn ngắn + HDR5 Trơn bóng Đục Trịn Trắng đục Trực khuẩn ngắn - HDR’5 Trơn nhầy Trong Lƣợn sóng Trắng Trực khuẩn ngắn + HDR6 Trơn nhầy Đục Tròn Trắng Trực khuẩn ngắn + 66 Chủng HDR8 Hình thái khuẩn lạc Đặc Viền Màu tính khuẩn sắc quang lạc học Trơn Trong Trịn Vàng bóng nhạt Bề mặt Hình thái tế bào Trực khuẩn ngắn Nhuộm gram + HDR9 Trơn bóng Trong Trịn Trắng đục Trực khuẩn ngắn - HDR10 Trơn nhầy Đục Tròn Trắng đục Trực khuẩn ngắn + HDL2 Trơn bóng Trong Lƣợn sóng Trắng Trực khuẩn + HDL3 Trơn bóng Trong Tròn Trắng Trực khuẩn ngắn + HDL5 Trơn bóng Trong Trịn Trắng Trực khuẩn ngắn + HDT4 Trơn nhầy Đục Lƣợn sóng Trắng đục Trực khuẩn ngắn + HDT5 Trơn bóng Đục Lƣợn sóng Trắng đục Trực khuẩn ngắn + HDT9 Trơn bóng Trong Lƣợn sóng Trắng Cầu khuẩn + 67 Hình ảnh Chủng HDT11 Hình thái khuẩn lạc Bề Đặc Viền Màu mặt tính khuẩn sắc quang lạc học Trơn Trong Trịn Vàng bóng cam Hình Nhuộm thái tế gram bào Trực khuẩn ngắn + + TNR1 Trơn bóng Trong Trịn Trắng Trực khuẩn ngắn TNR2 Trơn bóng Trong Lƣợn sóng Vàng nhạt Trực khuẩn ngắn TNL1 Trơn nhầy Đục Trịn Trắng Cầu đục khuẩn - TNT0 Trơn bóng Đục Tròn Trắng đục Trực khuẩn ngắn + TNT2 Trơn bóng Trong Lƣợn sóng Cam nhạt Trực khuẩn ngắn + TNT3 Trơn bóng Trong Trịn Trắng Trực khuẩn ngắn - 68 Hình ảnh + Cầu khuẩnBề mặt Đặc tính quan Chủng CBR1 Hình thái khuẩn lạc Bề Đặc Viền Màu Hình Nhuộm thái tế gram mặt tính khuẩn sắc bào quang lạc học Trơn Đục Tròn Trắng Trực bóng đục khuẩn ngắn CBR2 Trơn khơ Đục Trịn Trắng đục Trực khuẩn ngắn - CBR5 Trơn bóng Trong Tròn Trắng Cầu khuẩn - CBR6 Trơn khơ Đục Lƣợn sóng Vàng nhạt Trực khuẩn ngắn + CBL1 Trơn nhầy Trong Tròn Trắng Trực khuẩn + CBL3 Trơn bóng Đục Trịn Trắng đục Trực khuẩn + CBT1 Trơn bóng Đục Trịn Trắng đục Trực khuẩn ngắn + CBT3 Trơn bóng Đục Trịn Trắng đục Trực khuẩn ngắn + 69 Hình ảnh Khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh phân lập 70 Ảnh hƣởng pH đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn 71 Ảnh hƣởng nồng độ Trp đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn Ảnh hƣởng thời gian đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn 72 Ảnh hƣởng nhiệt độ đến khả sinh IAA chủng vi khuẩn nội sinh đƣợc tuyển chọn 73