Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền loài mỡ (mangalietia conifera dandy) tại khu vực vườn quốc gia ba vì bằng phương pháp rapd

LỜI CẢM ƠN Để hồn thành chƣơng trình tốt nghiệp đại học chuẩn bị cho công việc tƣơng lai, qua trình học tập trƣờng Đại học Lâm Nghiệp nhận đƣợc nhiều động viên, giúp đỡ học tập nhƣ sống Nhân đây, xin đặc biệt gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS TS Vũ Quang Nam ThS Nguyễn Thị Huyền quan tâm giúp đỡ, hƣớng dẫn tận tình cho tơi thời gian thực khóa luận Trong thời gian thực khóa luận này, xin cảm ơn Quỹ Phát triển khoa học công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) tài trợ phần cho nghiên cứu đề tài mã số 106.03-2017.16 Xin đƣợc gửi tới thầy cô giảng viên Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp - Trƣờng Đại học Lâm Nghiệp lời chúc sức khỏe lời cảm ơn sâu sắc Vì quan tâm, dạy dỗ, bảo tận tình, chu đáo thầy suốt năm qua Cuối xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè ln bên cạnh động viên, quan tâm tạo điều kiện giúp đỡ tơi hồn thành chƣơng trình học tập Hà Nội, ngày 27 tháng năm 2018 Sinh viên Nguyễn Thiện Đạt i MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i MỤC LỤC ii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iv ĐẶT VẤN ĐỀ Chƣơng I TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Giới thiệu Mỡ 1.1.1 Vị trí phân bố 1.1.2 Đặc điểm hình thái 1.1.3 Đặc điểm sinh học 1.1.4 Công dụng Mỡ 1.2 Đa dạng di truyền số kỹ thuật phân tử ứng dụng nghiên cứu đa dạng di truyền thực vật 1.2.1 Đa dạng sinh học 1.2.2 Đa dạng di truyền 1.2.3 Một số thị phân tử thƣờng dùng nghiên cứu đa dạng sinh học 1.3 Một số ứng dụng kĩ thuật sinh học phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền 13 1.3.1 Một số nghiên cứu đa dạng di truyền giới 13 1.3.2 Một số nghiên cứu đa dạng di truyền Việt Nam 15 Chƣơng MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 Mục tiêu nghiên cứu 18 2.1.1 Mục tiêu chung 18 2.1.2 Mục tiêu cụ thể 18 2.2 Nội dung nghiên cứu 18 2.3 Vật liệu địa điểm nghiên cứu 18 2.3.1 Vật liệu nghiên cứu 18 ii 2.3.2 Địa điểm nghiên cứu 19 2.4 Hóa chất thiết bị sử dụng cho nghiên cứu 20 2.4.1 Hóa chất 20 2.4.2 Thiết bị, dụng cụ, máy móc thí nghiệm 20 2.5 Phƣơng pháp nghiên cứu 21 2.5.1 Phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số từ mẫu Mỡ 21 2.5.2 Phƣơng pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 22 2.5.3 Phƣơng pháp điện di gel agarose 24 2.5.4 Phƣơng pháp phân tích số liệu RAPD 25 Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 26 3.1 Kết tách chiết ADN tổng số từ mẫu Mỡ 26 3.2 Kết khuếch đại ADN kỹ thuật RAPD 11 cặp mồi ngẫu nhiên 26 3.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu 40 TÀI LIỆU THAM KHẢO iii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Viết đầy đủ Từ viết tắt ADN Axit deoxyribonucleic ARN Axit ribonucleic AFLP Amplified Fragment Length ADN BP Base pair CTAB Cetyl Trimethyl Amonium Bromide CS Cộng dNTP Deoxynucleotide triphosphate EDTA Ethylene Diamino Tetra Acetic acide G Gam Kb Kilobase Mg/l Miligam/lít OD Optical Density PCR Polymerase Chain Reaction PIC Polymorphism information content RAPD Random Amplified Polymorphism ADN SDS Sodium đoecyl sulphate STS Sequence Tagged Sites SSR Simple Sequence Repeats TAE Tris – Acetic acid - EDTA UV Ultra Violet V/P Vòng/phút iv DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1: Bảng ký hiệu mẫu Mỡ sử dụng nghiên cứu 19 Bảng 2.2 Thành phần dung dịch đệm tách 22 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR-RAPD 22 Bảng 2.4.Trình tự mồi sử dụng nghiên cứu 23 Bảng 2.5 Chu kỳ phản ứng PCR 24 Bảng 3.1 Kết sử dụng mồi RAPD nghiên cứu 27 Bảng 3.2 Các phân đoạn ADN đƣợc nhân ngẫu nhiên 30 Bảng 3.3 Các phân đoạn ADN đƣợc nhân ngẫu nhiên với mồi OPB18 đƣợc mã hóa thành kí hiệu 33 Bảng 3.4 Các phân đoạn ADN đƣợc nhân ngẫu nhiên với mồi OPE14 đƣợc mã hóa thành kí hiệu 36 Bảng 3.5 Các phân đoạn ADN đƣợc nhân ngẫu nhiên với mồi RM5 đƣợc mã hóa thành kí hiệu 39 Bảng 3.6 Hệ số tƣơng đồng di truyền 25 mẫu Mỡ Ba Vì nghiên cứu 43 v DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Thân Mỡ Hình 1.2 Lá hoa Mỡ Hình 3.1 Kết điện di ADN tổng sốcủa mẫu Mỡ từ M1 - M25 26 Hình 3.2 Kết băng ADN mẫu Mỡ Ba Vì đƣợc khuếch đại với mồi CP4 29 Hình 3.3 Kết băng ADN mẫu Mỡ Ba Vì đƣợc khuếch đại với mồi OPB18 32 Hình 3.4 Kết băng ADN mẫu Mỡ Ba Vì đƣợc khuếch đại với mồi OPE14 35 Hình 3.5 Kết băng ADN mẫu Mỡ Ba Vì đƣợc khuếch đại với mồi RM5 38 Hình 3.6 Sơ đồ biểu diễn mối quan hệ di truyền mẫu Mỡ Ba Vì nghiên cứu 45 vi ĐẶT VẤN ĐỀ Cây Mỡ có tên khoa học Manglietia conifera thuộc họ Mộc lan (Magnoliaceae) lồi gỗ đa tác dụng, có giá trị kinh tế bảo tồn cao Tại Việt Nam loài phân bố từ Lào Cai đến tỉnh Bắc Trung Bộ Gỗ Mỡ trắng vàng nhạt, mềm nhẹ, tỷ trọng độ ẩm 15% 0.48 Dăm mịn, thịt đều, co rút, nứt nẻ, bị mối mọt mục Gỗ Mỡ chịu đƣợc mƣa nắng, dễ cƣa xẻ, bào trơn, tiện, chạm trổ, bắt sơn, đóng đinh Mỡ loại gỗ tốt đƣợc nhân dân ƣa chuộng Thông thƣờng gỗ Mỡ đƣợc dùng vào nhiều công việc: làm cột, kèo nhà, làm đồ thủ công mỹ nghệ, làm đồ mộc, nguyên liệu công nghiệp gỗ ép ván gỗ dăm, bàn ghế, giƣờng, tủ, bút chì [1] Mặc dù Mỡ lồi mang lại nhiều giá trị, nhƣng chƣa có nghiên cứu phân tích đa dạng di truyền lồi Mỡ Ba Vì đƣợc báo cáo, nghiên cứu trƣớc tập trung vào phân tích hình thái lồi Mỡ, gần với phát triển sinh học đại, đời kỹ thuật sinh học phân tử AFLP, RAPD, SSR, SNP…đã cho phép đánh giá mối quan hệ di truyền cá thể, quần thể, xuất xứ cách nhanh chóng, thị RAPD loại thị đƣợc sử dụng phổ biến, RAPD kỹ thuật cho phép phát nhanh tính đa dạng di truyền quần thể, phƣơng pháp đơn giản, khơng địi hỏi kỹ thuật cao, khơng phải sử dụng đồng vị phóng xạ, phát nhiều phân đoạn ADN lúc, nên đƣợc sử dụng rộng rãi việc đánh giá đa dạng di truyền Để góp phần bảo tồn sử dụng nguồn gen hiệu giá trị kinh tế mà loài mang lại lựa chọn đề tài “Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền loài Mỡ (Manglietia conifera) khu vực Vƣờn Quốc Gia Ba Vì kỹ thuật RAPD” Chƣơng I TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Giới thiệu Mỡ 1.1.1 Vị trí phân bố Cây Mỡ có tên khoa học Manglietia conifera thuộc họ Mộc lan (Magnoliaceae) Mỡ đặc hữu miền Bắc nƣớc ta Phân bố nhiều vùng Yên Bái, Hà Giang, Tuyên Quang, Phú Thọ vào đến Thanh Hóa, Hà Tĩnh, rải rác đến tận Quảng Bình Những quần thể Mỡ cịn gặp lồi thứ sinh phục hồi sau nƣơng rẫy rừng trồng Mỡ thƣờng sống hỗn loài với Kháo, Giổi, Vạng trứng, Chò nâu, Trám, Gội, Xoan đào, Re Cây Mỡ thƣờng phân bố độ cao tuyệt đối 300 – 400m trở xuống, hệ đồi núi thấp dạng bát úp Mỡ loài gỗ đa tác dụng có giá trị kinh tế bảo tồn cao [1] Tại Việt Nam loài Mỡ phân bố từ Lào Cai đến tỉnh Bắc Trung Bộ Gỗ Mỡ màu trắng vàng nhạt, mềm nhẹ, tỷ trọng độ ẩm 15% 0.48 Dăm mịn, thịt đều, co rút, nứt nẻ, bị mối mọt mục Chịu đƣợc mƣa nắng, dễ cƣa xẻ, bào trơn, tiện, chạm trổ, bắt sơn, đóng đinh Gỗ Mỡ loại gỗ tốt đƣợc nhân dân ƣa chuộng Thƣờng gỗ Mỡ đƣợc dùng vào nhiều công việc: làm cột, kèo nhà, làm đồ thủ công mỹ nghệ, làm đồ mộc, nguyên liệu công nghiệp gỗ ép ván gỗ dăm, bàn ghế, giƣờng, tủ, bút chì [1] 1.1.2 Đặc điểm hình thái Hình 1.1 Thân Mỡ (Ảnh: Nguyễn Thiện Đạt) Mỡ gỗ lớn thƣờng xanh cao tới 25 - 30m, đƣờng kính ngang ngực 30 cm tới 50 - 60 cm Hình dạng thân cây: thân đơn trục thẳng, tròn đều, độ thon nhỏ Tán có hình tháp Vỏ nhẵn màu xám xanh, khơng nứt, nhiều lỗ bì trịn Lớp vỏ màu trắng ngà, thơm nhẹ Hình 1.2 Lá hoa Mỡ (Nguồn: Internet) Cành non xanh nhạt gần thẳng góc với thân Lá kèm bao chồi rụng sớm để lại sẹo vòng quanh cành Đặc điểm rễ: Mỡ có hệ rễ phát triển, rễ cọc ăn sâu - m, rễ ngang nhiều nhánh ăn dài hƣớng, tập trung tầng đất mặt độ sâu khoảng 10 - 30 cm Đặc điểm tinh dầu: dầu Manglietia conifera chúng β–caryophyllene (29.9%), α-humulene (7.4%), (E) -nerolidol (6.3%), caryophyllene oxide (5.5%) [1] 1.1.3 Đặc điểm sinh học Mỡ đặc hữu miền Bắc Việt Nam, phân bố nhiều vùng Yên Bái, Hà Giang, Tuyên Quang, Phú Thọ vào đến Thanh Hoá, Hà Tĩnh, rải rác đến tận Quảng Bình Mỡ thƣờng sống hỗn lồi với Kháo, Giổi, Vạng trứng, Chò nâu, Trám, Gội, Xoan đào, Re Mỡ tái sinh tự nhiên ít, thấy nơi thảm tƣơi thƣa, có khả tái sinh chồi khoẻ Mỡ ƣa sáng, nhỏ cần ánh sáng yếu Vào mùa hè có ánh sáng mạnh cần có độ che thích hợp sinh trƣởng tốt Mỡ thích hợp với nơi có nhiệt độ trung bình năm 22 - 24 C, lƣợng mƣa 1600mm, riêng vùng có gió Lào lƣợng mƣa phải đạt 2000mm cần độ ẩm khơng khí 80% Khơng trồng Mỡ nơi có gió Lào thổi mạnh Mỡ trồng gặp sƣơng muối, nhiệt độ xuống thấp bị hại, táp lá, héo Mỡ thích hợp trồng đất rừng kiệt, rừng khai thác trắng, rừng nứa, rừng nứa xen bụi, đất feralit đỏ vàng, sâu, ẩm, mát, thoát nƣớc, nhiều mùn phát triển đá phiến thạch sét, phiến thạch mica Chú ý không trồng đƣợc Mỡ đất cỏ tranh, đất đồi trọc [2] 1.1.4 Công dụng Mỡ Cây Mỡ cho khai thác tỉa thƣa sau - năm trồng để lấy gỗ làm kèo nhà, đóng đồ gia dụng Sau 15 năm, gỗ Mỡ khai thác phục vụ cho công nghiệp nhu cầu khác 3.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu Để xác định đƣợc khoảng cách di truyền 25 mẫu Mỡ Ba Vì thơng qua hệ số tƣơng đồng di truyền biểu đồ hình cách sau: từ hình ảnh số liệu PCR - RAPD đƣợc thống kê băng điện di (xuất = 1, không xuất = 0) xử lý phân tích chƣơng trình NTSYSpc version 2.1 ta xác định đƣợc khoảng cách di truyền mẫu Mỡ nghiên cứu Để kiểm tra phƣơng pháp phân nhóm, chúng tơi tiến hành xác định giá trị tƣơng quan kiểu hình theo phƣơng pháp tính hệ số di truyền giống Jaccard Biểu đồ hình đƣợc thiết lập dựa giá trị tƣơng quan cao với giá trị r >= 0.9: tƣơng quan chặt, r = 0.8 - 0.9: tƣơng quan chặt, r = 0.7 - 0.8: tƣơng quan tƣơng đối chặt, r >= 0.7: tƣơng quan không chặt Hệ số tƣơng đồng di truyền Jaccard cho biết mối quan hệ mặt di truyền mẫu cần phân tích Trị số Jaccard tiến mức độ tƣơng đồng di truyền mẫu thấp ngƣợc lại, tiến mức độ tƣơng đồng di truyền cao Với cách tính hệ số di truyền giống phản ánh mối tƣơng quan kiểu hình mẫu Mỡ dao động lớn từ 0.48 đến 0.90 Trong đó, giá trị tƣơng quan kiểu hình (r) lớn 0.90 tính theo hệ số di truyển Jaccard Bảng 3.6 cho biết tƣơng đồng di truyền cặp mẫu Mỡ nghiên cứu Kết cho thấy có cặp sau có hệ số di truyền thấp: cặp M9 M25 với hệ số di truyền 0.48, mẫu M9 thu khu vực mẫu M25 thu khu vực 3, khu vực nằm xa mặt địa lý; cặp M1 M23, cặp M2 M11, cặp M8 M25 có hệ số tƣơng đồng 0.50, cặp mẫu đƣợc thu thập vị trí cách xa Qua thấy cặp có quan hệ di truyền xa hay nói cách khác cặp có đa dạng di truyền cao Chúng ta tiếp tục sử dụng kết để tiếp tục cho thí nghiệm tiếp theo, ví dụ dùng cặp để tiến hành lai tạo giống thu đƣợc nhiều gen trội 40 giúp cho sinh trƣởng phát triển tốt so với cặp khác lai tạo với Qua xử lí tính tốn thu đƣợc kết hệ số tƣơng đồng trung bình 0.80 điều cho thấy mức độ tƣơng đồng mẫu Mỡ Ba Vì từ vị trí cốt 1100m đến xung quanh đền thờ Bác đỉnh Vua núi Ba Vì cao Hay nói cách khác độ đa dạng di truyền mẫu Mỡ Ba Vì nghiên cứu tƣơng đối thấp Điều cá thể có mối quan hệ di truyền gần Giản đồ phả hệ di truyền hay sơ đồ hình thể mối quan hệ di truyền 25 mẫu Mỡ nghiên cứu (hình 3.6) Sơ đồ hình tính theo hệ số Jaccard kiểu phân nhóm UPGMA mức độ sai khác di truyền 25 mẫu Mỡ thu thập Vƣờn Quốc gia Ba Vì Mức độ khác đƣợc biểu hệ số sai khác mẫu Các mẫu có hệ số di truyền giống tƣơng tự đƣợc xếp thành nhóm, nhóm lại có liên hệ với Qua giản đồ thể hình 3.6 cho thấy 25 mẫu Mỡ nghiên cứu đƣợc phân thành nhóm A B mức tƣơng đồng di truyền 0.62 Trong đó, nhóm A gồm mẫu M11 M13 có tƣơng đồng di truyền 0.78 hay khác biệt di truyền 22% 23 mẫu cịn lại nhóm B mức tƣơng đồng di truyền 0.64 tiếp tục đƣợc chia thành nhóm nhỏ B1 (gồm 14 mẫu: M1, M2, M3, M4, M5, M6, M7, M8, M9, M10, M12, M14, M15, M17) B2 (gồm mẫu: M16, M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25) Nhóm nhỏ B1 mức tƣơng đồng di truyền 0.65 đƣợc chia thành nhánh nhỏ B1.1 gồm mẫu M1 M17 có tƣơng đồng di truyền 0.60 hay có đa dạng di truyền 40%, mẫu đƣợc thu khu vực khác (khu vực khu vực 3); nhánh nhỏ B1.2 gồm 12 mẫu (M2, M3, M4, M5, M6, M7, M8, M9, M10, M12, M14, M15), có mẫu M3 M4 đƣợc thu khu vực có tƣơng đồng di truyền cao 25 mẫu Mỡ nghiên cứu (r = 0,90) Nhóm nhỏ B2 đƣợc chia thành nhánh nhỏ B2.1 (gồm mẫu: M16, M18, M19, M20, M22) B2.2 (gồm mẫu: M21, M23, M24, M25) mức tƣơng đồng di truyền 0,74 41 Các kết thu đƣợc nghiên cứu tiền đề quan trọng giúp cho công tác bảo tồn, lai tạo giống phát triển quần thể Mỡ Vƣờn Quốc gia Ba 42 Bảng 3.6 Hệ số tƣơng đồng di truyền 25 mẫu Mỡ Ba Vì nghiên cứu M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 M1 1.00 M2 0.76 1.00 M3 0.72 0.76 1.00 M4 0.66 0.79 0.90 1.00 M5 0.67 0.78 0.81 0.81 1.00 M6 0.57 0.74 0.74 0.74 0.79 1.00 M7 0.60 0.60 0.78 0.71 0.69 0.76 1.00 M8 0.62 0.62 0.83 0.76 0.74 0.78 0.85 1.00 M9 0.71 0.64 0.78 0.78 0.69 0.76 0.75 0.85 1.00 M10 0.67 0.71 0.78 0.74 0.66 0.69 0.72 0.74 0.72 1.00 M11 0.57 0.50 0.60 0.57 0.55 0.60 0.72 0.71 0.62 0.62 1.00 M12 0.64 0.67 0.85 0.81 0.72 0.76 0.79 0.88 0.83 0.79 0.66 1.00 M13 0.59 0.55 0.72 0.62 0.60 0.57 0.67 0.76 0.67 0.71 0.78 0.71 1.00 M14 0.59 0.59 0.83 0.72 0.67 0.71 0.74 0.79 0.74 0.74 0.60 0.85 0.69 1.00 M15 0.59 0.72 0.69 0.69 0.74 0.85 0.67 0.66 0.67 0.74 0.50 0.71 0.52 0.76 1.00 M16 0.60 0.57 0.71 0.64 0.62 0.69 0.79 0.74 0.72 0.69 0.69 0.72 0.64 0.67 0.60 1.00 M17 0.71 0.60 0.67 0.64 0.69 0.66 0.66 0.64 0.72 0.66 0.69 0.66 0.60 0.64 0.71 0.72 1.00 M18 0.64 0.67 0.71 0.67 0.69 0.69 0.69 0.64 0.62 0.69 0.59 0.69 0.57 0.64 0.67 0.86 0.76 1.00 M19 0.66 0.69 0.72 0.69 0.67 0.67 0.67 0.62 0.60 0.78 0.64 0.71 0.62 0.66 0.72 0.74 0.74 0.88 43 M19 1.00 M20 M21 M22 M23 M24 M25 M20 0.60 0.60 0.64 0.57 0.52 0.52 0.66 0.57 0.55 0.72 0.66 0.66 0.64 0.57 0.57 0.76 0.66 0.79 0.78 1.00 M21 0.53 0.64 0.60 0.64 0.59 0.62 0.62 0.57 0.59 0.69 0.52 0.62 0.50 0.60 0.67 0.72 0.62 0.76 0.78 0.69 1.00 M22 0.53 0.53 0.67 0.60 0.55 0.62 0.76 0.71 0.62 0.72 0.66 0.66 0.64 0.55 0.72 0.69 0.79 0.81 0.66 0.83 0.72 1.00 M23 0.50 0.53 0.60 0.60 0.66 0.66 0.66 0.60 0.59 0.66 0.59 0.66 0.63 0.64 0.67 0.72 0.69 0.79 0.81 0.66 0.83 0.72 1.00 M24 0.59 0.59 0.69 0.66 0.60 0.60 0.67 0.62 0.60 0.74 0.08 0.67 0.66 0.66 0.66 0.74 0.74 0.71 0.79 0.78 0.78 0.78 0.81 1.00 M25 0.53 0.57 0.60 0.57 0.59 0.55 0.55 0.50 0.48 0.66 0.62 0.59 0.57 0.64 0.67 0.66 0.72 0.72 0.81 0.72 0.76 0.66 0.83 0.88 44 1.00 Hệ số tƣơng đồng di truyền Hình 3.6 Sơ đồ biểu diễn mối quan hệ di truyền mẫu Mỡ Ba Vì nghiên cứu 45 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận 1) Tách chiết ADN tổng số từ mẫu Mỡ cho kết tốt, băng ADN tổng số nét, đủ hàm lƣợng chất lƣợng để thực phản ứng RAPD 2) Trong 11 mồi RAPD sử dụng, phản ứng PCR - RAPD cho kết nhân đƣợc 58 phân đoạn ADN, có 57 phân đoạn đa hình, tỷ lệ phân đoạn đa hình chiếm 98.3% Kết thu đƣợc tổng số 652 băng ADN 25 mẫu Mỡ nghiên cứu, có 627 băng đa hình, tỷ lệ băng đa hình chiếm 96.2% 3) Kết phân tích NTSYSpc cho thấy mẫu Mỡ nghiên cứu có hệ số đồng dạng di truyền phát sinh nằm khoảng từ 0.48 đến 0.90 Hệ số tƣơng đồng di truyền cặp mẫu Mỡ nghiên cứu cho thấy có cặp sau có hệ số di truyền thấp: cặp M9 M25 với hệ số di truyền 0.48, mẫu M9 thu khu vực mẫu M25 thu khu vực 3, khu vực nằm xa mặt địa lý; cặp M1 M23, cặp M2 M11, cặp M8 M25 có hệ số tƣơng đồng 0.50, cặp mẫu đƣợc thu thập vị trí cách xa Qua giản đồ thể hình 3.6 cho thấy 25 mẫu Mỡ nghiên cứu đƣợc phân thành nhóm A B mức tƣơng đồng di truyền 0.62 Trong đó, nhóm A gồm mẫu M11 M13 có tƣơng đồng di truyền 0.78 hay khác biệt di truyền 22% 23 mẫu cịn lại nhóm B mức tƣơng đồng di truyền 0.64 tiếp tục đƣợc chia thành nhóm nhỏ B1 (gồm 14 mẫu: M1, M2, M3, M4, M5, M6, M7, M8, M9, M10, M12, M14, M15, M17) B2 (gồm mẫu: M16, M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25) Nhóm nhỏ B1 mức tƣơng đồng di truyền 0.65 đƣợc chia thành nhánh nhỏ B1.1 gồm mẫu M1 M17 có tƣơng đồng di truyền 0.60 hay có đa dạng di truyền 40%, mẫu đƣợc thu khu vực khác (khu vực khu vực 3); nhánh nhỏ B1.2 gồm 12 mẫu (M2, M3, M4, M5, M6, M7, M8, M9, M10, M12, M14, M15), có mẫu M3 M4 đƣợc thu khu vực có tƣơng đồng di truyền cao 46 25 mẫu Mỡ nghiên cứu (r = 0,90) Nhóm nhỏ B2 đƣợc chia thành nhánh nhỏ B2.1 (gồm mẫu: M16, M18, M19, M20, M22) B2.2 (gồm mẫu: M21, M23, M24, M25) mức tƣơng đồng di truyền 0,74 Kiến nghị Tiếp tục thị RAPD để đánh giá cách xác mối quan hệ di truyền quần thể Mỡ Vƣờn Quốc Gia Ba Vì Sử dụng kết hợp thị khác nhƣ SSR, AFLP để đánh giá mối quan hệ di truyền quần thể Mỡ VQG Ba Vì 47 TÀILIỆUTHAMKHẢO Tài liệu Việt Nam [1] Đào Xuân Thu (2011), nâng cao chất lƣợng gỗ Mỡ (Manglietia conifera Dandy) rừng trồng phƣơng pháp biến tính hóa học với mục đích nâng cao ổn định kích thƣớc cho gỗ Mỡ rừng trồng để từ nâng cao giá trị sử dụng Mỡ vấn đề cần thiết có ý nghĩa [2] Viện khoa học Lâm Nghiệp Việt Nam VAFS (Vietnamese Academy of Forest Sciences) (2014), kỹ thuật trồng Mỡ gồm nội dung chính: đặc điểm hình thái, đặc tính sinh thái, giống tạo con; kỹ thuật trồng chăm sóc; khai thác sử dụng [3] Công ƣớc đa dạng sinh học năm 1992, Việt Nam tham gia ký kết ngày 16/11/2014 [4] Nhiều tác giả (2004), thuốc động vật làm thuốc Việt Nam, tập I, nhà xuất khoa học kỹ thuật - Hà Nội, 872-873 [5] Hoàng Kim Ngũ, Phùng Ngọc Lan (2005), Sinh thái rừng: Giáo trình ĐH Lâm nghiệp, Nhà xuất Nơng nghiệp, Hà Nội [6] Phạm Nhật (2001), giảng đa dạng sinh học, trƣờng đại học Lâm Nghiệp, 2-83 [7] Phạm Bình Quyền, Nguyễn Nghĩa Thìn (2002), Đa dạng sinh học, NXBNơng nghiệp Hà Nội 9-85 [8] Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang, 1999 Di truyền phân tử - Những nguyên tắc chọn giống trồng Nhà xuất Nông nghiệp [9] Nguyễn Thị Lang, 2002 Phƣơng pháp nghiên cứu Công nghệ sinh học Nhà xuất Nông nghiệp [10] Lê Duy Thành, 2000 Cơ sở di truyền chọn giống thực vật Nhà xuất khoa học kỹ thuật Hà Nội 159trang [11] Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng.1997 Sinh học phân tử Nhà xuất Giáo dục [12] Trƣơng Quang Vinh, Nguyễn Thị Tâm, Đỗ Tiến Phát, Nguyễn Thanh Danh (2008) Đánh giá đa hình ADN số giống khoai tây (solanum tuberosum L.) kỹ thuật RAPD Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển nơng Thơn, số 1:2025 [13] Nguyễn Hồng Nghĩa, Nguyễn Đức Thành, Trần Thùy Linh (2007) kết phân tích đa dạng di truyền loài Gõ đỏ (Afzelia xylocarpa (Kurz)) thị phân tử RAPD Tạp chí Nơng nghiệp &PTNT, 14/2007 [14] Trƣơng Quang Vinh, Nguyễn Thị Tâm, Đỗ Tiến Phát, Nguyễn Thanh Danh (2008) Đánh giá đa hình ADN số giống khoai tây (solanum tuberosum L.) kỹ thuật RAPD Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển nơng Thơn [15] Chu Hồng Mậu, Nguyễn Thị Hoa Lan (2005), “Đa dạng di truyền số giống lạc trồng (Archis hypogaea L.)”, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, Nxb KH&KT Hà Nội, tr.1304 - 1307 [16] Nei, M and Li, W.H.1979 Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases Proc Natl Acad Sci USA 76, 5269–5273 [17] Nguyễn Văn Giang, Vũ Ngọc Lan, Tống Văn Hải (2013), “Nghiên cứu đa dạng di truyền Khoai Môn – Sọ thị phân tử ADN”, Tạp chí Khoa học Phát triển, tập 11, số 1: 1-6 [18] Trần Đức Vƣợng, Bùi Ngọc Quang, Lƣơng Văn Tiến, Hoàng Văn Thắng, Trần Hồ Quang (2014), “Đánh giá đa dạng di truyền xuất xứ Lai (Aleurites moluccana (L.) Willd) thị RAPD”, Tạp chí KHLN 3/2014 (3382 - 3389) [19] Hà Văn Huân, “Phân tích quan hệ di truyền quần thể Long Não (Cinnamomum camphora L.Presl) kỹ thuật PCR-RAPD”, Tạp chí khoa học cơng nghệ Lâm Nghiệp số năm 2015 [20] Hoàng Đăng Hiếu, Chu Thị Thu Hà, Phạm Bích Ngọc , Lâm Đại Nhân, Nguyễn Thị Thúy Hƣờng , Chu Hoàng Hà (2016), “Sử dụng thị ISSR việc đánh giá đa dạng di truyền quần thể Ba Kích Quảng Ninh”, Tạp chí Sinh học (2016), 38(1): 89-95 Tài liệu nƣớc [21] Kumar R S., Parthiban K.T., Rao M G (2009), “Molecular characterization of Jatropha genetic resources through inter-simple sequence repeat (ISSR) markers”, Mol Biol Rep,36, 1951-1956 [22] E Chisha-Kasumu, S Woodward, A Price (2009), “RAPD markers demonstrate genetic diversity in Pterocarpus angolensis from Zimbabwe and Zambia”E Chisha-Kasumu , S Woodward & A Price [23] Z Mahmood, F Raheel, A Dasti, S Shahzadi, M Athar, M Qayyum (2009), “Genetic diversity analysis of the species of Gossypium by using RAPD markers”, African Journal of Biotechnology, Vol 8, No 16 [24] R Basheer-Salimia, M Shtaya, M.Awad, J.Abdallah ADN Y.Hamdan (2013),”Genetic diversity of Palestine lADNraces of faba bean (Vicia faba) [25] Xingfeng Zhao, Yongpeng Ma, Weibang Sun, Xiangying Wen, ADN Richard Milne (2012), “High Genetic Diversity ADN Low Differentiation of Michelia coriacea (Magnoliaceae), a Critically Endangered Endemic in Southeast Yunnan, China”, Int J Mol Sci 13, 4396-4411; doi:10.3390/ijms13044396 [26] Kamran Ashraf, Altaf Ahmad, Anis Chaudhary, Mohd Mujeeb, Sayeed Ahmad, Mohd Amir, ADN N Mallicka (2014), “Genetic diversity analysis of Zingiber Officinale Roscoe by RAPD collected from subcontinent of India”, Saudi J Biol Sci 21(2): 159–165 [27] Sylwia Okoń, Edyta Paczos-Grzęda, Magdalena Łoboda, Danuta Sugier (2014), “Indentifiacion of genetic diversity among Arnica montana L genoypes RAPD markers”, Acta Sci Pol., Hortorum Cultus, 13(4), 63-71 [28] Yadav J P, SADNeep Kumar, Manila Yadav, Sangeeta, Sanjay Yadav(2014), “Assessment of genetic diversity using RAPD marker among different accessions of Salvadora oleoides of North-West India” May 1, Volume 4; Issue [29] Muhammad Faisal Anwar Malik, Kaleem Tariq, Afsari S Qureshi, Muhammad Rashid Khan, Muhammad Ashraf, Gul Naz & Asad Ali (2017), “Analysis of genetic diversity of soybean germplasm from five different origins using RAPD markers”, Journal: Acta Agriculturae ScADNinavica, Section B — Soil & Plant Science Volume 67, Issue Phụ lục Bảng 3.7 Bảng ma trận mã hóa băng DNA thu đƣợc điện di 25 mẫu Mỡ Ba Vì với 11 mồi RAPD Mồi CP4 CP7 CP8 CP15 Băng M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 500 0 0 0 0 680 0 0 1 850 0 1 1000 1 1 1100 1 1 1500 0 0 400 0 450 1 500 600 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 M19 M20 M21 M22 M23 M24 M25 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 700 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 800 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1350 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1600 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 400 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 450 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 550 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 750 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1000 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 450 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 600 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 800 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1100 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 CP17 OPB11 OPB18 OPE14 OPG13 RM1 1400 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1500 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 500 0 0 1 1 1 1 0 0 0 750 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 850 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1000 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1500 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1900 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 400 1 0 0 0 0 0 0 0 0 800 1 0 0 0 0 0 0 0 300 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 500 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 700 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 800 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 400 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 500 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 800 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 900 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 400 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 500 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 650 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 300 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 0 400 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 500 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 600 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 800 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 900 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 1000 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 RM5 1400 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 500 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 700 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 900 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1000 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1400 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0