Phân tích codon đặc trưng trong cấu trúc gen ftsz mã hóa protein tham gia vào quá trình phân chia tế bào ở chi lactococcus

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: PHÂN TÍCH CODON ĐẶC TRƢNG TRONG CẤU TRÚC GEN ftsZ MÃ HĨA PROTEIN THAM GIA VÀO Q TRÌNH PHÂN CHIA TẾ BÀO Ở CHI Lactococcus Hà Nội-2023 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHỐ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: PHÂN TÍCH CODON ĐẶC TRƢNG TRONG CẤU TRÚC GEN ftsZ MÃ HÓA PROTEIN THAM GIA VÀO QUÁ TRÌNH PHÂN CHIA TẾ BÀO Ở CHI Lactococcus Ngƣời thực : Phạm Thu Hà Khoá : K64 Mã sinh viên : 640941 Ngành : Công nghệ sinh học Ngƣời hƣớng dẫn : TS Chu Đức Hà ThS Trần Thị Hồng Hạnh Hà Nội-2023 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu khóa luận Mọi kết thu đƣợc nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, kết khóa luận chƣa đƣợc cơng bố Tơi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà nội, ngày tháng Sinh viên thực Phạm Thu Hà i năm LỜI CẢM ƠN Trong suốt q trình làm hồn thiện báo cáo khóa luận tốt nghiệp, cố gắng thân, em gặp phải nhiều khó khăn thiếu sót nhƣng với hƣớng dẫn tận tình, chu đáo Cơ ThS Trần Thị Hồng Hạnh trực thuộc Bộ môn Công nghệ Vi Sinh - Khoa Công nghệ sinh học, trƣờng Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Thầy TS Chu Đức Hà - Khoa C ng nghệ N ng nghiệp, trƣờng Đại học C ng nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội gi p đỡ em có đƣợc kinh nghiệm quý báu để hoàn thành tốt báo cáo bên cạnh kiến thức xã hội bổ ch khác Bên cạnh đó, em xin chân thành cảm ơn gi p đỡ, bảo nhiệt tình Thầy, Cô, Anh, Chị thuộc Khoa C ng nghệ N ng nghiệp, Đại học C ng nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội, nơi em tiến hành khóa luận tốt nghiệp Cuối c ng, em xin chân thành cảm ơn gi p đỡ thầy c công tác Bộ môn Sinh học - Khoa Công nghệ sinh học, trƣờng Học viện Nông Nghiệp Việt Nam lu n tận tâm giảng dạy truyền đạt cho em kiến thức kinh nghiệm quý báu để em làm hành trang bƣớc vào sống Em xin chân thành cảm ơn! Hà nội, ngày tháng Sinh viên thực Phạm Thu Hà ii năm MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT vi DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH viii TÓM TẮT x PHẦN I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đ ch yêu cầu đề tài 1.2.1 Mục đ ch đề tài 1.2.2 Yêu cầu đề tài 1.3 Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài 1.3.1 Ý nghĩa khoa học 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn PHẦN II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan chi Lactococcus 2.2 Nguồn gốc, xuất xứ chi Lactococcus 2.3 Đặc điểm hình thái chi Lactococcus 2.4 Đặc điểm di truyền chi Lactococcus 2.5 Vai trò chi Lactococcus 2.5.1 Vai trị ngành cơng nghiệp thực phẩm 2.5.2 Vai trò việc phát triển hệ thống phân phối vắc xin 2.5.3 Lactococcus nhƣ loại men vi sinh Probiotic 2.5.4 Lactococcus với số lợi ch sức khỏe ngƣời 2.6 Giới thiệu protein FtsZ 10 2.6.1 Giới thiệu chung protein FtsZ 10 iii 2.6.2 Cấu trúc FtsZ 11 2.6.3 Vai trò FtsZ 13 2.7 Tình hình nghiên cứu 15 2.7.1 Tình hình nghiên cứu giới 15 2.7.2 Tình hình nghiên cứu nƣớc 17 PHẦN III PHẠM VI, NỘI DUNG, ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 3.1 Phạm vi nghiên cứu 19 3.1.1 Thời gian nghiên cứu 19 3.1.2 Địa điểm nghiên cứu 19 3.2 Nội dung nghiên cứu 19 3.3 Dữ liệu nghiên cứu 19 3.4 Phƣơng pháp nghiên cứu 19 3.4.1 Phƣơng pháp xác định giải họ gen mã hóa FtsZ chi Lactococcus 19 3.4.2 Phƣơng pháp phân t ch đặc tính protein FtsZ chi Lactococcus 21 3.4.3 Phƣơng pháp xây dựng phát sinh 22 3.4.4 Phƣơng pháp phân t ch vị tr cƣ tr nội bào 23 3.4.5 Phƣơng pháp xây dựng mô hình cấu trúc khơng gian FtsZ chi Lactococcus 25 3.4.6 Phƣơng pháp phân t ch cấu tr c đặc trƣng cho FtsZ chi Lactococcus 26 PHẦN IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 28 4.1 Kết xác định giải họ gen mã hóa FtsZ chi Lactococcus 28 4.2 Kết phân t ch đặc tính protein FtsZ chi Lactococcus 29 4.3 Kết xây dựng phát sinh 35 4.4 Kết phân tích vị tr cƣ tr nội bào protein FtsZ chi Lactococcus.36 4.5 Kết xây dựng mơ hình cấu trúc khơng gian FtsZ chi Lactococcus 38 iv 4.6 Cấu tr c đặc trƣng cho FtsZ chi Lactococcus 40 PHẦN V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 46 5.1 Kết luận 46 5.2 Kiến nghị 46 DANH MỤC LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO 48 PHỤ LỤC 55 v DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT STT Chữ viết tắt Giải thích Tiếng Anh Giải thích Tiếng Việt CDS Coding DNA sequence Trình tự DNA mã hóa CTT C-terminal tail Một đu i C ngắn CTL C-terminal linker Trình liên kết đầu cuối C CTV C-terminal variable Vùng biến đầu cuối DNA Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic GRAVY GTP GTP-binding pocket Túi liên kết II Instability index Độ bất ổn định L Length Chiều dài (aa) 10 LAB Lactic acid bacteria Vi khuẩn lactic 11 Mw Molecular weight Trọng lƣợng phân tử (kDa) 12 NTP N-terminal peptide Peptide đầu tận N 13 NCBI National Center for Trung tâm thông tin Công Biotechnology Information nghệ Sinh học Quốc gia 14 Pi Theoretical Pi Điểm đẳng điện Grand average of hydropathicity vi Độ ƣa nƣớc trung bình DANH MỤC BẢNG Bảng 4.1 Th ng tin họ gene ftsZ chi Lactococcus 28 Bảng 4.2 Đặc t nh FtsZ chi Lactococcus 30 Bảng 4.3 Vị tr cƣ tr nội bào protein FtsZ chi Lactococcus 37 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Hình thái vi khuẩn Lactococcus Hình 2.2 Một số ứng dụng chi Lactococcus ngành c ng nghiệp thực phẩm Hình 2.3 Cấu tr c tinh thể v ng chức FtsZ 12 Hình 2.4 Cấu tr c miền FtsZ 13 Hình 3.1 Phƣơng pháp xác định ch giải họ gene mã hóa FtsZ chi Lactococcus 20 Hình 3.2 Phƣơng pháp phân t ch đặc t nh lý hố nhóm FtsZ chi Lactococcus 21 Hình 3.3 Phƣơng pháp phân nhóm nhóm FtsZ sở liệu MEGA 11 23 Hình 3.4 Phƣơng pháp dự đốn vị tr phân bố nhóm FtsZ lồi Lactococcus 24 Hình 3.5 Sơ đồ bƣớc tiến hành xây dựng m hình cấu tr c kh ng gian FtsZ loài Lactococus 25 Hình 3.6 Sơ đồ bƣớc tiến hành phân t ch cấu tr c đặc trƣng FtsZ loài Lactococus 26 Hình 4.1 Biểu đồ k ch thƣớc trọng lƣợng phân tử họ gene ftsZ chi Lactococcus 31 Hình 4.2 Biểu đồ điểm đẳng điện họ gene ftsZ chi Lactococcus 32 Hình 4.3 Biểu đồ độ bất ổn định họ gene ftsZ chi Lactococcus 33 Hình 4.4 Biểu đồ số béo độ ƣa nƣớc họ gene FtsZ chi Lactococcus 34 Hình 4.5 Phân nhóm FtsZ chi Lactococcus 35 Hình 4.6 M hình cấu tr c 22 FtsZ chƣa biết chức chi Lactococcus 38 viii aa khác (Silber et al., 2020) Các nghiên cứu gần khẳng định điểm kết thúc v ng NTP có dƣ lƣợng I (Rossmann et al., 1974; Silber et al., 2020) Ví dụ, vùng NTP protein FtsZ đƣợc tìm thấy Methanococcus jannaschii B subtilis lần lƣợt chứa 39 13 aa (Löwe, 1998; Raymond et al., 2009) Cho đến chức phận chƣa đƣợc phân công (Silber et al., 2020) Thật thú vị, vùng liên kết GTP protein FtsZ đƣợc báo cáo cung cấp giao diện cho trình trùng hợp từ đầu đến đu i protein FtsZ thành sợi nguyên sinh (Scheffers et al., 2002) Tiếp theo, vùng CTV protein FtsZ đƣợc tìm thấy B subtilis đƣợc báo cáo t ch điện dƣơng cao với sáu gốc aa đƣợc bảo tồn (NRNKRG) (Raymond cộng sự, 2009) V ng đóng vai trị quan trọng tƣơng tác bên protein FtsZ sợi nguyên sinh Vùng CTL miền khơng có cấu tr c đƣợc địa hóa vị trí liên kết GTP vùng CTT/CTV Kích thƣớc khu vực đƣợc báo cáo khác nhau, lên tới 330 aa (Vaughan et al., 2004) Kết hợp lại với nhau, phát cung cấp tảng cho tiến hóa phân tử protein FtsZ vi khuẩn, vi khuẩn cổ sinh vật nhân thực 41 Hình 4.8 Kết phƣơng pháp xác định cấu trúc đặc trƣng cho FtsZ chi Lactococcus 42 Hình 4.9 Vùng NTP 22 protein FtsZ chi Lactococcus gene mã hố FtsZ lồi khác Hình 4.10 Vùng GTP 22 protein FtsZ chi Lactococcus gene mã hố FtsZ lồi khác 43 Hình 4.11 Vùng CTT protein FtsZ chi Lactococcus gene mã hố FtsZ lồi khác Hình 4.12 Vùng CTL 22 protein FtsZ chi Lactococcus gene mã hố FtsZ lồi khác 44 Hình 4.13 Vùng CTV 22 protein FtsZ chi Lactococcus gene mã hoá FtsZ loài khác 45 PHẦN V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận - Dựa liệu proteome genome loài thuộc chi Lactococcus, nghiên cứu xác định đƣợc tổng số 22 trình tự protein ftsZ chi Lactococcus - Phân t ch đặc tính lý hóa cho thấy protein ftsZ chi Lactococcus đa dạng k ch thƣớc, trọng lƣợng phân tử, số bất ổn định số béo Protein ftsZ chi Lactococcus có giá trị điểm đẳng điện acid, có t nh ƣa nƣớc - Phân tích vị tr cƣ tr nội bào cho thấy protein ftsZ chi Lactococcus phân bố tế bào chất - Vùng bảo thủ protein ftsZ chi Lactococcus chia làm vùng riêng biệt gi p ch ng đóng vai trị q trình phân chia tế bào 5.2 Kiến nghị Tiếp tục mở rộng nghiên cứu họ gene mã hóa FtsZ nhằm đánh giá vai trị chúng q trình phân chia tế bào loài chi Lactococcus 46 DANH MỤC LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN Hai Van Tong, Pham Thu Ha, Le Thi Van, Nguyen Quoc Trung, Tran Thi Hong Hanh, Pham Phuong Thu, Tran Van Tien, Nguyen Hai Phuong, Ha Duc Chu (2023) Comparative Analysis of an Integral Component of the Bacterial Cell Division from Lactococcus and Bacillus Genus Vietnam Journal of Agricultural Science (Đã gửi đăng) 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Huỳnh Ngọc Thanh Tâm, Nguyễn Lê Hồng Diệp Phan Thị Thu Sƣơng, 2019 Phân lập tuyển chọn dòng vi khuẩn Lactobacillus có tiềm probiotic từ mơn (Colocasia esculenta (L.) Schott) Tạp chí Khoa học Trƣờng Đại học Cần Thơ 55(1B): 15-23 Hoa Thị Minh Tú, Nguyễn La Anh Lê Thanh Bình, 2012 Phân loại chủng vi khuẩn Lactococcus pd14 tổng hợp bacteriocin Tạp chí Khoa học Công nghệ 50 (6) (2012) 635-643 Hà Thị Thu, Hoàng Thế Hƣng, Trần Xuân Thạch, Nguyễn Thị Hoa, Lã Thị Lan Anh, Vũ Thị Hiền, Nguyễn Đình Duy, Đồng Văn Quyền, Nguyễn Thị Tuyết Nhung, 2022 Khả sinh H2O2 chủng vi khuẩn lactobacillus phân lập từ hệ vi khuẩn đƣờng ruột ngƣời khỏe mạnh Tạp chí sinh học 2020, 42(1): 83–92 Lê Mỹ Tiểu Ngọc, Đặng Quang Nguyên, Đỗ Trần Hƣơng Duyên, Trần Thúy Lan, Nguyễn Quang Đức Tiến, Nguyễn Duy Quỳnh Trâm, Nguyễn Đức Huy, 2019 Phân lập đánh giá hoạt tính kháng khuẩn Lactococcus garvieae từ hệ đƣờng ruột tơm Tạp chí Khoa học Đại học Huế: Khoa học Tự nhiên Vol 128, No 1E, 77–86, 2019 N T L Đoàn, N X Mạnh, N T Đà, V T Hằng, and N X Bắc, ―Phân t ch trình tự gien phes cho việc xác định loài vi khuẩn lactic sinh bacteriocin‖, Vietnam J Sci Technol., vol 49, no 1, Aug 2012 Tài liệu tiếng anh Adelene Ai-Lian Song, Lionel L A In, Swee Hua Erin Lim, and Raha Abdul Rahim, 2017 A review on Lactococcus lactis: from food to factory Microb Cell Fact 2017 August 9; 16: 139 Andreevskaya, M., Johansson, P., Laine, P., Smolander, O.-P., Sonck, M., Rahkila, R., Jääskeläinen, E., Paulin, L et al (2015) Genome sequence 48 and transcriptome analysis of meat spoilage lactic acid bacterium Lactococcus piscium MKFS47 Appl Environ Microbiol 81, 3800– 3811 Batt C A (2014) Lactococcus - Introduction In: Encyclopedia of Food Microbiology (Second Edition) Batt, C A & Tortorello, M L (eds.) Academic Press Oxford: 439-441 pages Briesemeister S., Rahnenfuhrer J & Kohlbacher O (2010a) Going from where to why interpretable prediction of protein subcellular localization Bioinformatics 26(9): 1232-1238 Briesemeister S., Rahnenfuhrer J & Kohlbacher O (2010b) YLoc an interpretable web server for predicting subcellular localization Nucleic Acids Res 38(Web Server issue): W497-502 Cai, Y., Yang, J., Pang, H and Kitahara, M (2011) Lactococcus fujiensis sp nov., a lactic acid bacterium isolated from vegetable matter Int J Syst Evol Microbiol 61, 1590– 1594 Cavanagh, D., Fitzgerald, G.F and McAuliffe, O (2015) From field to fermentation: the origins of Lactococcus lactis and its domestication to the dairy environment Food Microbiol 47, 45– 61 de Boer P., Crossley R & Rothfield L (1992) The essential bacterial cell-division protein FtsZ is a GTPase Nature 359(6392): 254-6 Delbes-Paus C, Dorchies G, Chaabna Z, Callon C, Montel MC Contribution of hydrogen peroxide to the inhibition of Staphylococcus aureus by Lactococcus garvieae in interaction with raw milk microbial community Food Microbiol 2010 Oct;27(7):924-32 10 Finn R D., Bateman A., Clements J., Coggill P., Eberhardt R Y., Eddy S R., Heger A., Hetherington K., Holm L., Mistry J., Sonnhammer E L., Tate J & Punta M (2014) Pfam: the protein families database Nucleic Acids Res 42(Database issue): D222-2230 11 Gasteiger E., Gattiker A., Hoogland C., Ivanyi I., Appel R D & Bairoch 49 A (2003) ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis Nucleic Acids Res 31(13): 3784-3788 12 Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Wilkins M R., Appel R D & Bairoch A (2005) Protein identification and analysis tools on the ExPASy server In: The proteomics protocols handbook Springer: 571-607 pages 13 Hall T A (1999) BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symp Ser 41: 95-98.Windows 95/98/NT analysis program 14 Jesús Mingorance, Germán Rivas, Marisela Vélez, Paulino GómezPuertas, Miguel Vicente, 2010 Strong FtsZ is with the force: mechanisms to constrict bacteria Volume 18, Issue 8, August 2010, pages 348-356 15 Kelley L A., Mezulis S., Yates C M., Wass M N & Sternberg M J E (2015) The Phyre2 web portal for protein modeling, prediction and analysis Nat Protoc 10(6): 845-858 16 La H V., Chu H D., Tran C D., Nguyen K H., Le Q T N., Hoang C M., Cao B P., Pham A T C., Nguyen B D., Nguyen T Q., Van Nguyen L., Ha C V., Le H T., Le H H., Le T D & Tran L P (2022) Insights into the gene and protein structures of the CaSWEET family members in chickpea (Cicer arietinum), and their gene expression patterns in different organs under various stress and abscisic acid treatments Gene 819: 146210 17 Li W., Ren M., Duo L., Li J., Wang S., Sun Y., Li M., Ren W., Hou Q., Yu J., Sun Z & Sun T (2020) Fermentation characteristics of Lactococcus lactis subsp lactis isolated from naturally fermented dairy products and screening of potential starter isolates Front Microbiol 11: 1794 18 Loman N J., Constantinidou C., Chan J Z., Halachev M., Sergeant M., Penn C W., Robinson E R & Pallen M J (2012) High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity Nat Rev Microbiol 10(9): 599-606 50 19 Löwe J (1998) Crystal structure determination of FtsZ from Methanococcus jannaschii J Struct Biol 124(2-3): 235-43 20 Löwe J & Amos L A (1998) Crystal structure of the bacterial celldivision protein FtsZ Nature 391(6663): 203-206 21 Margolin W (2005) FtsZ and the division of prokaryotic cells and organelles Nat Rev Mol Cell Biol 6(11): 862-71 22 McQuillen R & Xiao J (2020) Insights into the structure, function, and dynamics of the bacterial cytokinetic FtsZ-Ring Annu Rev Biophys 49: 309-341 23 Mistry J., Chuguransky S., Williams L., Qureshi M., Salazar Gustavo A., Sonnhammer E L L., Tosatto S C E., Paladin L., Raj S., Richardson L J., Finn R D & Bateman A (2021) Pfam: The protein families database in 2021 Nucleic Acids Res 49(D1): D412-D419 24 Oktay Yerlikaya* Ege University, Faculty of Agriculture, Department of Dairy Technology, 35100, Bornova, İzmir, Turkey, 2019 Probiotic potential and biochemical and technological properties of Lactococcus lactis ssp lactis strains isolated from raw milk and kefir grains J Dairy Sci 102:124– 134 25 Pal A., Saha B K & Saha J (2019) Comparative in silico analysis of ftsZ gene from different bacteria reveals the preference for core set of codons in coding sequence structuring and secondary structural elements determination PLoS One 14(12): e0219231 26 Piet de Boer, Robin Crossley & Lawrence Rothfield, 1992 The essential bacterial cell-division protein FtsZ is a GTPase Nature volume 359, pages254–256 (1992) 27 Raymond A., Lovell S., Lorimer D., Walchli J., Mixon M., Wallace E., Thompkins K., Archer K., Burgin A & Stewart L (2009) Combined protein construct and synthetic gene engineering for heterologous protein expression 51 and crystallization using Gene Composer BMC Biotechnol 9: 37 28 Rajendran V, Puvendran K, Guru BR, Jayaraman G Design of aqueous two-phase systems for purification of hyaluronic acid produced by metabolically engineered Lactococcus lactis J Sep Sci 2016;39:655–662 29 Rossmann M G., Moras D & Olsen K W (1974) Chemical and biological evolution of a nucleotide-binding protein Nature 250(5463): 194199 30 Scheffers D J., de Wit J G., den Blaauwen T & Driessen A J (2002) GTP hydrolysis of cell division protein FtsZ: evidence that the active site is formed by the association of monomers Biochemistry 41(2): 521-9 31 Silber N., Matos de Opitz C L., Mayer C & Sass P (2020) Cell division protein FtsZ: from structure and mechanism to antibiotic target Future Microbiology 15(9): 801-831 32 Sue Vaughan, Bill Wickstead, Keith Gull & Stephen G Addinall, Journal of Molecular Evolution, 2004 Molecular evolution of FtsZ protein sequences encoded within the genomes of Archaea, Bacteria, and Eukaryota Journal of Molecular Evolution volume 58, pages19–29 (2004) 33 Song A A.-L., In L L A., Lim S H E & Rahim R A (2017) A review on Lactococcus lactis: from food to factory Microb Cell Fact 16(1): 55 34 Tatusova T., Ciufo S., Fedorov B., O'Neill K & Tolstoy I (2014) RefSeq microbial genomes database: new representation and annotation strategy Nucleic Acids Res 42(Database issue): D553-9 35 Thompson J., Gibson T., Plewniak F., Jeanmougin F & Higgins D (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools Nucleic Acids Res 25: 4876 - 4882 36 Thompson J D., Gibson T J & Higgins D G (2002) Multiple 52 sequence alignment using ClustalW and ClustalX Curr Protoc Bioinformatics Chapter 2: Unit 2.3 37 T Saraoui, F Leroi, J Björkroth, M.F Pilet, 2016 Lactococcus piscium: a psychrotrophic lactic acid bacterium with bioprotective or spoilage activity in food—a review FEMS Microbiol Lett 68, 109– 113 38 Trevor M Darby, Joshua A Owens, Bejan J Saeedi, Liping Luo, Jason D Matthews, Brian S Robinson, Crystal R Naudin, and Rheinallt M Jones, 2019 Lactococcus Lactis Subsp cremoris Is an Efficacious Beneficial Bacterium that Limits Tissue Injury in the Intestine iScience 2019 Feb 22; 12: 356–367 39 Vaughan S., Wickstead B., Gull K & Addinall S G (2004) Molecular evolution of FtsZ protein sequences encoded within the genomes of archaea, bacteria, and eukaryota J Mol Evol 58(1): 19-29 40 Villani F, Aponte M, Blaiotta G, Mauriello G, Pepe O, Moschetti G Detection and characterization of a bacteriocin, garviecin L1-5, produced by Lactococcus garvieae isolated from raw cow's milk J Appl Microbiol 2001 Mar;90(3):430-9 41 Wheeler D L., Barrett T., Benson D A., Bryant S H., Canese K., Chetvernin V., Church D M., DiCuccio M., Edgar R., Federhen S., Feolo M., Geer L Y., Helmberg W., Kapustin Y., Khovayko O., Landsman D., Lipman D J., Madden T L., Maglott D R., Miller V., Ostell J., Pruitt K D., Schuler G D., Shumway M., Sequeira E., Sherry S T., Sirotkin K., Souvorov A., Starchenko G., Tatusov R L., Tatusova T A., Wagner L & Yaschenko E (2008) Database resources of the National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Res 36(Database issue): D13D21 42 William Margolin, 2016 Ftsz and the division of prokaryotic cells and organelles Nat Rev Mol Cell Biol 2005 Nov; 6(11): 862–871 53 43 Wang CY, Shie HS, Chen SC, Huang JP, Hsieh IC, Wen MS, et al Lactococcus garvieae infections in humans: possible association with aquaculture outbreaks Int J Clin Pract 2007 Jan;61(1):68-73 Tài liệu internet [1] BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov [2] Expasy Protparam: https://web.expasy.org/protparam/ [3] YLoc: https://abi-services.informatik.uni-tuebingen.de/yloc/webloc.cgi [4] PHYRE2: http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2 54 PHỤ LỤC BẢNG S1: Những phân tích ƣu tiên TT Thông tin mặc định Thông số mặc định Phân tích Sự tái tạo phát sinh lồi Phạm vi Tất taxa đƣợc chọn Phƣơng pháp thống kê Neighbor-joining Sự kiểm tra phát sinh chủng loại Kiểm tra phát sinh Phƣơng pháp Bootstrap Số lượng Bootstrap 1000 Mơ hình thay Loại thay Amino acid M hình/Phƣơng pháp Khoảng cách so sánh đ i Những mơ hình tỷ lệ Tỷ lệ vùng Những tỷ lệ đồng Tham số Gamma Khơng áp dụng Mơ hình dòng Sam (đồng dạng) Tập hợp liệu để sử dụng Sự nghiên cứu khoảng trống/ liệu bị Sự bỏ hoàn toàn thiếu Phạm vi vùng cắt (%) Không áp dụng 55