BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG LUẬN ÁN TIẾ[.]
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 9.42.01.21 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS TS Nguyễn Xuân Viết PGS TS Thái Thanh Bình Hà Nợi - 2023 i LỜI CAM ĐOAN Tôi Triệu Anh Tuấn, Nghiên cứu sinh (NCS) khóa 36, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội chuyên ngành Di truyền học, mã số: 9.42.01.21, xin cam đoan Luận án cơng trình nghiên cứu riêng tôi, nội dung, kết nghiên cứu phân tích, đánh giá tơi thực sở nguồn số liệu thu thập Các tài liệu tham khảo luận án sở lý luận để đánh giá tổng quan, so sánh, phân tích thảo luận trích dẫn đầy đủ theo quy định Nội dung kết luận án đảm bảo độ tin cậy, tính khoa học, không trùng lặp NCS công bố phần tạp chí chuyên ngành uy tín nước Hà Nội , ngày 15 tháng 04 năm 2023 NGHIÊN CỨU SINH Triệu Anh Tuấn ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, cho phép nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Xuân Viết PGS.TS Thái Thanh Bình người hướng dẫn tận tình bảo giúp đỡ nghiên cứu sinh suốt thời gian thực đề tài luận án Nghiên cứu sinh xin cảm ơn Ban Lãnh đạo Trường cao đẳng kinh tế, kỹ thuật Thủy sản anh, chị cơng tác phịng Cơng nghệ sinh học nhà trường tạo điều kiện suốt thời gian nghiên cứu thực luận án Xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, Ban chủ nhiệm khoa Sinh học, phòng Sau đại học tồn thể thầy tạo điều kiện tốt thời gian học tập nhà Trường Xin cảm ơn Uỷ ban nhân dân tỉnh Phú Thọ, Trường Đại học Hùng Vương hỗ trợ kinh phí học tập, Phịng Khoa học Cơng nghệ tạo điều kiện thời gian để nghiên cứu sinh học tập hoàn thành luận án Xin cảm ơn Giáo sư Christopher Austin cộng Trung tâm Công nghệ Genomics, Trường Đại học tổng hợp Deakin, Geelong, Australia giúp đỡ NCS thực đề tài luận án Xin cảm ơn Hội nông dân huyện Vân Đồn, ông Hà Văn Ninh ông Nguyễn Hồng Quang hỗ trợ NCS trình khảo sát, thu mẫu, tiến hành thí nghiệm NCS xin cảm ơn gia đình, bạn bè, anh chị em đồng nghiệp động viên, khích lệ sẵn sàng giúp đỡ suốt tháng năm học tập thực luận án Xin trân trọng cảm ơn! Hà Nội, ngày 15 tháng năm 2023 NGHIÊN CỨU SINH Triệu Anh Tuấn iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT vi DANH MỤC BẢNG viii DANH MỤC HÌNH x MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài Đối tượng, phạm vi giới hạn luận án Những đóng góp luận án .4 CHƯƠNG TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Giới thiệu chung tu hài 1.1.1 Vị trí phân loại học 1.1.2 Phân bố tự nhiên 1.1.3 Một số đặc điểm cấu tạo tu hài 1.1.4 Tình hình ni khai thác tu hài 1.2 Nghiên cứu chọn giống theo hướng tăng trưởng .14 1.2.1 Chọn lọc dựa kiểu hình 14 1.2.2 Chọn lọc theo kiểu gene 15 1.3 Chỉ thị phân tử ứng dụng nghiên cứu nhuyễn thể hai mảnh vỏ 16 1.3.1 Chỉ thị phân tử 16 1.3.2 Chỉ thị phân tử ứng dụng nghiên cứu phân loại 21 1.3.3 Chỉ thị phân tử ứng dụng nghiên cứuxây dựng mã vạch DNA số loài 22 1.3.4 Chỉ thị SNP ứng dụng nghiên cứu loài hai mảnh vỏ 27 1.3.5 Nghiên cứu giải trình tự hệ gene lồi hai mảnh vỏ .28 1.4 Một số nghiên cứu di truyền phân tử tu hài 32 iv CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 2.1 Vật liệu nghiên cứu 35 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 35 2.3 Phương pháp nghiên cứu 36 2.3.1 Điều tra thành phần lồi tu hài, trạng nghề ni tu hài Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh tiềm phát triển nghề nuôi tu hài .36 2.3.2 Phương pháp xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L rhynchaena 38 2.3.3 Phương pháp giải trình tự tồn hệ gene tu hài L rhynchaena 39 2.3.4 Phương pháp giải trình tự hệ gene phiên mã tu hài L rhynchaena 40 2.3.5 Phương pháp phát triển thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng tu hài .41 2.3.6 Phương pháp phân tích, xử lý liệu 45 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN .53 3.1 Thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên huyện Vân Đồn, trạng tiềm phát triển nghề nuôi tu hài huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh 53 3.1.1 Khảo sát thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên huyện Vân Đồn 53 3.1.2 Đánh giá trạng tiềm phát triển nghề nuôi tu hài huyện Vân Đồn 55 3.2 Xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L rhynchaena 57 3.2.1 Khảo sát liệu để xây dựng mã vạch DNA vùng gen 16S rRNA, COI giống Lutraria hệ thống mã vạch quốc tế 57 3.2.2 Xây dựng phát sinh chủng loại cho loài tu hài 61 3.2.3 Xây dựng mã vạch DNA để nhận dạng tu hài L rhynchaena 64 3.3 Giải trình tự hệ gene hệ gene phiên mã tu hài L rhynchaena 69 3.3.1 Tách chiết tinh DNA 69 3.3.2 Thiết lập thư viện giải trình tự hệ gene hệ gene phiên mã tu hài 70 3.3.3 Ứơc lượng kích thước hệ gene tu hài .71 3.3.4 Lắp ráp hệ gene tu hài L rhynchaena .72 3.3.5 Ước lượng dị hợp tử, trình tự lặp lại tìm kiếm đa hình .74 v 3.3.6 Lắp ráp hệ gene phiên mã 75 3.3.7 Dự đốn thích hệ gene tu hài 75 3.3.8 So sánh đặc điểm hệ gene L rhynchaena với loài hai mảnh vỏ 76 3.4 Sàng lọc, tuyển chọn phát triển thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng tu hài 79 3.4.1 Giải trình tự ezRAD-Seq tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm .79 3.4.2 Xây dựng sở liệu, sàng lọc SNP nhóm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm .84 3.4.3 Sàng lọc outlier loci nhóm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm .86 3.4.4 Sàng lọc thị SNP tiềm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm .87 3.4.5 Thiết kế mồi nhân đoạn trình tự chứa thị SNP tiềm sàng lọc nhóm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm 93 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT 96 CƠNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI LUẬN ÁN 98 TÀI LIỆU THAM KHẢO 99 PHỤ LỤC 1PL vi DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết Từ Tiếng Anh tắt BAC bp Nghĩa Tiếng Việt Bacterial artificial chromosome Nhiễm sắc thể vi khuẩn nhân tạo Base pair Cặp base BOLDS Barcode Of Life Data Systems Hệ thống sở liệu mã vạch sống BUSCO Benchmarking Universal Single- Bộ trình tự tham chiếu Copy Orthologs BWA COI Burrowr-Wheerler Alignment Tool Cơng cụ dóng hàng Cytochrome C Oxidase subunit I Vùng gene COI Cộng CS CSDL Data base Cơ sở liệu CSIRO Commonwealth Scientific and Tổ chức nghiên cứu khoa học Industrial Research Organisation công nghiệp khối thịnh vượng chung Dam DNA adenine methylase Enzyme metyl hóa Adenine DNA DNA Acid Deoxyribonucleic Axid Đêoxyribônucleic, DNA ĐVTM Động vật thân mềm EBV Estimated Breeding Value Giá trị chọn giống ước tính EST Expressed Sequence Tag Đoạn trình tự biểu EzRAD Enzyme Restriction-site Associated DNA liên kết vị trí enzym cắt hạn DNA chế FAO Food and Agriculture Organization Tổ chức Nông lương giới GWS Genome Wide Selection Chọn lọc dựa toàn hệ gen Hi-C High-throughput conformation capture NCS chromosome Chụp cấu trúc nhiễm sắc thể thông lượng cao Nghiên cứu sinh vii NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự hệ ONT Oxford Nanopore Technology Công nghệ đọc dài Pacific Biosciences Khoa học sinh học Thái Bình PB Dương PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp QTL Quantitative Trait Loci Locus tính trạng số lượng RAPD Randomly Amplified Polymorphism Đa hình DNA khuếch đại ngẫu DNA nhiên RNA Ribonucleic Acid Acid Ribonucleic RFLP Restriction Fragment Length Đa hình độ dài đoạn cắt hạn chế Polymorphism Sequence Alignment/ Map Dóng hàng trình tự/ đồ SD Standard Deviation Độ lệch chuẩn SNP Single Nucleotide Polymorphism Đa hình nucleotic đơn SPB Sample Purification Beads Hạt tinh mẫu TSLR TruSeq Synthetic Long Read Tổng hợp đọc dài TruSeq WGS Whole Genome Sequencing Giải trình tự tồn hệ gene SAM viii DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR để khuếch đại thư viện EzRAD 41 Bảng 3.1 Thành phần loài tu hài phân bố huyện Vân Đồn 53 Bảng 3.2 Hiện trạng nghề nuôi tu hài (L rhynchaena) Vân Đồn năm 2019 55 Bảng 3.3 Mã số truy cập kích thước trình tự DNA gene 16S rRNA, COI loài giống Lutraria GenBank 58 Bảng 3.4 Mức độ tương đồng trình tự DNA vùng gene 16S rRNA tu hài L rhynchaena với trình tự DNA lồi tu hài công bố GenBank (%) 59 Bảng 3.5 Mức độ tương đồng trình tự DNA vùng gene COI tu hài L rhynchaena với trình tự gene COI lồi tu hài cơng bố GenBank (%) 60 Bảng 3.6 Các vị trí sai khác nucleotide trình tự vùng gene 16S rRNA (437 bp) loài tu hài nghiên cứu 65 Bảng 3.7 Các vị trí sai khác nucleotide trình tự vùng gene COI (615 bp) loài tu hài nghiên cứu 66 Bảng 3.8 Kết giải trình tự tồn hệ gene tu hài (L rhynchaena) .70 Bảng 3.9 Kết giải trình tự hệ gene phiên mã tu hài (L rhynchaena) 71 Bảng 3.10 Kết lắp ráp thích hệ gene tu hài 73 Bảng 3.11 Giá trị chọn giống ước tính cho tính trạng tăng trưởng hai nhóm tu hài 79 Bảng 3.12 Tóm tắt kết xử lý giải trình tự 82 Bảng 3.13 Thống kê SNP 12 gene liên quan tính trạng tăng trưởng tu hài 85 Bảng 3.14 Thông tin SNP sau sàng lọc nhóm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm 86 Bảng 3.15 Kết xử lý liệu trình tự dựa hệ gene tham chiếu (dDocent Stacks) contig nhóm tu hài tăng trưởng nhanh tăng trưởng chậm 87 Luan van Luan an Do an 11PL PHỤ LỤC ẢNH HƯỞNG CỦA ĐỘ MẶN ĐẾN SINH TRƯỞNG VÀ TỶ LỆ SỐNG CỦA TU HÀI Chỉ tiêu 1-90 ngày NT1 Tăng trưởng khối lượng (g) KL thả (g/con) 8,24 ± 0,22a KL thu (g/con) 14,06 ±0,28a KL tăng thêm 5,82 ± 0,32a ADG (g/ngày) 0,064± 0,03a SGR (%/ngày) 0,59 ± 0,025a Tăng trưởng kích thước (mm) L thả (mm/con) 24,74 ± 0,22a L thu (mm/con) 29,26 ± 0,25a L tăng thêm 4,52 ± 0,22a ADG (mm/ngày) 0,05 ± 0,03a SGR (%/ngày) 0,18 ± 0,032a Tỷ lệ sống tu hài 13,4 ± 0,15a KL thu hoạch (g/con) 14,06 ±0,28a NT2 NT3 NT4 8,32 ± 0,30a 16,68 ± 0,35a 8,36 ± 0,40a 0,092± 0,09a 0,77 ± 0,032a 8,35± 0,25b 19,25± 0,25b 10,90 ± 0,35b 0,121 ± 0,09b 0,94 ± 0,030b 8,46± 0,25b 22,14± 0,25b 13,24 ± 0,35b 0,152 ± 0,09b 1,06 ± 0,042b 24,55 ± 0,24a 31,12 ± 0,32a 6,57 ± 0,32a 0,08 ± 0,06a 0,26 ± 0,036a 24,5 ± 0,25b 16,68 ± 0,35b 24,45 ± 0,25b 32,48 ±0,28b 8,03 ± 0,30b 0,09 ± 0,05b 0,32 ± 0,035b 75,5 ± 0,20a 19,25± 0,25b 24,45 ± 0,25b 38,48 ±0,28b 14,03 ± 0,30b 0,16 ± 0,04b 0,50 ± 0,032b 85,0 ± 0,20b 22,14± 0,25b Ghi chú: Số liệu biểu diễn dạng trung bình ± sai số chuẩn Các chữ giống hàng chứng tỏ không khác biệt thống kê (p>0,05) Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 12PL PHỤ LỤC KẾT QUẢ SO SÁNH TRÌNH TỰ GENE 16S rRNA CỦA LOÀI L RHYNCHAENA VỚI CÁC LOÀI KHÁC TRONG CHI LUTRARIA BẰNG CHƯƠNG TRÌNH BIOEDIT Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 13PL PHỤ LỤC 10 KẾT QUẢ SO SÁNH TRÌNH TỰ GENE COI CỦA LỒI L RHYNCHAENA VỚI CÁC LỒI KHÁC TRONG CHI LUTRARIA BẰNG CHƯƠNG TRÌNH BIOEDIT Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 14PL PHỤ LỤC 11 ĐẶC ĐIỂM CHÍNH CỦA BỘ GENE L RHYCHAENA VÀ NHUYỄN THỂ HAI MẢNH VỎ ĐÃ ĐƯỢC CÔNG BỐ BỘ GEN Lớp Mytilida Chiều dài vùng gene N50 (bp) Vùng dài (bp) Cơng nghệ giải trình tự PE, 2.218 ONT PE, 500 MP, TSLR PE, PB, 2.698 ONT, Hi-C PE, 292 MP PE, 558 MP, PB PE, 205 MP Vùng ngắn (bp)* Họ loài Mactridae Lutraria rhynchaena 0,534 622 2.143.760 13.022.122 Veneridae Ruditapes philippinarum 2,561 223.851 48.447 572.939 Arcidae Scapharca bringonii 0,884 1.026 Bathymodiolus platifrons 1,658 65.662 343.341 2.790.175 Limnoperna fortunei 1,673 20.580 309.123 2.720.304 Modiolus philippinarum 2,629 74.573 100.161 715.382 3.074 67.529 200 PE PE Venerida Arcida Kích thước Số vùng Bộ gen gene (Gb) Mytilidae Mytilus 1,836 1.188.859 galloprovosystemis 44.995.656 55.667.740 Mytilus galloprovincialis 1,600 1.590 2.651 265.528 200 Crassostrea gigas 0,557 7.658 401.685 1.964.558 200 Saccostrea glomerata 0,788 10.101 804.232 7.146.926 504 Pinctada fucata 0,972 1.562 59.032.463 104.615.532 1.737 Argopecten purpuratus 0,724 89.727 1.022.003 11.125.544 200 Chlamys farreri 0,874 92.847 711.029 6.573.047 200 Ostreidae Ostreida Pteriidae Pectinida Pectinidae Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn PE, MP, Fos PE, MP, Hi-C PE, MP, BAC PE, MP, PB, 10X PE, Nguồn trích dẫn Tác giả, 2019 (Mun et al., 2017) (Bai et al., 2019) (Sun et al., 2017) (UlianoSilva et al., 2018) Sun et al 2017 (Maria Murgarella et al., 2016) Nguyen et al., 2014 (Zhang et al., 2012) (Powell et al., 2018) (Du et al., 2017) (Li et al., 2018) (Li et al., Luan van Luan an Do an 15PL Unionida Unionidae Patinopecten yessoensis 0,987 82.658 803.631 7.498.238 200 Venustaconcha ellipsiformis 1,590 371.427 6.657 313.274 1001 MP, PB PE, MP PE, MP, PB 2017) (Wang et al., 2017) (Renaut et al., 2018) *Ghi chú: Giới hạn chiều dài 200 bp sử dụng cho tất vùng gene có kích thước nhỏ hơn; Đọc ngắn ghép nối Illumina (Illumina Paired-end short reads – PE) Đọc ngắn ghép cặp Illumina (Illumina Mate-pair short reads – PM) Đọc dài ghép cặp (Pacific Biosciences long reads – PB) Công nghệ đọc dài (Oxford Nanopore Technology long reads – ONT) Khung cấu tạo nhiễm sách thể (Hi-C scaffolding (Chromosome construction) – HiC) Tổng hợp đoạn đọc dài Illumina TruSeq (Illumina TruSeq Synthetic Long Read – TSLR) Fos: Fosmid-pooling strategy Cơng nghệ giải trình tự BAC (Sequencing BAC) Thư viện gen 10X (10X Genomics library) Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 16PL PHỤ LỤC 12 DANH SÁCH 100 CHỈ THỊ SNP TIỀM NĂNG Ở NHÓM TU HÀI TĂNG TRƯỞNG NHANH Nhóm tăng trưởng chậm (SG) Nhóm tăng trưởng nhanh (FG) (Fisher Exact Test) STT PO_ SITION SNP FET REF A T C G TO-TAL A T C G TO-TAL PROTEIN_ID 281632 8842838 7.571134 G 22 15 37 65 0 65 LRHYN_00018599-RA 760363 5049774 7.425241 G 30 0 12 42 0 37 42 LRHYN_00010147-RA 512257 11781065 7.388463 C 30 17 47 44 49 LRHYN_00025214-RA 216842 12742233 7.071736 A 34 0 36 19 0 29 48 LRHYN_00027534-RA 1050307 7801286 7.066037 C 36 42 20 41 61 LRHYN_00016345-RA 512264 11781066 6.996922 T 17 29 46 43 48 LRHYN_00025214-RA 1137814 9868153 6.929984 C 0 46 47 0 28 24 52 LRHYN_00020972-RA 1050312 7801287 6.91709 G 36 0 42 21 0 41 62 LRHYN_00016345-RA 4960166 6.901929 A 36 12 0 48 12 42 0 54 LRHYN_00009923-RA 10 2296164 1307017 6.852436 C 628675 22 30 34 38 LRHYN_00002581-RA 11 2739667 5191708 6.817857 C 25 29 42 15 57 LRHYN_00010488-RA 12 2207684 2901183 6.786409 G 24 0 31 11 0 46 57 LRHYN_00005752-RA 13 458258 3331758 6.781619 C 22 28 35 41 LRHYN_00006551-RA 14 1390251 3461180 6.723285 C 26 18 44 40 43 LRHYN_00006857-RA 15 2488827 5994792 6.664303 C 37 42 38 23 61 LRHYN_00012310-RA 16 438678 6615199 6.64693 T 11 12 0 23 44 0 44 LRHYN_00013541-RA 17 282145 8842865 6.570873 G 10 0 20 30 36 0 39 LRHYN_00018599-RA 18 761419 9728025 6.421062 A 20 18 38 46 47 LRHYN_00020569-RA 19 3137223 2802376 6.413882 T 69 19 88 19 35 54 LRHYN_00005549-RA 20 2739682 5191710 6.409427 T 28 0 31 37 20 0 57 LRHYN_00010488-RA 21 1069525 4311029 6.407412 A 10 0 25 35 41 0 49 LRHYN_00008553-RA 22 18371 5440517 6.381564 A 24 0 16 40 61 0 62 LRHYN_00011019-RA 23 209689 11111340 6.312732 C 28 10 38 10 40 50 LRHYN_00023733-RA 24 591910 8851514 6.253642 A 18 0 23 41 0 58 60 LRHYN_00018617-RA 25 281610 8842836 6.235218 T 14 15 29 60 62 LRHYN_00018599-RA 26 165228 11912413 6.168846 T 25 15 40 47 54 LRHYN_00025514-RA 27 2207661 2901175 6.129149 G 21 0 29 10 0 48 58 LRHYN_00005752-RA 28 199668 11867461 6.122937 C 17 24 51 59 LRHYN_00025413-RA 29 1102659 5142351 6.120114 C 20 15 35 49 53 LRHYN_00010380-RA 30 2408154 1621185 6.103063 A 0 36 39 31 0 24 55 LRHYN_00003269-RA 31 349816 10791673 6.081258 T 28 15 43 55 0 55 LRHYN_00023058-RA 32 582789 10714294 6.031814 G 20 0 22 42 45 0 48 LRHYN_00022883-RA 33 960667 9902671 6.028293 G 0 41 46 28 0 19 47 LRHYN_00021021-RA 34 603316 9280595 6.022414 A 28 0 14 42 0 39 46 LRHYN_00019582-RA 35 715562 5131363 6.006844 A 0 41 42 24 0 30 54 LRHYN_00010346-RA Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 17PL 36 2563607 4239956 6.006346 G 29 0 33 16 0 32 48 LRHYN_00008445-RA 37 68921 12328212 6.006234 C 21 18 39 54 59 LRHYN_00026531-RA 38 2207664 2901176 6.005956 G 21 0 30 10 0 50 60 LRHYN_00005752-RA 39 495306 12219243 5.97327 A 34 0 39 18 0 32 50 LRHYN_00026294-RA 40 2299789 1307137 5.955857 A 12 31 0 43 40 11 0 51 LRHYN_00002581-RA 41 2739677 5191709 5.947062 A 30 0 34 21 0 36 57 LRHYN_00010488-RA 42 595162 11190955 5.895691 T 32 33 29 28 57 LRHYN_00023912-RA 43 1137858 9868156 5.887897 C 50 51 19 28 47 LRHYN_00020972-RA 44 504075 11780737 5.851402 A 21 0 12 33 0 42 47 LRHYN_00025213-RA 45 570485 9891309 5.841832 G 30 0 11 41 10 0 37 47 LRHYN_00021005-RA 46 383332 1388863 5.828991 C 26 20 46 40 44 LRHYN_00002847-RA 47 1029450 9796334 5.815032 T 34 12 46 32 41 LRHYN_00020720-RA 48 3040204 81559 5.807097 C 26 33 13 39 52 LRHYN_00000193-RA 49 208555 11170885 5.790447 G 14 0 28 42 0 56 56 LRHYN_00023857-RA 50 922088 4968992 5.789144 A 21 0 16 37 48 0 49 LRHYN_00009936-RA 51 1227597 7806581 5.775019 C 16 23 39 44 49 LRHYN_00016356-RA 52 59526 6603865 5.773385 A 35 0 37 29 0 30 59 LRHYN_00013508-RA 53 588024 1859238 5.748104 G 20 0 12 32 0 34 37 LRHYN_00003806-RA 54 3366641 1486026 5.723422 A 19 13 34 45 47 LRHYN_00003040-RA 55 2207675 2901181 5.715123 T 20 28 50 11 61 LRHYN_00005752-RA 56 760074 5049766 5.690231 G 0 28 15 43 0 45 54 LRHYN_00010147-RA 57 448127 12013258 5.679819 G 26 0 11 37 0 39 48 LRHYN_00025756-RA 58 1137855 9868155 5.649371 A 48 49 29 19 48 LRHYN_00020972-RA 59 2878433 4569150 5.639662 A 33 0 38 22 0 35 57 LRHYN_00009037-RA 60 453884 10709146 5.60586 A 0 32 39 30 0 13 43 LRHYN_00022876-RA 61 133713 11809641 5.605808 G 15 0 15 30 0 61 65 LRHYN_00025270-RA 62 715537 5131362 5.593343 C 36 43 22 37 59 LRHYN_00010346-RA 63 504084 11780738 5.584298 A 22 0 11 33 0 38 44 LRHYN_00025213-RA 64 1615405 8389987 5.575709 T 15 19 34 52 57 LRHYN_00017567-RA 65 2042676 6986245 5.573197 T 34 37 26 20 46 LRHYN_00014319-RA 66 985773 5138813 5.565553 A 0 25 34 44 0 13 57 LRHYN_00010366-RA 67 661309 8142440 5.558553 A 13 0 25 38 31 0 35 LRHYN_00017055-RA 68 1137846 9868154 5.536272 C 50 51 20 33 53 LRHYN_00020972-RA 69 2424006 5517328 5.535238 A 15 0 26 41 44 0 52 LRHYN_00011153-RA 70 1800460 5884984 5.533858 G 0 28 17 45 0 52 53 LRHYN_00012024-RA 71 1308904 6641704 5.530333 T 0 38 38 22 37 59 LRHYN_00013577-RA 72 2563594 4239954 5.526869 G 30 0 35 18 0 33 51 LRHYN_00008445-RA 73 1581032 981576 5.524486 C 19 21 22 29 LRHYN_00001936-RA 74 5195035 1227898 5.521745 T 12 17 0 29 57 0 58 LRHYN_00002421-RA 75 67945 24 31 49 18 67 LRHYN_00025406-RA 40 47 24 35 60 LRHYN_00013026-RA 11865261 5.507886 C 76 1019518 6334412 5.50661 T Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 18PL 77 2563614 4239958 5.497665 A 28 0 33 32 15 0 47 LRHYN_00008445-RA 78 1086517 9571495 5.495874 C 16 18 34 54 59 LRHYN_00020222-RA 79 1121936 9228756 5.495476 T 51 0 52 16 25 0 41 LRHYN_00019455-RA 80 129166 13270295 5.492621 T 46 0 46 17 32 0 49 LRHYN_00028906-RA 81 3137217 2802375 5.484871 C 19 67 87 32 19 51 LRHYN_00005549-RA 82 1772654 4993709 5.484272 T 23 0 23 24 26 50 LRHYN_00009991-RA 83 1800475 5884986 5.47759 A 18 29 47 50 51 LRHYN_00012024-RA 84 422946 10767189 5.471664 C 0 39 39 0 39 22 61 LRHYN_00023013-RA 85 126020 12709463 5.468523 A 13 22 0 35 50 0 59 LRHYN_00027401-RA 86 4735750 1080854 5.462411 G 13 27 40 0 55 55 LRHYN_00002099-RA 87 213456 11154747 5.455491 A 28 0 20 48 57 0 60 LRHYN_00023805-RA 88 1338701 7522394 5.454788 A 29 15 44 48 0 48 LRHYN_00015560-RA 89 281612 8842837 5.444106 C 0 13 17 30 0 60 62 LRHYN_00018599-RA 90 1175264 9799732 5.441139 T 29 34 25 11 36 LRHYN_00020728-RA 91 1801606 6110749 5.439973 T 31 33 30 27 57 LRHYN_00012552-RA 92 2488742 5994791 5.431715 T 28 32 19 34 53 LRHYN_00012310-RA 93 717044 10718408 5.425895 A 11 0 14 25 46 0 49 LRHYN_00022897-RA 94 2563613 4239957 5.406959 G 27 0 32 15 0 32 47 LRHYN_00008445-RA 95 116421 11866277 5.398495 A 30 0 13 43 11 0 39 50 LRHYN_00025407-RA 96 281988 8842860 5.392399 T 11 15 26 57 58 LRHYN_00018599-RA 97 516348 5124830 5.385033 T 31 13 44 12 41 53 LRHYN_00010336-RA 98 1224598 5865081 5.380308 A 13 22 0 35 40 0 46 LRHYN_00011996-RA 99 172400 8647361 5.368971 A 29 0 34 16 0 31 47 LRHYN_00018113-RA 100 3230769 476925 5.362893 A 25 0 27 33 23 0 56 LRHYN_00000926-RA Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 19PL PHỤ LỤC 13 DANH SÁCH 100 CHỈ THỊ SNP TIỀM NĂNG Ở NHÓM TU HÀI TĂNG TRƯỞNG CHẬM (Fisher Exact Test) STT PO_ SITION SNP FET Nhóm tăng trưởng chậm (SG) Nhóm tăng trưởng nhanh (FG) REF A T C G TO-TAL A T C G TO-TAL PROTEIN_ID 281632 8842838 7.571134 G 22 15 37 65 0 65 LRHYN_00018599-RA 760363 5049774 7.425241 G 30 0 12 42 0 37 42 LRHYN_00010147-RA 512257 11781065 7.388463 C 30 17 47 44 49 LRHYN_00025214-RA 216842 12742233 7.071736 A 34 0 36 19 0 29 48 LRHYN_00027534-RA 1050307 7801286 7.066037 C 36 42 20 41 61 LRHYN_00016345-RA 512264 11781066 6.996922 T 17 29 46 43 48 LRHYN_00025214-RA 1137814 9868153 6.929984 C 0 46 47 0 28 24 52 LRHYN_00020972-RA 1050312 7801287 6.91709 G 36 0 42 21 0 41 62 LRHYN_00016345-RA 4960166 6.901929 A 36 12 0 48 12 42 0 54 LRHYN_00009923-RA 10 2296164 1307017 6.852436 C 22 30 34 38 LRHYN_00002581-RA 11 2739667 5191708 6.817857 C 25 29 42 15 57 LRHYN_00010488-RA 12 2207684 2901183 6.786409 G 24 0 31 11 0 46 57 LRHYN_00005752-RA 13 458258 3331758 6.781619 C 22 28 35 41 LRHYN_00006551-RA 14 1390251 3461180 6.723285 C 26 18 44 40 43 LRHYN_00006857-RA 15 2488827 5994792 6.664303 C 37 42 38 23 61 LRHYN_00012310-RA 16 438678 6615199 6.64693 T 11 12 0 23 44 0 44 LRHYN_00013541-RA 17 282145 8842865 6.570873 G 10 0 20 30 36 0 39 LRHYN_00018599-RA 18 761419 9728025 6.421062 A 20 18 38 46 47 LRHYN_00020569-RA 19 3137223 2802376 6.413882 T 69 19 88 19 35 54 LRHYN_00005549-RA 20 2739682 5191710 6.409427 T 28 0 31 37 20 0 57 LRHYN_00010488-RA 21 1069525 4311029 6.407412 A 10 0 25 35 41 0 49 LRHYN_00008553-RA 22 18371 628675 5440517 6.381564 A 24 0 16 40 61 0 62 LRHYN_00011019-RA 23 209689 11111340 6.312732 C 28 10 38 10 40 50 LRHYN_00023733-RA 24 591910 8851514 6.253642 A 18 0 23 41 0 58 60 LRHYN_00018617-RA 25 281610 8842836 6.235218 T 14 15 29 60 62 LRHYN_00018599-RA 26 165228 11912413 6.168846 T 25 15 40 47 54 LRHYN_00025514-RA 27 2207661 2901175 6.129149 G 21 0 29 10 0 48 58 LRHYN_00005752-RA 28 199668 11867461 6.122937 C 17 24 51 59 LRHYN_00025413-RA 29 1102659 5142351 6.120114 C 20 15 35 49 53 LRHYN_00010380-RA 30 2408154 1621185 6.103063 A 0 36 39 31 0 24 55 LRHYN_00003269-RA 31 349816 10791673 6.081258 T 28 15 43 55 0 55 LRHYN_00023058-RA 32 582789 10714294 6.031814 G 20 0 22 42 45 0 48 LRHYN_00022883-RA 33 960667 9902671 6.028293 G 0 41 46 28 0 19 47 LRHYN_00021021-RA 34 603316 9280595 6.022414 A 28 0 14 42 0 39 46 LRHYN_00019582-RA 35 715562 5131363 6.006844 A 0 41 42 24 0 30 54 LRHYN_00010346-RA Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 20PL 36 2563607 4239956 6.006346 G 29 0 33 16 0 32 48 LRHYN_00008445-RA 37 68921 12328212 6.006234 C 21 18 39 54 59 LRHYN_00026531-RA 38 2207664 2901176 6.005956 G 21 0 30 10 0 50 60 LRHYN_00005752-RA 39 495306 12219243 5.97327 A 34 0 39 18 0 32 50 LRHYN_00026294-RA 40 2299789 1307137 5.955857 A 12 31 0 43 40 11 0 51 LRHYN_00002581-RA 41 2739677 5191709 5.947062 A 30 0 34 21 0 36 57 LRHYN_00010488-RA 42 595162 11190955 5.895691 T 32 33 29 28 57 LRHYN_00023912-RA 43 1137858 9868156 5.887897 C 50 51 19 28 47 LRHYN_00020972-RA 44 504075 11780737 5.851402 A 21 0 12 33 0 42 47 LRHYN_00025213-RA 45 570485 9891309 5.841832 G 30 0 11 41 10 0 37 47 LRHYN_00021005-RA 46 383332 1388863 5.828991 C 26 20 46 40 44 LRHYN_00002847-RA 47 1029450 9796334 5.815032 T 34 12 46 32 41 LRHYN_00020720-RA 48 3040204 81559 5.807097 C 26 33 13 39 52 LRHYN_00000193-RA 49 208555 11170885 5.790447 G 14 0 28 42 0 56 56 LRHYN_00023857-RA 50 922088 4968992 5.789144 A 21 0 16 37 48 0 49 LRHYN_00009936-RA 51 1227597 7806581 5.775019 C 16 23 39 44 49 LRHYN_00016356-RA 52 59526 6603865 5.773385 A 35 0 37 29 0 30 59 LRHYN_00013508-RA 53 588024 1859238 5.748104 G 20 0 12 32 0 34 37 LRHYN_00003806-RA 54 3366641 1486026 5.723422 A 19 13 34 45 47 LRHYN_00003040-RA 55 2207675 2901181 5.715123 T 20 28 50 11 61 LRHYN_00005752-RA 56 760074 5049766 5.690231 G 0 28 15 43 0 45 54 LRHYN_00010147-RA 57 448127 12013258 5.679819 G 26 0 11 37 0 39 48 LRHYN_00025756-RA 58 1137855 9868155 5.649371 A 48 49 29 19 48 LRHYN_00020972-RA 59 2878433 4569150 5.639662 A 33 0 38 22 0 35 57 LRHYN_00009037-RA 60 453884 10709146 5.60586 A 0 32 39 30 0 13 43 LRHYN_00022876-RA 61 133713 11809641 5.605808 G 15 0 15 30 0 61 65 LRHYN_00025270-RA 62 715537 5131362 5.593343 C 36 43 22 37 59 LRHYN_00010346-RA 63 504084 11780738 5.584298 A 22 0 11 33 0 38 44 LRHYN_00025213-RA 64 1615405 8389987 5.575709 T 15 19 34 52 57 LRHYN_00017567-RA 65 2042676 6986245 5.573197 T 34 37 26 20 46 LRHYN_00014319-RA 66 985773 5138813 5.565553 A 0 25 34 44 0 13 57 LRHYN_00010366-RA 67 661309 8142440 5.558553 A 13 0 25 38 31 0 35 LRHYN_00017055-RA 68 1137846 9868154 5.536272 C 50 51 20 33 53 LRHYN_00020972-RA 69 2424006 5517328 5.535238 A 15 0 26 41 44 0 52 LRHYN_00011153-RA 70 1800460 5884984 5.533858 G 0 28 17 45 0 52 53 LRHYN_00012024-RA 71 1308904 6641704 5.530333 T 0 38 38 22 37 59 LRHYN_00013577-RA 72 2563594 4239954 5.526869 G 30 0 35 18 0 33 51 LRHYN_00008445-RA 73 1581032 981576 5.524486 C 19 21 22 29 LRHYN_00001936-RA 74 5195035 1227898 5.521745 T 12 17 0 29 57 0 58 LRHYN_00002421-RA 75 67945 24 31 49 18 67 LRHYN_00025406-RA 40 47 24 35 60 LRHYN_00013026-RA 11865261 5.507886 C 76 1019518 6334412 5.50661 T Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 21PL 77 2563614 4239958 5.497665 A 28 0 33 32 15 0 47 LRHYN_00008445-RA 78 1086517 9571495 5.495874 C 16 18 34 54 59 LRHYN_00020222-RA 79 1121936 9228756 5.495476 T 51 0 52 16 25 0 41 LRHYN_00019455-RA 80 129166 13270295 5.492621 T 46 0 46 17 32 0 49 LRHYN_00028906-RA 81 3137217 2802375 5.484871 C 19 67 87 32 19 51 LRHYN_00005549-RA 82 1772654 4993709 5.484272 T 23 0 23 24 26 50 LRHYN_00009991-RA 83 1800475 5884986 5.47759 A 18 29 47 50 51 LRHYN_00012024-RA 84 422946 10767189 5.471664 C 0 39 39 0 39 22 61 LRHYN_00023013-RA 85 126020 12709463 5.468523 A 13 22 0 35 50 0 59 LRHYN_00027401-RA 86 4735750 1080854 5.462411 G 13 27 40 0 55 55 LRHYN_00002099-RA 87 213456 11154747 5.455491 A 28 0 20 48 57 0 60 LRHYN_00023805-RA 88 1338701 7522394 5.454788 A 29 15 44 48 0 48 LRHYN_00015560-RA 89 281612 8842837 5.444106 C 0 13 17 30 0 60 62 LRHYN_00018599-RA 90 1175264 9799732 5.441139 T 29 34 25 11 36 LRHYN_00020728-RA 91 1801606 6110749 5.439973 T 31 33 30 27 57 LRHYN_00012552-RA 92 2488742 5994791 5.431715 T 28 32 19 34 53 LRHYN_00012310-RA 93 717044 10718408 5.425895 A 11 0 14 25 46 0 49 LRHYN_00022897-RA 94 2563613 4239957 5.406959 G 27 0 32 15 0 32 47 LRHYN_00008445-RA 95 116421 11866277 5.398495 A 30 0 13 43 11 0 39 50 LRHYN_00025407-RA 96 281988 8842860 5.392399 T 11 15 26 57 58 LRHYN_00018599-RA 97 516348 5124830 5.385033 T 31 13 44 12 41 53 LRHYN_00010336-RA 98 1224598 5865081 5.380308 A 13 22 0 35 40 0 46 LRHYN_00011996-RA 99 172400 8647361 5.368971 A 29 0 34 16 0 31 47 LRHYN_00018113-RA 100 3230769 476925 5.362893 A 25 0 27 33 23 0 56 LRHYN_00000926-RA Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 22PL PHỤ LỤC 14 MỘT SỐ HÌNH ẢNH TẠI VÙNG KHẢO SÁT VÀ VÙNG TRIỂN KHAI THÍ NGHIỆM Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 23PL PHỤ LỤC 15 MỘT SỐ HÌNH ẢNH GIỐNG TU HÀI, CẤY GIỐNG Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an 24PL PHỤ LỤC 16 MỘT SỐ HÌNH ẢNH KIỂM TRA SINH TRƯỞNG TU HÀI Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn Luan van Luan an Do an Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn