VIỆN KHOA HỌC VÀVÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆNHÀN HÀNLÂM LÂM KHOA HỌC CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYỄN THỊ MINH HỒNG NGUYỄN THỊ MINH HỒNG ĐÁNH GIÁ HOẠT ĐỘNG CỦ A MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN TỔNG HỢP, TÍ CH LŨ Y TINH BỘT VÀ THỬ NGHIỆM CHUYỂN GEN SSIV VÀO CÂY SẮN ĐÁNH GIÁ HOẠT ĐỘNG CỦ A MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN TỔNG HỢP, TÍ CH LŨ Y TINH BỘT VÀ THỬ NGHIỆM CHUYỂN GEN SSIV VÀO CÂY SẮN LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NỘI - 2018 HÀHÀ NỘI - 2018 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYỄN THỊ MINH HỒNG ĐÁNH GIÁ HOẠT ĐỘNG CỦ A MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN TỔNG HỢP, TÍ CH LŨ Y TINH BỘT VÀ THỬ NGHIỆM CHUYỂN GEN SSIV VÀO CÂY SẮN Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 42 01 21 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Phạm Bích Ngọc Viện Cơng nghệ sinh học PGS.TS Chu Hồng Hà Viện Cơng nghệ sinh học HÀ NỘI - 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu thân hướng dẫn PGS.TS Phạm Bích Ngọc PGS.TS Chu Hồng Hà Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, phần cơng bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả; phần lại chưa cơng bố cơng trình khác Tơi xin chịu trách nhiệm hồn tồn số liệu, nội dung trình bày luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2018 Tác giả Nguyễn Thị Minh Hồng i LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Phạm Bích Ngọc PGS.TS Chu Hoàng Hà hướng dẫn, bảo tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ suốt thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án Bên cạnh đó, tơi xin chân thành cảm ơn tập thể cán nghiên cứu Phịng Cơng nghệ tế bào thực vật, phịng Cơng nghệ ADN ứng dụng Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Trung tâm tài nguyên thực vật, Trung tâm nghiên cứu thực nghiệm Nông nghiệp Hưng Lộc, Trại thực nghiệm sinh học Cổ Nhuế tạo điều kiện cho tiến hành đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn hỗ trợ tài điều kiện làm việc khuôn khổ đề tài: “Khai thác phân lập nguồn gen có sẵn tập đồn giống sắn Việt Nam nhằm phát triển giống sắn có khả chống chịu bệnh suất cao công nghệ gen” thuộc nhiệm vụ hợp tác quốc tế khoa học công nghệ, Bộ Khoa học Công nghệ; thời gian thực từ 6/2012 đến 6/2015 PGS.TS Phạm Bích Ngọc làm chủ nhiệm Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học, Bộ phận phụ trách đào tạo tạo điều kiện thuận lợi để học tập, nghiên cứu hồn thiện luận án Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Hồng Đức Thanh Hóa, Lãnh đạo khoa cán môn Khoa học trồng, Bảo vệ thực vật, khoa Nông Lâm Ngư nghiệp, ĐH Hồng Đức tạo điều kiện thuận lợi để yên tâm công tác, học tập hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn tất giúp đỡ quý báu đó! Hà Nội, ngày tháng năm 2018 Nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Minh Hồng ii MỤC LỤC MỞ ĐẦU 4 Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Cây sắn số yếu tố ảnh hưởng đến hàm lượng tinh bột sắn 4 1.1.1 Nguồn gốc phân loại 4 1.1.2 Đặc điểm hình thái, sinh thái di truyền 5 1.1.3 Giá trị sắn 8 1.1.4 Tình hình sản xuất sắn giới Việt Nam 9 1.1.5 Một số yếu tố ảnh hưởng đến hàm lượng tinh bột sắn 13 13 1.1.6 Một số hướng cải tạo giống sắn 15 15 1.2 Quá trình hình thành tích luỹ tinh bột sắn 19 1.2.1 Cấu tạo vai trò tinh bột thực vật 19 19 1.2.2 Cơ chế sinh tổng hợp tinh bột gen liên quan 20 20 1.3 Ứng dụng công nghệ sinh học chọn tạo giống sắn biến đổi gen 27 27 1.3.1 Hệ thống nuôi cấy in vitro sắn 27 27 1.3.2 Một số phương pháp chuyển gen sắn 32 32 1.3.3 Một số nghiên cứu tạo sắn biến đổi gen 35 35 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 43 43 2.1 Vật liệu nghiên cứu 43 43 2.1.1 Vật liệu thực vật 43 43 2.1.2 Chủng vi khuẩn, vector 43 43 2.1.3 Hố chất thiết bị thí nghiệm 43 43 2.1.4 Môi trường nuôi cấy 44 44 2.1.5 Thời gian địa điểm nghiên cứu 45 45 2.2 Phương pháp nghiên cứu 45 45 2.2.1 Lựa chọn giống sắn phân nhóm giống sắn dựa vào tiêu đánh giá 45 45 2.2.2 Các phương pháp sinh học phân tử 45 45 2.2.3 Phương pháp phân lập gen promoter 51 51 2.2.4 Các phương pháp thiết kế vector chuyển gen 52 52 2.2.5 Kỹ thuật canh tác, chăm sóc các giố ng sắ n phu ̣c vu ̣ cho nghiên cứu 54 54 iii 2.2.6 Phương pháp nuôi cấy mô tế bào thực vật 54 54 2.2.7 Phương pháp chuyển gen thông qua vi khuẩn A tumefaciens 55 55 2.2.8 Phương pháp phân tích có mặt gen chuyển 56 56 2.2.9 Phương pháp phân tích biểu chuyển gen 57 57 2.2.10 Phương pháp phân tích xử lí số liệu 60 60 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 61 61 3.1 Lựa chọn giống sắn phân tích biểu gen liên quan đến trao đổi chất tinh bột 61 61 3.1.1 Lựa chọn giống sắn sử dụng 61 61 3.1.2 Thu mẫu xử lý mẫu sắn 62 62 3.1.3 Tách chiết ARN tổng số 63 62 3.1.4 Tổng hợp cDNA từ ARN tổng số lá, củ sắn giai đoạn phát triển khác đánh giá chất lượng cDNA 64 64 3.1.5 Thu thập thông tin, thiết kế cặp mồi thích hợp để phân tích biểu số gen liên quan tới sinh tổng hợp tích lũy tinh bột 65 65 3.1.6 Phân tích sở liệu biểu gen liên quan đến trình sinh tổng hợp đường tiền chất cho tổng hợp tinh bột củ sắn 66 66 3.2 Phân lập gen SSIV liên quan đến khả tổng hợp tinh bột thiết kế vector chuyển gen 75 3.2.1 Thiết kế cặp mồi đặc hiệu 75 75 3.2.2 Phân lập gen SSIV sắn 76 76 3.2.3 Thiết kế vector chuyển gen 82 82 3.3 Đánh giá hoạt động vector chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột thuốc 87 87 3.3.1 Chuyển gen SSIV vào thuốc đánh giá hoạt động gen chuyển 87 87 3.3.2 Đánh giá hoạt động gen chuyển 91 92 3.3 Đánh giá hoạt động vector chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột thuốc 87 3.3.1 Chuyển gen SSIV vào thuốc đánh giá hoạt động gen 87 chuyển .87 3.3.2 Đánh giá hoạt động gen chuyển 92 92 iv 3.4 Chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột vào sắn 99 99 3.4.1 Xây dựng hệ thống tái sinh in vitro sắn 99 99 3.4.2 Xây dựng tối ưu quy trình chuyển gen vào sắn thông qua gen GUS 106 106 3.4.3 Tạo dòng sắn chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột 113 113 Chương BÀ N LUẬN KẾT QUẢ 118 118 4.1 Sự biểu gen quan trọng liên quan đến trao đổi chất tinh bột 118 4.2 Chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột vào thuốc 122 122 4.3 Chuyển gen SSIV tăng cường sinh tổng hợp tinh bột vào sắn 124 124 4.3.1 Hệ thống tái sinh sắn 124 124 4.3.2 Chuyển gen SSIV vào sắn thông qua A tumefaciens 126 126 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 130 130 TÓM TẮT TIẾNG ANH…………………………………………………… 131 CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ………………………………………… …… 136 TÀI LIỆU THAM KHẢO 137 137 v DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Giá trị dinh dưỡng sắn Bảng 1.2 Diện tích, suất, sản lượng sắn vùng giới năm 2014 – 2015 10 Diện tích, suất sản lượng sắn Việt Nam từ năm 2010 – 2014 12 Bảng 1.4 Một số cơng trình nghiên cứu tái sinh invitro sắn 29 Bảng 1.5 Tổng kết số cơng trình cơng bố chuyển gen vào sắn 36 Bảng 3.1 Đặc điểm số giống sắn sử dụng phân tích biểu gen 62 Nồng độ độ tinh mẫu RNA tổng số tách chiết từ củ giống sắn 63 Cơ sở dữ liê ̣u các gen liên quan đế n quá trình sinh tổ ng hơ ̣p tinh bô ̣t ở sắ n 66 Bảng 3.4 Trình tự cặp mồi để khuếch đại gen quan tâm 75 Bảng 3.5 Trình tự cặp mồi nhân dịng gen liên quan đến sinh tổng hợp tinh bột thiết kế vector chuyển gen 76 Vị trí sai khác trình tự nucleotide gen SSIV giống KM140 so với gen tham chiếu 78 Vị trí sai khác trình tự axit amin suy diễn protein SSIV gen phân lập 79 Chuyển cấu trúc gen pK7WG2D-35S: SSIV:T35S pBI121C54: SSIV:NOST vào thuốc lá……………………………… 90 Hàm lượng tinh bột tích luỹ rễ thuốc chuyển gen cấu trúc pK7WG2D-35S:SSIV:T35S dòng chuyển gen 97 Hàm lượng tinh bột tích luỹ rễ thuốc chuyển gen pBI121 – C54: SSIV: NOST dòng chuyển gen 98 Ảnh hưởng nguồn nguyên liệu môi trường đến khả tạo mô sẹo (sau tuần) 100 Bảng 3.12 Tỷ lệ mô sẹo phát sinh phôi môi trường CI 102 Bảng 3.13 Tỷ lệ phôi soma tạo 104 Bảng 3.14 Khả tái sinh thành hồn chỉnh từ mơ sẹo phơi hóa 105 Bảng 1.3 Bảng 3.2 Bảng 3.3 Bảng 3.6 Bảng 3.7 Bảng 3.8 Bảng 3.9 Bảng 3.10 Bảng 3.11 vi Bảng 3.15 Bảng 3.16 Bảng 3.17 Bảng 3.18 Bảng 3.19 Ảnh hưởng thời gian nhiễm khuẩn đến hiệu chuyển gen giống sắn KM140 108 Ảnh hưởng Kanamycin đến khả sống sót mơ sẹo chuyển gen GUS giống sắn HB80 KM140 109 Ảnh hưởng Kanamycin đến tỷ lệ rễ chồi giống sắn HB80 KM140 110 Tạo sắn HB80 KM140 chuyển gen GUS thông qua A.tumefaciens 111 Chuyển gen pBI121- C54:SSIV:NOST vào giống sắn KM140 114 vii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Hình 1.2 Hình 1.3 Hình 1.4 Hình 1.5 Hình 1.6 Hình 2.1 Hình 2.2 Đặc điểm sắn (Manihot esculenta Crantz) Một số phương pháp phổ biến tạo sắn biến đổi gen Cơng thức hóa học tinh bột Q trình sinh tổng hợp tinh bột enzyme liên quan Quy trình tái sinh in vitro thơng qua phơi soma sắn Kết tạo mơ sẹo phơi hố giống sắn TME 14 Trình tự đoạn cmyc vị trí mồi PCR Q trình canh tác và thu hoa ̣ch các giố ng sắ n quan tâm ta ̣i Tra ̣i thực nghiê ̣m sinh học Cổ Nhuế phu ̣c vu ̣ nghiên cứu Hình 2.3 Quy trình kiểm tra hàm lượng tinh bột phương pháp nhuộm iodine Hình 2.4 Đồ thị xây dựng đường chuẩn đánh giá hàm lượng tinh bột từ thuốc chuyển gen cấu trúc pK7WG2D-35S:SSIV:T35S Đồ thị xây dựng đường chuẩn đánh giá hàm lượng tinh bột từ rễ thuốc chuyển gen cấu trúc pBI121 – C54:SSIV: NOST Hình ảnh minh họa vị trí củ sắn Hình 2.5 Hình 3.1 Hình 3.2 Hình 3.3 Hình 3.4 Hình 3.5 Hình 3.6 Hình 3.7 Hình 3.8 Hình 3.9 Hình 3.10 Hình 3.11 Hình 3.12 Hình 3.13 Hình 3.14 RNA tổng số tách chiết từ mẫu củ (A) giống sắn (B) Điện di kiểm tra sản phẩm PCR nhân gen actin từ cDNA sắn Phân tích mức độ biểu gen AGPS qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR 18 20 21 31 32 53 54 58 59 60 62 63 64 67 Phân tích mức độ biểu gen AGPL qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR 68 Phân tích mức độ biểu gen GBSS qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR 69 Phân tích mức độ biểu gen SSI, SSIII, SSIV qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR 71 Phân tích mức độ biểu gen SSII qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR 72 Phân tích mức độ biểu gen SBE qua giai đoạn phát triển giống sắn real-time PCR Tách dòng đoạn gen SSIV từ củ sắn Tách dòng promoter C54 sắn Thiết kế vector pK7WG2D-35S:SSIV:T35S Thiết kế vector pBI121/cmyc Thiết kế vector pBI121-C54:SSIV-cmyc:NOST 74 77 81 83 84 85 viii PHỤ LỤC Thơng tin trình tự nucleotide gen/đoạn gen phân lập đăng ký Starch synthase IV (SSIV) LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM KT033500 3224 bp mRNA linear PLN 18-NOV-2015 Manihot esculenta starch synthase IV (SSIV) mRNA, complete cds KT033500 KT033500.1 GI:952183002 Manihot esculenta (cassava) Manihot esculenta Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; fabids; Malpighiales; Euphorbiaceae; Crotonoideae; Manihoteae; Manihot REFERENCE (bases to 3224) AUTHORS Le,N.T., Nguyen,D.V., Nguyen,H.M., Nguyen,H.T.M., Pham,N.B and Chu,H.H TITLE Isolation and overexpression of cassava-derived starch synthase class IV for enhanced starch production in plant JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 3224) AUTHORS Le,N.T., Nguyen,D.V., Nguyen,H.M., Nguyen,H.T.M., Pham,N.B and Chu,H.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-JUN-2015) Plant Cell Biotechnology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet, Hanoi 1000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 3224 /organism="Manihot esculenta" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:3983" 14gene 3224 /gene="SSIV" /note="SSIV" 14CDS 3186 /gene="SSIV" /codon_start=1 /product="starch synthase IV" /protein_id="ALN98281.1" /db_xref="GI:952183003" /translation="MASKLSTWFLSQGFTALNYNFDTNKQTATRFLLPSHRLLPASCK MRQRNLSSQHKRQQLKKASPEQPPNTVGFHSSGGGGGDDDIGDDDNDSETDSTAVHSV PSLNLDVESNEEVVDVSVDVEHAQHTGANDVERNVDMEHVQDVGAKDLYSLTQEMKTL GIDGAEKLSSIPDEMKPLVLNKDGGEQLSSFQLEDLIGMIRNAEKNILLLNQARVHAL EDLERILAEKEILQGEINVLEMKLAGTDARMKVAAQEKMHVELMEDQLGKLRNELAYR VGNQNKLLNEEAPLIQDSTIQNISEELNSLRAENTSLRTDIEALKRELSNVKDTDERV ITLEKECMQLESSVKDLESKLSVSQEDVSKLSSLKVECKDLWEKVGSLQALLDKATKQ ADQAILVLQQNRDLWKKVDKLEESLEEANIYKLSSEKLQQYNELMQQKIKLLEERLQR SDEEIYSYVQLYQESIQEFQDTLNTLKEESKKKALDEPVDDMPWQFWSHLLLMIDGWL LEKKLTLDDAKLLRDMVWKRERRIHDIYLECREKNEHEAVSMFLKLTSSPKSQGLYVV HIAAEMAPVAKVGGLGDVVTGLGKALQKRGHLVEIILPKYDCMQYDGIGNLRALDVVL ESYFDGKLYKNEVWVGTIEGLPVYFIEPHHPGKFFWRGQFYGEHDDFKRFSFFSRAAL ELLLQAGKKPDIIHCHDWQTAFVAPLYWDIYAPKGLNSARICFTCHNFEYQGSAPASE LASCGLDVQQLNRPDRMQDNSAHDRINPIKGAVVFSNIVTTVSPTYAQEVRTSEGGKG LHSTLNFHAKKFIGILNGIDTDVWNPATDTLLEVQYNANDLQGKAENKIATRQHLGLS TADARQPLVGCITRLVPQKGVHLIRHAIYRTLELGGQFLLLGSSPVAHIQREFEGIAN HFQNHEHIRLVLKYDESLAHSIYAASDMFIIPSIFEPCGLTQMIAMRYGSIPIARKTG GLNDSVLDVDDDTIPLQFRNGYTFLNPDEQGVNSALERAFNHYRNDPESWQQLVQKDM NIDFSWESSASQYEELYSKSVARARAAASRS" ORIGIN 159 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 721 781 841 901 961 1021 1081 1141 1201 1261 1321 1381 1441 1501 1561 1621 1681 1741 1801 1861 1921 1981 2041 2101 2161 2221 2281 2341 2401 2461 2521 2581 2641 2701 2761 2821 2881 2941 3001 3061 3121 3181 atggcgtcga tttgacacta gcttcttgca aaagcctctc ggtgatgatg agtgtcccaa gatgtggagc catgttcaag ggcatagatg aacaaagatg agaaatgctg cttgaaagaa aaattggcag ctcatggaag aacaaacttt gaggagctca aagagggagc tgcatgcagt gatgtttcaa agtttgcaag cagcaaaatc aacatctata ataaaactat ttataccaag aagaaaaagg ttgcttatga ttgagagata gaaaagaatg caaggattat ttgggagatg attattctgc gatgtggtgt accattgaag agagggcagt gcacttgaat cagacagctt gctagaatat ttggcatctt tcagcacatg acagtatcac tcgacgctta gtgtggaatc ggaaaagcag aggcagccac agacatgcaa ccagttgcac cacattcggc gacatgttca agatatggtt gttgatgatg gagcagggag agctggcagc tcacagtatg tcttaattat agctatcgac ataagcagac aaatgcgaca ctgaacaacc atattggtga gcttgaatct atgctcagca atgttggtgc gagcagagaa gtggagaaca agaaaaatat ttcttgcaga gaactgatgc accaattagg tgaatgagga attcattgag ttagtaatgt tggagtcttc aattgtctag cattgttaga gagatctttg agttatcgtc tggaggaacg aatctataca cactagatga ttgatggttg tggtatggaa agcatgaagc atgtcgtcca ttgtgaccgg caaagtatga tggaatctta gtcttcctgt tctacggaga tgcttcttca ttgttgcacc gttttacctg gtggacttga ataggatcaa ccacctatgc actttcatgc ctgcgactga aaaacaaaat tggttggctg tataccgtac atatacagag tggtattgaa tcatcccatc ccatacccat acacaattcc tgaatagtgc agcttgttca aggagctcta ggtaaatggc gtggtttctg agctacgcga gcgcaatttg tccaaatacc tgatgataat tgatgttgag tacgggtgca aaaagatttg gctttctagt actgtcaagc cctgcttctc gaaggaaata aagaatgaaa aaaactaaga agcccccttg ggcagagaat caaggataca tgtgaaagac cttgaaagtt taaggcaaca gaagaaggtt agaaaagtta tcttcaacga ggaatttcaa acctgtagat gcttcttgag aagagagagg tgtttctatg tattgcagcg tcttggaaaa ctgcatgcaa ttttgatgga ttactttatt acatgatgat agctggcaaa actttattgg tcacaacttt tgtccagcag tcctattaag acaagaagtg caagaagttc tactcttctc agctacaagg cataacaaga gctggagttg ggaatttgag gtatgatgaa tatctttgag tgcaagaaaa tcttcagttt tttagaacgt aaaggacatg ctcaaaatca attttcatgg agtcaagggt ttcttattgc agctctcagc gtaggttttc gattccgaaa agtaatgagg aatgatgtgg tatagtctca attcctgatg tttcaacttg aatcaagctc ttacaaggag gttgctgctc aacgaactgg attcaggaca acatctctga gatgagcgtg ttggaatcca gaatgtaaag aagcaagcag gataaattgg cagcagtata tctgatgaag gatacactta gatatgccct aagaagctaa cgtattcatg tttctcaagc gagatggcac gcactccaaa tatgatggta aaattataca gagcctcatc ttcaaacgct aaaccagaca gatatatacg gagtaccagg ctaaacagac ggtgcagtgg cggacttctg attggaatcc gaagtccagt cagcatcttg ttggtgccac ggaggacaat ggtattgcaa tctctcgctc ccttgtggcc accggtggtc cgaaatggat gcatttaacc aacatagatt gtggccagag aaagccaagg tcacagcttt cttcccatcg ataagagaca attcgagtgg ctgatagcac aagtcgtcga agaggaatgt cccaggaaat aaatgaaacc aggatttgat gggttcatgc aaattaacgt aagaaaagat cttacagggt gcactattca ggactgatat ttataacact aactgtcagt acttgtggga atcaggctat aagaatcctt atgagctaat aaatatattc atactttgaa ggcaattttg cactagatga acatatactt tgacatcatc cagttgctaa agagaggaca ttggcaattt aaaacgaagt accccggcaa tttcattttt taattcattg ccccaaaagg ggagtgcacc cagatagaat tgttctcaaa agggcggaaa taaatggtat acaatgctaa ggttatcaac agaaaggtgt ttctacttct atcactttca attccattta ttacacagat taaatgatag atacattctt attataggaa ttagttggga caagagcggc atct gaactataat attgcttcct gcagctcaag tggtggtggt agcggtgcat tgttagcgta agatatggaa gaaaactttg tttggtctta aggcatgata acttgaagat tttagagatg gcatgtagaa tgggaatcag gaacattagt agaagcactt ggagaaagaa ttctcaggaa aaaggtggga tctagtgttg ggaagaggcc gcagcaaaag ttatgttcag agaagaaagc gagtcattta tgcaaaactg agagtgcagg accaaaaagt ggttggtggc tcttgtggaa aagggcccta atgggttggc gttcttttgg cagccgtgct ccatgactgg attgaattca agcatcagaa gcaggacaac cattgtgaca aggtctccat tgatactgat cgatcttcaa tgcagatgct acatcttatt tggctcaagc gaatcatgag tgcagcatct gatagcaatg tgttttggat gaatcctgat cgatcctgag atcttcagca agcaagtagg promoter C54 LOCUS AY217353 1084 bp DNA linear PLN 26-JUL-2016 DEFINITION Manihot esculenta glutamic acid-rich protein (c54) gene, promoter region and partial cds ACCESSION AY217353 VERSION AY217353.1 KEYWORDS 160 SOURCE Manihot esculenta (cassava) ORGANISM Manihot esculenta Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; fabids; Malpighiales; Euphorbiaceae; Crotonoideae; Manihoteae; Manihot REFERENCE (bases to 1084) AUTHORS Zhang,P., Bohl-Zenger,S., Puonti-Kaerlas,J., Potrykus,I and Gruissem,W TITLE Two cassava promoters related to vascular expression and storage root formation JOURNAL Planta 218 (2), 192-203 (2003) PUBMED 13680228 REFERENCE (bases to 1084) AUTHORS Zhang,P., Bohl-Zenger,S., Puonti-Kaerlas,J., Potrykus,I and Gruissem,W TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (12-JAN-2003) Institute of Plant Sciences, ETH Zuerich, Universitaetsstrasse 2, Zuerich CH-8092, Switzerland FEATURES Location/Qualifiers source 1084 /organism="Manihot esculenta" /mol_type="genomic DNA" /cultivar="MCol1505" /db_xref="taxon:3983" /note="authority: Manihot esculenta Crantz" gene 962 >1084 /gene="c54" regulatory 962 968 /regulatory_class="TATA_box" /gene="c54" /note="promoter p54/1.0" mRNA 1011 >1084 /gene="c54" /product="glutamic acid-rich protein" CDS 1082 >1084 /gene="c54" /note="expressed during secondary growth of the storage root" /codon_start=1 /product="glutamic acid-rich protein" /protein_id="AAP57706.1" /translation="M" ORIGIN ggatccacgg gtgtgggcca actccaccgc ccaagagaaa acctaaaatg gagaaatttg 61 tcaaagcttt ttcaacttta cagactaggc ataggtcctg gggcaaacag aacagagctc 121 aggacgctgc ctccctgctt gcccacctgg aatcattgtt ctccgcttcc tgcttatgtc 181 atattctccg atgatttttt attttttaat tttgcgtttc tctttctttg caggtaaaat 241 aagcccatct caaattcaga tttgggtaat catgcgattt gagaaacatt atagaaaaaa 301 ggtgatcaac tccaattgtg tgataatttt gtagatgtgg caattaaggt cggtttggct 361 tttataagaa attagaatta accaatttca taattatatc attcatgact attgattata 421 atatctgaca aatcctgtaa tgatttttaa cccatttcag tatgatttac tcatcccatt 481 ctttatggct gcttcaatat acagagttca tgacatgtga atctgaattt aaatattaat 541 ttctctgttt aattaataat taataatcca tttcatataa tttttttaaa ttaattaatt 601 aattaaagaa gaaaataaga agctgggaac atgataataa taaaggtcac ctacattacc 661 gactgcacaa agcacataag cacaaaaaac caaaagaaag atgatggctt agctgaaaaa 721 ggccctccat tatttacact tttcgatcaa aaacaaatat catgggtaat ttaaaaagat 161 781 841 901 961 1021 1081 aaagtacagc tattcctatt taggtagagt ctatataagc cacttcctct tatg ttacttattt gattttgatt tcccacctct cactctcagt ttgcttctca gaaaaaaaat tcagagagat ctccctctca taccctctct ccatttactt ttttaattca gtgaggtcaa catgaagctt ctgcaccaaa ttagtttcta cnattcttaa atcccaagat actggcctct tacactctaa tttcattttc aatgttgatn tcctcttcct actcctctct gctctctctt tcttgctttc // Trình tự nucleotid axit amin suy diễn gen SSIV phân lập hai giống sắn Đỏ ĐF KM140 162 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATGGCGTCGAAGCTATCGACGTGGTTTCTGAGTCAAGGGTTCACAGCTTTGAACTATAATTTTGACACTAATAAGCAGACAGCTACGCGATTCTTATTGC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CTTCCCATCGATTGCTTCCTGCTTCTTGCAAAATGCGACAGCGCAATTTGAGTAGCTCTCAGCATAAGAGACAGCAGCTCAAGAAAGCCTCTCCTGAACA G - MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACCTCCAAATACCGTAGGTTTTCATTCGCGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGAT -ATTGGTGATGATGATAATGATTCCGAAACTGAGAGCACAGCGGTG .C - G A .GAT T MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CATAGTGTCCCAAGCTTGAATCTTGATGTTGAGAGTAATGAGGAAGTCGTCGATGTTAGCGTAGATGTGGAGCATGCTCAGCATACGGGTGCAAATGATG MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TGGAGAGGAATGTAGATATGGAACATGTTCAAGATGTTGGTGCAAAAGATTTGTATAGTCTCACCCAGGAAATGAAAACTTTGGGCATAGATGGAGCAGA MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GAAGCTTTCTAGTATTCCTGATGAAATGAAACCTTTGGTCTTAAACAAAGATGGTGGAGAACAACTGTCAAGCTTTCAACTTGAGGATTTGATAGGCATG MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATAAGAAATGCTGAGAAAAATATCCTGCTTCTCAATCAAGCTCGGGTTCATGCACTTGAAGATCTTGAAAGAATTCTTGCAGAGAAGGAAATATTACAAG MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GAGAAATTAACGTTTTAGAGATGAAATTGGCAGAAACTGATGCAAGAATGAAAGTTGCTGCTCAAGAAAAGATGCATGTAGAACTCATGGAAGACCAATT .G 163 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGGAAAACTAAGAAACGAACTGGCTTACAGGGTTGGGAATCAGAACAAACTTTTGAATGAGGAAGCCCCCTTGATTCAGGACAGCACTATTCAGAACATT G MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGTGAGGAGCTCAATTCATTGAGGGCAGAGAATACATCTCTGAGGACTGATATAGAAGCACTTAAGAGGGAGCTTAGTAATGTCAAGGATACAGATGAGC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GTGTTATAACACTGGAGAAAGAATGCATGCAGTTGGAGTCTTCTGTGAAAGACTTGGAATCCAAACTGTCAGTTTCTCAGGAAGATGTTTCAAAATTGTC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TAGCTTGAAAGTTGAATGTAAAGACTTGTGGGAAAAGGTGGGAAGTTTGCAAGCATTGTTAGATAAGGCAACAAAGCAAGCAGATCAGGCTATTCTAGTG MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TTGCAGCAAAATCGAGATCTTTGGAAGAAGGTTGATAAATTGGAAGAATCCTTGGAAGAGGCCAACGTCTATAAGTTATCGTCAGAAAAGTTACAGCAGT A MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATAATGAGCTAATGCAGCAAAAGATAAAACTATTGGAGGAACGTCTTCAACAATCTGATGAAGAAATATATTCTTATGTTCAGTTATACCAAGAATCTAT G MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACAGGAATTTCAAGATACACTTAATACTTTGAAAGAAGAAAGCAAGAAAAAGGCACTAGATGAACCTGTAGATGATATGCCCTGGCAATTTTGGAGTCAT MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TTATTGCTTATGATTGATGGTTGGCTTCTTGAGAAGAAGCTAACACTAGATGATGCAAAACTGTTGAGAGATATGGTATGGAAAAGAGAGAGGCGTATTC C 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 164 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATGACATATACTTAGAGTGCAAGGAAAAGAATGAGCATGAAGCTGTTTCTATGTTTCTCAAGCTGACATCATCACCAAAAAGTCAAGGATTATATGTCGT G MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CCATATTGCAGCGGAGATGGCACCAGTTGCTAAGGTTGGTGGCTTGGGAGATGTTGTGACTGGTCTTGGAAAAGCACTCCAAAAGAGAGGACATCTTGTG C MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GAAATTATTCTGCCAAAGTATGACTGCATGCAATATGATGGTATTGGCAATTTAAGGGCCCTAGATGTGGTGTTGGAATCTTATTTTGATGGAAAATTAT MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACAAAAACGAAGTATGGGTTGGCACCATTGAAGGTCTTCCTGTTTACTTTATTGAGCCTCATCACCCCGGCAAGTTCTTTTGGAGAGGGCAGTTCTACGG C MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGAACATGATGATTTCAAACGCTTTTCATTTTTCAGCCGTGCTGCACTTGAATTGCTTCTTCAAGCTGGCAAAAAACCAGACATAATTCATTGCCATGAC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2190 2200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TGGCAGACAGCTTTTGTTGCACCACTTTATTGGGATATATACGCCCCAAAAGGATTGAATTCAGCTAGAATATGTTTTACCTGTCACAACTTTGAGTACC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGGGGAGTGCACCAGCATCAGAATTGGCATCTTGTGGACTTGATGTCCAGCAGCTAAACAGACCAGATAGAATGCAGGACAACTCAGCACATGATAGGAT MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CAATCCTATTAAGGGTGCAGTGGTGTTCTCAAACATTGTGACAACAGTATCACCCACCTATGCACAAGAAGTGCGGACTTCTGAGGGCGGAAAAGGTCTC 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 165 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) CATTCGACGCTTAACTTTCATGCCAAGAAGTTCATTGGAATCCTAAATGGTATTGATACTGATGTGTGGAATCCTGCGACTGATACTCTTCTCGAAGTCC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGTACAATGCTAACGATCTTCAAGGAAAAGCAGAAAACAAAATAGCTACAAGGCAGCATCTTGGGTTATCAACTGCAGATGCTAGGCAGCCACTGGTTGG A MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CTGCATAACAAGATTGGTGCCACAGAAAGGTGTACATCTTATTAGACATGCAATATACCGTACGCTGGAGTTGGGAGGACAATTTCTACTTCTTGGCTCA MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2710 2720 2730 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGCCCAGTTGCACATATACAGAGGGAATTTGAGGGTATTGCAAATCACTTTCAGAATCATGAGCACATTCGGCTGGTATTGAAGTATGATGAATCTCTCG MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2870 2880 2890 2900 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CTCATTCCATTTATGCAGCATCTGACATGTTCATCATCCCATCTATCTTTGAGCCTTGTGGCCTTACACAGATGATAGCAATGAGATATGGTTCCATACC MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 2910 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2990 3000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CATTGCAAGAAAAACCGGTGGTCTAAATGATAGTGTTTTTGATGTTGATGATGACACAATTCCTCTTCAGTTTCGAAATGGATATACATTCTTGAATCCT G G MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 3010 3020 3030 3040 3050 3060 3070 3080 3090 3100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GATGAGCAGGGAGTGAATAGTGCTTTAGAACGTGCATTTAACCATTATAGAAACGATCCTGAGAGCTGGCAGCAGCTTGTTCAAAGGGACATGGACATAG G A .A MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 3110 3120 3130 3140 3150 3160 3170 3180 3190 3200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATTTTAGTTGGGAATCTTCAGCATCACAGTATGAGGAGCTCTACTCAAAATCAGTGGCCAGAGCAAGAGCGGCAGCAAGTAGGTCTTAATTATGGTAAAT MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 3210 3220 | | | | | GGCATTTTCATGGAAAGCCAAGGATCT 166 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ASKLSTWFLSQGFTALNYNFDTNKQTATRFLLPSHRLLPASCKMRQRNLSSSQHKRQQLKKASPEQPPNTVGFHSRGGGGGDD-IGDDDNDSETESTAVH - - .S .D D MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | SVPSLNLDVESNEEVVDVSVDVEHAQHTGANDVERNVDMEHVQDVGAKDLYSLTQEMKTLGIDGAEKLSSIPDEMKPLVLNKDGGEQLSSFQLEDLIGMI MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | RNAEKNILLLNQARVHALEDLERILAEKEILQGEINVLEMKLAETDARMKVAAQEKMHVELMEDQLGKLRNELAYRVGNQNKLLNEEAPLIQDSTIQNIS .E .G MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | EELNSLRAENTSLRTDIEALKRELSNVKDTDERVITLEKECMQLESSVKDLESKLSVSQEDVSKLSSLKVECKDLWEKVGSLQALLDKATKQADQAILVL MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | QQNRDLWKKVDKLEESLEEANVYKLSSEKLQQYNELMQQKIKLLEERLQQSDEEIYSYVQLYQESIQEFQDTLNTLKEESKKKALDEPVDDMPWQFWSHL I R MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | LLMIDGWLLEKKLTLDDAKLLRDMVWKRERRIHDIYLECKEKNEHEAVSMFLKLTSSPKSQGLYVVHIAAEMAPVAKVGGLGDVVTGLGKALQKRGHLVE .L R MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | IILPKYDCMQYDGIGNLRALDVVLESYFDGKLYKNEVWVGTIEGLPVYFIEPHHPGKFFWRGQFYGEHDDFKRFSFFSRAALELLLQAGKKPDIIHCHDW S MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | QTAFVAPLYWDIYAPKGLNSARICFTCHNFEYQGSAPASELASCGLDVQQLNRPDRMQDNSAHDRINPIKGAVVFSNIVTTVSPTYAQEVRTSEGGKGLH 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 167 MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | STLNFHAKKFIGILNGIDTDVWNPATDTLLEVQYNANDLQGKAENKIATRQHLGLSTADARQPLVGCITRLVPQKGVHLIRHAIYRTLELGGQFLLLGSS MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | PVAHIQREFEGIANHFQNHEHIRLVLKYDESLAHSIYAASDMFIIPSIFEPCGLTQMIAMRYGSIPIARKTGGLNDSVFDVDDDTIPLQFRNGYTFLNPD L MeSSiv (Manes.15G118600.1) MeSSIV (Do DF) MeSSiv (KM140) 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 | | | | | | | | | | | | | | | EQGVNSALERAFNHYRNDPESWQQLVQRDMDIDFSWESSASQYEELYSKSVARARAAASRS*LW*MAFSWKAKDX .* * .K N * * 168 Kết xác định trình tự promoter C54 phân lập (so sánh với trình tự truy vấn C54 (AY217353)) kết blasn (NCBI) 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter ggatccacgggtgtgggccaactccaccgcccaagagaaaacctaaaatggagaaatttgtcaaagctttttcaactttacagactaggcataggtcctg - 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter gggcaaacagaacagagctcaggacgctgcctccctgcttgcccacctggaatcattgttctccgcttcctgcttatgtcatattctccgatgatttttt 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter attttttaattttgcgtttctctttctttgcaggtaaaataagcccatctcaaattcagatttgggtaatcatgcgatttgagaaacattatagaaaaaa 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter ggtgatcaactccaattgtgtgataattttgtagatgtggcaattaaggtcggtttggcttttataagaaattagaattaaccaatttcataattatatc R 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter attcatgactattgattataatatctgacaaatcctgtaatgatttttaacccatttcagtatgatttactcatcccattctttatggctgcttcaatat Y 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter acagagttcatgacatgtgaatctgaatttaaatattaatttctctgtttaattaataattaataatccatttcatataatttttttaaattaattaatt 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter aattaaagaagaaaataagaagctgggaacatgataataataaaggtcacctacattaccgactgcacaaagcacataagcacaaaaaaccaaaagaaag 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter atgatggcttagctgaaaaaggccctccattatttacacttttcgatcaaaaacaaatatcatgggtaatttaaaaagataaagtacagcttacttattt t .TA C Y 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter gaaaaaaaatttttaattcacnattcttaaaatgttgatntattcctattgattttgatttcagagagatgtgaggtcaaatcccaagattcctcttcct 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter taggtagagttcccacctctctccctctcacatgaagcttactggcctctactcctctctctatataagccactctcagttaccctctctctgcaccaaa 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 | | | | | | | | | | | | | | | | C54 Referen C54 Promoter tacactctaagctctctcttcacttcctctttgcttctcaccatttacttttagtttctatttcattttctcttgctttctatg 169 Kết phân tích promoter C54 phần mềm TSSP C54 Promoter (sắn đỏ địa phương) C54 Promoter (Tham chiếu) > test sequence > test sequence Length of sequence1041 Thresholds for TATA+ promoters - 0.02, for TATA-/enhancers - 0.04 promoter/enhancer(s) are predicted Length of sequence1073 Thresholds for TATA+ promoters - 0.02, for TATA-/enhancers - 0.04 promoter/enhancer(s) are predicted Promoter Pos: 947 21.81 981 LDF- 0.14 TATA box at Promoter Pos: 947 21.81 981 LDF- Enhancer Pos: 993 LDF- 0.06 Enhancer Pos: 1004 LDF- 0.14 TATA box at 0.08 Transcription factor binding sites/RegSite DB: Transcription factor binding sites/RegSite DB: for promoter at position 981 815 (+) RSP00005 CTWWWWWWGT for promoter at position 981 815 (+) RSP00005 CTWWWWWWGT 979 (+) RSP00016 caTGCAC 876 (-) RSP00026 gcttttgaTGACtTcaaacac 943 (+) RSP00046 atccattcTATATAAGaaacata 790 (+) RSP00098 cttaatatATTTTTAattattttattctcttaa 794 (+) RSP00117 aattATTTTTAaa 979 (+) RSP00016 caTGCAC 876 (-) RSP00026 gcttttgaTGACtTcaaacac 943 (+) RSP00046 atccattcTATATAAGaaacata 794 (+) RSP00117 aattATTTTTAaa 795 (+) RSP00125 aatATTTTTAtt 786 (+) RSP00126 gaaaattttaatATTTTTAtttagtatt 795 (+) RSP00135 aatATTTTTAtc 794 (+) RSP00140 681 (+) RSP00161 aattATTTTTAtt WAAAG 763 (+) RSP00161 732 (-) RSP00161 WAAAG WAAAG 966 (+) RSP00240 918 (+) RSP00252 CAGTTA CACATG 826 (-) RSP00308 798 (+) RSP00339 CAACA RTTTTTR 743 (-) RSP00339 RTTTTTR 864 (+) RSP00383 787 (+) RSP00398 GGTCAAA TTTGAA 863 (+) RSP00467 862 (+) RSP00468 tGGTCAatTc ttGGTCAatTc 908 (-) RSP00469 759 (+) RSP00477 GNGGTG TTTAA 801 (+) RSP00477 820 (-) RSP00477 TTTAA TTTAA 764 (-) RSP00477 796 (+) RSP00508 TTTAA gcaTTTTTatca 801 (-) RSP00508 800 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 799 (-) RSP00508 798 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 769 (-) RSP00508 745 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 681 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca 703 (-) RSP00512 cttgtaacCATCAgccaatcgaccagccaatcattc 795 (+) RSP00125 795 (+) RSP00135 aatATTTTTAtt aatATTTTTAtc 794 (+) RSP00140 681 (+) RSP00161 aattATTTTTAtt WAAAG 706 (+) RSP00161 763 (+) RSP00161 WAAAG WAAAG 769 (+) RSP00161 732 (-) RSP00161 WAAAG WAAAG 966 (+) RSP00240 918 (+) RSP00252 CAGTTA CACATG 774 (-) RSP00265 711 (-) RSP00305 ACTTTA CCTTTT 826 (-) RSP00308 798 (+) RSP00339 CAACA RTTTTTR 743 (-) RSP00339 RTTTTTR 864 (+) RSP00383 787 (+) RSP00398 GGTCAAA TTTGAA 863 (+) RSP00467 862 (+) RSP00468 tGGTCAatTc ttGGTCAatTc 908 (-) RSP00469 759 (+) RSP00477 GNGGTG TTTAA 801 (+) RSP00477 820 (-) RSP00477 TTTAA TTTAA 764 (-) RSP00477 796 (+) RSP00508 TTTAA gcaTTTTTatca 801 (-) RSP00508 800 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 799 (-) RSP00508 798 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 769 (-) RSP00508 745 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 712 (-) RSP00508 681 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 170 for promoter at position 815 (+) RSP00005 979 (+) RSP00016 703 (-) RSP00512 cttgtaacCATCAgccaatcgaccagccaatcattc for promoter at position 1004 993 815 (+) RSP00005 979 (+) RSP00016 CTWWWWWWGT caTGCAC CTWWWWWWGT caTGCAC 876 (-) gcttttgaTGACtTcaaacac RSP00026 876 (-) gcttttgaTGACtTcaaacac RSP00026 943 (+) atccattcTATATAAGaaacata RSP00046 943 (+) atccattcTATATAAGaaacata RSP00046 790 (+) cttaatatATTTTTAattattttattctcttaa RSP00098 794 (+) RSP00117 795 (+) RSP00125 aattATTTTTAaa aatATTTTTAtt 795 (+) RSP00135 aatATTTTTAtc 794 (+) RSP00140 706 (+) RSP00161 aattATTTTTAtt WAAAG 763 (+) RSP00161 769 (+) RSP00161 WAAAG WAAAG 794 (+) RSP00117 aattATTTTTAaa 795 (+) RSP00125 aatATTTTTAtt 786 (+) RSP00126 gaaaattttaatATTTTTAtttagtatt 795 (+) RSP00135 aatATTTTTAtc 794 (+) RSP00140 763 (+) RSP00161 aattATTTTTAtt WAAAG 732 (-) RSP00161 966 (+) RSP00240 WAAAG CAGTTA 732 (-) RSP00161 966 (+) RSP00240 WAAAG CAGTTA 918 (+) RSP00252 774 (-) RSP00265 CACATG ACTTTA 918 (+) RSP00252 826 (-) RSP00308 CACATG CAACA 711 (-) RSP00305 826 (-) RSP00308 CCTTTT CAACA 798 (+) RSP00339 743 (-) RSP00339 RTTTTTR RTTTTTR 798 (+) RSP00339 743 (-) RSP00339 RTTTTTR RTTTTTR 864 (+) RSP00383 787 (+) RSP00398 GGTCAAA TTTGAA 864 (+) RSP00383 787 (+) RSP00398 GGTCAAA TTTGAA 863 (+) RSP00467 862 (+) RSP00468 tGGTCAatTc ttGGTCAatTc 863 (+) RSP00467 862 (+) RSP00468 tGGTCAatTc ttGGTCAatTc 908 (-) RSP00469 759 (+) RSP00477 GNGGTG TTTAA 908 (-) RSP00469 759 (+) RSP00477 GNGGTG TTTAA 801 (+) RSP00477 820 (-) RSP00477 TTTAA TTTAA 801 (+) RSP00477 820 (-) RSP00477 TTTAA TTTAA 764 (-) RSP00477 796 (+) RSP00508 TTTAA gcaTTTTTatca 764 (-) RSP00477 796 (+) RSP00508 TTTAA gcaTTTTTatca 801 (-) RSP00508 800 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 801 (-) RSP00508 800 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 799 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca 799 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca 798 (-) RSP00508 769 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 798 (-) RSP00508 769 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 745 (-) RSP00508 712 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca gcaTTTTTatca 745 (-) RSP00508 gcaTTTTTatca 703 (-) RSP00512 cttgtaacCATCAgccaatcgaccagccaatcattc 171 Phụ lục Sơ đồ vector mang gen SSIV tổng hợp nhân tạo pK7WG2D-35S:SSIV:T35 pBI121-C54:SSIV:NOST 172 Phụ lục Môi trường MS (Murashige and Skoog, 1962) STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Thành phần CaCl2 CaCl2.6H2O KH2PO4 KNO3 MgSO4 NH4NO3 FeSO4.7H2O EDTA Hoặc FeNaEDTA H3BO3 KI MnSO4.2H2O ZnSO4 CoCl2.6H2O CuSO4.5H2O NaMoO4.2H2O MnSO4.H2O Glycin Thiamin HCl Myo – innositol Pyridoxine HCl Hàm lượng (mg/l) 332,02 440 170 1900,00 180,54 1650,00 27,8 37,3 36,7 6,2 0,83 16,9 8,6 0,025 0,025 0,25 16,9 2,00 0,10 100,00 0,50 173