Tần suất các gien D3S1358, vWA và FGA của người Việt ứng dụng trong giám định gien pot

TCNCYH 23 (3) 2003 Tần suất các gien D3S1358, vWA và FGA của ngời Việt ứng dụng trong giám định gien Bùi Thị Diệu Hồng, Hà Quốc Khanh, Đinh Thị Nga và các cộng sự Viện Khoa học hình sự Bộ Công an Giám định gien giúp cho các nhà điều tra hình sự giải quyết đợc những vụ án mà trớc đây không thể giải quyết đợc bằng các phơng pháp của huyết thanh học. Xuất phát từ yêu cầu thực tế Viện khoa học hình sự đã tiến hành đề tài nghiên cứu: "Điều tra và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các gien hệ Nineplexll ngời Việt ứng dụng trong giám định gien ở VKHHS ". Qua khảo sát, cho thấy : + Gen D3S1358 có 6 alen; vWA: 9 alen; FGA: 19 alen. + ở ngời Việt tính đa hình ở gen vWA, và đặc biệt ở gien FAGA cao hơn so với một số quần thể ngời nớc ngoài. Ví dụ: số alen ở gien vWA của ngời Việt là 9, còn của ngời Nhật [5] và ngời Mỹ da trắng là 8 [6]; số alen ở gien FGA của ngời Việt là 19, còn của ngời Nhật là 15 [5] và của ngời Mỹ da trắng là 12 [6]. + Đã phát hiện thấy 2 alen số 14 và 32 của gien FGA. Việt Nam là một quốc gia có nhiều tộc ngời khác nhau cùng sinh sống, vì vậy nhóm nghiên cứu đề xuất mở rộng phạm vi khảo sát ở một số tộc ngời khác có số dân đông. I. Đặt vấn đề: Giám định t pháp về gien đợc ra đời từ năm 1985. Giám định gien giúp cho các nhà điều tra hình sự giải quyết đợc những vụ án mà trớc đây không thể giải quyết đợc bằng các phơng pháp của huyết thanh học. Tính u việt của giám định gien đã đợc các nhà khoa học trên thế giới công nhận: truy nguyên cá thể ngời, xác định quan hệ huyết thống, xác định hài cốt Trên thế giới ở các nớc có phòng giám định gien đều đã khảo sát, nghiên cứu và công bố kết quả của họ về tần suất các alen của các gien sử dụng cho mục đích t pháp (gọi tắt là gien hình sự). Hiện nay ở Việt Nam mới chỉ có Trung tâm công nghệ sinh học (Đại học Quốc gia Hà Nội) công bố kết quả nghiên cứu tần suất alen của hai gien D1S80 và D17S5 (theo tạp chí Di truyền học và ứng dụng số 1-1999) và Bộ môn Miễn dịch Sinh lý bệnh Trờng Đại học Y Hà Nội đã công bố kết quả nghiên cứu về các alen của locus HLA lớp II ĐRB1 và QB1 ở ngời Kinh và ngời Mờng (J.Immunogen. 1998 và tạp chí Nghiên cứu y học Trờng Đại học Y Hà Nội 2002). Xuất phát từ yêu cầu thực tế Viện khoa học hình sự đã tiến hành đề tài nghiên cứu: "Điều tra và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các gien hệ Nineplexll ngời Việt ứng dụng trong giám định gien ở VKHHS ". Đề tài này hoàn thành sẽ đáp ứng yêu cầu của giám định gien trong nớc và đóng góp một phần t liệu vào hệ thống gien hình sự quốc tế. Các gien trong hệ Nineplex II cũng nh các gien đợc sử dụng cho mục đích t pháp là những gien có tính đa hình cao ít đột biến, tơng đối bền vững và cho phép thực hiện đợc phản ứng nhân gien của nhiều gien khác nhau bằng một bộ Kit và phân tích tự động trên máy giải trình tự. Các gien của hệ Nineplex II đều nằm ở vùng intron (vùng không mã hoá) của ADN và đều là đoạn lặp ngắn (Short Tandem Repeat) hay còn gọi là Microsettelite. 86 TCNCYH 23 (3) 2003 Bảng tổng quát các locus gien hệ Nineplex II : Tên locus gien Vị trí trên NST Trình tự đoạn lặp kích thớc (bp) Số lợng alen D3S1358 3P TCTA(TCTG)1-3(TCTA)n 114-142 12 vWA 12p12p-ter TCTA(TCTG)3-4(TCTA)n 157-197 13 FGA 4q28 (TTTC)3TTTTTCT (CTTT)nCTCC 219-267 32 D8S1179 8 (TCTR)n 128-168 12 D21S11 21 (TCTA)n (TCTG)n [(TCTA)3 TA (TCTA)3 TCA (TCTA)2 TCCATA] (TCTA)n 189-243 35 D18S51 18q 21.3 (AGAT)n 273-341 25 D5S818 5q 21-31 (AGAT)n 135-171 10 D13S317 13q 22-31 (GATA)n 206-234 09 D7S820 7q (GATA)n 258-294 11 Khái quát về gien D3S1358, vWA và FGA: + D3S1358 định vị trên nhánh ngắn của nhiễm sắc thể số 3, dài 114-142bp, có 12 alen (Li và cộng sự, 1993). + vWA định vị trên nhánh ngắn của nhiễm sắc thể số 12, dài 157-197 bp , có 13 alen (Kimpton và cộng sự 1992) [1]. + FGA định vị trên nhánh dài của nhiễm sắc thể số 4, dài 219-267 bp, có 32 alen (Mill và cộng sự 1992) [1]. Mục tiêu nghiên cứu: xác định tần suất các gien D3S1358, vWA và FGA của ngời Việt. II . Vật liệu và phơng pháp nghiên cứu: 1 Thu và bảo quản mẫu: Thu mẫu tóc, máu, tế bào niêm mạc miệng trực tiếp của những ngời cho mẫu tự nguyện và thu thông qua các vụ án mà đã biết chính xác nhân thân của nạn nhân hay đối tợng nghi vấn. Tất cả những ngời này đều là ngời Việt không có quan hệ họ hàng huyết thống, bao gồm cả giới nam và giới nữ ở các lứa tuổi và các vụng địa lý khác nhau. Mẫu thu đảm bảo chất lợng, không bị nhiễm chéo và đợc bảo quản trong tủ lạnh sâu (- 80 0 C). 2. Phơng pháp tách chiết ADN : Tách chiết bằng Chelex 5% [2]. 3. Phơng pháp định lợng ADN Sử dụng bộ Kit định lợng "Quantiblot Human DNA Quantitation Kit" của Perkin Elmer (Mỹ) [3]. 4. Phơng pháp khuếch đại chuỗi ADN [3] Sử dụng bộ Kit Profiler plus (Perkin Elmer) thực hiện trên máy Geneamp PCR system 9700 (Mỹ) với chu trình nhiệt nh sau: 95 0 C - 11 phút x 1 chu kỳ 94 0 C - 1 phút 59 0 C - 1phút x 28 chu kỳ 72 0 C - 1 phút 60 0 C - 45 phút x 1 chu kỳ 5. Điện di và phân tích kết quả: Điện di trên máy ABI Prism DNA Sequencer 377 (Perkin Elmer ) Phân tích kết quả dựa vào hệ thống alen chuẩn của hệ thống Nineplex [4]. 6. Xử lý số liệu thống kê: Chúng tôi đã sử dụng tiêu chuẩn ChiSquare ( 2 ) của Peason để thẩm định số liệu. iii. Kết quả - Tổng số mẫu (cá thể) đã phân tích là 212: 87 TCNCYH 23 (3) 2003 + Gồm 146 nam và 66 nữ. + Độ tuổi : từ 1 đến 70 tuổi, trong đó độ tuổi từ 17 đến 40 là 115 cá thể. + Phân bố ở 41 tỉnh, thành của cả ba miền Bắc - Trung - Nam . Gen D3S 1358 Số mẫu 212 Số allele: 6 Số genotype: 21 Chisquare 0.06057541 Df 11, p = 0.9992 35.5605625 Đồng hợp tử: 73, Dị hợp tử: 139, Tổng số: 212 Alen Số lợng quan sát Tần suất 14 15 0.035377 15 133 0.313679 16 154 0.363208 17 94 0.221698 18 27 0.063679 19 1 0.002358 TS: 6 2N = 424 1 Gen vWA: Số mẫu 212 Số allele: 9 Số genotype: 45 Chisquare 0.174929226 Df 45, p = 0.9992 80.9886894 Đồng hợp tử: 73, Dị hợp tử: 139, Tổng số: 212 Alen Số lợng quan sát Tần suất 14 108 0.25471698 15 7 0.016509434 16 80 0,188679245 17 83 0,1957547 17 18 86 0,202830189 19 49 0,115566038 20 8 0,018867925 21 2 0,004716981 22 1 0,002358491 TS : 9 24N = 424 1 Gen FGA Số mẫu 212 Số allele: 19 Số gennotype: 190 Chisquare 0.716908 df 6, p = 0,9992 100.6118 Đồng hợp tử: 34, Dị hợp tử: 178, Tổng số: 212 Alen Số lợng quan sát Tần suất 14 1 0,0023585 15 1 0,0023585 18 6 0,0141509 19 30 0,0707547 20 25 0,0589623 21 59 0,1391509 21.2 7 0,0165094 22 79 0,1863208 22.2 7 0,0165094 23 64 0,1509434 23.2 3 0,00770755 24 63 0,148549 24.2 7 0,0165094 25 40 0,0943396 25.2 6 0,0141509 88 TCNCYH 23 (3) 2003 26 18 0,0424528 26.2 3 0,0070755 27 4 0,009434 32 1 0,0023585 TS : 19 2N = 424 1 iv. Bàn luận Qua khảo sát, cho thấy : + Gen D3S1358 có 6 alen; vWA: 9 alen; FGA: 19 alen. + ở ngời Việt tính đa hình ở gen vWA, và đặc biệt ở gien FAGA là cao hơn so với một số quần thể ngời nớc ngoài. Ví dụ: số alen ở gien vWA của ngời Việt là 9, còn của ngời Nhật [5] và ngời Mỹ da trắng là 8 [6]; số alen ở gien FGA của ngời Việt là 19, còn của ngời Nhật là 15 [5] và của ngời Mỹ da trắng là 12 [6]. + Đã phát hiện thấy 2 alen số 14 và 32 của gien FGA. Theo PE Applied Biosystems Hunman Identification Group thì FGa có các alen trong thang chuẩn và các alen khác nh sau [7]: Str Alen thang chuẩn Các alen khác Alen kiểm tra 9947A Fga 18,19,20,21,22,23,24, 25,26,27,28,29,30 15,16,16.2,17,18.2,19.2,20.2,21.2,22.2,23.2, 24.2,25.2,27.2,28.2,30.2,34.2,46.2 23,24 v. Kết luận + Gen D3S1358 có 6 alen; vWA: 9 alen; FGA: 19 alen. + Đã phát hiện thấy 2 alen số 14 và 32 của gien FGA. vi. Đề xuất + Việt Nam là một quốc gia có nhiều tộc ngời khác nhau cùng sinh sống, vì vậy nhóm nghiên cứu đề xuất mở rộng phạm vi khảo sát ở một số tộc ngời khác có số dân đông. Tài liệu tham khảo. 1. DNA Technology in Forensic Science, Nation Academty Press, Washinton, 1992. 2. Chelex DNA extraction, method No: 6A, Victoria Forensis Science Centre (VFSC), 1998. 3. Quantification of Human DNA using the Quantiblot Human DNA Quantiblot Kit, Method No: 14A, VFSC, 1998. 4. Amplification and Typing of the STR loci in Human DNA using the ABI 377 Sequencer Method No: 12, VFSC, 1998. 5. Department of Legal Medicine, Okayama University- Graduate School, Japan, 2001. 6. Forensic Science Services, South Australia, 199. 7. AmpFISTR Profiler Plus TM Aplification Kit users Manual, The Perkin Elmer, 1998. Abstract Viet (Kinh) populations D3S1358, vWA and FGA frequencies for forensic medicine DNA determination for Forensic purposes was inaugurated in 1985. DNA technology offers to crime investigators and to the courts and opportunity in dealing with caseworks that have not been resolved by serlogys mmethods. DNA profiling is a mujor advance in individual idetification, paternity testing, bone DNA identification typing 89 TCNCYH 23 (3) 2003 At the preesent, in Vietnam, there is only database of D1S80 and D1S5 frequencies public by Biothenology Centre - Ha Noi University of Natural Sciences. (Jornal Genetics and Applications N o 1 - 1999). So the Institute of forensis science - Ministry of public Security has made a rrsearch on the theme: “Database of Nineplexll allelic frequency of Viet population applied for forensic purposes in Viet Nam”. The results can be summarized as follows: + There are 6 alleles in D3S1358, 9 alleles in vWA and 19 allenles in FGA. + Polymorphism of vWA, especially of FGA in Viet (Kinh) population are higher than in some other foreign popualtion. For examples, nuber of vWWA alleles in Viet population are 0, but in Japanese popotaliton and in Caucasian are 8 (6); nuber of FGA alleles in Viet are 19, but in Japanese are 15 (5) and in Caucasian are 12 (6). + We find out two rate alleles of FGA; they are 14 and 32. There are many ethenics living in Vietnam. So we would like to survey allelic frequency of other ethenics. 90 . 2003 Tần suất các gien D3S1358, vWA và FGA của ngời Việt ứng dụng trong giám định gien Bùi Thị Diệu Hồng, Hà Quốc Khanh, Đinh Thị Nga và các cộng sự Viện Khoa học hình sự Bộ Công an Giám. tra và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các gien hệ Nineplexll ngời Việt ứng dụng trong giám định gien ở VKHHS ". Đề tài này hoàn thành sẽ đáp ứng yêu cầu của giám định gien trong nớc và. "Điều tra và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các gien hệ Nineplexll ngời Việt ứng dụng trong giám định gien ở VKHHS ". Qua khảo sát, cho thấy : + Gen D3S1358 có 6 alen; vWA: 9 alen; FGA: 19