Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.

Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.Đặc điểm sinh học phân tử của Escherichia coli mang gen mcr1 kháng colistin phân lập từ người và vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG ======================== NGUYỄN THỊ TUYẾT MAI ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ CỦA Escherichia coli MANG GEN mcr-1 KHÁNG COLISTIN PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI VÀ VẬT NUÔI, THỰC PHẨM VÀ NƯỚC TẠI XÃ THANH HÀ, HÀ NAM, NĂM 2015 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG =========================== NGUYỄN THỊ TUYẾT MAI ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ CỦA Escherichia coli MANG GEN mcr-1 KHÁNG COLISTIN PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI VÀ VẬT NUÔI, THỰC PHẨM VÀ NƯỚC TẠI XÃ THANH HÀ, HÀ NAM, NĂM 2015 Chuyên ngành : VI SINH Y HỌC Mã số 62 72 01 15 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS TRẦN HUY HOÀNG PGS.TS VŨ THỊ TƯỜNG VÂN HÀ NỘI - 2022 LỜI CẢM ƠN Lời tơi muốn bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Trần Huy Hồng, Phó trưởng Khoa Vi khuẩn- Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, thầy hướng dẫn khoa học, giúp đỡ tôi, tận tình truyền đạt kiến thức kinh nghiệm q báu để tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS TS Vũ Thị Tường Vân, nguyên Trưởng khoa Vi sinh-Bệnh viện Bạch Mai, giáo viên đồng hướng dẫn, ln nhiệt tình giúp đỡ, khơng truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm chuyên môn quý báu mà học sống suốt trình học tập thực nghiên cứu để tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến Ths Vũ Thị Ngọc Bích-nghiên cứu sinh thuộc Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford Việt Nam (OUCRU), người bạn đồng hành tơi suốt q trình thực đề tài, sẵn sàng hợp tác, hỗ trợ chia sẻ kinh nghiệm quý báu giải trình tự gen suốt q trình tơi thực nghiên cứu, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi hồn thành luận án Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới TS Trần Diệu Linh-Phòng Quản lý chất lượng -Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương chia sẻ kiến thức kinh nghiệm thực tế quý báu nghiên cứu giải trình tự gen Tơi xin chân trành cảm ơn Ths Phạm Duy Thái- nhân viên phòng nghiên cứu Kháng Kháng sinh hỗ trợ tơi nhiều thực kỹ thuật khó nghiên cứu kỹ thuật PFGE Tôi xin chân thành cảm ơn em Vũ Thị Thu Hiền, Hoàng Thị An Hà, Hoàng Thị Mai Hương -Các học viên học Phòng nghiên cứu kháng kháng sinh hỗ trợ tôi, bàn bạc, chia sẻ kinh nghiệm suốt q trình tơi làm nghiên cứu Phịng Kháng kháng sinh Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Tôi xin chân thành cảm ơn em Thương, em Diệp Trung tâm nghiên cứu Oxford đồng hành tơi suốt q trình thực kỹ thuật giải trình tự gen Tơi xin bày lời cảm ơn chân thành tới TS Trương Thái Phương lãnh đạo Khoa Vi sinh, anh chị em phòng Virus miễn dịch sinh học phân tử, phịng mơi trường, phòng KSĐ tập thể khoa Vi sinh hỗ trợ, tạo điều kiện cho học tập hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng cảm ơn chân thành tới bạn học viên học nghiên cứu sinh, anh, chị bạn Phịng thí nghiệm Kháng sinh Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương OUCRU quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ tơi q trình thực nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin gửi lời trân trọng cảm ơn tới: −Ban giám đốc, Khoa Vi sinh bệnh viện Bạch Mai −Ban giám đốc toàn thể cán Khoa Vi khuẩn, viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Tôi xin trân trọng cảm ơn quỹ NAFOSTED hỗ trợ kinh phí từ đề tài Mã số: 108.02-2017.320 tiến sỹ Trần Huy Hồng làm chủ nhiệm để chúng tơi hồn thành nghiên Cuối xin ghi nhớ công ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dỗ cha mẹ tôi, cha mẹ chồng ủng hộ, động viên, thương u, chăm sóc, khích lệ chồng, anh, chị, em người bên tôi, chỗ dựa vững để yên tâm học tập hoàn thành luận án Hà Nội, ngày tháng .năm 2022 Nguyễn Thị Tuyết Mai LỜI CAM ĐOAN Tôi Nguyễn Thị Tuyết Mai, nghiên cứu sinh khóa 36, Viện vệ sinh dịch tễ Trung ương, chuyên ngành Vi sinh y học, xin cam đoan: Đây luận án thân trực tiếp thực hướng dẫn TS Trần Huy Hoàng PGS.TS Vũ Thị Tường Vân Cơng trình khơng trùng lặp với nghiên cứu khác công bố Việt Nam Các số liệu thơng tin nghiên cứu hồn tồn xác, trung thực khách quan, xác nhận chấp thuận sở nơi nghiên cứu Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật cam kết Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Người viết cam đoan Nguyễn Thị Tuyết Mai DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT - ADN - AK - A baumanni - bp - CAZ - CIP - CLSI - CS - CTX - E Coli - ESBL - FEP - GM - IMP - IS Axit deoxyribonucleic Amikacin Acinetobacter baumanni cặp bazơ Ceftazidime Ciprofloxacin Viện Tiêu chuẩn lâm sàng Phòng xét nghiệm (Clinical and Laboratory Standards Institute) Colistin Cefotaxime Escherichia coli Enzym ly giải vòng β-lactam phổ rộng (Extended-spectrum β-lactamase) Cefepim Gentamicin Imipenem Trình tự chèn (Insert sequence) - K pneumoniae - KKS - KS - LB - mcr-1 Klebsiella pneumoniae Kháng kháng sinh Kháng sinh Luria-Bertani Mobilized colistin resistance mediated colistin resistance - MEM - MIC - MLST - NST -N - PCR - PN - PĐVN - PFGE - P aeruginosa - Replicon plasmid - TĂ - WGS Meropenem Nồng độ ức chế tối thiểu (Minimal Inhibitory Concentration) Phân loại trình tự đa vị trí (Multi Locus Sequence Typing) Nhiễm sắc thể Nước Phản ứng chuỗi (Polymerase Chain Reaction) Phân người Phân động vật nuôi Điện di xung trường (Pulsed-field Gel Electrophoresis) Pseudomonas aeruginosa Đơn vị chép plasmid Thức ăn Giải trình tự toàn hệ gen vi khuẩn (Whole Genome Sequence) MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Kháng sinh đề kháng kháng sinh 1.1.1 Định nghĩa 1.1.2 Cơ chế tác dụng 1.1.3 Sự đề kháng kháng sinh 1.1.4 Các nguyên nhân gây gia tăng lan truyền chủng vi khuẩn kháng kháng sinh 15 1.1.5 Colistin 19 1.2 Vi khuẩn gram âm đường ruột thực trạng kháng kháng sinh vi khuẩn gram âm đường ruột 25 1.2.1 Vi khuẩn gram âm đường ruột 25 1.2.2 Thực trạng kháng kháng sinh vi khuẩn gram âm đường ruột 26 1.3 Đặc điểm vi sinh vật học tình hình kháng colistin E coli 27 1.3.1 Đặc điểm vi sinh vật học 27 1.3.2 Các nghiên cứu gen mcr-1 kháng colistin E coli vi khuẩn gram âm đường ruột giới Việt Nam 28 1.3.3 Một số đặc điểm gen mcr-1 plasmid chủng E coli kháng colistin 32 1.4 Các kĩ thuật phát kháng kháng sinh kĩ thuật sinh học phân tử sử dụng phát gen kháng kháng sinh 33 1.4.1 Kĩ thuật phát kháng kháng sinh 33 1.4.2 Các kĩ thuật sinh học phân tử nghiên cứu vi khuẩn kháng kháng sinh 34 1.4.3 Kỹ thuật PCR phát gen kháng kháng sinh 36 1.4.4 Kỹ thuật RADP PCR 36 1.4.5 Kỹ thuật điện di xung trường 36 1.4.6 Kỹ thuật Southern blot phân tích hệ gen vi khuẩn 37 1.4.7 Kỹ thuật Multi Locus Sequence Typing 37 1.4.8 Kỹ thuật giải trình tự gen 38 1.5 Các vấn đề cần giải nghiên cứu 38 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Địa điểm nghiên cứu 40 2.2 Thiết kế nghiên cứu 40 2.3 Thời gian nghiên cứu 40 2.4 Đối tượng nghiên cứu 40 2.5 Cỡ mẫu nghiên cứu 41 2.6 Phương pháp lấy mẫu kỹ thuật xét nghiệm 45 2.6.1 Kĩ thuật nuôi cấy phân lập vi khuẩn 45 2.6.2 PCR phát gen mcr-1 46 2.6.3 Kỹ thuật định danh vi khuẩn máy MALDI TOF 48 2.6.4 Kỹ thuật đánh giá nồng độ kháng sinh ức chế tối thiểu 49 2.6.5 Phân tích mối liên hệ kiểu gen kỹ thuật PFGE .54 2.6.6 Kỹ thuật giải trình tự tồn hệ gen vi khuẩn 55 2.6.7 Kỹ thuật tiếp hợp đánh giá lan truyền gen mcr -1 qua plasmid 58 2.7 Biến số số nghiên cứu 59 2.8 Phương pháp thu thập thông tin 60 2.9 Xử lý phân tích số liệu 60 2.10 Khống chế sai số 60 2.11 Đạo đức nghiên cứu 60 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 62 3.1 Tỷ lệ vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập từ người động vật nuôi, thực phẩm nước xã Thanh Hà, Thanh Liêm, Hà Nam, năm 2015 62 3.1.1 Đặc điểm chung loại mẫu thu thập nghiên cứu 62 3.1.2 Tỷ lệ mẫu có chứa chủng E coli mang gen mcr-1 phân lập từ người người, động vật nuôi, thực phẩm nước 63 3.1.3 Tỷ lệ chủng vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 phân lập từ người, động vật nuôi, thực phẩm nước 64 3.1.4 Mức độ nhạy cảm colistin chủng E coli mang gen mcr-1 66 3.1.5 Tỷ lệ phân bố gen mcr-1 NST plasmid chủng E coli 67 3.1.6 Mức độ nhạy cảm kháng sinh chủng E coli mang gen mcr-1 phân người động vật nuôi, thức ăn nước 68 3.2 Đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 phân lập nghiên cứu 70 3.2.1 Các gen kháng kháng sinh chủng E coli mang gen mcr-1 .70 3.2.2 Mối liên hệ kiểu gen chủng vi khuẩn mang gen mcr-1 .72 3.2.3 Đặc điểm sinh học phân tử chủng E coli mang gen mcr-1 kỹ thuật giải trình tự tồn hệ gen 78 3.3 Kết xác định đặc điểm plasmid, chế lan truyền qua trung gian plasmid cấu trúc di truyền động chủng vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 .80 3.3.1 Xác định đặc điểm plasmid mang gen mcr-1 80 3.3.2 Xác định khả lan truyền gen kháng qua trung gian plasmid chủng vi khuẩn 85 3.3.3 Xác định cấu trúc yếu tố di truyền di động mang gen mcr-1 86 CHƯƠNG BÀN LUẬN 89 4.1 Tỷ lệ vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập từ người, vật nuôi, thực phẩm nước xã Thanh Hà huyện Thanh Liêm, Hà Nam giai đoạn 2014-2015 89 4.1.1 Một số đặc điểm quần thể thu thâp mẫu nghiên cứu 89 4.1.2 Tỷ lệ vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập từ người, động vật nuôi, thực phẩm nước xã Thanh Hà huyện Thanh Liêm, Hà Nam giai đoạn 2014-2015 90 4.1.3 Mức độ nhạy cảm colistin chủng E coli mang gen mcr-1 kháng colistin 92 4.1.4 Sự phổ biến chủng E coli mang gen mcr-1 NST plasmid 95 4.1.5 Đặc điểm kháng kháng sinh chủng E coli mang gen mcr-1 cộng đồng nghiên cứu 96 4.2 Đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 phân lập nghiên cứu 98 4.2.1 Các gen kháng kháng sinh 98 4.2.2 Mối liên hệ kiểu gen chủng E coli mang gen mcr-1 kỹ thuật PFGE 100 4.2.3 Đặc điểm sinh học phân tử chủng E coli mang gen mcr-1 kỹ thuật giải trình tự tồn bộ gen 102 4.3 Hạn chế hướng nghiên cứu 110 KẾT LUẬN 113 ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN 111 KIẾN NGHỊ 115 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC ... E coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập từ phân người vật nuôi, thực phẩm, nước xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, Hà Nam, năm 2015 Xác định số đặc điểm sinh học phân tử chủng E coli mang gen. .. thiết đó, chúng tơi tiến hành đề tài: ? ?Đặc điểm sinh học phân tử Escherichia coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập từ người vật nuôi, thực phẩm nước xã Thanh Hà, Hà Nam, năm 2015” với mục tiêu:... chủng E coli mang gen mcr-1 phân lập từ người người, động vật nuôi, thực phẩm nước 63 3.1.3 Tỷ lệ chủng vi khuẩn E coli mang gen mcr-1 phân lập từ người, động vật nuôi, thực phẩm nước