Bài viết Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array bước đầu đánh giá giá trị của kỹ thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường.
HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TỒN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 CHẨN ĐỐN TRƯỚC SINH THAI CĨ KẾT QUẢ SIÊU ÂM BẤT THƯỜNG BẰNG KỸ THUẬT SNP ARRAY Phạm Minh Đức1, Đoàn Thị Kim Phượng1,2, Phan Thị Thu Giang2, Bùi Đức Thắng2, Lê Phương Thảo2, Ngô Thị Tuyết Nhung2,Ngơ Văn Phương,2 Trần Danh Cường1,2, Hồng Thị Ngọc Lan1,2 TÓM TẮT 35 Mục tiêu: Bước đầu đánh giá giá trị kỹ thuật SNP array chẩn đoán trước sinh thai có kết siêu âm bất thường Đối tượng Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang 100 thai nhi có kết siêu âm bất thường tiến hành chọc hút lấy mẫu dịch ối để chẩn đoán di truyền trước sinh kỹ thuật SNP (single nucleotide polymorphism: đa hình đơn nucleotid) array lập công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) Bệnh viện Phụ Sản Trung ương Kết quả:Trong 100 mẫu nghiên cứu, phát 23 thai có bất thường nhiễm sắc thể (NST) SNP array phát 22/100 (22%) mẫu mang bất thường NST,karyotyping phát 11/100 (11%) mẫu mang bất thường NST Trong nhóm karyotyping có kết bình thường,SNP array phát thêm 12 mẫu mang biến thể số (CNV-copy number variation) có ý nghĩa lâm sàng (CNV gây bệnh có khả gây bệnh).Trong nhóm karyotypng bất thường, SNP array phát 10/11 mẫu, không phát mẫu mang đảo đoạn Trừ mẫu mang bất thường số lượng NST đơn thuần, ghi nhận 22 Trường Đại học Y Hà Nội Bệnh viện Phụ Sản Trung ương Chịu trách nhiệm chính: Hồng Thị Ngọc Lan Email: hoangthingoclan@hmu.edu.vn Ngày nhận bài: 25/7/2022 Ngày phản biện khoa học: 10/08/2022 Ngày duyệt bài: 27/08/2022 252 CNV có ý nghĩa lâm sàng (18 CNV gây bệnh CNV có khả gây bệnh) 15 mẫu Ngoài ra, CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng phát 3/100 mẫu Như vậy, SNP array có phát bất thường NST cao kỹ thuậtkaryotyping (22% 11%) Kết luận: Kỹ thuật SNP array cải thiện khả phát bất thường di truyền so vớikaryotyping SNP array tối ưu phát cân di truyền Phối hợp SNP array karyotyping để tăng hiệu chẩn đốn trước sinh thai nhi có siêu âm bất thường Từ khóa: SNP array, chẩn đốn trước sinh SUMMARY PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL WITH ULTRASOUND ABNORMALITIES BY ARRAY Objective:The first step to evaluate the value of SNP array technique in prenatal genetic diagnosis of fetus with morphological abnormalities on ultrasound Subjects and method:A cross-sectional descriptive 100 fetuses with fetal morphological anomalies on ultrasound performed by amniocentesis for prenatal genetic diagnosis by single nucleotide polymorphism array (SNP array) technique and karyotyping at the National Hospital of Obstetrics and Gynecology Results: In 100 samples studied, 23 sample with chromosomal abnormalities, SNP array detected 22/100 (22%) samples with chromosomal abnormalities, karyotyping TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 detected 11/100 (11%) samples with chromosomal abnormalities In samples with normal karyotype, SNP array detected 12 samples with clinically significant copy number variations(pathogenic CNV, likepathogenic CNV) In samples with abnormal karyotype, SNP array detected 10/11 samples, did not detect sample with pericentric inversion Except for samples with onlyabnormal number of chromosomes,SNP array were detected 22 clinically significant CNVs (18 pathogenic CNV, like pathogenic CNV) in 15 simples In addition, clinically unknown CNVs (VOUSvariant of unknown significance) were detected in 3/100 samples Thus, SNP array has higher detection of chromosomal abnormalities than karyotyping (22% and 11%) Conclusion: SNP array efficient to improve diagnostic accuracy of chromosomal abnormalities, compared with conventional karyotyping SNP array is superior to karyotyping in detecting chromosomal imbalances.The combination of both techniques SNP array and karyotyping increases the ability to prenatal diagnose of fetal with ultrasound abnormalities Key words: SNP array, prenataldiagnosis I ĐẶT VẤN ĐỀ Dị tật bẩm sinh bất thường cấu trúc, chức chuyển hóa xảy sinh yếu tố môi trường di truyền, kết hợp hai yếu tố yếu tố khác chưa phát Bất thường nhiễm sắc thể, nguyên nhân hàng đầu dị tật bẩm sinh, xảy 0,5% đến 0,8% tất dị tật bẩm sinh [1] Các dị tật bẩm sinh đánh giá sơ qua khảo sát hình thái thai siêu âm Bất thường hình thái thai nhi chẩn đoán 2-3% trường hợp mang thaiđòi hỏi cần phải tư vấn di truyền tiến hành thủ thuật xâm lấn lấy mẫu để làm xét nghiệm di truyền chẩn đoán trước sinh [2] Ở Việt Nam, nay, kỹ thuật chẩn đoán trước sinh di truyền phổ biến lập công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) cho thai nhi để xác định bất thường cấu trúc số lượng nhiễm sắc thể Tuy nhiên, karyotyping phát bất thường có kích thước lớn 5Mb với độ phân giải cao Các trường hợp bất thường nhiễm sắc thể(NST) có kích thước bé 5Mb phát Hơn nữa, thời gian xét nghiệm NST kéo dài phải nuôi cấy tế bào [3] Với phát triển kỹ thuật di truyền tế bào phân tử, kỹ thuật SNP arrayđã khắc phục nhược điểm kỹ thuật lập công thức nhiễm sắc thể.Với độ phân giải cao hơn, kỹ thuật SNP arrayđã phát cân toàn gen phạm vikbp lần xét nghiệm thời gian nhanh không cần nuôi cấy tế bào Tại Việt Nam, kỹ thuật SNP array mới, chưa ứng dụng rộng chẩn đoán di truyền nói chung chẩn đốn trước sinh nói riêng Vì vậy, chúng tơi tiến hành nghiên cứu với mục tiêu: “Bước đầu đánh giá giá trị kỹ thuật SNP array chẩn đoán trước sinh thai có siêu âm bất thường” II ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu là100 thai có kết siêu âm bất thường định chọc ối chẩn đoán trước sinh Bệnh viện Phụ Sản Trung ương, xét nghiệm SNP array lập karyotype 2.2 Phương pháp nghiên cứu Phương pháp nghiên cứu mô tả cắt ngang Các thai thuộc đối tượng nghiên cứu 253 HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TỒN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 chọc hút 20 ml mẫu dịch ối Mẫu dịch ối chia làm phần, phần ni cấy tế bào dịch ối để phân tích karyotypetheo tiêu chuẩn ISCN 2020 Phần lại thực kỹ thuật SNP array theo quy trình hãng Affymetrix, quét tín hiệu huỳnh quang nhờ hệ thống GeneChip ™ System 3000 Dx v2 với loại chip 750K (chứa 750.000 markers, bao gồm 200.000 SNP, phủ toàn bộ gen bao gồm 80% gen, CNV xác định với ngưỡng phân tích tối thiểu 25 markers kích thước khoảng 50kb đoạn 200kb nhân đoạn), phân tích kết phần mềm ChAS 4.2 dựa sở liệu nguồn mở Decipher, Clinvar, OMIM III KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Kết phân tích chung Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP array phát 22 mẫu có bất thường nhiễm sắc thể chiếm tỷ lệ 22% Trong karyotyping phát 11 bất thường chiếm tỷ lệ 11% Bảng Kết SNP array kết karyotype STT Số lượng Két SNP array Tăng đoạn 21q11.2q22.3(13644166_46673449)x3 (trisomy 21) Tăng đoạn NST 13 13q11q12.2(18,862,148_28,177,030)x3 13q12.2q34(28,199,974_114,342,258)x3 (trisomy 13) Tăng đoạn NST 18 18p11.32q23(136,227_77,270,559)x3 18q23(77,271,669_80,255,845)x3 (trisomy 18) Mất đoạn NST X Xp22.33q28(561,355_156,003,433)x1 (monosomy X) Tăng đoạn NST Y Yp11.2q12(2,782,384_26,653,507)x3 kích thước 23871 kbp Tăng đoạn NST X- kích thước 2521 kbp Xp22.33(251,888_2,772,778)x3 Mất đoạn NST 9- kích thước 10524 kbp 9q31.2q33.1(106,123,384_116,647,359)x1 Karyotype 47,XY,+21 Hoặc 47,XX,+21 47,XY,+13 47,XX,+18 45,X 47,XYY Tăng đoạn NST 9- kích thước 63520 kbp 9p24.3q13(208,455_63,728,413)x4 47,XX,+ der(9)add(9)(q15) Khảm tăng đoạn NST X 30% 46,XY[38]/ 254 TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 Xp22.33q28(251,888_156,003,433)x1-2 [30] kích thước 155752 kbp Mất đoạn NST -18 kích thước 4921 kbp 18p11.32p11.31(136,227_5,057,263)x1 Tăng đoạn NST 13 -kích thước 24634 kbp 13q31.3q34(89,707,930_114,342,258)x3 47,XXY[16] 46,XY,add(18) 46,XY, inv(9)(p11q13) 10 12 Nhân/ đoạn nhỏ NST (CNV) bất thường Bình thường Tổng 23 22 11 Với 23 bất thường phát xác định rõ nguồn gốc vật chất di truyền nghiên cứu SNP aray phát 22/23 bất mà karyotyping xác định Hơn thường Karyotyping phát 11/23 bất nữa, SNP array phát thêm 12 trường thường SNP array karyotyping có kết hợp có nhân đoạn đoạn nhỏ nhiễm tương đồng trường hợp kể trường hợp sắc thể có ý nghĩa lâm sàng mà karotyping khảm trường hợp (47,XYY), SNP xác trả kết bình thường SNP Array khơng định thêm đột biến mà karyotyping bỏ sót thể phát bất thường cân vật trường hợp (47,XX,+der(9) add (9)(q15) chất di truyền đảo đoạn nhiễm sắc thể 46,XY, add (18)), SNP bổ sung chẩn đốn Arr(X,Y)x1,(1-22)x2 (Bình thường) 3.2 Các dạng bất thường phát SNP array Bảng Kết phân tích chung SNP array Lệch bội Đa bội Nhân đoạn Mất đoạn LOH Khảm 16 LOH: loss of heterozygosity – tính dị hợp tử Trong 22 mẫu có bất thường NST, có mẫu bất thường số lượng NST, có trường hợp đột biến số lượng NST đơn (1 trường hợp khảm) trường hợp đột biết số lượng kết hợp cấu trúc.22 CNV có ý nghĩa lâm sàng phát có 16 CNV nhân đoạn (72,7%) CNV đoạn (27,3%) Bảng Đặc điểm biến thể CNV có ý nghĩa lâm sàng Kích Phân KQ siêu Số Số Gen TT Mã Công thức array thước loại âm marker gen OMIM (kpb) CNV Khoảng sáng sau arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 129 14600 508 23 P gáy 3,8 (31,915,765_46,516,487)x3 mm Hygroma arr[GRCh38] 7p22.1 184 1296 380 31 14 P Kystique (4,844,897_6,140,547)x3 241 Hygroma arr[GRCh38] 16p11.2 3132 166 15 P 255 HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TỒN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 Kystique 85 233 222 96 177 169 10 242 11 123 12 165 256 (31,948,817_35,080,978)x3 arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 (31,937,115_46,510,717)x3 arr[GRCh38] 14q32.33 (105,659,008_106,876,229)x3 Khe hở môi bên, arr[GRCh38] 18p11.21 hở vòm (14,170,203_15,181,209)x3 hàm arr[GRCh38] 15q11.2 (23,755,757_24,938,816)x3 arr[GRCh38] Xp22.33(521,847_1,404,511)x3 arr[GRCh38] 13q31.3q34 (89,707,930_114,342,258)x3 Khe hở môi bên arr[GRCh38] 18p11.32p11.31 (136,227_5,057,263)x1 Teo phần thuỳ arr[GRCh38] 9p24.3q13 nhộng, HC (208,455_63,728,413)x4 Dandy Walker Tứ chứng Fallot, bất arr[GRCh38] 22q11.21 thường tư (18,153,983_21,110,475)x1 chi arr[GRCh38] 9q31.2q33.1 (106,123,384_116,647,359)x1 Tứ arr[GRCh38] Yp11.2q12 chứng (2,782,384_26,653,507)x3 Fallot arr[GRCh38] Xp22.33 (251,888_2,772,778)x3 Teo chít arr[GRCh38] 16p13.11p12.3 van (14,816,302_16,764,475)x1 Thiểusản arr[GRCh38] 11p11.12q11 thất trái (49,816,856_54,716,000)x3 Hẹp ĐM arr[GRCh38] Xp22.33 phổi, (568,030_1,034,283)x3 phù thai Giãn arr[GRCh38] 4q34.1q35.2 niệu (175,205,219_189,274,455)x1 14574 493 22 P 1217 297 10 LP 1011 160 P 1183 408 P 883 223 12 P 24634 6723 190 79 LP 4921 1460 34 18 p 63520 10205 317 175 LP 2956 1192 81 45 P 10524 2718 86 52 P 23871 4135 115 39 P 2521 748 24 25 P 1948 552 51 14 P 4899 180 LP 466 122 P 14069 3364 77 36 P TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 quản bên Thoát vị arr[GRCh38] 16p12.2 13 171 526 54 16 P rốn (21,394,007_21,919,927)x1 U quái arr[GRCh38] 16p11.2p11.1 14 224 vùng 3518 252 18 P (31,948,817_35,466,780)x3 cụt Ruột non tăng arr[GRCh38] 16p11.2 15 94 âm vang, 3223 188 16 P (31,948,817_35,171,510)x3 ổ bụng có dịch (P: gây bệnh; LP, có khả gây bệnh) khả gây bệnh 10205 marker chứa 317 OMIM: Online Mendelian Inheritance in gen, có 175 báo cáotrên OMIM, với siêu âm Man thai có teo phần thuỳ nhộng bất Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP arrayđã thường liên quan với hội chứng Dandyphát 22 CNV 15 trường hợp (15%), Walker Biển thể có kích thước nhỏ 18 CNV phân loại gây bệnh CNV nhân đoạn 466 kbp vùng tương (81,8%), CNV có khả gây bệnh đồng X Y băng Xp22.33 (18,2%) Biến thểcó kích thước lớn Yp11.31p11.2 phân loại gây bệnh CNV tăng đoạn 63519 kbp nhiễm sắc 122 marker chứa gen SHOX có báo cáo thể số 9ở băng 9p24.3q13 phân loại có OMIM Bảng Đặc điểm biến thể CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng (VOUS) Kích Kết Số Số Gen STT Mã Công thức array thước siêm âm marker gen OMIM (kb) arr[GRCh38] Hygroma 126 9q34.11q34.12 1576 440 29 19 kystique (129152224_130727848)x1 arr[GRCh38] 8q11.1 Khoảng 1030 228 (46,030,039_47,060,130)x3 sáng sau 129 gáy arr[GRCh38] 10p11.21 819 196 3.8mm (36,928,473_37,747,486)x3 arr[GRCh38] 2q36.3 623 136 (227,928,852_228,551,581)x1 Thông 143 liên thất arr[GRCh38] 598 168 16 5p15.33(408,094_1,005,932)x3 VOUS: variant of unknown significance 257 HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TỒN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP phát CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng Các CNV thường có kích thước nhỏ chưa đủ liệu để kết luận phân loại nhiên có báo cáo lâm sàng phù hợp Ví dụ,trường hợp mã 126, CNV đoạn có kích thước 1576 kbp chứa Morbid Gen: EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm thính lực, viêm võng mạc sắc tố), ASS1 (Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực cơ), PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần kinh, cảm giác tự chủ) IV BÀN LUẬN Nghiên cứu 100 thai có siêu âm bất thường định chẩn đốn trước sinh, tiền hành đồng thời xét nghiệm mẫu dịch ối: Lập karyotype từ tế bào ối nuôi cấy xét nghiệm SNP arraytừ mẫu ối tươi.Trên sở liệu OMIM, Clinvar, Decipher, tham chiếu gen người GRCh38, chúng tơi phân tích đánh giá kết Tỷ lệ phát bất thường SNP array 22% (22/100), 7% (7/100) bất thường số lượng NST đơn thuần, 2% (2/100) bất thường số lượng kết hợp cấu trúc NST, 1% (1/100) trường hợp bất thường cấu trúc NST 12/100(12%) trường hợp có CNV có ý nghĩa lâm sàng mức phát kính hiển vi (khơng phát qua karyotyping) Tỷ lệ phát trường hợp có bất thường NST tỷ lệ có CNV có ý nghĩa lâm sàng mức phát kính hiển vi chúng tơi cao nghiên cứu Jingjing Xiang cộng thực năm 2020 (22% so với 16,5% 12 so với 4,5%) [4] Sự khác biệt cỡ mẫu khác nhau, tỷ lệ bất thường siêu âm mẫu khác Loại trừ trường hợp bất thường số lượng NST đơn thuần, 15 mẫu cịn lại, chúng 258 tơi phát 22 CNV có ý nghĩa lâm sàng nằm vị trí khác nhiễm sắc thể nhiễm sắc thể khác Kích thước CNV đa dạng với lớn 63.519 kbp nhỏ 466 kbp.CNV kích thước 63.519 kbp xếp vào loại có khả gây bệnh nhiên CNV có kích thước nhỏ 466 kbp phân loại gây bệnh.Như vậy, kích thước CNV khơng hẳn có vai trị định ý nghĩa lâm sàng biến thể mà phụ thuộc chủ yếu vào vị trí chức gen chứa vùng So sánh CNV tăng đoạn CNV đoạn, CNV nhân đoạn có kích thước trung bình lớn so với CNV đoạn Hơn nữa, tỷ lệ CNV đoạn phân loại gây bệnh 100% (6/6) cao tỷ lệ CNV nhân đoạn phân loại gây bệnh (75%, 12/16) Chứng tỏ, gen ảnh hưởng đến chức sống nhiều nhân gen Theo kết chúng tôi, SNP array phát thêm 12 trường hợp có CNV bất thường mà phương pháp lập karyotyping không phát Khả phát bất thường NST, vi NST nói chung SNP array ưu việt so với karyotyping (22% 11%) Nghiên cứu Hailong Huang cộng năm 2022 thực 803 thai nhi có bất thường siêu âm, tỷ lệ phát bất thường di truyền SNP array karyotyping 11,1% 4,5% [5] Theo nghiên cứu Jingjing Xiang cộng sự, SNP array phát thêm 7,8% bất thường mẫu có karyotyping bình thường [4] Tuy tỷ lệ có khác biệt cácnghiên cứu thể SNP array tăng khả phát bất thường NST so với karyotyping SNP array hoàn toàn phát trường hợp khảm 46,XY/47,XXY tỷ lệ khảm xác so với cơng thức nhiễm TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 sắc thể đánh giá toàn lượng DNA mẫu so với đánh giá tế bào kỹ thuật karyotyping Ở trường hợp SNP array phát khảm 30% tương đồng với kết karyotyping, tương tự với nghiên cứu Melanie Manning cs,SNP array phát trường hợp khảm có tỷ lệ >10% trường hợp lệch bội > 20-30% với bất thường cấu trúc NST dạng cân [6] Trường hợp mã 177, karyotyping có kết qủa 47,XYY, phát bất thường số lượng NST Y nhưngSNP array ngồi phát bất thường NST Ythì cịn phát thêm đoạn kích thước 10524 kbp NST vàtăng đoạn kích thước 2521 kbp NST X Từ trường hợp thấy đột biến có kích thước từ 5-10 MB khó phát karyotyping, đặc biệt phát đột biến lớn dễ bỏ sót đột biến nhỏ SNP array khắc phục nhược điểm karyotyping Trường hợp mã 222, karyotyping phát đột biến có NST độ phân giải kỹ thuật nên xác định có đột biến cấu trúc NST thứ xác định rõ nguồn gốc vật chất di truyền nhánh dài NST Kết hợp với SNP array, kết tăng lần đoạn 9p24.3q13 kích thước 63520 kbp NST Như vậy, NST thứ bất thường hình thành nhân đoạn 9p24.3q13 Kết hợp karyotyping SNP array nâng cao khả xác định chế đột biết nguồn gốc vật chất di truyền Tương tự trường hợp mã 233, karyotyping xác định có đột biến thêm đoạn nhánh ngắn NST 18 không xác định nguồn gốc vật chất di truyền thêm vào SNP array cho kết đoạn 18p11.32p11.31 kích thước 4921 kbp NST 18 tăng đoạn 13q31.3q34kích thước 24634 kbp NST 13 Như vậy, nhờ có SNP array, phần vật chất di truyền thêm vào NST 18 có nguồn gốc từ NST 13, cụ thể đoạn 13q31.3q34 Và kết chuyển đoạn tương hỗ NST 13 NST 18 bố mẹ Do cần xét nghiệm bố mẹ để xác định Qua trường hợp thấy, SNP array có ưu điểm vượt trội karyotyping, khơng xác định đột biến kích nhỏ khoảng 100 kpb mà cịn xác định xác vị trí, độ dài đột biến Nghiên cứu chúng tôi, phát CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng 3/100 (3%) trường hợp.Tỷ lệ VUS 5% tương tự với nghiên cứu Lisa G Shaffer cs [7] Những CNV thường có đặc điểm có kích thước không lớn chưa đủ liệu để phân loại có báo cáo lâm sàng phù hợp Ví dụ, trường hợp mã 126 đoạn CNV kích thước 1576 kpb kbp chứa Morbid Gen: EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm thính lực, viêm võng mạc sắc tố), ASS1 (Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực cơ), PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần kinh, cảm giác tự chủ) Trường hợp mã 129, SNP array phát CNV tăng 1030 kbp nhánh dài nhiễm sắc thể số 8, chứa gene OMIM LINC00293 (609543),phát CNV tăng 819.014 bp nhánh ngắn nhiễm sắc thể số 10, chứa gene OMIM ANKRD30A (610856) Các gen nêu chưa có mối liên quan với kiểu hình OMIM Hiện tại, CNV chưa đủ kiện để phân loại liệu tham khảohỗ trợ tư vấn di truyền Hơn nữa, CNV lưu ý báo cáo sở liệu, nguồn liệu đủ lớn đủ để phân loại gây bệnh hay lành tính.SNP array 259 HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TỒN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 chưa hồn tồn thay kỹ thuật karyotyping khơng thể phát bất thường NST dạng cân trường hợp mã 95 (đảo đoạn quanh tâm NST số 9).Tuy nhiên tỷ lệ bất thường cân NSTthường thấp, nghiên cứu 1/100 (1%), nghiên cứu Malgorzata cộng 2/3076 (0,065%) [8] Hơn nữa, đột biến cấu trúc dạng cân đa số báo cáo lành tính Thời gian để có kết SNP array khoảng 5-7 ngày ngắn so với phương pháp lập karyotyping (14-21 ngày) giúp đưa can thiệp kịp thời, đặc biệt thai nhi phát bất thường siêu âmở tuần thai lớn Nghiên cứu thực thành công 100% mẫu nghiên cứu kỹ thuật với cỡ mẫu lớn nghiên cứu Hailong Huang cs với 803 mẫu, kỹ thuật lập karyotyping thực thành cơng 99,8%, cịn SNP array thực thàng cơng 100% mẫu [5] Điều dolập karyotyping cần phải tiến hành từ tế bào ối nuôicấy mà tế bào ối dạng tế bào bong, đa số tế bào chết, lượng nhỏ tế bào sống nên khả phát triển tăng sinh tế bào bị hạn chế thời gian ni cấy kéo dài nên dẫn đến thất bại mẫu nuôi cấy tế bào Kết hợp bất thường siêu âm kết SNP array, ta thấy trường hợp mang nhiều CNV có ý nghĩa lâm sàng khác trường hợp mã 85(5 CNV), 177 (3 CNV), 233 (2 CNV) Điều gây khó khăn phân tích tư vấn di truyền,vì kết quảCNV cần phải tra nhiều sở liệu khác để so sánh, giải thích chế gây bệnh cần thiết phải phối hợp với kết sàng lọc trước sinh (kết siêu âm thai hay kết NIPT…) kết di truyền 260 thai phụ chồng để đưa kết phù hợp cho thai Với bất thường siêu âm trường hợp khác lại có bất thường di truyền khác trường hợp mã 184 241 (cùng biểu hygroma kystique), mã 129 202(cùng biểu tăng khoảng sáng sau gáy) Như vậy, bất thường siêu âm có nhiều trường hợp bất thường di truyền xảy 8/15 trường hợp có CNV có ý nghĩa lâm sàng có bất thường hệ thống tim mạch, chiếm tỷ lệ hàng đầu, tương tự với nghiên cứu Jennifer C Donnelly cộng [9] Theo hướng dẫn thực hành ứng dụng array chẩn đoán trước sinh Hiệp hội sản phụ khoa Canada (CCMGSOGC) năm 2018, array định chẩn đoán trước sinh trường hợp sau [10]: • Trường hợp thai nhi có phát đa dị tật siêu âm sản khoa • Các dị tật cấu trúc đơn độc có kèm theo bất thường siêu âm khác (ví dụ: chậm phát triển tử cung (IUGR), thiểu ối) không nên xem xét riêng rẽ Do đó, xét nghiệm nhanh lệch bội (rapid aneuploidy detection - RAD) cho kết bình thường, thai phụ nên làm thêm xét nghiệm array trước sinh • Trong trường hợp siêu âm phát dị tật cấu trúc đơn độc, xét nghiệm array trước sinh nên cân nhắc định cho dị tật có tần suất kết bất thường cao (thần kinh, tiêu hóa, xương khớp, tim mạch) • Siêu âm thai nhi có độ mờ da gáy (NT) ≥ 3,5 mm, thai phụ nên khuyến khích làm array trước sinh Như với 100 thai có kết siêu âm bất thường, sử dụng SNP array TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 phối hợp với phương pháp lập karyotype tăng hiệu chẩn đoán trước sinh, đưa can thiệp phù hợp cho thai gia đình, giúp nâng cao chất lượng dân số V KẾT LUẬN Kỹ thuật SNP array phát 22% bất thường NST Phương pháp lập karyotyping phát 11% bất thường NST SNP array làm tăng khả phát bất thường NST so với phương pháp lập karyotyping SNP array tối ưu phát cân NST mức từ 100 kb Phối hợp SNP array karyotyping để tăng hiệu chẩn đốn trước sinh thai có kết siêu âm bất thường TÀI LIỆU THAM KHẢO Harris BS, Bishop KC, Kemeny HR, Walker JS, Rhee E, Kuller JA Risk Factors for Birth Defects Obstet Gynecol Surv 2017;72(2):123-135 doi:10.1097/OGX.0000000000000405 Mastromoro G, Guadagnolo D, Khaleghi Hashemian N, Marchionni E, Traversa A, Pizzuti A Molecular Approaches in Fetal Malformations, Dynamic Anomalies and Soft Markers: Diagnostic Rates and Challenges— Systematic Review of the Literature and Meta-Analysis Diagnostics 2022;12(3):575 doi:10.3390/diagnostics12030575 Patel A, Cheung SW Application of DNA Microarray to Clinical Diagnostics Methods Mol Biol Clifton NJ 2016;1368:111-132 doi:10.1007/978-1-4939-3136-1_9 Xiang J, Ding Y, Song X, et al Clinical Utility of SNP Array Analysis in Prenatal Diagnosis: A Cohort Study of 5000 Pregnancies Front Genet 2020;11:571219 doi:10.3389/fgene.2020.571219 Huang H, Cai M, Xue H, Xu L, Lin N Single nucleotide polymorphism array in genetic evaluation of fetal ultrasound abnormalities: a retrospective follow-up study Am J Transl Res 2022;14(5):35163524 Manning M, Hudgins L Array-based technology and recommendations for utilization in medical genetics practice for detection of chromosomal abnormalities Genet Med 2010;12(11):742-745 doi:10.1097/GIM.0b013e3181f8baad Shaffer LG, Rosenfeld JA, Dabell MP, et al Detection rates of clinically significant genomic alterations by microarray analysis for specific anomalies detected by ultrasound Prenat Diagn 2012;32(10):986-995 doi:10.1002/pd.3943 Srebniak MI, Boter M, Oudesluijs GO, et al Genomic SNP array as a gold standard for prenatal diagnosis of foetal ultrasound abnormalities Mol Cytogenet 2012;5(1):14 doi:10.1186/1755-8166-5-14 Donnelly JC, Platt LD, Rebarber A, Zachary J, Grobman WA, Wapner RJ Association of Copy Number Variants With Specific Ultrasonographically Detected Fetal Anomalies Obstet Gynecol 2014;124(1):8390 doi:10.1097/AOG.0000000000000336 10 Armour CM, Dougan SD, Brock JA, et al Practice guideline: joint CCMG-SOGC recommendations for the use of chromosomal microarray analysis for prenatal diagnosis and assessment of fetal loss in Canada J Med Genet 2018;55(4):215-221 doi:10.1136/jmedgenet-2017-105013 261 ... kỹ thuật SNP array chẩn đốn trước sinh thai có siêu âm bất thường? ?? II ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu là100 thai có kết siêu âm bất thường định... bất thường cao (thần kinh, tiêu hóa, xương khớp, tim mạch) • Siêu âm thai nhi có độ mờ da gáy (NT) ≥ 3,5 mm, thai phụ nên khuyến khích làm array trước sinh Như với 100 thai có kết siêu âm bất thường, ... thực 803 thai nhi có bất thường siêu âm, tỷ lệ phát bất thường di truyền SNP array karyotyping 11,1% 4,5% [5] Theo nghiên cứu Jingjing Xiang cộng sự, SNP array phát thêm 7,8% bất thường mẫu có karyotyping