Xác định và đa dạng phân tử của vi rút làm chậm sự phát triển của cây lúa và vi rút làm chậm sự phát triển của lúa cỏ trong Java, Indonesia

Xác định đa dạng phân tử vi rút làm chậm phát triển lúa vi rút làm chậm phát triển lúa cỏ Java, Indonesia Điều Tạp chí Khoa học Quốc tế: Nghiên cứu ứng dụng (IJSBAR) · Tháng năm 2015 THUẾ ĐỌC 141 tác giả: Suprihanto Susamto Somowiyarjo Cơ quan nghiên cứu nông nghiệp Indonesia… Đại học Gadjah Mada CÔNG CỘNG 16 CÔNG TY 37 CÔNG CỘNG 137 CÔNG TY HỒ SƠ HỒ SƠ Sedyo Hartono Yohanes Andi Trisyono Đại học Gadjah Mada Đại học Gadjah Mada 29 CÔNG CỘNG 68 CÔNG TY 81 CÔNG CỘNG 283 CÔNG TY HỒ SƠ HỒ SƠ Một số tác giả ấn phẩm làm việc dự án liên quan này: Tôi làm việc quản lý sâu bệnh hại trồng chè Xem Kế hoạch Pengembangan Teknik Identifikasi dan Studi Epidemi Penyakit Budok pada Tanaman Nilam (Pengendalian Penyakit) KKP3T 2008 Xem Kế hoạch Tất nội dung theo dõi trang tải lên Yohanes Andi Trisyono vào ngày 01 tháng năm 2016 Người dùng yêu cầu nâng cấp tệp tải xuống Tạp chí Khoa học Quốc tế: Nghiên cứu ứng dụng (IJSBAR) ISSN 2307-4531 (In & Trực tuyến) http://gssrr.org/index.php?journal=JournalOfBasicAndApplied Xác định phân tử đa dạng Rice Ragged Stunt Virus Rice Grassy Stunt Virus Java, Indonesia Suprihanto a*, Susamto Somowiyarjo b, Sedyo Hartono c, Y Andi Trisyono d Trung tâm Indonesia cho nghiên cứu lúa gạo, Bộ Indonesia Nông nghiệp, Subang, Tây Java, Indonesia (41.256) b Khởi hành Bảo vệ trồng, Khoa Nông nghiệp, Đại học Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia Email: s_prihant@yahoo.com Tóm tắt Một đợt bùng phát dịch hại rầy lúa Indonesia ngày luôn theo dõi bệnh virus lây lan Nghiên cứu nhằm xác định loại vi-rút gây bệnh truyền nhiễm rầy nâu (BPH) công lúa số vùng để tìm đa dạng phân tử chúng Nghiên cứu tiến hành khảo sát số vùng bị ảnh hưởng BPH DIY (Khu vực đặc biệt Yogyakarta), Trung Java Tây Java Phát hiện, xác định mơ tả đặc tính thực thơng qua triệu chứng, truyền dẫn vectơ, phát phân tử RT-PCR giải trình tự Kết nghiên cứu cho thấy bệnh công lúa vùng bị rầy nâu hai loại, tức vi rút gây bệnh rộp gạo (RRSV) vi rút gây bệnh lúa (RGSV) Trình tự nucleotide tất RRSV từ vùng cho thấy tỷ lệ tương tự cao (hơn 97%), trình tự nucleotide chủng RGSV cho thấy mức độ tương đồng 95% Tất chủng RRSV từ Java - Indonesia có lực gần với AF486811-Philippines, chủng RGSV có lực gần gũi với GQ329710.1- Việt Nam Từ khóa: nhận dạng; đa dạng phân tử; RRSV; RGSV; Java-Indonesia -* Tác giả tương ứng International Journal of Sciences: Basic and Applied Research (IJSBAR) (2015) Volume 24, No 5, pp 374-386 Giới thiệu Do hậu biến đổi khí hậu ngày nay, cơng gây hại lúa theo sau công virus vào vụ lúa gây hậu cho tái phát Virus gây bệnh, vốn virus quan trọng mặt kinh tế, trở thành virus chủ yếu gạo, số virus xuất vùng / quốc gia Trong số loại vi-rút lúa, vi rút gây bệnh rộp gạo (RRSV) vi rút gây bệnh cỏ lúa (RGSV) gần trở thành vấn đề số nước Trung Quốc, Việt Nam, Philippines Thái Lan [1, 2, 3, 4] Hai loại vi rút truyền rầy nâu (BPH), Nilaparvata lugens Stal Ở Trung Quốc Việt Nam, xuất loại bệnh gọi virus lùn đen (SRBSDV) cấy lúa trắng (WBPH) ( Sogatella furcifera ) [5] SRBSDV tồn từ năm 2001 lan rộng nhanh chóng từ miền nam Trung Quốc đến miền bắc Việt Nam, trở thành tác nhân gây bệnh quan trọng lúa Năm 2009, bệnh công 300.000 15.000 lúa Trung Quốc Việt Nam tương ứng Virus truyền nhiễm tự nhiên WBPH lây nhiễm sang ngơ [6] Cuộc cơng BPH vào năm 2010 coi bùng nổ quốc tế tất nước Đơng Nam Á, Nam Á phần Trung Á bị BPH cơng; Cây lúa cơng BPH có tác dụng trực tiếp cách hút chất lỏng tế bào thực vật, gây tình trạng mùa Một tác động gián tiếp công BPH truyền virus, đặc biệt RRSV RGSV; Cuộc công BPH số nước Trung Á Đông Nam Á bị trầm trọng thêm công rầy trắng (WBPH), lây lan bệnh SRBSDV.Cuộc công BPH Indonesia xảy sau đạt chương trình P2BN (Tăng sản lượng gạo quốc gia) [7] Thiệt hại suất công BPH lớn Bên cạnh vai trị lồi gây hại chính, BPH truyền nhiều loại virut sang lúa RRSV RGSV [8] Từ năm 2005 đến năm 2010, bệnh RRSV RGSV tìm thấy Indonesia, nơi cơng nghiêm trọng năm 2005 bao phủ 1.588 ha, 550 dẫn đến thất bại mùa màng, đợt công nghiêm trọng RRSV năm 2010 đạt 6.094 ha, 20 gây mùa [9] Nhìn chung, triệu chứng nhìn thấy vi rút cơng mà theo sau sâu bệnh hại vài năm qua bị còi cọc vàng Kết xác định xét nghiệm huyết cho thấy triệu chứng vàng vụ lúa Sukamandi-Subang phức hợp bệnh RRSV RGSV [10], triệu chứng vàng lúa Klaten (Trung Java) có hỗn hợp vi rút lây nhiễm vi-rút cầu tungro gạo (RTSV), vi rút trực khuẩn lúa gạo (RTBV) truyền qua màu xanh (Nephotettix virescens ) vi rút rệp gạo (RRSV) xuất sau đợt công BPH kể từ tháng năm 2010 [11] Nỗ lực kiểm soát bệnh vi rút truyền qua BPH định hướng để kiểm soát vec tơ Việc kiểm sốt RRSV vùng bị bệnh với thuốc trừ sâu hoạt động tốt tiến hành thời gian dân số rầy nâu khan Nó khơng hoạt động ngưỡng kinh tế có triệu chứng RRSV [12] Kiểm soát vector thực cách sử dụng giống kháng thuốc cách hiệu chương trình kiểm sốt BPH [13] Việc xác định loại vi-rút gây bệnh đặc trưng đa dạng di truyền cần thiết để xác định biện pháp kiểm soát Mục tiêu nghiên cứu xác định virus gây bệnh lây truyền qua BPH công lúa số vùng Java, để phát đa dạng phân tử chúng Vật liệu phương pháp 2.1 Khảo sát lấy mẫu lấy Cuộc khảo sát thực trung tâm sản xuất lúa gạo Khu vực đặc biệt Yogyakarta, Trung Java Tây Java Nghiên cứu thực năm 2012 - 2014 Cuộc khảo sát tiến hành để lấy mẫu bệnh thông tin tỷ lệ mắc bệnh giống lúa nơng dân trồng Các mẫu bệnh sau đưa vào nhà kính để ni, nhân lên sử dụng để thử nghiệm thêm Các mẫu bị bệnh để lấy RNA giữ tủ đông -80 ° C 2.2 Phát nhận biết Nghiên cứu tiến hành nhà kính Phịng thí nghiệm Virology Khoa Nơng nghiệp, Đại học Gadjah Mada, Indonesia Xác định nguyên nhân gây bệnh triệu chứng thực cách quan sát triệu chứng nhìn thấy lúa bị công BPH chúng phân biệt theo tiêu chí loại dịch bệnh Việc nuôi BPH thực lồng trùng nhà kính BPH trưởng thành thu từ lĩnh vực Ambarketawang (Gamping – Sleman) Khoảng hai mươi cặp tưởng tượng sau giai đoạn tiền trứng đưa vào lồng trùng có kích thước 50 cm x 50 cm x 80 cm có chứa lúa trồng Taichung Native (TN1) vòng 45 ngày sau (DAS) chậu nguồn thực phẩm Các cặp côn trùng cho đẻ trứng tuần, sau đưa vào hộp khác để đẻ trứng Theo cách này, trùng có tuổi đồng thu lồng nuôi [13] BPH sử dụng làm vector để truyền bệnh Việc truyền bệnh thực cách cấy nhân tạo giống TN1 sử dụng phương pháp truyền dẫn ống nghiệm Nhiễm trùng nhân tạo thực cách cho phép instar BPH để có loại virus xâm nhập bị bệnh - ngày; sau BPH chuyển đến khỏe mạnh, sau - 10 ngày thời kỳ ủ bệnh; Virphiverus BPH cho phép cấy chủng loại TN1 từ - 10 ngày 24 với mật độ dân số BPH / ống Inocculation thực ống nghiệm với / ống Sau đó, trồng chậu ni nhà kính khơng có trùng Phát phân tử mẫu nhà máy bệnh thực địa thực phương pháp RT-PCR Để xác định nguyên nhân gây bệnh, trình tự thực để xác định phương sai di truyền virus Để phát virus gây hội chứng vàng lúa, việc chiết RNA thực cách sử dụng chất đồng hóa (Easy Blue) theo hướng dẫn nhà sản xuất Việc chiết xuất RNA tổng số cần phải chuyển đổi thành cDNA thơng qua q trình PCR RT sử dụng thuốc thử tổng hợp cDNA Power từ iNtRon Biotechnology Mẫu RNA lấy từ tổng kết chiết RNA Trong nghiên cứu này, sử dụng thuốc thử PCR dạng Master Mix Royal (MMR) Việc thực phản ứng thực theo hướng dẫn từ nhà chế tạo Hai cặp mồi sử dụng PCR, cặp cho RRSV RGSV Đối với RRSV, cặp mồi sử dụng, ví dụ: RRSV F3: 5'-GACTAG GGATGTGCGTTC-3 ', RRSV B3: 5'-TGTAATCGACGTTCGCTC-3' với mục tiêu khuếch đại 218 bp (Phân đoạn RRSV) [15], RGSV, mồi sử dụng RGSV NCP- F: 5'-CTATACACTACGCTAAAGGCT-3 'và RGSV NCP-R: 5'-GTGTAAGATGGGT AAAGTGCA-3 ' với mục tiêu khuếch đại 1021 bp [16], sau rút ngắn xuống 450 bp cách thay mồi trước RGSV NCP-F1: 'GGCTTATGATAGTCTGTGATTTG-3' thiết kế theo gen hoàn chỉnh RGSV GQ329710.1 Long nhãn cô lập -Việt Nam PCR thực cách biến tính ba phút 95 ° C Chu kỳ khuếch đại qua biến tính kéo dài phút 94 ° C, ủ phút 53 ° C tổng hợp DNA (mở rộng) phút 72 ° C Chu trình lặp lại 35 lần tiếp tục với trình tổng hợp năm phút 72 ° C Kết PCR phân tích gel agarose với điện di Gel màu thực cách ngâm ethidium bromide năm phút Dải băng DNA hình thành gel agarose quan sát ánh sáng tia cực tím sử dụng dịch UV 2.3 Phân tử đa dạng Việc giải trình tự thực mẫu PCR khuếch đại tích cực nhiễm virus Mẫu gửi dạng cDNA đến PT Genetika Science Indonesia Phân tích ADN trình tự so sánh với ADN trình tự loại virus khác đưa vào sở liệu GenBank sử dụng ClustalW với MEGA 6.0 chương trình phần mềm Kết việc tìm kiếm ADN tương đồng phân tích phát sinh sử dụng làm sở để xác định loài virus mối quan hệ Các kết 3.1 Sự diện bệnh virus số bệnh nhân bị nhiễm BPH vùng Một khảo sát lấy mẫu thực vật bệnh thực số trung tâm sản xuất lúa gạo Java, BPH công đặc hữu, đặc biệt Yogyakarta (Sleman Kulon Progo), Trung Java (Klaten, Sukoharjo, Magelang, Banyumas) Tây Java (Subang Cirebon) Kết điều tra cho thấy công trồng (BPH WBPH) lúa theo sau xuất triệu chứng bệnh vi-rút gây truyền Nó xác định chắn từ triệu chứng điển hình tìm thấy lĩnh vực có hai loại bệnh vi rút truyền qua BPH, cụ thể RRSV RGSV Bệnh Virus phổ biến vùng cao Gamping - Sleman (Yogyakarta), nơi 70% tìm thấy giống IR64, Banaran – Kulon Progo (Yogyakarta), nơi 45% tìm thấy giống Situ Bagendit, Juwiring - Klaten (Trung Java), 70% tìm thấy giống Pepe, Mungkid - Magelang (Trung Java), 75% tìm thấy giống Ciherang, Ciberes – Subang (Tây Java), 75% tìm thấy giống Inpari 10 90% giống Ciherang (Bảng 1) ) Khơng có nhiều giống lúa nông dân trồng Các giống thường trồng IR64, Ciherang, Situ Bagendit, Inpari 13, Inpari 10, Cisedane, Mekongga, Pepe, Sidenok giống địa phương Menthik Wangi Ketan Bảng 1: Các bệnh vi rút lúa giống lúa thường nông dân trồng số trung tâm sản xuất lúa gạo Java Tỉnh Vector Vị trí Đa dạng dân số / Tỷ lệ mắc bệnh cụm DI Gamping, Sleman IR64 2-8 BPH Menthik Wangi 3-5 BPH RGSV