ỨNG DỤNG KHÓA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI và VÙNG 16s rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH cá bột THUỘC họ pangasiidae

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ********000******** KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ỨNG DỤNG KHÓA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI VÀ VÙNG 16S rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH CÁ BỘT THUỘC HỌ Pangasiidae Ngành học: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003 – 2007 Sinh viên thực hiện: NGUYỄN KIỀU DỢI Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 8/2007 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ********000******** ỨNG DỤNG KHÓA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI VÀ VÙNG 16S rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH CÁ BỘT THUỘC HỌ Pangasiidae Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện: TS NGUYỄN VĂN HẢO NGUYỄN KIỀU DỢI ThS NGUYỄN VIẾT DŨNG KS NGUYỄN NGUYỄN DU Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 8/2007 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM TẠ Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu Trƣờng Đại Học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ Mơn Cơng Nghệ Sinh Học, tất quý thầy cô tạo điều kiện tốt truyền đạt kiến thức cho suốt thời gian học trƣờng Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến thầy Nguyễn Văn Hảo tận tình bảo tạo điều kiện tốt để tơi hồn thành luận văn tốt nghiệp Xin chân thành cảm ơn Chƣơng Trình Thuỷ Sản Ủy Hội Sơng MêKơng hỗ trợ kinh phí cho tơi thực đề tài Tôi đặc biệt cảm ơn anh Nguyễn Nguyễn Du, anh Nguyễn Viết Dũng tận tâm, nhiệt tình hƣớng dẫn suốt thời gian tơi thực đề tài Xin chân thành cảm ơn anh Lâm Ngọc Châu, anh Nguyễn Văn Phụng phòng Nguồn Lợi Thủy Sản chị Trì Thanh Thảo, anh Cao Thành Trung, anh Chu Quang Trọng phịng Thí Nghiệm Sinh Học Phân Tử quan tâm giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi hịan thành tốt đề tài Sau tơi xin cảm ơn gia đình bạn bè thân yêu lớp Công Nghệ Sinh Học k29 chia vui buồn thời gian học nhƣ hết lịng hỗ trợ, giúp đỡ tơi thời gian thực tập Sinh viên thực NGUYỄN KIỀU DỢI iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com ABSTRACT Morphological study plays important role in post-larvae fish taxonomy of the family Pangasiidae that contributes significantly to economy of the MeKong River Basin However, this method bring limit true results therefore we analysised the level of genetic diversity (A partial region of mitochondrial 16S rRNA gene, approximately 568 base pairs) of three catfish species to support morphological method In this study, 976 specimens, originating from Mekong and Bassac River (from june 2006 to september 2006) were analysed morphologically The result, the family Pangasiidae rate of 36,56% per in total specimens in 2006; three species (P hypophthalmus, P larnaudii, P macronema) rate of 33,63% per in total Pangasiidae specimens and individual rate of 11,36% per in total number Pangasiidae All Pangasiidae specimens of 2006 don’t analysised DNA because DNA was broke by formol 26 individuals (size from 15 mm to 30 mm) from 64 specimens (6/2007) were add from three species: P hypophthalmus, P larnaudii, P macronema All specimens were sequenced and compared with standard sequence in genbank This result, Sequences of 8/9 samples P hypophthalmus similary with P hypophthalmus (DQ334282, DQ334385, DQ334287) The exception of H1 sample, with one mutation at site nucleotide 26 to GenBank (DQ334282 – DQ334289); Sequences of samples P macronema similary from 99% to 100% sequences of P macronema to GenBank (DQ334314); Sequences of samples P larnaudii similary 100% sequences of three haplotypes P larnaudii (DQ334303, DQ334312, DQ334313) All in all, findings from this study demonstrated that morphological method correspond with three species P hypophthalmus, P larnaudii, P macronema iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com TÓM TẮT Khóa phân loại hình thái đóng vai trị quan trọng việc định danh cá bột cá thuộc họ Pangasiidae vốn có ý nghĩa kinh tế vùng Đồng Bằng Sông Cửu Long Tuy nhiên, phƣơng pháp cho độ xác định Vì chúng tơi phân tích khác mức độ di truyền cụ thể vùng 16S rRNA (xấp xỉ 568 bp) DNA ty thể (mt DNA) lồi (đã có sẵn liệu ngân hàng gene) để hỗ trợ phƣơng pháp định danh hình thái Trong nghiên cứu này, chúng tơi thực phân loại hình thái 976 mẫu cá thu từ tháng 6/2006 đến tháng 9/2006 hai nhánh sông Tiền sông Hậu Kết họ Pangasiidae chiếm 36,56% so với tổng mẫu thu đƣợc năm 2006; lồi phân tích (P hypophthalmus, P larnaudii, P macronema) chiếm 33,63% so với tổng mẫu Pangasiidae thu đƣợc nhƣng số lƣợng chiếm 11,36% so với tổng lƣợng cá thể họ Pangasidae Các mẫu cá năm 2006 sau khi phân tích hình thái khơng phân tích đƣợc DNA (do DNA bị hủy formal), 26 cá thể từ 64 mẫu cá bột thu từ 22/6/2007 đến tháng 30/6/2007 đƣợc bổ sung lồi nêu với kích thƣớc khác (từ 15 mm – 30 mm), giải trình tự đối chiếu với trình tự chuẩn ngân hàng genbank để kiểm tra lại độ tin cậy phƣơng pháp phân tích hình thái Kết đạt đƣợc nhƣ sau:  Trình tự 8/9 mẫu lồi P hypophthalmus tƣơng đồng 100% với trình tự kiểu gen P hypophthalmus ngân hàng gene (DQ334282, DQ334285, DQ334287) Riêng mẫu H1 có đột biến thay nucleotide vị trí thứ 26 so với tám kiểu gene tham khảo ngân hàng gene  Trình tự mẫu phân tích lồi P macronema giống từ 99% - 100% trình tự P macronema ngân hàng gene (DQ334314)  Trình tự mẫu lồi P larnaudii tƣơng đồng 100% với trình tự kiểu gen P larnaudii ngân hàng gene (DQ334303, DQ334312; DQ334313) Tóm lại, qua kết so sánh trình tự 26 mẫu thuộc lồi phân tích với trình tự liệu chuẩn ngân hàng gene khẳng định đƣợc khoá phân loại hình thái lồi mà chúng tơi đƣa phù hợp v LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MỤC LỤC ĐỀ MỤC TRANG Lời cảm tạ III Abstract IV Tóm tắt V Mục lục VI Danh sách chữ viết tắt IX Danh sách hình X Danh sách bảng biểu đồ XI Chƣơng MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài 1.3 Nội dung đề tài Chƣơng TỔNG QUAN 2.1 Tình hình nghiên cứu định danh lồi cá .3 2.1.1 Nghiên cứu giới .3 2.1.2 Nghiên cứu nƣớc 2.2 Phƣơng pháp định danh hình thái định loại số lồi cá bột cá thuộc họ Pangasiidae 2.3 Phƣơng pháp sinh học phân tử ứng dụng định loại số loài cá 2.3.1 Phƣơng pháp RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 2.3.2 Phƣơng pháp RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 2.3.3 Phƣơng pháp AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 2.3.4 Phân tích DNA ty thể (mtDNA) vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2.3.5 Phƣơng pháp PCR 11 2.3.6 Phƣơng pháp giải trình tự hệ thống sắc ký tự động 12 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 13 3.1 Thời gian địa điểm thực .13 3.2 Vật liệu 13 3.2.1 Mẫu cá 13 3.2.2 Hóa chất 13 3.2.4 Thiết bị dụng cụ 14 3.3 Phƣơng pháp 15 3.3.1 Phƣơng pháp thu định danh hình thái mẫu cá bột 15 3.3.2 Phƣơng pháp tách chiết mtDNA phenol-chloroform 16 3.3.3 Phƣơng pháp PCR khuếch đại vùng 16S mtDNA 16 3.3.4 Phƣơng pháp điện di acid nucleotide gel agarose 17 3.3.5 Phƣơng pháp giải trình tự 18 3.3.6 Phƣơng pháp so sánh trình tự 18 3.4 Bố trí thí nghiệm .18 3.4.1 Định danh phân loại hình thái lồi cá bột thuộc họ Pangasiidae 18 3.4.1.1 Giai đoạn định tính 18 3.4.1.2 Giai đoạn định lƣợng 20 3.4.2 Ghi nhận điểm đặc trƣng cá bột trƣớc phân tích DNA 21 3.4.3 Xác định phân tích vùng 16S rRNA mtDNA 22 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 4.1 Kết định danh phân loại hình thái lồi cá bột thuộc họ Pangasiidae 23 4.1.1 Kết hình thái phân loại 23 4.1.2 Kết giai đoạn định tính 25 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 4.1.2.1 Phân tích mẫu xuất họ Pangasiidae so với tổng mẫu thu đƣợc năm 2006 25 4.1.2.2 Phân tích mẫu xuất loài nghiên cứu so với tổng mẫu Pangasiidae 27 4.1.3 Kết giai đoạn định lƣợng 29 4.1.3.1 Tỉ lệ số lƣợng cá thể loài cá phân tích lồi khác 29 4.1.2.4 Tỉ lệ số lƣợng cá thể loài cá phân tích so với tổng lƣợng cá thể họ Pangasiidae 31 4.2 Ghi nhận điểm đặc trƣng cá bột trƣớc phân tích DNA .33 4.3 Xác định phân tích vùng 16S rRNA mtDNA .34 4.3.1 Nhân dòng vùng gen mã hóa 16S rRNA 34 4.3.2 Phân tích trình tự vùng 16S rRNA mtDNA mẫu cá 38 4.3.2.1 Định danh mẫu thuộc loài P macronema 38 4.3.2.2 Định danh mẫu thuộc loài P hypophthalmus 40 4.3.2.3 Định danh mẫu thuộc loài P larnaudii .42 Chƣơng KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .44 5.1 Kết luận 44 5.2 Tồn .45 5.3 Đề xuất 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO 46 PHỤ LỤC 50 viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT bp Cặp bazơ DNA Deoxyribonucleic acid mtDNA Mitochondrial DNA rRNA Ribosomal Ribonucleotide acid S Svedberg – đơn vị đo lƣờng vận tốc lắng PCR Polymerase chain reaction RFLP Restriction Fragment Length Lolymorphism RAPD Random Amplified Polymorphic DNA AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism Taq Thermus aquaticus UI Unit UV Ultra violet P hypophthalmus Pangasianodon hypophthalmus P larnaudii Pangasius larnaudii P macronema Pangasius macronema ĐBSCL Đồng Bằng Sông Cửu Long Ctv Cộng tác viên ix LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH SÁCH CÁC HÌNH HÌNH TRANG Hình 2.1 Pangasianodon hypophthalmus Sauvage (1878), 15 mm Hình 2.2 Pangasius larnaudii Bocourt, 1866 16 mm Hình 2.3 Pangasius macronema Bleeker, 1851 15 mm Hình 2.4: H.2.5a Cấu tạo tổng quát ty thể Hình 2.5 Các picks màu quan sát máy Scan .12 Hình 4.1 Pangasianodon hypophthalmus (Sauvage, 1878), 17 mm 33 Hình 4.2 Pangasius larnaudii Bocourt, 1866 20 mm .34 Hình 4.3 Pangasius macronema Bleeker, 1851 15 mm 34 Hình 4.4 Sản phẩm PCR khuếch đại vùng 16S rRNA mtDNA từ số mẫu năm 2006 năm 2005 .35 Hình 4.5: Sản phẩm PCR khuếch đại vùng 16S rRNA mtDNA từ vài mẫu cá đại diện 38 Hình 4.6: Các điểm khác trình tự vùng 16S rRNA mtDNA mẫu cá P macronema .39 Hình 4.7: Sự tƣơng đồng trình tự vùng 16S rRNA mtDNA mẫu cá P hypophthalmus 41 Hình 4.8: Sự tƣơng đồng trình tự vùng 16S rRNA mtDNA mẫu cá P larnaudii 43 x LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 12 Trƣơng Thủ Khoa Trần Thị Thu Hƣơng, 1993 Định loại loài cá NXB khoa học Kỹ Thuật, Hà Nội Tài Liệu Nƣớc Ngòai 13 Apichart TermvidChakorn, 2003 Freshweter Fish Larvae Inland Fisheries Resources Research and development Instute, Inland Fisheries Research and Development Bureau Deparment of Fisheries, Thailand , pp 135 14 Avise, J.C., Helfman, G.S., Saunders, N.C., Hales, L.S., 1996 Mitochondrial DNA differentiation in North Atlanticeel: population genetic consequences of an unusual life history pattern 83: 4355 – 4354 Proc Natl Acad Sci USA 15 Alberts, Bruce; et.al (1994) Molecular Biology of the Cell, Third Edition, New York: Garland Publishing Inc 16 Birky, C.W.,Fuerst, P., Maruyama, T., 1989 Organelle gene diversity under migration, mutation and drift Genetics 121: p613 – 617 17 Chang, Y.S., Huang, F.L and Lo, T.B., 1994 The complete nucleotide sequence and gene organization of carp (Cyprinus carpio) mitochondrial genome Journal of Molecular Evolution 38: p138 – 155 18 Dodgson, J.B., Cheng, H.H., Okimoto, R., 1997 DNA markers technology: a revolution in animal genetics Poult Sci 17: p1108 – 1114 19 Douzery E., F M Catzeflis, 1995 Molecular evolution of the mitochondrial 12S rRNA in Ungulata (Mammalia) J Mol Evol 41: p622-636 20 Gehrke, P.C., 1991 Diel abundance, migration and feeding of fish larvea (Eleotridae) in a floodplain billabong The fisheries society of the British isles 21 Gold, J.R., Richardson, L.R., Furman, C., King, T.L., 1993 Mitochondrial DNA differentiation and population structure in red drum (Sciaenops ocellatus) from the Gulf of Mexico and Atlantic Ocean Mar biol 116: p175 – 185 47 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 22 Graves, J.E., McDowell, J.R., Jones, M.L., 1992 A genetic analysis of weakfish Cynoscion regalis stock structure along the mid – Alantic coast Fish Bull 90: p469 – 475 23 Heist, E.J., Gold, J.R., 1999 Microsetellite DNA variation in sandbar sharks (Carcharhinus plumbeus) from the Gulf of Mexico and mid-Atlantic bight Copeia 1: p182 – 186 24 Hurng-Yi Wang and Sin-Chi Lee, 2002 Secondary Structure of Mitochondrial 12S rRNA Among Fish and Its Phylogenetic Applications Molecular Biology and Evolution 19: p138-148 25 Klinbunga, S., Ampayup, P., Tassanakajon, A., Jarayabhand, P., Yoosukh, W., 2000 Development of species-specific markers of the tropical oyster (Crassostrea belcheri) in Thailand Mar Biotechnol 2: p476 – 484 26 Palumbi, S.R., Martin, A.P., Romano, S., McMillan, W.O., Stice, L and Grabowski, G., 1991 The simple fool’s guide to PCR Honolulu: Deparment of Zoology, University of Hawaii 27 Partis, L., Wells, R.J., 1996 Indentification of fish species using random amplfied polymorphic DNA (RAPD) Mol Cell Probes 10: p435 – 441 28 Pouyaud, L., Teugels, G.G., Gustinano, R and Legendre, M., 2000 Contribution to the pholygeny og pangasiid catfishes (Siluriformes, Pangasiidae) Cybium 23: p247 – 258 29 Roberts, T.R and Vidthayanon, C., 1991 Systematic revision of the Asian catfish family Pangasiidae with biological observations and description of three new species Proceedings of the Academy of Natural Sciences of Philadelphia 143: p406 – 252 30 Smith, J.L.B., 1953 The Sea Fishes of Southern Africa Central News Agency, LTD, South Africa 31 Springer M S., E Douzery, 1996 Secondary structure and patterns of evolution among mammalian mitochondrial 12S rRNA molecules J Mol Evol 43: p357-373 48 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 32 Sutovsky, P., et al Ubiquitin tag for sperm mitochondria Nov 25, 1999 > http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrial_DNA 33 Waiter J Rainboth, 1996 Fishes of The Cambodian MeKong Food And Argriculture Organization (FAO) of The United Nations pp 265 34 Wheeler W C., R L Honeycutt, 1988 Paired sequence difference in ribosomal RNAs: evolution and phylogenetic implications Mol Biol Evol 5: p90-96 35 Young, W.P., Ostberg, C.O., Keim, P., Thorgaard, G.H., 2001 Genetic characterization of hybridixation and introgression between anadromous rainbow trout (Oncorhynchus mykiss irideus) and coastal cutthroat trout (O clarki clarki) Mol Ecol 10: p921 – 930 36 R Gustiano; G G Teugels and L Pouyaud, 2003 Revision of The Pangasiidae kunyit catfish complex, with description of two new species from South- East Asia (Siluriformes; Pangasiidae) Journal of Natural Histary 37: 357 – 376 37 Laurent Pouyaud; Rudhy Gustiano and Guy G Teugels, 2002 Systematic revision of Pangasius Polyuranodon (Siluriformes, Pangasiidae) with description of two new species Cybium 26: 243 – 252 38 Z.J Liu; J.F Cordes, 2004 DNA marker technologies and their applications in aquaculture genetics Aquaculture 238: – 37 39 U Na-Nakorn, S Sukmanomon, M Nakajima, N Taniguchi, W Kamonrat, S Poompuang and T T T Nguyen, 2006 MtDNA diversity of the critically endangered MeKong giant catfish (Pangasianodon gigas Chevey,1993) and closely related species: implications for conservation Animal Conservation 9: 483 – 494 The Zoological Society of London 40 Sake R K., Scharf S., Faloona F., Mullis K B., Horn Mullis K.B., Horn G., Erlich H.A., Amheim N., 1985 Enzymatic amplification of globin genomic sequences and restriction site.analysis for diagnosis of sickle cell anemia Science 230,1350 – 1355 41 Haase A., Retzel E F., Stakus K A., 1990 Amplification arid detection of lentiviral DNA inside cells Proc Natl Acad SC! USA 87: p4971 – 4975 49 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com PHỤ LỤC FILE: Multiple_Sequence_Alignment PROJECT: NUMBER: 11 MAXLENGTH: 572 NAMES: DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 MAXNAMELEN: ORIGIN DQ334314 CGCCTCCTGCAAAAATCAACGTATAGGAGGTCTTGCCTGCCCAGTGACAA DQ334315 -M1 -M2 -M3 -M4 -t M5 -t M6 -M7 -t M8 -M9 50 50 46 46 46 46 46 46 46 46 46 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 GTTAAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGT - 100 100 96 96 96 96 96 96 96 96 96 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 CTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGTGGAACGAGGGCTTAACTGTCTC - 150 150 146 146 146 146 146 146 146 146 146 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 CCTTTTCAAGTCAATGAAATTGATCTGCCCGTGCAGAAGCGGACATAAAA - 200 200 196 196 196 196 196 196 196 50 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com M8 M9 - 196 196 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 ATACAAGACGAGAAGACCCTTTGGAGCTTAAGATACAAGATCAACTATGT - 250 250 246 246 246 246 246 246 246 246 246 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 CAAGAATCCCCAAACTAGATTAAACTAAATAGCTAACTGATCCCTATCTT c -t 300 300 296 296 296 296 296 296 296 296 296 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 CGGTTGGGGCGACCGCGGGAGAAAACAAAGCTCCCACGCAGACTGGGGTT -t - 350 350 346 346 346 346 346 346 346 346 346 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 ACATCCCTAAAACCAAGAAAGACATCTCTAAGTCACAGAACATCTGACCA - 400 400 396 396 396 396 396 396 396 396 396 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 CAAAGATCCGGCCTAACCCGCCGACCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGAT 450 450 446 446 446 446 51 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com M5 M6 M7 M8 M9 446 446 446 446 446 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 AACAGCGCAATCCCCTTCCAGAGTCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACC - 500 500 496 496 496 496 496 496 496 496 496 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 TCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCG - 550 550 546 546 546 546 546 546 546 546 546 DQ334314 DQ334315 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 TTTGTTCAACGATTAAAGTCCT -a -t a -t -a -t a -t a -t a -t a -t a -t 572 572 550 568 567 568 568 568 568 568 568 FILE: Multiple_Sequence_Alignment 52 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com PROJECT: NUMBER: 17 MAXLENGTH: 568 NAMES: DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 MAXNAMELEN: ORIGIN DQ334282 CGCCTCCTGCAAAAATCAACGTATAGGAGGTCTTGCCTGCCCAGTGACAA DQ334283 -DQ334284 -DQ334285 -DQ334286 -DQ334287 -DQ334288 -DQ334289 -H1 . a -H2 -H3 -H4 -H5 -H6 -H7 -H8 -H9 50 50 50 50 50 50 50 50 43 32 50 50 50 50 50 50 50 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 GTTAAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGT - 100 100 100 100 100 100 100 100 93 82 100 100 100 100 100 100 100 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 CTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGTGGAACGAGGGCTTAACTGTCTC 150 150 150 150 150 150 150 150 143 132 150 150 150 150 53 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com H7 H8 H9 150 150 150 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 CCCTTTCAAGTCAATGAAATTGATCTGCCCGTGCAGAAGCGGGCATACAA a 200 200 200 200 200 200 200 200 193 182 200 200 200 200 200 200 200 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 ATACAAGACGAGAAGACCCTTTGGAGCTTAAGATACAAGATCAACTATGT -t a -t t t t - 250 250 250 250 250 250 250 250 243 232 250 250 250 250 250 250 250 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 CAAGAACCCTAAAAGTTAAACTAAATAGCAACTGATCCTTATCTTCGGTT - 300 300 300 300 300 300 300 300 293 282 300 300 300 300 300 300 300 54 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 GGGGCGACCGCGGGAGAAAATAAAGCTCCCACGCGGACTGGGGTTAATCC a -t 350 350 350 350 350 350 350 350 343 332 350 350 350 350 350 350 350 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 CCTAAAACCAAGAAAGACATTTCTAAGTCACAGAATATTTGACCACAAAG -a c -c c - 400 400 400 400 400 400 400 400 393 382 400 400 400 400 400 400 400 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 ATCCGGCTTACAACTGCCGACCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGATAACA - 450 450 450 450 450 450 450 450 443 432 450 450 450 450 450 450 450 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 GCGCAATCCCCTTCCAGAGTCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGA 500 500 500 500 55 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 500 500 500 500 493 482 500 500 500 500 500 500 500 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 TGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTG 550 550 550 550 550 550 550 550 536 532 550 550 550 550 550 550 550 DQ334282 DQ334283 DQ334284 DQ334285 DQ334286 DQ334287 DQ334288 DQ334289 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 TTCAACGATTAAAGTCCT - 568 568 568 568 568 568 568 568 541 568 568 568 568 568 568 568 FILE: Multiple_Sequence_Alignment 56 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com PROJECT: NUMBER: 19 MAXLENGTH: 571 NAMES: DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 MAXNAMELEN: ORIGIN DQ334303 CGCCTCCTGCAAAAACCAATGTATAGGAGGTCTTGCCTGCCCAGTGACAA DQ334304 -DQ334305 -DQ334306 -DQ334307 -DQ334308 -DQ334309 -DQ334310 -DQ334311 -DQ334312 -DQ334313 -l1 -L2 -L3 -L4 -L5 -L6 -L7 -L8 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 GTTAAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGT -c t -c -c 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 CTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGTGGAACGAGGGCTTAACTGTCTC - 150 150 150 150 150 150 150 150 150 57 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 - 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 CCCTTTCAAGTCAATGAAATTGATCTGCCCGTGCAGAAGCGGACATACAA t 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 ATACAAGACGAGAAGACCCTTTGGAGCTTAAGATACAAGATCAACTATGT t 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 250 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 CAAGAACCCCAAAATTAAGTTAAACTAAATAGCCAATTGATCCCTATCTT - 300 300 300 300 300 300 300 58 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 - 300 300 300 300 300 300 300 300 300 300 300 300 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 CGGTTGGGGCGACCGCGGGAGAAAATAAAGCTCCCATGCGGACTGGGGTT g 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 350 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 AAACCCTAAAACCAAGAGAGACATCTCTAAGTCACAGAACATCTGACCAC -a t -t t t 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 400 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 AAAGATCCGGCCTGACCCGCCGATCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGATA -t - 450 450 450 450 450 59 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 - 450 450 450 450 450 450 450 450 450 450 450 450 450 450 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 ACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGTCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCT -g - 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 DQ334303 DQ334304 DQ334305 DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 CGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGT g -g -g -g -g -g g -g - 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 550 DQ334303 DQ334304 DQ334305 TTGTTCAACGATTAAAGTCCT - 571 571 571 60 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DQ334306 DQ334307 DQ334308 DQ334309 DQ334310 DQ334311 DQ334312 DQ334313 l1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 - 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 571 61 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ********000******** ỨNG DỤNG KHÓA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI VÀ VÙNG 16S rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH CÁ BỘT THUỘC HỌ Pangasiidae. .. luanvanchat@agmail.com phân loại hình thái vùng 16S rRNA DNA ty thể định danh cá bột thuộc họ Pangasiidae? ?? Nhằm hỗ trợ định danh số lồi cá có giá trị kinh tế quan trọng thuộc họ Pangasiidae khu vực... khoa học giới quan tâm việc định danh hình thái cá bột cá dựa vào vùng 12S rRNA vùng 16S rRNA DNA ty thể (mtDNA) (xem mục 2.3.4) 2.1.2 Nghiên cứu nƣớc Ở Việt Nam, nghiên cứu phân loại hình thái cá