1. Trang chủ
  2. » Giáo Dục - Đào Tạo

NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học

64 1 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 64
Dung lượng 2,42 MB

Nội dung

ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT KHOA HĨA HỌC – MƠI TRƯỜNG  ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU SÀNG LỌC CÁC HỢP CHẤT HỌ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC MỚI ĐIỀU TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TỐN HĨA HỌC Giáo viên hướng dẫn : T.S Võ Văn Quân Sinh viên thực : Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Mã sinh viên : 1811507110103 Lớp : 18VL1 Đà Nẵng, 01/2022 ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT KHOA HĨA HỌC – MƠI TRƯỜNG ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU SÀNG LỌC CÁC HỢP CHẤT HỌ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC MỚI ĐIỀU TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TỐN HĨA HỌC Giáo viên hướng dẫn : T.S Võ Văn Quân Sinh viên thực : Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Mã sinh viên : 1811507110103 Lớp : 18VL1 Đà Nẵng, 01/2022 Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI HƯỚNG DẪN GVHD: TS Võ Văn Quân SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI PHẢN BIỆN GVHD: TS Võ Văn Quân SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học TĨM TẮT Tên đề tài: “Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị Covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học” Sinh viên thực hiện: Nguyễn Xn Sơn Hoàng Mã sinh viên: 1811507110103 Lớp: 18VL1 Molnupiravir Tổ chức Y tế Thế giới xếp vào danh sách loại thuốc quan trọng nhóm thuốc chăm sóc sức khỏe thuốc trị Covid19 Mục tiêu nghiên cứu lần sàng lọc dẫn xuất Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị Covid-19 phương pháp tính tốn hóa học Trong đề tài này, thiết kế 36 nhóm tương tự Molnupiravir tiến hành docking phân tử với protein Covid-19 Từ lựa chọn dẫn xuất có lượng tương tác tốt mà tiến hành khảo sát tính chất dược lý cơng cụ ADMET PEO, từ tìm số Druglikeness, Drug-Score, STT Protein 6VW1 Protein 6M17 1-CF3 1-F 2-CF3 2-F 2-Ethyl 1-NH2 1-Me 2-NH2 2-Me 1-CF3 1-NH2 2-CF3 2-NH2 1-Me 1-F 2-Me 2-F 1-Ethyl 10 1-COOH 1-Br Kết cho thấy có số nhóm Molnupiravir tiềm làm thuốc điều trị bệnh Covid-19 GVHD: TS Võ Văn Quân SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học NHIỆM VỤ ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Tên đề tài Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị điều trị COVID-19 phương pháp tính tốn hóa học Các số liệu, tài liệu ban đầu Selsabil Djafarou, Imene Amine Khodja & Houssem Boulebd Nội dung đồ án - Thiết kế số dẫn xuất Molnupiravir qua thay gốc số vị trí gốc khác: Br, CF3, Cl, CN, COOH, COOMe, F, Me, Ethyl, Vinyl, NMe2, NO2, NH2, NHMe, OH, OMe, Phenyl, Etinyl - Tiến hành docking với protein covid-19 tiêu biểu để xem cấu trúc tương tác với protein ntn so sánh với chất gốc - Tiến hành khảo sát ACDMET để xem dẫn xuất làm thuốc hay không? - Tiến hành nghiên cứu khả bắt gốc tự số dẫn xuất tiêu biểu Các sản phẩm dự kiến - Danh sách số dẫn xuất Molnupiravir sử dụng việc phát triển thuốc điều trị COVID-19 - Báo cáo khoa học đề tài Ngày giao đồ án: 26/01/2022 Ngày nộp đồ án: 22/02/2022 Trưởng môn GVHD: TS Võ Văn Quân Người hướng dẫn SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học LỜI NĨI ĐẦU Đầu tiên, tơi xin chân thành cảm ơn thầy giáo TS Võ Văn Quân, người tận tình hướng dẫn, động viên tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu thực đồ án Tôi xin gửi lời cảm ơn đến thầy cô giáo khoa Cơng nghệ Hóa học - Mơi trường tận tình truyền đạt kiến thức thời gian tơi học tập Những kiến thức học tảng cho trình nghiên cứu đồ án mà cịn giúp tơi nhiều sống công việc Cuối cùng, xin gửi đến gia đình bạn bè, người ln bên cạnh, chia sẻ, động viên suốt thời gian học tập lời cảm ơn chân thành sâu sắc GVHD: TS Võ Văn Quân i SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan nghiên cứu thân Mọi giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn Các số liệu có nguồn gốc rõ ràng kết nghiên cứu luận văn trung thực, chưa sử dụng để bảo vệ học vị Kết trình bày luận văn khách quan chưa công bố trước Đà Nẵng, ngày 30 tháng 05 năm 2022 Người thực GVHD: TS Võ Văn Quân ii SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học MỤC LỤC NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI HƯỚNG DẪN NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI PHẢN BIỆN TÓM TẮT NHIỆM VỤ ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP LỜI NÓI ĐẦU i CAM ĐOAN ii MỤC LỤC iii DANH SÁCH CÁC HÌNH v DANH SÁCH CÁC BẢNG vii DANH SÁCH CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT viii MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu 1.2 Tổng quan hợp chất Molnupiravir .5 1.2 Cấu trúc tính chất vật lý 1.2.1 Hoạt tính sinh học hợp chất họ Molnupiravir 1.2.2 Khám phá Phát triển .8 1.2.3 Nghiên cứu tiền lâm sàng 1.2.4 Các nghiên cứu lâm sàng 1.2.5 Molnupiravir điều trị Covid 10 1.3 Sàng lọc thuốc phương pháp docking 13 GVHD: TS Võ Văn Quân iii SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Chương 2: NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Hệ chất nghiên cứu 17 2.1.1 Mục tiêu nghiên cứu 17 2.1.2 Nội dung mục tiêu nghiên cứu 17 2.1.3 Phạm vi nghiên cứu 18 2.2 Phương pháp nghiên cứu 18 2.2.1 Phương pháp bán thực nghiệm 18 2.2.2 Phương pháp docking 19 2.2.3 Phương pháp ADMET 20 Chương 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 21 3.1 Cấu trúc chất 21 3.1.1 Quá trình tối ưu hóa cấu trúc 21 3.1.2 Hình vẽ tối ưu hóa cấu trúc 21 3.1.3 Công thức cấu tạo chất .22 3.2 Nghiên cứu docking với protein SAR-COVID 19 .24 3.2.1 Giới thiệu protein 24 3.2.2 Đánh giá lựa chọn protein 25 3.3 Nghiên cứu tính chất dược lý qua ADMET 32 3.3.1 Giới thiệu cách nghiên cứu .32 3.3.2 Tính chất dược lý chất 33 3.4 Tính chất dược lý qua PEO 36 Chương 4: KẾT LUẬN 42 Chương 5: KIẾN NGHỊ .44 Chương 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO 45 Chương 7: PHỤ LỤC 47 GVHD: TS Võ Văn Quân iv SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học 1.9 Tính chất dược lý qua PEO Bảng 0.4 Thơng số PEO hợp chất Molnupiravir protein 6VW1 Các dẫn xuất Druglikeness Drug-score MW TPSA Solubility Mol -2,53 0,18 329 140,9 -1,77 1-CF3 -7,84 0,25 397 140,9 -2,63 2-CF3 -7,4 0,25 397 140,9 -2,77 2-Ethyl 0,23 0,42 357 140,9 -2,3 1-Me -0,48 0,38 343 140,9 -1,89 2-Me -0,14 0,4 343 140,9 -2,03 1-NH2 -0,57 0,37 344 166,9 -1,78 2-NH2 -0,3 0,38 344 166,9 -2,84 1-F -1,99 0,15 347 140,9 -2,28 10 2-F -1,64 0,29 347 140,9 -3,34 11 1-COOH -0,68 0,1 361 170,3 -2,03 STT Hình 0.13 Biểu đồ số PEO protein 6VW1 GVHD: TS Võ Văn Quân 36 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Các thơng số hóa lý liên quan đến đặc tính “giống thuốc” (drug-likeness) bao gồm khối lượng phân tử MW (molecular weight), logP (hệ số phân bố dầu – nước), logS (hệ số tan), TPSA (Topological polar surface area – Diện tích bề mặt phân cực, số liên kết linh động tính tốn so sánh với quy tắc giống thuốc Lipinski, từ ta nhận biết khả làm thuốc loại protein nhóm Druglikeness Drug-score hợp chất tính tốn phần mềm PEO cho kết hiển thị Bảng 3.4 Kết cho thấy tất hợp chất nghiên cứu đặc trưng Druglikeness dương MOL có giá trị Druglikeness Drug-score lớn so với hợp chất 1-CF3 2-CF3 Đối với hợp chất lại có giá trị lớn MOL Kết hợp với số số MW, Solubility, TPSA cho thấy 1-CF3 2-CF3 thích hợp làm chất tương tự MOL Hình 0.14 Biểu đồ số Druglikeness protein 6VW1 GVHD: TS Võ Văn Quân 37 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Hình 0.15 Biểu đồ số Drug-score protein 6VW1 Bảng 0.5 Thông số PEO hợp chất Molnupiravir protein 6M17 STT Các dẫn Druglikeness xuất Drug-score MW TPSA Solubility Mol -2,53 0,18 329 140,9 -1,77 1-CF3 -7,84 0,25 397 140,9 -2,63 2-CF3 -7,4 0,25 397 140,9 -2,77 1-Me -0,48 0,38 343 140,9 -1,89 2-Me -0,14 0,4 343 140,9 -2,03 1-NH2 -0,57 0,37 344 166,9 -1,78 2-NH2 -0,3 0,38 344 166,9 -2,84 1-F -1,99 0,15 347 140,9 -2,28 2-F -1,64 0,29 347 140,9 -3,34 10 1-Ethyl -0,34 0,38 357 140,9 -2,16 11 1-Br -5,02 0,25 407 140,9 -2,6 GVHD: TS Võ Văn Quân 38 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Hình 0.16 Biểu đồ số PEO protein 6M17 Hình 0.17 Biểu đồ số Druglikeness protein 6M171 GVHD: TS Võ Văn Quân 39 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Hình 0.18 Biểu đồ số Drug-Score protein 6M17 So sánh kết tính tốn protein 20 nhóm từ phần mềm PEO ta rút kết ảnh hưởng Drulikeness Drug-score yếu tố quan trọng để đánh giá mức độ có khả làm thuốc cao từ protein Kết quả, nhóm có khả thay MOL tốt 1-CF3 2-CF3, xu hướng chung kết tính tốn để tìm nhóm thay MOL có khả điều trị Covid-19, kết khảo sát tương đối, protein chọn có protein 6M17 có kết ổn định, tương đối phù hợp để làm tiền đề tăng khả chọn lựa tùy thuộc vào tính nhu cầu để phát triển thuốc phù hợp Hình 0.19 Cấu trúc 3D nhóm 1-CF3 vào MOL GVHD: TS Võ Văn Quân 40 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Hình 0.20 Cấu trúc 3D nhóm 2-CF3 vào MOL Hai nhóm nhóm tối ưu q trình tính tốn hóa học GVHD: TS Võ Văn Quân 41 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học KẾT LUẬN Sau thời gian nghiên cứu, đề tài đạt mục tiêu đề có số kết sau: Thiết kế số dẫn xuất Molnupiravir qua thay gốc số vị trí gốc khác: Br, CF3, Cl, CN, COOH, COOMe, F, Me, Ethyl, Vinyl, NMe2, NO2, NH2, NHMe, OH, OMe, Phenyl, Etinyl Khảo sát mức lượng tương tác dẫn xuất Molnupiravir với protein chọn phương pháp mô docking sở so sánh với Molnupiravir thu dẫn xuất có lượng tương tác tốt 1-CH3, 2CF3 Khảo sát tính chất dược lý dẫn xuất tiêu biểu qua so sánh với Molnupiravir, kết cho thấy có dẫn xuất tương đồng với Molnupiravir 1-CH3, 2-CF3 GVHD: TS Võ Văn Quân 42 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học KIẾN NGHỊ Bên cạnh kết đạt được, để tiếp tục phát triển kết nghiên cứu khóa luận đồng thời tăng tính ứng dụng nghiên cứu, tơi xin đưa đề xuất sau: Phát triển phương pháp để ứng dụng vào mơ hình bệnh tật phức tạp khác Tiến hành nghiên cứu thực nghiệm hoạt tính đích hợp chất sàng lọc GVHD: TS Võ Văn Quân 44 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] B.V.Q.B THẠNH, THÔNG TIN LIÊN QUAN COVID-19: MOLNUPIRAVIR, REMDESIVIR VÀ LIỀU VẮC XIN COVID-19 MŨI [2] A.K Singh, A Singh, R Singh, and A Misra, (2021) Molnupiravir in COVID-19: a systematic review of literature, Diabetes & Metabolic Syndrome: Clinical Research & Reviews, 15, 102329 [3] R Ramu-Phone, (2021) Comparative molecular docking and simulation analysis of molnupiravir and remdesivir with SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp), Bioinformation, 17, 932-939 [4] P.R Nagar, N.D Gajjar, and T.M Dhameliya, (2021) In search of SARS CoV-2 replication inhibitors: Virtual screening, molecular dynamics simulations and ADMET analysis, Journal of Molecular Structure, 1246, 131190 [5] T.T Le, Z Andreadakis, A Kumar, R.G Román, S Tollefsen, M Saville, and S Mayhew, (2020) The COVID-19 vaccine development landscape, Nat Rev Drug Discov, 19, 305-306 [6] F Kayali, M.S.T Leung, W Wong, K.P Morgan, and A Harky, What impact can molnupiravir have on the treatment of SARS-CoV-2 infection? 2022, Taylor & Francis p 1-4 [7] A Jayk Bernal, M.M Gomes da Silva, D.B Musungaie, E Kovalchuk, A Gonzalez, V Delos Reyes, A Martín-Quirós, Y Caraco, A Williams-Diaz, and M.L Brown, (2022) Molnupiravir for oral treatment of Covid-19 in nonhospitalized patients, New England Journal of Medicine, 386, 509-520 [8] W.A Fischer, J.J Eron, W Holman, M.S Cohen, L Fang, L.J Szewczyk, T.P Sheahan, R.S Baric, K.R Mollan, and C.R Wolfe, (2021) Molnupiravir, an oral antiviral treatment for COVID-19, medRxiv GVHD: TS Võ Văn Quân 45 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học [9] T Hu, Y Xie, F Zhu, X Gong, Y Liu, H Xue, H.A Aisa, and J Shen, (2022) “One-Pot” Synthesis of Molnupiravir from Cytidine, Organic Process Research & Development, 26, 358-364 [10] M Imran, M Kumar Arora, S.M.B Asdaq, S.A Khan, S.I Alaqel, M.K Alshammari, M.M Alshehri, A.S Alshrari, A Mateq Ali, and A.M AlShammeri, (2021) Discovery, development, and patent trends on Molnupiravir: A prospective oral treatment for COVID-19, Molecules, 26, 5795 [11] T.T.T Hằng, N.B Kim, and B.T Tùng, (2021) Sàng lọc hợp chất tương tự nucleotide nucleoside ức chế enzym RNA-dependent RNA polymerase SARS-CoV-2 phương pháp docking phân tử nhằm điều trị bệnh COVID-19, Bản B Tạp chí Khoa học Công nghệ Việt Nam, 63 [12] G Xiong, Z Wu, J Yi, L Fu, Z Yang, C Hsieh, M Yin, X Zeng, C Wu, and A Lu, (2021) ADMETlab 2.0: an integrated online platform for accurate and comprehensive predictions of ADMET properties, Nucleic Acids Research, 49, W5-W14 [13] S Mohammadi, M Heidarizadeh, M Entesari, A Esmailpour, M Esmailpour, R Moradi, N Sakhaee, and E Doustkhah, (2020) In silico investigation on the inhibiting role of nicotine/caffeine by blocking the S protein of SARS-CoV-2 versus ACE2 receptor, Microorganisms, 8, 1600 [14] R Suravajhala, A Parashar, B Malik, V.A Nagaraj, G Padmanaban, P Kavi Kishor, R Polavarapu, and P Suravajhala, (2020) Comparative docking studies on curcumin with COVID-19 proteins GVHD: TS Võ Văn Quân 46 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học PHỤ LỤC Tên chất Tọa độ GVHD: TS Võ Văn Quân Molnupiravir O O O O O O O N N N C C C C C C C C C C C C C H H H H H H H H H -0.4262 -0.4126 1.7373 -2.886 3.6639 -3.8028 4.8921 1.585 3.6099 3.5476 -0.6396 0.662 -1.4152 0.8768 -2.2151 0.8651 2.9934 -3.6579 1.4391 -4.2987 2.9157 -5.6622 -3.3717 -1.1474 0.5373 -2.0684 1.4157 -1.5772 -2.9592 -1.2802 1.4816 0.8837 1.2372 4.2109 3.2421 0.1413 1.2012 -0.8496 -3.1905 0.3229 -0.9856 -3.2256 3.0782 2.3617 2.0224 1.545 1.0843 0.7957 0.2264 -0.7846 -1.9697 -1.7293 -2.0303 -2.2016 -2.9112 3.4339 1.7125 2.4606 2.1248 0.5613 1.6653 4.6012 3.8094 -0.7169 47 1.0608 0.4188 -0.9712 0.2831 0.7703 -1.5869 -0.2251 0.2877 0.1645 -0.4574 -0.4193 -0.7205 0.3597 0.5415 -0.5342 -0.1045 0.4251 -0.3731 -0.3605 0.6283 -0.2038 0.1307 0.8859 -1.3208 -1.5957 1.1225 1.3005 -1.2532 -1.0925 0.6203 -1.7183 -0.2036 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học H H H H H H H H H H -0.2061 -4.4598 -5.5729 -6.1534 -6.3161 -2.4008 -3.8017 -3.1857 3.1055 5.2423 -2.8468 -1.1785 -2.7823 -2.8307 -1.3478 -2.5696 -3.5918 -3.4783 -4.1073 -3.6737 1-CF3 Tên chất Tọa độ GVHD: TS Võ Văn Quân -0.6648 1.5634 -0.7941 0.8803 -0.0777 1.2614 1.6278 -0.0329 -0.6889 -0.9925 O O O O O O O N N N C C C C C C C C C C C C C H H H H -0.4262 -0.4126 1.7373 -2.886 3.6639 -3.8028 4.8921 1.585 3.6099 3.5476 -0.6396 0.662 -1.4152 0.8768 -2.2151 0.8651 2.9934 -3.6579 1.4391 -4.2987 2.9157 -5.6622 -3.3717 -1.1474 0.5373 -2.0684 1.4157 1.2372 4.2109 3.2421 0.1413 1.2012 -0.8496 -3.1905 0.3229 -0.9856 -3.2256 3.0782 2.3617 2.0224 1.545 1.0843 -0.7957 0.2264 -0.7846 -1.9697 -1.7293 -2.0303 -2.2016 -2.9112 3.4339 1.7125 2.4606 2.1248 48 1.0608 0.4188 -0.9712 0.2831 0.7703 -1.5869 -0.2251 0.2877 0.1645 -0.4574 -0.4193 -0.7205 0.3597 0.5415 -0.5342 -0.1045 0.4251 -0.3731 -0.3605 0.6283 -0.2038 0.1307 0.8859 -1.3208 -1.5957 1.1225 1.3005 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học H H H H H H H H H H H H H H C F F F -1.5772 -2.9592 -1.2802 1.4816 -0.2061 -4.4598 -5.5729 -6.1534 -6.3161 -2.4008 -3.8017 -3.1857 3.1055 5.2423 0.64849 -0.46468 1.41633 0.30074 GVHD: TS Võ Văn Quân -1.2532 -1.0925 0.6203 -1.7183 -0.2036 1.5634 -0.7941 0.8803 -0.0777 1.2614 1.6278 -0.0329 -0.6889 -0.9925 -0.79367 -1.45636 -1.60262 0.29823 2-CF3 Tên chất Tọa độ 0.5613 1.6653 4.6012 3.8094 -0.7169 -1.1785 -2.7823 -2.8307 -1.3478 -2.5696 -3.5918 -3.4783 -4.1073 -3.6737 -3.21826 -2.8385 -3.97886 -3.93192 O O O O O O O N N N C C C C C C C C C -0.4262 -0.4126 1.7373 -2.886 3.6639 -3.8028 4.8921 1.585 3.6099 3.5476 -0.6396 0.662 -1.4152 0.8768 -2.2151 0.8651 2.9934 -3.6579 1.4391 1.2372 4.2109 3.2421 0.1413 1.2012 -0.8496 -3.1905 0.3229 -0.9856 -3.2256 3.0782 2.3617 2.0224 1.545 1.0843 -0.7957 0.2264 -0.7846 -1.9697 49 1.0608 0.4188 -0.9712 0.2831 0.7703 -1.5869 -0.2251 0.2877 0.1645 -0.4574 -0.4193 -0.7205 0.3597 0.5415 -0.5342 -0.1045 0.4251 -0.3731 -0.3605 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học C C C C H H H H H H H H H H H H H H H H H H C F F F GVHD: TS Võ Văn Quân -4.2987 2.9157 -5.6622 -3.3717 -1.1474 0.5373 -2.0684 1.4157 -1.5772 -2.9592 -1.2802 1.4816 0.8837 -4.4598 -5.5729 -6.1534 -6.3161 -2.4008 -3.8017 -3.1857 3.1055 5.2423 -0.66425 -1.16866 -1.20179 -0.96298 50 -1.7293 -2.0303 -2.2016 -2.9112 3.4339 1.7125 2.4606 2.1248 0.5613 1.6653 4.6012 3.8094 -2.8468 -1.1785 -2.7823 -2.8307 -1.3478 -2.5696 -3.5918 -3.4783 -4.1073 -3.6737 -0.6832 -1.87264 -0.33578 0.25744 0.6283 -0.2038 0.1307 0.8859 -1.3208 -1.5957 1.1225 1.3005 -1.2532 -1.0925 0.6203 -1.7183 -0.6648 1.5634 -0.7941 0.8803 -0.0777 1.2614 1.6278 -0.0329 0.6889 -0.9925 -0.24599 -0.63753 0.94265 -1.1671 SVTH: Nguyễn Xuân Sơn Hoàng ... Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học TÓM TẮT Tên đề tài: ? ?Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát. .. cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Mục đích nghiên cứu Mục đích đề tài nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ molnupiravir nhằm. .. Hoàng Nghiên cứu sàng lọc hợp chất họ Molnupiravir nhằm phát triển thuốc điều trị covid – 19 phương pháp tính tốn hóa học Chương 2: NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Hệ chất nghiên cứu

Ngày đăng: 24/09/2022, 07:58

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
[2] A.K. Singh, A. Singh, R. Singh, and A. Misra, (2021). Molnupiravir in COVID-19: a systematic review of literature, Diabetes & Metabolic Syndrome: Clinical Research & Reviews, 15, 102329 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Molnupiravir in COVID-19: "a systematic review of literature
Tác giả: A.K. Singh, A. Singh, R. Singh, and A. Misra
Năm: 2021
[3] R. Ramu-Phone, (2021). Comparative molecular docking and simulation analysis of molnupiravir and remdesivir with SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp), Bioinformation, 17, 932-939 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Comparative molecular docking and simulation analysis of molnupiravir and remdesivir with SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp)
Tác giả: R. Ramu-Phone
Năm: 2021
[4] P.R. Nagar, N.D. Gajjar, and T.M. Dhameliya, (2021). In search of SARS CoV-2 replication inhibitors: Virtual screening, molecular dynamics simulations and ADMET analysis, Journal of Molecular Structure, 1246, 131190 Sách, tạp chí
Tiêu đề: In search of SARS CoV-2 replication inhibitors: Virtual screening, molecular dynamics simulations and ADMET analysis
Tác giả: P.R. Nagar, N.D. Gajjar, and T.M. Dhameliya
Năm: 2021
[6] F. Kayali, M.S.T. Leung, W. Wong, K.P. Morgan, and A. Harky, What impact can molnupiravir have on the treatment of SARS-CoV-2 infection? 2022, Taylor &Francis. p. 1-4 Sách, tạp chí
Tiêu đề: What impact can molnupiravir have on the treatment of SARS-CoV-2 infection
[9] T. Hu, Y. Xie, F. Zhu, X. Gong, Y. Liu, H. Xue, H.A. Aisa, and J. Shen, (2022). “One-Pot” Synthesis of Molnupiravir from Cytidine, Organic Process Research& Development, 26, 358-364 Sách, tạp chí
Tiêu đề: “One-Pot” Synthesis of Molnupiravir from Cytidine
Tác giả: T. Hu, Y. Xie, F. Zhu, X. Gong, Y. Liu, H. Xue, H.A. Aisa, and J. Shen
Năm: 2022
[11] T.T.T. Hằng, N.B. Kim, and B.T. Tùng, (2021). Sàng lọc các hợp chất tương tự nucleotide và nucleoside ức chế enzym RNA-dependent RNA polymerase của SARS-CoV-2 bằng phương pháp docking phân tử nhằm điều trị bệnh COVID-19, Bản B của Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 63 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Sàng lọc các hợp chất tương tự nucleotide và nucleoside ức chế enzym RNA-dependent RNA polymerase của SARS-CoV-2 bằng phương pháp docking phân tử nhằm điều trị bệnh COVID-19
Tác giả: T.T.T. Hằng, N.B. Kim, and B.T. Tùng
Năm: 2021
[1] B.V.Q.B. THẠNH, THÔNG TIN LIÊN QUAN COVID-19: MOLNUPIRAVIR, REMDESIVIR VÀ LIỀU VẮC XIN COVID-19 MŨI 3 Khác
[5] T.T. Le, Z. Andreadakis, A. Kumar, R.G. Román, S. Tollefsen, M. Saville, and S Khác
[7] A. Jayk Bernal, M.M. Gomes da Silva, D.B. Musungaie, E. Kovalchuk, A. Gonzalez, V. Delos Reyes, A. Martín-Quirós, Y. Caraco, A. Williams-Diaz, and M.L Khác
[12] G. Xiong, Z. Wu, J. Yi, L. Fu, Z. Yang, C. Hsieh, M. Yin, X. Zeng, C. Wu, and A Khác
[14] R. Suravajhala, A. Parashar, B. Malik, V.A. Nagaraj, G. Padmanaban, P. Kavi Kishor, R. Polavarapu, and P. Suravajhala, (2020). Comparative docking studies on curcumin with COVID-19 proteins Khác

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

Hình 0.1. Hợp chất Molnupiravir - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.1. Hợp chất Molnupiravir (Trang 19)
Hình 0.2. Hợp chất Molnupiravir 3D - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.2. Hợp chất Molnupiravir 3D (Trang 20)
Hình 0.3. Lộ trình đến Molnupiravir được báo cáo trong Bằng sáng chế ban đầu - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.3. Lộ trình đến Molnupiravir được báo cáo trong Bằng sáng chế ban đầu (Trang 21)
Hình 1.5 Minh họa các phương pháp hành động khác nhau của thuốc kháng vi-rút có thể  can  thiệp  vào  chu  trình  SARS-CoV-2; giống  như  Remdesivir,  Molnupiravir  hoạt  động trên bước 5, sao chép RNA - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 1.5 Minh họa các phương pháp hành động khác nhau của thuốc kháng vi-rút có thể can thiệp vào chu trình SARS-CoV-2; giống như Remdesivir, Molnupiravir hoạt động trên bước 5, sao chép RNA (Trang 25)
Hình 0.5. Hình dung về tương tác liên kết của molnupiravir với SARS-CoV-2 RdRp: - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.5. Hình dung về tương tác liên kết của molnupiravir với SARS-CoV-2 RdRp: (Trang 30)
Hình 0.1. Mol-Br-1 và Mol-Br-2 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.1. Mol-Br-1 và Mol-Br-2 (Trang 35)
Hình 0.2. Cấu trúc Molnupiravir và các dẫn xuất ở “vị trí thứ 1” - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.2. Cấu trúc Molnupiravir và các dẫn xuất ở “vị trí thứ 1” (Trang 36)
Hình 0.3. Cấu trúc Molnupiravir và các dẫn xuất ở “vị trí thứ 2” - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.3. Cấu trúc Molnupiravir và các dẫn xuất ở “vị trí thứ 2” (Trang 37)
Bảng 0.1. Năng lương tương tác (kcal/mol) - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Bảng 0.1. Năng lương tương tác (kcal/mol) (Trang 39)
3.1 cho thấy rằng các phức hình thành giữa các hợp chất và protein đích đều ổn định với - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
3.1 cho thấy rằng các phức hình thành giữa các hợp chất và protein đích đều ổn định với (Trang 40)
Hình 0.4. Mức năng lượng affinity của protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.4. Mức năng lượng affinity của protein 6VW1 (Trang 41)
Hình 0.5. Tương tác giữa protein 6VW1 và chất gốc Molnipiravir - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.5. Tương tác giữa protein 6VW1 và chất gốc Molnipiravir (Trang 42)
Hình 0.7. Mức năng lượng affinity của protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.7. Mức năng lượng affinity của protein 6M17 (Trang 43)
Hình 0.6. Tương tác giữa 1-CF3 với protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.6. Tương tác giữa 1-CF3 với protein 6VW1 (Trang 43)
Hình 0.8. Tương tác giữa protein 6M17 và chất gốc Molnipiravir - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.8. Tương tác giữa protein 6M17 và chất gốc Molnipiravir (Trang 45)
Hình 0.9. Tương tác giữa 1-Br với protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.9. Tương tác giữa 1-Br với protein 6M17 (Trang 45)
Hình 0.10. Tương tác giữa 1-Ethyl với protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.10. Tương tác giữa 1-Ethyl với protein 6M17 (Trang 46)
Bảng 0.2. Thông số ADMET của các hợp chất Molnupiravir và protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Bảng 0.2. Thông số ADMET của các hợp chất Molnupiravir và protein 6VW1 (Trang 47)
Hình 0.11. Biểu đồ các chỉ số ADMET của protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.11. Biểu đồ các chỉ số ADMET của protein 6VW1 (Trang 48)
Bảng 0.3. Thông số ADMET của các hợp chất Molnupiravir và protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Bảng 0.3. Thông số ADMET của các hợp chất Molnupiravir và protein 6M17 (Trang 48)
Hình 0.12. Biểu đồ các chỉ số ADMET của protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.12. Biểu đồ các chỉ số ADMET của protein 6M17 (Trang 49)
Bảng 0.4. Thông số PEO của các hợp chất Molnupiravir và protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Bảng 0.4. Thông số PEO của các hợp chất Molnupiravir và protein 6VW1 (Trang 50)
Hình 0.14. Biểu đồ chỉ số Druglikeness của protein 6VW1 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.14. Biểu đồ chỉ số Druglikeness của protein 6VW1 (Trang 51)
Hình 0.15. Biểu đồ các chỉ số Drug-score của protein 6VW1 Bảng 0.5. Thông số PEO của các hợp chất Molnupiravir và protein 6M17  - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.15. Biểu đồ các chỉ số Drug-score của protein 6VW1 Bảng 0.5. Thông số PEO của các hợp chất Molnupiravir và protein 6M17 (Trang 52)
Hình 0.16. Biểu đồ các chỉ số PEO của protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.16. Biểu đồ các chỉ số PEO của protein 6M17 (Trang 53)
Hình 0.17. Biểu đồ chỉ số Druglikeness của protein 6M171 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.17. Biểu đồ chỉ số Druglikeness của protein 6M171 (Trang 53)
Hình 0.19. Cấu trúc 3D của nhóm thế 1-CF3 vào MOL - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.19. Cấu trúc 3D của nhóm thế 1-CF3 vào MOL (Trang 54)
Hình 0.18. Biểu đồ chỉ số Drug-Score của protein 6M17 - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.18. Biểu đồ chỉ số Drug-Score của protein 6M17 (Trang 54)
Hình 0.20. Cấu trúc 3D của nhóm thế 2-CF3 vào MOL - NGHIÊN cứu SÀNG lọc các hợp CHẤT họ MOLNUPIRAVIR NHẰM PHÁT TRIỂN THUỐC mới điều TRỊ COVID – 19 BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN hóa học
Hình 0.20. Cấu trúc 3D của nhóm thế 2-CF3 vào MOL (Trang 55)

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w