Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.

Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.Nghiên cứu phát triển bộ sinh phẩm multiplex realtime PCR phát hiện một số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và khảo sát tính kháng kháng sinh.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGUYỄN THỊ LOAN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN BỘ SINH PHẨM MULTIPLEX REALTIME PCR PHÁT HIỆN MỘT SỐ TÁC NHÂN GÂY NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN VÀ KHẢO SÁT TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội, 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGUYỄN THỊ LOAN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN BỘ SINH PHẨM MULTIPLEX REALTIME PCR PHÁT HIỆN MỘT SỐ TÁC NHÂN GÂY NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN VÀ KHẢO SÁT TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Chun ngành: Cơng nghệ sinh học Mã số: 9420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Lã Thị Huyền PGS.TS Nguyễn Minh Hiền Hà Nội, 2022 iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: cơng trình nghiên cứu tơi số kết cộng tác với cộng khác Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, phần công bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả Phần lại chưa cơng bố cơng trình khác Tơi xin đảm bảo tính khách quan kết xử lý số liệu nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng Nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Loan năm 2022 LỜI CẢM ƠN Trước tiên, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới TS Lã Thị Huyền, Trưởng phịng Cơng nghệ tế bào động vật- Viện CNSH PGS.TS Nguyễn Minh Hiền, Trưởng khoa Sinh hoá - Bệnh viện Thanh Nhàn người trực tiếp hướng dẫn giúp đỡ tơi q trình nghiên cứu Các Cô bảo cho nhiều ý kiến hướng dẫn qúy báu, động viên giúp đỡ tơi giải khó khăn vướng mắc q trình thực luận án tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn tới tập thể cán nghiên cứu phịng Cơng nghệ tế bào động vật - Viện CNSH - Viện Hàn Lâm KH CN Việt Nam giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho q trình thực nghiên cứu Tơi xin trân trọng cảm ơn anh chị khoa Sinh hoá, khoa Vi sinh, khoa Hồi sức tích cực, bệnh viện Thanh Nhàn, khoa Hồi sức tích cực bệnh viện Đức Giang, đặc biệt em Nguyễn Trọng Linh đồng hành tơi q trình nghiên cứu Tơi xin gửi lời cảm ơn tới thầy cô khoa CNSH - Học viện KH CN, thầy cô hội đồng nghiên cứu sinh nhiệt tình dạy bảo giúp đỡ tôi, cho ý kiến q báu để sửa chữa hồn thiện luận án Tơi xin gửi lời cảm ơn đến gia đình hỗ trợ tạo điều kiện tốt cho tơi chun tâm làm việc hồn thành luận án Cuối xin cảm ơn Ban Giám Hiệu, đồng nghiệp Khoa NôngLâm trường Đại học Hoa Lư động viên giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi q trình học tập, nghiên cứu công tác Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Tác giả NCS Nguyễn Thị Loan MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan …………………………………………………………………… i Lời cảm ơn……………………………………………………………………… ii Mục lục ……………………………………………… ………… iii Danh mục kí hiệu, chữ viết tắt ………………………………………… v Danh mục bảng …………………………………………………… ……… vi Danh mục hình……………………………………………………… viii MỞ ĐẦU………………………………………………………………… CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tình hình nguyên vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện … 1.1.1 Lịch sử phát nghiên cứu nhiễm khuẩn bệnh viện …… 1.1.2 Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện …………………………… 1.1.3 Căn nguyên vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện …………………… 1.2 Một số kỹ thuật phát vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện … 10 1.2.1 Cấy máu xét nghiệm sinh hoá ……………………………………… 10 1.2.2 Kỹ thuật xác định có mặt DNA …………… ………………………… 11 1.3 Tình hình nghiên cứu ứng dụng multiplex realtime PCR xác định vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện …………………………… 15 1.3.1 Trên giới …………………………………………………………… 15 1.3.2 Ở Việt Nam …………………………………………………………… 17 1.4 Kháng sinh kháng kháng sinh vi khuẩn …………….………… 19 1.4.1 Kháng sinh chế tác động ………………………………………… 19 1.4.2 Kháng kháng sinh vi khuẩn chế kháng kháng sinh ………… 21 1.4.3 Tình hình kháng kháng sinh vi khuẩn giới Việt Nam… 28 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 Đối tượng nghiên cứu …………………………………………… 35 2.1.1 Các mẫu bệnh phẩm…… …………………………………………… 35 2.1.2 Cách tính cỡ mẫu nghiên cứu ………………………………………… 35 Nguyên vật liệu nghiên cứu ………………………………………… 2.2 2.2.1 Nguyên vật liệu ………………………………………………………… 36 36 2.1 2.2.2 Các thiết bị …………………………………………………………… 36 2.2.3 Hoá chất……………………………………………………………… 36 Phương pháp nghiên cứu …………………………………… …… 38 2.3.1 Nhóm phương pháp vi sinh truyền thống …………………………… 38 2.3.2 Phương pháp sinh học phân tử ………………………………………… 39 2.3.3 Phương pháp kiểm tra độ nhậy, độ đặc hiệu, độ ổn định, ngưỡng phát sinh phẩm multiplex realtime PCR ……………………… 2.3.4 Phương pháp thống kê ………………………………………………… 46 Đạo đức nghiên cứu …………………………………………………… 48 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ……………………………… 50 2.3 2.4 3.1 Kết phân lập chủng vi sinh vật gây nhiễm khuẩn bệnh viện … 48 50 3.1.1 Kết phân bố xét nghiệm theo loại bệnh phẩm ………………… 51 3.1.2 Tỉ lệ loại vi sinh vật phân lập ………………………………… 52 3.1.3 Kết phân tích gen 16S rARN từ chủng vi khuẩn phân lập …… 53 3.2 Kết phát triển sinh phẩm multiplex realtime PCR xác định đồng thời tác nhân vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện ……… 3.2.1 Kết lựa chọn, phân tích trình tự gen đích ………………………… 55 3.2.2 Kết thiết kế mồi mẫu dò ………………………………………… 58 3.2.3 Kết kiểm tra độ đặc hiệu mồi mẫu dị với gen đích ……… 60 3.2.4 Kết phản ứng multiplex realtime PCR chủng chuẩn …… 71 3.2.5 Kết tối ưu phản ứng realtime PCR ………….…………………… 75 3.2.6 Kết xác định ngưỡng phát …………………………………… 77 3.2.7 Kết tạo đối chứng dương …………………….………………… 78 3.2.8 Kết xác định độ nhạy, độ đặc hiệu ……………………………… 82 3.2.9 Kết xác định độ ổn định …………………………………………… 87 55 3.3 Kết kháng sinh đồ chủng vi khuẩn nghiên cứu gen mã hoá beta-lactamase mở rộng vi khuẩn E coli ………………… 3.3.1 Kết kháng sinh đồ ………………………………………………… 91 92 3.3.2 Kết xác định gen mã hoá beta-lactamase phổ rộng E coli …… 98 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ……………………………………… ……… 105 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ Ac Acinetobacter baumannii BV Bệnh viện Ct Thresold cycle (chu kì ngưỡng) CTX-M Cefotaxime- Munich DNA Deoxyribonucleic Axit Ec Escherichia coli ECDC European Centre for Disease Control and Prevention (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa dịch bệnh Châu Âu) ESBL Extended-Spectrum Beta-lactamase (beta-lactamase phổ rộng) FN Fall Negative (âm tính giả) FP Fall Positive (dương tính giả) GADPH Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase HAI Hospital Aquired- Infections Hu Human I Intermediate (trung gian) Kp Klebsiella pneumoniae MRSA Methicillin- Resistant Staphylococcus aureus MSSA Methicillin- Susceptible Staphylococcus aureus NK Nhiễm khuẩn NKBV Nhiễm khuẩn bệnh viện Pa Pseudomonas aeruginosa PCR Polymerase Chain Reaction S Sensitivity (nhạy cảm) Sa Staphylococcus aureus R Resistant (đề kháng) VSV Vi sinh vật WHO World Healthy Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây NKBV ……………………………… Bảng 1.2 Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện loại nhiễm khuẩn thường gặp ……… Bảng 1.3 Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện loại nhiễm khuẩn có tỷ lệ cao … Bảng 2.1 Trình tự cặp mồi, mẫu dị gen đích chủng vi khuẩn …… Bảng 2.2 Trình tự mồi 16S rARN gen mã hoá ESBL ……………………… 38 Bảng 2.3 Thành phần chương trình chạy phản ứng PCR ………………… 42 Bảng 2.4 Thành phần phản ứng mutiplex realtime PCR kiểm tra độ đặc hiệu mồi mẫu dị với DNA đích ………………… Bảng 2.5 37 44 Thành phần phản ứng mutiplex realtime PCR kiểm tra độ đặc hiệu mồi mẫu dị với DNA đích vi khuẩn …………………………… 45 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng multiplex realtime PCR chủng chuẩn … 45 Bảng 2.7 Thành phần phản ứng realtime PCR mẫu chủng chuẩn ………… 46 Bảng 3.1 Tỷ lệ xét nghiệm tỷ lệ cấy dương tính theo loại bệnh phẩm ……… 51 Bảng 3.2 Tỷ lệ phân lập vi sinh vật theo loại bệnh phẩm ……………………… 52 Bảng 3.3 Các mồi mẫu dò cho phản ứng realtime PCR ……………… 58 Bảng 3.4 Giá trị chu kì ngưỡng kiểm tra độ đặc hiệu cặp mồi, mẫu dò với 62 Bảng 3.5 DNA vi khuẩn A baumannii, K pneumoniae DNA người ……… Giá trị chu kì ngưỡng kiểm tra độ đặc hiệu cặp mồi, mẫu dò với DNA vi khuẩn S aureus, E coli, P aeruginosa………………… 64 Bảng 3.6 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR kiểm tra độ đặc hiệu hỗn hợp mồi, mẫu dị với DNA đích vi khuẩn A Bảng 3.7 baumannii, K pneumoniae gen GADPH ………………………… Giá trị chu kì ngưỡng kiểm tra độ đặc hiệu hỗn hợp mồi, mẫu dò với DNA vi khuẩn E coli, S aureus, P aeruginosa ……………… Bảng 3.8 66 70 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR chủng chuẩn A baumannii, K pneumoniae người (Hu) ……… 73 Bảng 3.9 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR chủng chuẩn E coli, S aureus, P aeruginosa ……………………… Bảng 3.10 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR nhiệt độ khác ……………………………………… Bảng 3.11 76 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR với Master mix IDT HQ ……………………………………………… Bảng 3.12 75 77 Giá trị chu kì ngưỡng phản ứng multiplex realtime PCR với nồng độ pha loãng ………………………………………………… 77 Bảng 3.13 So sánh phương pháp multiplex realtime PCR nuôi cấy theo mẫu bệnh phẩm ………………………………………………………… 86 Bảng 3.14 Kết phát loại vi sinh vật phương pháp multiplex realtime PCR so sánh với phương pháp cấy máu …………………… 87 Bảng 3.15 Giá trị chu kì ngưỡng mẫu khảo sát thời gian bảo quản 88 Bảng 3.16 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa Acinetobacter sp ……… 93 Bảng 3.17 Tỷ lệ kháng kháng sinh E coli K pneumonia …………………… 94 Bảng 3.18 Tỷ lệ kháng kháng sinh S aureus …………………………………… 96 Bảng 3.19 Tính nhạy cảm kháng sinh chủng E coli ………………………… 98 Bảng 3.20 Các mẫu E coli có mang gen ESBLs ………………………… 100 DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 Định nghĩa nhiễm khuẩn bệnh viện ………………….…………… Hình 1.2 Nhân tố liên quan đến khả kháng kháng sinh vi khuẩn… 22 Hình 1.3 Cơ chế trao đổi vật chất di truyền vi sinh vật…………… 23 Hình 1.4 Cơ chế kháng thuốc phổ biến vi khuẩn……………………… 23 Hình 1.5 Bản đồ tình trạng kháng kháng sinh giới đến năm 2050 29 Hình 2.1 Sơ đồ nghiên cứu ………………………………………………… 49 Hình 3.1 Hình ảnh khuẩn lạc vi khuẩn mơi trường thạch máu… 50 Hình 3.2 Hình ảnh khuẩn lạc vi khuẩn môi trường Chapman… 54 Hình 3.3 Hình ảnh điện di kiểm tra DNA tổng số chủng S aureus, A baumannii, E coli, K pneumoniae P aeruginosa ………… Hình 3.4 55 Hình ảnh nhân gen 16S rARN từ DNA tổng số số chủng vi khuẩn E coli, S aureus, K pneumoniae ……………… Hình 3.6 54 Hình ảnh nhân gen 16S rARN từ DNA tổng số số chủng vi khuẩn A baumannii P aeruginosa ………………… Hình 3.5 55 Kiểm tra tính đặc hiệu cặp mồi gen đích chủng vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết tương ứng ……………… 56 Hình 3.7 Kết PCR nhân gen bla OXA -51 like A baumannii, gyrB P aerruginossa, gen YccT E coli, gen Nuc S aureus gen Cyt K pneumoniae ……………………………… Hình 3.8 57 Biểu đồ khuếch đại DNA vi khuẩn (A): A baumannii, (B): Klebsiella pneumoniae (C): GADPH người ……………… 61 Hình 3.9 Biểu đồ khuếch đại DNA vi khuẩn (A): S aureus, (B): E coli, (C): P aeruginosa ………………………………………………… 63 Hình 3.10 Biểu đồ khảo sát độ đặc hiệu hốn hợp mồi mẫu dị với DNA đích vi khuẩn: ống đối chứng khơng có DNA ……… 66 Hình 3.11 Biểu đồ khảo sát độ đặc hiệu hỗn hợp mồi mẫu dị với DNA đích vi khuẩn (A): A baumannii, (B), K pneumoniae (C) 67 DNA người ………………………………………………… 501 AAACGAAGCT TTAGTTCGTC AAGGCTTGGC TAAAGTTGCT TATGTTTATA 551 AACCTAACAA TACACATGAA CAACTTTTAA GAAAAAGTGA AGCACAAGCG 601 AAAAAAGAGA AATTAAATAT TTGGAGCGAA GACAACGCTG ATTCAG PHỤ LỤC KẾT QUẢ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN ĐÍCH CỦA CÁC VI KHUẨN VÀ KẾT QUẢ THIẾT KẾ MỒI, MẪU DỊ Trình tự gen Cyt vi khuẩn Klebsiella pneumoniae>KpCyt ATGTCTGATGCTAAAGCAAAAATCACCCTGGGTGGTGACACTGCTATTGAACTGGATGTGCTAAAAGGCACGCTCGGTCAGGATGTTATTGATATTCG TAGTCTTGGTTCAAAAGGCGTATTTACCTTTGACCCAGGTTTCACATCAACGGCTTCTTGTGAATCTAAAATTACGTTTATCGATGGTGACGAGGGGA TCCTGCTGCACCGCGGCTTCCCGATCGACCAGTTAGCGACCGAATCTAATTATCTTGAAGTCTGTTATATCCTGCTGTACGGCGAAAAGCCGACCCAG GCCGAATATGACGAATTCAAAACTACCGTCACCCGCCACACCATGATTCATGAGCAGATCACCCGTCTGTTCCACGCGTTCCGTCGCGATTCCCACCC GATGGCGGTGATGTGCGGGATCACCGGCGCGCTGGCGGCGTTCTATCATGATTCCCTCGACGTGAATAACCCGCGTCACCGCGAGATTGCCGCCTACC GTCTGCTGTCCAAAATGCCAACCATGGCAGCCATGTGTTACAAGTATTCTATCGGCCAGCCGTTTGTTTATCCGCGCAACGACCTCTCCTACGCCGGC AACTTCCTGCGCATGATGTTTGCGACACCGTGCGAAGAGTATGAAGTCAATCCGGTGCTGGAGCGCGCGATGGATCGTATTCTGATCCTGCACGCCGA TCACGAGCAGAACGCGTCGACCTCCACGGTACGTACCGCAGGCTCCTCCGGCGCTAACCCGTTCGCCTGTATCGCTGCGGGCATCGCCTCCCTGTGGG GACCGGCACACGGTGGCGCCAACGAAGCGGCGCTGAAAATGCTGGAAGAGATCAGCTCCGTTGAGCACATTCCGGAATTTGTTCGTCGTGCGAAAGAC AAGAATGACTCTTTCCGCCTGATGGGCTTCGGCCATCGTGTTTACAAAAACTACGATCCGCGCGCCACCGTGATGCGTGAAACCTGCCATGAAGTGCT GAAAGAGCTGGGCACCAAAGACGACCTGCTGCAGGTGGCCATGGAGCTGGAGCATATCGCGCTGAACGACCCGTACTTCATCGAGAAGAAACTGTATC CGAACGTCGACTTCTACTCCGGTATCATCCTGAAAGCGATGGGTATTCCGTCCTCCATGTTTACCGTTATCTTCGCCATGGCGCGTACCGTGGGCTGG ATTGCGCACTGGAACGAAATGCACAGCGATGGCATGAAGATCGCCCGTCCGCGTCAGCTGTATACCGGCTACGCCAAACGCGATTTCCAGTCCGACAT TAAGCGTTAA Amplicon Size: 135 bp KpCyt_For: CCAGTTAGCGACCGAATCTAAT KpCyt_Rev: CGGGTGATCTGCTCATGAAT Primer Tm: 62⁰C BLAST: Will align to multiple Klebsiellapneumonia Secondary structure: Okay Some minor, non-extendible, dimers are predicted to form Primer related SNPs: No SNPs annotated in region KpCyt_probe: /56-FAM/CGACCCAGG/ZEN/CCGAATATGACGAAT/3IABkFQ/ Tm 68⁰C Probe related SNPs: No SNPs annotated in region SaNuc ATGGCAATTGTTTCAATATTACTTATAGGGATGGCTATCAGTAATGTTTCGAAAGGGCAATACGCAAAGAGGTTTTTCTTTTTCGCTACTAGTTGCTT AGTGTTAACTTTAGTTGTAGTTTCAAGTCTAAGTAGCTCAGCAAATGCATCACAAACAGATAACGGCGTAAATAGAAGTGGTTCTGAAGATCCAACAG TATATAGTGCAACTTCAACTAAAAAATTACATAAAGAACCTGCGACATTAATTAAAGCGATTGATGGTGATACGGTTAAATTAATGTACAAAGGTCAA CCAATGACATTCAGACTATTATTGGTTGATACACCTGAAACAAAGCATCCTAAAAAAGGTGTAGAGAAATATGGTCCTGAAGCAAGTGCATTTACGAA AAAAATGGTAGAAAATGCAAAGAAAATTGAAGTCGAGTTTGACAAAGGTCAAAGAACTGATAAATATGGACGTGGCTTAGCGTATATTTATGCTGATG GAAAAATGGTAAACGAAGCTTTAGTTCGTCAAGGCTTGGCTAAAGTTGCTTATGTTTATAAACCTAACAATACACATGAACAACTTTTAAGAAAAAGT GAAGCACAAGCGAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAG Amplicon Size: 140 bp SaNuc_For: AGGGATGGCTATCAGTAATGTTT SaNuc_Rev: CGCCGTTATCTGTTTGTGATG Primer Tm: 61⁰C/62⁰C BLAST: Aligns to multiple strains of S.aureus Secondary structure: Okay Primer related SNPs: No SNPs annotated in region SaNuc_probe: /56-FAM/CGAAAGGGC/ZEN/AATACGCAAAGAGGT/3IABkFQ/ Probe related SNPs: No SNPs annotated in region AcOxa Tm 67⁰C ATGAACATTAAAGCACTCTTACTTATAACAAGCGCTATTTTTATTTCAGCCTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCGCTTCAAA ATCTGATGAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGTACACACTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGGCCAAACTCAACAAAGCTATG GTAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCAAAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACC ACAGAAGTATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGGACATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGT TTATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATA ATTTTTGGCTGGTAGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAGTTTGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCCAAAAGTC CAAGATGAAGTGCAATCCATGTTATTCATAGAAGAGAAGAATGGAAATAAAATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAGACCCACAAGTAGG CTGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGAAATATTGTAGCGTTCTCCCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAG AGATTACTTATAAAAGTTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG Amplicon Size: 98 bp AcOxa_For: GAAGTGAAGCGTGTTGGTTAT AcOxa_Rev: GCCTCTTGCTGAGGAGTAAT Primer Tm: 61⁰C BLAST: Aligns to multiple strains of A.baumannii Secondary structure: Okay Primer related SNPs: No SNPs annotated in region AcOxa_probe: /YakYel/CGACTTGGG/ZEN/TACCGATATCTGCATTGC/3IABkFQ/ Probe related SNPs: No SNPs annotated in region PaGyr Tm 68⁰C ATGAGCGAGAACAACACGTACGACTCTTCCAGCATCAAGGTGCTGAAGGGGCTGGATGCCGTACGCAAGCGCCCCGGCATGTACATCGGCGACACCGA CGATGGCACCGGTCTGCACCACATGGTGTTCGAGGTGGTGGATAACTCCATCGACGAAGCGCTGGCCGGTTACTGCAGCGAAATCAGCATCACCATCC ATACGGATGAGTCGATCACTGTCCGCGACAATGGACGCGGTATTCCGGTGGATATCCACAAGGAAGAAGGGGTTTCTGCGGCGGAAGTGATCATGACC GTCCTCCACGCCGGCGGCAAGTTCGACGACAACACCTACAAGGTGTCCGGCGGCTTGCACGGTGTGGGCGTCTCGGTGGTGAACGCGCTGTCCCATGA ACTACGCCTGACCATCCGTCGCCACAACAAGGTCTGGGAACAGGTCTACCACCACGGCGTTCCGCAGTTCCCACTGCGCGAAGTGGGCGAGACCGATG GCTCCGGTACCGAAGTTCACTTCAAGCCGTCCCCGGAGACCTTCAGCAACATCCACTTCAGTTGGGACATCCTGGCCAAGCGCATCCGCGAGCTGTCC TTCCTCAACTCCGGCGTCGGCATCCTGCTGCGCGACGAGCGTACCGGCAAGGAGGAGCTGTTCAAGTACGAAGGCGGTCTGAAGGCCTTCGTCGAGTA CCTGAACACCAACAAGACCGCGGTGAACGAGGTATTCCACTTCAACGTCCAGCGTGAAGAGGACGGCGTGGGTGTGGAAGTCGCCTTGCAGTGGAACG ACAGCTTCAACGAGAACCTGCTCTGCTTCACCAACAACATCCCGCAGCGTGATGGCGGCACCCACCTGGCCGGTTTCCGTTCGGCGCTGACGCGTAAC CTGAACAACTACATCGAGGCCGAAGGCCTGGCGAAGAAATTCAAGATCGCCACCACCGGCGACGATGCCCGCGAAGGCCTCACCGCGATCATCTCGGT GAAGGTACCGGACCCGAAGTTCAGCTCGCAGACCAAGGACAAGCTGGTCTCCTCCGAGGTGAAGACTGCGGTGGAACAGGAGATGGGCAAGTACTTCG CCGACTTCCTGCTGGAGAATCCCAACGAAGCCAAGGCCGTGGTCGGCAAGATGATCGACGCCGCCCGTGCCCGCGAGGCCGCGCGCAAGGCGCGCGAG ATGACCCGCCGCAAGGGCGCGCTGGACATCGCCGGCCTGCCCGGCAAACTGGCCGATTGCCAGGAAAAGGACCCGGCGCTCTCCGAACTGTACATCGT GGAGGGTGACTCCGCGGGCGGTTCCGCCAAGCAGGGCCGCAATCGCCGGACCCAGGCGATCCTGCCGCTCAAGGGCAAGATCCTCAACGTCGAAAAGG CGCGCTTCGACAAGATGCTCTCCTCCCAGGAGGTCGGTACGCTGATCACCGCCCTGGGCTGTGGCATCGGCCGCGAGGAATACAACATCGACAAGCTG CGCTACCACAACATCATCATCATGACCGATGCTGACGTCGACGGTTCGCACATCCGCACCCTGCTGTTGACCTTCTTCTTCCGCCAGATGCCCGAGCT GATCGAGCGTGGCTACATCTACATCGCCCAGCCCCCGTTGTACAAGGTCAAGCGCGGCAAGCAGGAGCAGTACATCAAGGACGACCAGGCCATGGAAG AGTACATGACCCAGTCGGCCCTGGAAGACGCCAGCCTGCACGTCAACGAGCACGCTCCGGGCCTGTCCGGGGCGGCGCTGGAGAAACTGGTCAACGAG TATCGCGGGGTGATCGCCACCCTCAAGCGCCTGTCGCGCCTGTACCCCCAGGAGCTGACCGAGCACTTCATCTACCTGCCTACCGTGTCGGTGGACGA CCTGGCTAACGAGTCGGCCATGCAGGGCTGGTTGGAGAAGTTCCAGGCGCGCCTGACCGCCGCCGAGAAGTCCGGCCTGACCTACAAGGCCAGCCTGC GCGAAGACCGCGAGCGCCACCTGTGGCTGCCCGAGGTGGAACTGGTGGCCCACGGCCTGTCCAGCTACGTCACCTTCAACCGTGACTTCTTCGCCAGC AATGACTACCGCTCGGTGTCACTGCTCGGCGACCAGCTGAACAGCCTGCTGGAAGACGGCGCCTACGTGCAGAAGGGTGAGCGCAAGCGCCCGATCAG CGCCTTCAAGGACGGCCTGGACTGGCTGATGGCCGAAGGTACCAAGCGCCACAGCATCCAGCGATACAAGGGGCTGGGCGAGATGAACCCTGAGCAGC TGTGGGAAACCACCATGGATCCGAACGTCCGGCGCATGCTCAAGGTGACCATCGAGGACGCCATCGCCGCCGACCAGATCTTCAACACCCTGATGGGC GATGCCGTGGAGCCGCGCCGCGACTTCATCGAAAGCAACGCGCTGGCGGTGTCGAACCTGGACGTGTGA Amplicon Size: 127 bp PaGyr_For: CCTGCTGTTGACCTTCTTCT PaGyr_Rev: CTGGTCGTCCTTGATGTACTG Primer Tm: 62⁰C BLAST: Will align to multiple Pseudomonasaeruginosa Secondary structure: Good Primer related SNPs: No SNPs annotated in region PaGyr_probe: /5Cy3/CGAGCGTGGCTACATCTACATCGC/3IABkRQSp/ Probe related SNPs: No SNPs annotated in region Tm 68⁰C EcYcc ATGAAAACCGGCATCGTGACCACCTTGATTGCATTATGTTTGCCGGTATCCGTTTTTGCCACCACGCTGCGGCTTTCAACCGATGTCGATCTTCTGGTACT CGACGGCAAGAAGGTTTCCAGCTCTCTGCTGCGCGGTGCGGACAGCATTGAACTGGATAATGGACCGCATCAGTTAGTGTTTCGCGTTGAGAAGACGATTC ATCTTTCCAATAGTGAAGAACGGCTGTATATCTCCCCACCGCTGGTGGTCAGTTTTAATACCCAGCTCATCAACCAGGTCAATTTTCGCCTGCCTCGCCTG GAGAATGAGCGGGAAGCTAACCATTTTGATGCCGCGCCGCACCTTGAATTGTTGGATGGCGATGCGACGCCAATTCCGGTAAAGCTGGATATTCTCGCCAT TACCTCAACGGCAAAAACGATTGATTATGAGGTCGAGGTTGAACGCTATAACAAATCCGCGAAACGCGCTTCACTACCGCAATTTGCCACGATGATGGCAG ATGACAGTACGCTGCTTTCGGGTGTTTCCGAGCTGGATGCTATTCCACCGCAGTCTCAGGTGCTCACAGAACAACGGCTGAAGTATTGGTTTAAACTGGCT GACCCACAAACGCGAAATACTTTCCTGCAATGGGCGGAAAAACAACCATCTTCCTGA Amplicon Size: 99 bp EcYcc_For: CCAATTCCGGTAAAGCTGGATA EcYcc_Rev: GCGTTTCGCGGATTTGTTATAG Primer Tm: 62⁰C BLAST: Align to Escherichia coli Secondary structure: Okay Some minor, non-extendible, dimers are predicted to form Primer related SNPs: No SNPs annotated in region EcYcc_probe: TCTCGCCATTACCTCAACGGCAAA Tm 68⁰C Probe related SNPs: No SNPs annotated in region GADPH ATGACAACGAATTTGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAGGAGTAAGACCCCTGGACCACCAGCCCCAGCAAGAGCACA AGAGGAAGAGAGAGACCCTCACTGCTGGGGAGTCCCTGCCACACTCAGTCCCCCACCACACTGAATCTCCCCTCCTCACAGTTGCCATGTAGACCCCTTGA AGAGGGGAGGGGCCTAGGGAGCCGCACCTTGTCATGTACCATCAATAAAGTACCCTGTGCTCAACCAGTTA Amplicon Size: 87 bp GADPH_For: AGGGTGGTGGACCTCAT GADPH_Rev: CTCTCTTCCTCTTGTGCTCTTG Primer Tm: 62⁰C Secondary structure: Okay Primer related SNPs: No SNPs in region with frequency >0.1% GADPH_probe: /5Cy5/CCCACATGG/TAO/CCTCCAAGGAGTAAG/3IABkRQSp/Tm 68⁰C Probe related SNPs: No SNPs in region with frequency >0.1% PHỤ LỤC 6.1 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN KHUẨN GÂY NKBV BẰNG PHƯƠNG PHÁP MULTIPLEX REALTIME PCR VỚI PHƯƠNG PHÁP CẤY MÁU TRÊN MẪU BỆNH PHẨM DO BỆNH VIỆN THANH NHÀN CUNG CẤP ĐỢT Kết multiplex STT Mã bệnh nhân BN1 Âm tính Âm tính BN2 Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii BN3 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương BN4 Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia BN5 Âm tính Âm tính BN6 Âm tính Âm tính BN7 Âm tính Trực khuẩn Gr dương BN8 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus BN9 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 10 BN10 Escherichia coli Escherichia coli 11 BN11 Âm tính Âm tính 12 BN12 Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 13 BN13 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 14 BN14 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 15 BN15 Âm tính Nấm Candida knisie 16 BN16 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 17 BN17 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 18 BN18 Âm tính Âm tính realtime PCR Kết cấy máu Kết multiplex STT Mã bệnh nhân 19 BN19 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 20 BN20 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 21 BN21 Âm tính Citrobacter sp 22 BN22 Âm tính Âm tính 23 BN23 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 24 BN24 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 25 BN25 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 26 BN26 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 27 BN27 Âm tính Streptococus pneumonie 28 BN28 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 29 BN29 Âm tính Nấm Candida knisie 30 BN30 Âm tính Nấm Candida knisie 31 BN31 Escherichia coli Escherichia coli 32 BN32 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 33 BN33 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 34 BN34 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 35 BN35 Âm tính Âm tính 36 BN36 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 37 BN37 Âm tính Âm tính 38 BN38 Âm tính Streptococcus pneumonie 39 BN39 Âm tính Nấm Candida knisie 40 BN40 Âm tính Pseudomonas sp realtime PCR Kết cấy máu Kết multiplex STT Mã bệnh nhân 41 BN41 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 42 BN42 Âm tính Trực khuẩn Gr âm 43 BN43 Âm tính Trực khuẩn Gr dương 44 BN44 Âm tính Âm tính 45 BN45 Âm tính Citrobacter sp 46 BN46 Escherichia coli Escherichia coli 47 BN47 Escherichia coli Escherichia coli 48 BN48 Âm tính Cầu khuẩn Gr dương 49 BN49 Escherichia coli Escherichia coli 50 BN50 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 51 BN51 Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia 52 BN52 Escherichia coli Escherichia coli 53 BN53 Âm tính Tụ cầu da 54 BN54 Escherichia coli Escherichia coli 55 BN55 Âm tính Tụ cầu da 56 BN56 Âm tính Âm tính 57 BN57 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 58 BN58 Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 59 BN59 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 60 BN60 Âm tính Tụ cầu da 61 BN61 Âm tính Trực khuẩn Gram âm 62 BN62 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus realtime PCR Kết cấy máu Kết multiplex STT Mã bệnh nhân 63 BN63 Âm tính Tụ cầu da 64 BN64 Escherichia coli Escherichia coli 65 BN65 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 66 BN66 Âm tính Tụ cầu da 67 BN67 Âm tính Âm tính 68 BN68 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus realtime PCR Kết cấy máu PHỤ LỤC 6.2 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN KHUẨN GÂY NKBV BẰNG PHƯƠNG PHÁP MULTIPLEX REALTIME PCR VỚI PHƯƠNG PHÁP CẤY MÁU TRÊN MẪU BỆNH PHẨM DO BỆNH VIỆN THANH NHÀN CUNG CẤP ĐỢT Kết multiplex STT Mã NC Loại bệnh phẩm D1 Dịch phế quản Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae D2 Dịch phế quản Escherichia coli Escherichia coli D3 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus D4 Dịch phế quản Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae D5 Dịch phế quản Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa D6 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii D7 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii D8 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii D9 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 10 D10 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 11 D11 Dịch phế quản Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 12 D12 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 13 D13 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 14 D14 Dịch phế quản Âm tính Acinetobacter baumannii 15 D15 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 16 D16 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 17 D17 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 18 D18 Dịch phế quản Escherichia coli Escherichia coli 19 D19 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii realtime PCR Kết nuôi cấy Kết multiplex STT Mã NC Loại bệnh phẩm 20 D20 Dịch phế quản Escherichia coli Escherichia coli 21 D21 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 22 D22 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 23 D23 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 24 D24 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 25 D25 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 26 D26 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 27 D27 Dịch phế quản Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 28 D28 Dịch phế quản Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 29 D29 catheter Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 30 D30 catheter Escherichia coli Escherichia coli 31 D31 catheter Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 32 D32 catheter Klebsiella pneumonia Klebsiella pneumonia 33 D33 catheter Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 34 M1 máu Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 35 M2 máu Escherichia coli Escherichia coli 36 M3 máu Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 37 M4 máu Âm tính Klebsiella pneumonia 38 M5 máu Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 39 NT1 NT Escherichia coli Escherichia coli 40 NT2 NT Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 41 NT3 NT Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 42 NT4 NT Escherichia coli Escherichia coli realtime PCR Kết nuôi cấy Kết multiplex STT Mã NC Loại bệnh phẩm 43 NT5 NT Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 44 NT6 NT Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 45 Đờm Đờm Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 46 Đờm Đờm Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 47 Đờm Đờm Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 48 Đờm Đờm Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 49 Đờm Đờm 50 Đờm Đờm Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 51 Đờm 12 Đờm Escherichia coli Escherichia coli realtime PCR Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii Kết nuôi cấy Staphylococcus aureus PHỤ LỤC 6.3 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN KHUẨN GÂY NKBV BẰNG PHƯƠNG PHÁP MULTIPLEX REALTIME PCR VỚI PHƯƠNG PHÁP CẤY MÁU TRÊN MẪU BỆNH PHẨM DO BỆNH VIỆN ĐỨC GIANG CUNG CẤP STT Mã NC Mẫu Kết multiplex realtime PCR Kết nuôi cấy DG1 Đờm Âm tính Âm tính DG2 Đờm DG3 Đờm DG4 Đờm DG5 Đờm DG6 Đờm Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae Âm tính Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae Âm tính DG7 Đờm Âm tính Âm tính DG8 Đờm Âm tính Âm tính DG9 Đờm Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae 10 DG10 Đờm 10 Âm tính Âm tính 11 DG11 Đờm 11 Âm tính Âm tính 12 DG12 Đờm 12 Escherichia coli Âm tính 13 DG13 Nước tiểu Escherichia coli Klebsiella oxytoca 14 DG14 Nước tiểu 15 DG15 Nước tiểu 16 DG16 Nước tiểu Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa Âm tính Escherichia coli Escherichia coli Âm tính 17 DG17 Nước tiểu Âm tính Âm tính 18 DG18 Nước tiểu Âm tính Âm tính 19 DG19 Nước tiểu Âm tính Âm tính 20 DG20 Nước tiểu Âm tính Âm tính 21 DG21 Nước tiểu Âm tính Âm tính 22 DG22 Máu Escherichia coli 23 DG23 Máu Acinetobacter baumannii 24 DG24 Máu Klebsiella pneumoniae Escherichia coli Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae ... phân lập chủng vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện từ mẫu bệnh phẩm Nghiên cứu phát triển sinh phẩm multiplex realtime PCR phát tác nhân vi khuẩn thường gặp gây nhiễm khuẩn bệnh viện: A baumannii,... sinh phẩm multiplex realtime PCR phát số tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện khảo sát tính kháng kháng sinh? ?? với mục tiêu sau: Phân lập định danh chủng vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện phổ biến... vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện … 1.1.1 Lịch sử phát nghiên cứu nhiễm khuẩn bệnh viện …… 1.1.2 Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện …………………………… 1.1.3 Căn nguyên vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện