Hệ sinh thái được kiểm soát cả bởi các yếu tố bên ngoài và bên trong. Các yếu tố bên ngoài, hay cũng gọi là các yếu tố môi trường, kiểm soát cấu trúc tổng thể và cách thức vận hành của một hệ sinh thái, nhưng bản thân chúng lại không nhận ảnh hưởng bởi hệ sinh thái. Nhân tố quan trọng nhất trong số này là khí hậu. Khí hậu xác định khu hệ sinh cảnh (biome) trong đó hệ sinh thái được đặt vào.