Vùng trnH – psbA là một vùng không mã hóa nằm ở lục lạp. Vùng này có kích thước khoảng 340 – 660 bp và nằm giữa gen mã hóa cho protein D1 của hệ thống quang hóa II (photosystem II) và gen mã hóa cho ARN vận chuyển của histidin [47]. Vùng trnH – psbA có các tiêu chuẩn cần có của một mã vạch ADN như có chiều dài ngắn để dễ dàng khuếch đại và giải trình tự, có sự đa dạng cần thiết để nhận diện và có vùng bảo thủ để phát triển mồi chung [32]. Vùng trnH –
psbA là một trong các trình tự biến đổi nhanh nhất trong lục lạp do tốc độ tiến hóa nhanh. Hơn nữa, ở hai đầu của vùng này đều có vùng có tính bảo thủ cao nên có thể
dễ dàng khuếch đại sử dụng các mồi chung. Và một ưu điểm khác nữa là có trình tự đủ ngắn để khuếch đại các mẫu ADN có thể đã thoái biến do quá trình xử lý và bảo quản mẫu. Do các đặc điểm này nên vùng trnH – psbA là một vùng hữu ích trong nhận diện các cây thuốc từ loài giả mạo với nó. Ví dụ như vùng trnH – psbA đã được thành công trong nhận diện Illicium verum từ loài Illicium khác giả mạo cho nó. Nghiên cứu giải trình tự vùng trnH – psbA với loài Illicium verum và loài
Illicium khác cho thấy tỉ lệ khuếch đại thành công tại vùng này là 100% và tỉ lệ nhận diện thành công là 100% [50]. Hơn nữa, vùng trnH – psbA còn rất hiệu quả trong phân biệt các loài Dendrobium khác nhau với sự biến dị giữa các loài là 0,3 – 2,3% và tỉ lệ biến dị trong phạm vi loài là 0 – 0,1% [76]. Hiệu quả của trnH – psbA
còn được chứng minh bằng sự nhận diện thành công thảo dược Paris polyphylla
var. chinensis và Paris polyphylla var. yunnanensis được sử dụng trong y học cổ truyền với các loài giả mạo chế biến từ Valeriana jatamansi [75].
Mặc dù vùng trnH – psbA rất hữu ích trong nhận diện các loài thảo dược, nhưng nó cũng không thể nhận diện Citrus chachiensis từ Citrus grandis và một vài loài Citrus khác. Một nhược điểm của vùng trnH – psbA là không tạo ra các trình tự ngược chiều rõ ràng. Cùng với đó, sự có mặt của cấu trúc polyA/T trong vùng này làm giảm tỉ lệ giải trình tự thành công. Thêm nữa, sự chèn vào hoặc mất đi một nucleotid ở vùng này thường xuyên xảy ra, do đó việc so sánh giữa các trình tự trnH
– psbA gặp nhiều khó khăn [47].