Kĩ thuật microarray sử dụng mẫu dò là gen về cơ bản là giống với kĩ thuật microarray oligonucleotid ngoại trừ việc sử dụng các mẫu dò là các trình tự đặc trưng từ các vùng mã hóa. Mẫu dò có kích thước mở rộng toàn bộ gen, nằm trong khoảng 0.5 – 1.5 kb. Các bước chiết tách ADN, quá trình lai và thăm dò tương tự như kĩ thuật trên. Tuy nhiên, so với kĩ thuật microarray, các đoạn gen đặc trưng được sử dụng làm mẫu dò thay vì vài oligonucleotid từ một trình tự gen [53]. Một nghiên cứu sử dụng kĩ thuật này đã được thực hiện với 5 loài Dendrobium là
Dendrobium oficinale, D. loddigesii, D. fimbriatum, D. chrysanthum, D. nobile. Mẫu dò để nhận các loài Dendrobium được xây dựng dựa trên trình tự ITS. Trình tự ITS được gắn lên giá thể, trong đó các trình tự ITS2 được đánh dấu huỳnh quang
cho các tín hiệu đặc trưng của mỗi loài. Từ kết quả thu được cho thấy phương pháp đủ nhạy để thăm dò sự có mặt của Dendrobium nobile trong một hỗn hợp thảo dược chứa chín thành phần khác nhau [79]. So với kĩ thuật microarray sử dụng mẫu dò oligonucleotid, kĩ thuật này đặc hiệu hơn do sử dụng trình tự mẫu dò dài hơn. Tuy nhiên, nhược điểm chung của cả hai phương pháp này là không thích hợp trong nghiên cứu các loài khi chưa có đủ thông tin về bộ gen do những thông tin về bộ gen là cần thiết để thiết kế mẫu dò oligonucleotid hoặc thiết kế mồi.
Như vậy, bên cạnh các phương pháp marker dựa vào PCR và marker dựa vào giải trình tự, các marker thu được dựa vào phương pháp microarray cũng được sử dụng với mục đích nhận diện thảo dược. Phương pháp microarray đem lại một công cụ hiệu quả trong nhận diện thảo dược. Nếu như phương pháp marker dựa vào khuếch đại PCR có nhược điểm là việc thăm dò đa dạng được thực hiện trên gel do đó rất tốn thời gian công sức và làm giới hạn số mẫu được thăm dò thì phương pháp microarray lại tỏ ra có ưu điểm vượt trội vì cho phép một số lượng lớn các mẫu dò ADN lai với các đoạn ADN mục tiêu, do đó chúng rất chính xác và giúp tiết kiệm được công sức. Kĩ thuật microarray cho phép thăm dò nhiều loài khác nhau. Việc thăm dò sự có mặt của một thành phần trong một hỗn hợp các thành phần hay các sản phẩm đã qua chế biến, xử lý bằng nhiệt cũng đã được thực hiện. Tuy nhiên phương pháp này cũng có nhược điểm là cần một số lượng mẫu lớn và quá trình thực hiện tốn thời gian do quá trình lai kéo dài thường đòi hỏi là ủ qua đêm. Trong khi đó, các phương pháp khác lại tỏ ra là tiết kiệm thời gian hơn ví dụ như trong trường hợp nhận diện Panax giseng và Panax quinquefolius là một ví dụ. Phân biệt
Panax ginseng và Panax quinquefolius dựa vào giải trình tự vùng ITS sử dụng phương pháp pyrosequencing cho phép việc nghiên cứu đồng thời các mẫu chỉ trong vòng 15 phút [46]. Một nhược điểm nữa của các phương pháp microarray là nếu điều kiện không được thực hiện nghiêm ngặt thì sự lai chéo giữa các trình tự tương tự nhau sẽ xảy ra dẫn đến những dương tính giả.
Chương 3. Bàn luận