Sông Đồng Nai ñược ñánh giá là sông có tiềm năng thủy ñiện lớn ngoài hồ thủy ñiện Trị An ñã xây dựng, thì sông Đồng Nai tiếp tục dự kiến sẽ xây dựng thủy ñiện Đồng Nai 6, 6A. Việc xây dựng các công trình thủy ñiện sẽảnh hưởng ñến ñường di chuyển các loài cá ñặc biệt là các loài cá phải di cưñể sinh sản. Chẳng hạn, kết quả tác ñộng lên hệ sinh thái của việc xây dựng ñập thủy ñiện Trị An ñã làm biến mất 32 loài cá bản ñịa trên sông Đồng Nai.34Điều này không những ảnh hưởng làm sụt giảm sản lượng mà còn gây ra những tác ñộng về lâu dài như một số loài cá sẽ có nguy cơ bị tuyệt chủng do không thích nghi ñược với sự thay ñổi của môi trường, dẫn ñến thay ñổi cấu trúc quần thể các loài trên sông thay ñổi khó lường.
Nguồn lợi thủy sản trên hồ Trị An còn bị ñe dọa bởi tình trạng nuôi eo ngách vẫn diễn ra khá phổ biến. Các eo ngách thường là khu vực sinh sản của rất nhiều loài cá. Việc ñăng chắn nuôi eo ngách sẽ ngăn cản sự di chuyển của cá từ khu vực sinh sản trở lại dòng sông. Hoạt ñộng nuôi eo ngách trên hồ ñã bị nghiêm cấm theo văn bản 499/BTNMT-TNN ngày 08/02/2006 và công văn số 1050/VPCP-V.II, ngày 28/02/2006 của Văn phòng Chính phủ; công văn 3906/CV-UBT, ngày 13/07/2004 của Chủ tịch Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh Đồng Nai. Tuy nhiên, hiện nay trên hồ Trị An vẫn tồn tại khoảng 27 eo ngách quanh hồ, trong ñó khoảng 17 eo ngách ñược tận dụng ñể ñăng chắn nuôi trồng thủy sản.35
Đặc biệt tại các
33 Xem chi tiết tại phụ lục 5.
34 Nguyễn Thanh Tùng, Nguyễn Văn Trọng (2003).
khu vực eo ngách tập trung nhiều cá như Phú Cường, La Ngà. Tình trạng nuôi eo ngách phát triển quá mức sẽảnh hưởng xấu ñến nguồn lợi thủy sản trên hồ Trị An
Ô nhiễm nguồn nước là một trong những mối ñe dọa ñến sự sống của các loài thủy sản trên hồ Trị An. Việc quan trắc, giám sát chất lượng nước trên hồ Trị An ñược ñảm trách bởi cùng lúc 02 ñơn vị chuyên môn Trung tâm quan trắc thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai và Chi cục Thủy sản Đồng Nai phụ theo dõi chất lượng môi trường và cảnh báo dịch bệnh. Theo kết quả quan trắc của Sở Tài nguyên môi trường Đồng Nai, chất lượng nước trên hồ Trị An vẫn ở mức tốt, ít bị ô nhiễm hơn so với các khu vực khác, có thể dùng cho việc cấp nước sinh hoạt. Tần xuất phát hiện ô nhiễm qua các năm 2008-2009-2010 lần lượt là 17%-4%-7%.36 Tuy nhiên, kết quả khảo sát của tác giả về nguyên nhân làm suy giảm nguồn lợi thủy sản cho thấy một dấu hiệu ñáng lo ngại về tình trạng ô nhiêm nguồn nước trên hồ Trị An, 56,86% ngư dân tập trung tại khu vực xã La Ngà và Phú Cường huyện Định Quán cho rằng ô nhiễm nguồn nước là nguyên nhân gây suy giảm nguồn lợi thủy sản trên hồ trị An. Điều này ñược giải thích ở một sốñiểm cục bộ như tại khu vực xã La Ngà, Phú Cường- Huyện Định Quán tình trạng ô nhiễm vẫn xảy ra, xuất phát từ hoạt ñộng công nghiệp và hoạt ñộng sản xuất nông nghiệp, nuôi cá lồng bè.
Như vậy, nguồn lợi thủy sản trên hồ Trị An ñang phải ñối diện với những nguy cơ tiềm ẩn làm thay ñổi môi trường sống và cấu trúc loài trong quần thể.