Một phương thức điều phối giữa các agent là thông qua cấu trúc có tổ chức của mạng agent. Trong ngữ cảnh của các hệ thống trí tuệ nhân tạo phân tán, một cấu trúc có tổ chức được xem như một mẫu thông tin và điều khiển mối quan hệ giữa các cá thể. Những cấu trúc điều khiển này với các dạng như phân lớp, giao lớp, phẳng (flat) tương ứng với mối quan hệ phân quyền giữa các agent và phù hợp với dạng tương tác cộng đồng có thể xảy ra. Ví dụ như khi xây dựng một hệ thống các agent để chẩn đoán sự cố mạng điện, nhà thiết kế hệ thống phải đặc tả mô hình chức năng (agent 1 làm việc với các sự cố cao thế trong khi agent 2 làm việc ở mức hạ thế) hoặc đặc tả mô hình không gian(agent1 chịu trách nhiệm với các sự cố ở vùng 1, agent 2 chịu trách nhiệm với các sự cố điện ở vùng 2). Đối với các agent phân tán theo không gian, giả sử các vùng đó chồng lên nhau, khi đó sẽ gây ra sự dư thừa hành động của các agent. Do đó, chúng ta có thể cung cấp toàn bộ sự điều phối bằng cách đặc tả hành động nào mà một agent sẽ phải đảm nhiệm và có thể tránh như thế nào các công việc dư thừa được thực hiện bởi các agent khác.
Việc đặc tả mối quan hệ bằng cách cung cấp các cấu trúc có tổ chức là thông tin dài hạn (long-term) về các agent và cộng đồng xung quanh nó. Nó hỗ trợ tiến trình điều phối bằng sự đặc tả các hành động mà mỗi agent phải đảm nhiệm thông qua phương tiện phân chia không gian tìm kiếm. Mức độ chi tiết của các kiểu mẫu tổ chức agent được gọi là luật cộng đồng. Những agent trong cộng đồng ấy phải tuân theo tập luật này. Mỗi nhà lập trình được uỷ thác tuân theo tập luật này khi xây dựng agent riêng của anh ta. Quá trình thiết kế khá đơn giản vì giả định rằng tất cả các agent khác sẽ tuân theo luật đã định ra đó.
Khi một agent đóng một vai trò đặc biệt trong tổ chức của nó, trong thực tế là tạo ra một mức độ uỷ thác cao về loại hành động mà nó sẽ phải theo đuổi. Lấy ví dụ với trường hợp quản lý điện, nếu agent1 đảm nhiệm vai trò phát hiện sự cố điện cao áp, các agent khác sẽ kỳ vọng nó đảm nhiệm công việc trong vùng này. Chúng
sẽ đưa ra các quyết định sau đó để giải quyết bài toán của chúng dựa trên sự thừa nhận rằng agent 1 sẽ thực sự phải đối đầu với mọi sự cố liên quan đến mạng cao áp.
Mặc dù đây được coi là một cấu trúc dài hạn, nhưng nó được biểu diễn dưới các tổ chức khác nhau để thích hợp với các tình huống bài toán và yêu cầu hiệu năng khác nhau. Do đó với một tình huống phát sinh, cộng đồng có thể định lại tổ chức của nó theo chu kỳ để quyết định xem cấu trúc đó vẫn phù hợp hay phải sắp xếp lại để đạt được lợi ích tối đa. Lại xét ví dụ quản lý mạng điện, tổ chức có thể quyết định tốt nhất là thay thế agent chịu trách nhiệm phát hiện, dự đoán sự cố điện cao áp bằng một vài các agent phân tán theo không gian để làm giảm tải và độ trông cậy vào các agent.