Trớc yêu cầu nhiệm vụ phát triển kinh tế- xã hội đến năm 2010 và xa hơn nữa là 2020 theo hớng đa đất nớc chuyển dần sang thời kỳ phát triển mới, đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá, đặc biệt là trớc xu thế thơng mại hoá toàn cầu và khu vực, nhất là trong bối cảnh Việt Nam là thành viên của ASEAN, tham gia AFTA và sắp tới sẽ gia nhập WTO thì chính sách thuế xuất nhập khẩu hiện hành còn bộc lộ một số hạn chế nhất định.
- Do kết hợp quá nhiều mục tiêu kinh tế-xã hội khác nhau đã làm cho chính sách thuế không đảm bảo tính tập trung, thống nhất và công bằng, gây khó khăn cho công tác quản lý thu thuế, tạo kẽ hở trốn thuế cho ngời nộp thuế, hạn chế tác dụng của chính sách thuế.
- Thuế xuất nhập khẩu nhìn chung còn cao và còn quá nhiều mức. Điều này tuy cũng có u điểm là bảo hộ đến từng doanh nghiệp và từng nhóm doanh nghiệp sản xuất, nhng lại làm cho biểu thuế phức tạp, gây khó khăn trong quản lý. Nó là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng buôn lậu, nhập lậu làm mất ổn định thị trờng và gây tổn hại đến sản xuất trong nớc.
- Thuế nhập khẩu còn gồm cả thuế doanh thu và thuế tiêu thụ đặc biệt lên rất cao, tuy thuận tiện cho thu thuế tập trung nhng không phù hợp với thông lệ quốc tế, dễ bị hiểu lầm là Việt Nam quá bảo hộ hàng trong nớc, là hạn chế nhập khẩu vào Việt Nam.
- Ngoài thuế còn có phụ thu đối với một số mặt hàng có tỷ suất lợi nhuận cao, tuy có tạo nguồn cho quỹ bình ổn giá nhng lại phức tạp và không phù hợp với thông lệ quốc tế.
- Bên cạnh các mặt hàng có thuế suất cao, diện không thu thuế hoặc diện mặt hàng có thuế suất 0%, 1% hoặc 2% rất nhiều dẫn đến sơ hở, bất hợp lý, không bao quát hết nguồn thu và không khuyến khích sản xuất trong nớc.
- Biểu thuế xuất nhập khẩu của ta hiện nay đã có nhiều thay đổi đợc xây dựng trên cơ sở danh mục điều hoà (HS), tạo điều kiện cho việc thực hiện phân loại hàng hoá song vẫn còn hạn chế, danh mục hàng hoá tính thuế còn đơn giản, gây khó khăn cho việc xác định mức thuế suất cho các hàng hoá không có trong bảng mã thuế quan. Bên cạnh đó vấn đề dịch thuật với biểu thuế nhập khẩu hiện hành cha thật chuẩn, một số mặt hàng có thể áp dụng nhiều mã số thuế đã tạo kẽ hở cho gian lận trốn thuế.
- Hệ thống thuế của Việt Nam còn nhiều hạn chế, cha phù hợp với xu thế chung của các nớc trong khu vực và thế giới, sẽ gây khó khăn cho quá trình hoà nhập nền kinh tế quốc gia vào nền kinh tế thế giới.
Ngoài ra hiện nay còn có một số mặt hàng nhập khẩu thuộc diện Nhà nớc quản lý giá. Việc áp dụng giá tính thuế tối thiểu nh hiện nay cha phù hợp với quy
định của quốc tế mà Việt Nam đã và sẽ phải cam kết thực hiện khi gia nhập ASEAN và WTO.
Những tồn tại của bản thân chính sách thuế xuất nhập khẩu cùng với những hạn chế trong việc tổ chức thực hiện, điều hành đòi hỏi phải tích cực sửa đổi cho phù hợp với tình hình, nhiệm vụ mới, phù hợp với xu thế Việt Nam và gia nhập các tổ chức thơng mại khu vực và quốc tế.