Cơ sở của phương pháp này là dựa vào khả năng tự làm sạch của đất và nguồn nước. Do điều kiện của các cơ sỏ chăn nuơi heo thường cĩ diện tích lớn, đây là điều kiện cần thiết để áp dụng hiệu quả phương pháp sinh học tự nhiên trong xử lý nước thải chăn nuơi heo. Việc xử lý nước thải chăn nuơi heo được thực hiện hiệu quả trên các cơng trình :
Cánh đồng tưới
Dẫn nước thải theo hệ thống mương đất trên cánh đồng tưới, dùng bơm và ống phân phối phun nước thải lên mặt đất. Một phần nước bốc hơi, phần cịn lại thấm vào đất để tạo độ ẩm và cung cấp một phần chất dinh dưỡng cho cây cỏ sinh trưởng.
Phương pháp này chỉ được dùng hạn chế ở những nơi cĩ khối lượng nước thải nhỏ, vùng đất khơ cằn xa khu dân cư, độ bốc hơi cao và đất luơn thiếu độ ẩm.
Hồ sinh học hiếu khí
Cĩ diện tích rộng, chiều sâu cạn. Chất hữu cơ trong nước thải được xử lý chủ yếu nhờ sự cộng sinh giữa tảo và vi khuẩn sống ở dạng lơ lửng. Ơxy cung cấp cho vi khuẩn nhờ sự khuếch tán qua bề mặt và quang hợp của tảo. Chất dinh dưỡng và CO2 sinh ra trong quá trình phân hũy chất hữu cơ được tảo sử dụng. Hồ hiếu khí cĩ hai dạng : (1) cĩ mục đích là tối ưu sản lượng tảo( cĩ chiều sâu cạn 0,15 – 0,45 m); (2) tối ưu lượng ơxy cung cấp cho vi khuẩn ( chiều sâu hồ khoảng 1,5 m). Để đạt hiệu quả tốt cĩ thể cung cấp ơxy bằng cách thổi khí nhân tạo.
Hồ sinh học tùy nghi
Trong hồ tùy nghi tồn tại 03 khu vực: (1) khu vực bề mặt, nơi đĩ chủ yếu vi khuẩn và tảo sống cộng sinh; (2) khu vực đáy, tích lũy cặn lắng và cặn này bị phân hủy nhờ vi khuẩn kị khí; (3) khu vực trung gian, chất hữu cơ trong nước thải chịu sự phân hủy của vi khuẩn tùy nghi. Cĩ thể sử dụng máy khuấy để tạo điều kiện hiếu khí trên bề mặt khi tải trọng cao. Tải trọng thích hợp dao động trong khoảng 70 – 140 kg BOD5/ha ngày. (14)