- Hiện nay quan điểm và nhận thức về vai trò của lâm trường còn nhiều ý kiến khác nhau, nên sự chỉ đạo của các cấp, các ngành trong việc sắp xếp đổi mới lâm trường còn nhiều lúng túng.
- Tiêu chí sắp xếp lâm trường chưa hoàn chỉnh, vì chỉ dựa vào diện tích các loại rừng và tỷ trọng diện tích rừng phòng hộ so với tổng diện tích đất lâm nghiệp hiện có của lâm trường, không đề xuất đến các yếu tố về nguồn lực, khả năng quản lý và tổ chức sản xuất, kinh doanh của lâm trường.
- Vai trò quản lý Nhà nước của các cấp chính quyền địa phương, đặc biệt là chính quyền các xã và Hạt Kiểm lâm sở tại chưa kết hợp chặt chẽ và đồng bộ với lâm trường trong công tác quản lý, bảo vệ rừng và xử lý các vi phạm về rừng.
- Chính sách mới liên quan đến việc sắp xếp và đổi mới lâm trường được ban hành nhưng việc hướng dẫn chậm, thiếu đồng bộ và nhất quán.
- Thiếu kính phí cho việc xây dựng và thực hiện việc chuyển đổi mà chủ yếu là kinh phí rà soát diện tích, ranh giới các loại rừng, các loại đất lâm nghiệp hiện đang quản lý, sử dụng.
- Chưa có kinh phí cấp bổ sung vốn cho lâm trường trong trường hợp lâm trường thiếu vốn sản xuất, kinh doanh theo chính sách của Nhà nước do chu kỳ kinh doanh của cây rừng dài, lợi nhuận thấp, chịu ảnh hưởng nhiều của điều kiện tự nhiên, xã hội. Mặc dù có chính sách của Nhà nước nhưng các ngân hàng vẫn không dám cho vay nhiều.
- Chưa có kinh phí để giải quyết chính sách cho lực lượng lao động dôi dư trong quá trình đổi mới lâm trường.