Mặc dù đã tiến hành thẩm định các nội dung của dự án từ tổng quát đến cụ thể chi tiết, tuy nhiên trong quá trình thẩm định từng nội dung vẫn gặp phải nhiều khó khăn, tồn tại như:
- Khi thẩm định khía cạnh thị trường của dự án, trong hồ sơ dự án, khách hàng đưa ra các con số dự kiến về giá cả sản phẩm, nhu cầu thị trường trong tương lai… Để thẩm định những nội dung này, cán bộ thẩm định thường căn cứ vào các nguồn thông tin thu thập trên mạng. Tuy nhiên những thông tin này lại rất nhiều chiều gây khó khăn trong quá trình phân tích đánh giá.
- Khi thẩm định khía cạnh kỹ thuật của dự án do thiếu chuyên môn với các kiến thức chuyên môn về xây dựng nhất là đối với các dự án BĐS, nên cán bộ thẩm định gặp khó khăn trong quá trình thẩm định các nội dung này của dự án, thường chỉ căn cứ trên những thông số mà khách hàng đưa ra. Đối với các dự án lớn, công ty phải thuê các chuyên gia trong lĩnh vực này giúp đỡ, điều này khiến chi phí thẩm định dự án tăng cao. - Đối với khía cạnh tài chính của dự án: cán bộ thẩm định thường chỉ tập
trung tới các chỉ tiêu: NPV, IRR, thời gian hoàn vốn đầu tư để đánh giá hiệu quả tài chính của dự án mà bỏ qua một số chỉ tiêu khá quan trọng như DSCR… Và khi xác định tổng mức đầu tư của dự án, cán bộ thẩm định vẫn chủ yếu dựa trên những tính toán mà chủ đầu tư đưa ra.
- Thẩm định khía cạnh kinh tế - xã hội của dự án: Nội dung này thường bị bỏ qua trong các báo cáo thẩm định.
- Đánh giá các rủi ro liên quan đến dự án: Việc đánh giá rủi ro của dự án đã được quan tâm nhiều hơn trong thời gian gần đây, tuy nhiên vẫn chưa thể đánh giá hết tất cả các rủi ro có thể xảy đối với dự án.