Các alen hiếm cũng đƣợc tìm thấy trong nghiên cứu này (bảng 3.1). Theo Jain và cộng sự (2004) alen đƣợc coi là hiếm nếu tần số xuất hiện của chúng nhỏ hơn hoặc bằng 5% tổng số các kiểu gen phân tích. Trong số các locus đa hình, tạo ra tổng cộng 61 alen hiếm. Chỉ thị RM287 cho số lƣợng alen hiếm cao nhất với 5 alen, tiếp đó là các chỉ thị RM307, RM19, RM241 và RM72 với 4 alen hiếm mỗi locus. Có 3 giống cho số alen hiếm nhiều nhất ở 6 locus đa hình đó là giống Tám thơm ấp bẹ (DS24), Thái Bonet thơm (DS36) và LC93-1 (DS50). Các alen hiếm ở trong tập đoàn giống sẽ cung cấp thông tin hữu ích cho các nhà di truyền học và chọn giống.
Ngoài ra, trong số các locus đa hình nghiên cứu có 11 locus cho các alen đặc trƣng ở 12 giống lúa nghiên cứu (bảng 3.2). Giống Nếp nõn tre (DS15) có thể nhận dạng đƣợc bằng chỉ thị RM276 và RM312 với kích thƣớc alen thu đƣợc khoảng 170 bp và 320 bp so với 60 giống lúa nghiên cứu. Ba chỉ thị là RM19, RM276 và RM241 cho hai alen đặc trƣng ở các giống. Tuy
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
nhiên các alen thu đƣợc có kích thƣớc khác nhau và giúp nhận dạng đƣợc các giống nhƣ Nếp 415, Thái Bonet thơm, Nếp vải, Nếp nõn tre, Nếp BM9603, Nếp nƣơng dạng 1, 2 với kích thƣớc alen lần lƣợt khoảng 290 bp, 250 bp, 200 bp, 170 bp, 190 bp và 185 bp.
Bảng 3.2. Các chỉ thị SSR cho alen đặc trưng ở 12 giống lúa
TT Số đăng ký Tên giống Tên chỉ thị SSR Kích thƣớc alen (bp) 1 DS1 Nếp bồ hóng Hải Dƣơng RM223 165 bp 2 DS6 Nếp Hải Phòng RM72 173 bp 3 DS9 Nếp 415 RM547, RM19 220 bp, 290 bp 4 DS10 Nếp BM9603 RM241 190 bp 5 DS14 Nếp vải RM276 200 bp 6 DS15 Nếp nõn tre RM276,RM312 170 bp, 320 bp 7 DS17 Nếp MTL668 RM5 108 bp 8 DS19 Nếp nƣơng dạng 1, 2 RM241 185 bp 9 DS22 Khẩu pe RM247 210 bp 10 DS26 Tám cao cây RM190 129 bp
11 DS36 Thái Bonet thơm RM19 250 bp
12 DS55 ĐB6 RM287 130 bp
Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của một số mồi cho đa hình đƣợc thể hiện từ hình 3.2 đến hình 3.8.
Hình 3.2. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM18 với các
mẫu lúa D1 – DS60 tương ứng với số 1-60 (bảng 2.1)
125 bp
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Dựa vào kết quả điện di thể hiện trên hình 3.2, cho thấy 60 giống lúa nghiên cứu cho băng DNA gọn, rõ nét. Kích thƣớc các băng dao động từ 110 bp đến 120 bp hoàn toàn phù hợp với kích thƣớc lý thuyết của các cặp mồi.
Hình 3.3. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM510 với các
mẫu lúa DS1 - DS25 tương ứng với số 1-25 (bảng 2.1)
Kết quả điện di cặp mồi RM510 thu đƣợc 4 alen đa hình, tuy tỉ lệ đa hình của các giống lúa không cao nhƣng băng DNA thu đƣợc gọn và rõ nét, kích thƣớc các băng phân tách rõ ràng. Đây là một yêu cầu rất quan trọng đối với một chỉ thị phân tử dùng trong nghiên cứu.
Hình 3.4. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM20 với các
mẫu lúa DS1 - DS25 tương ứng với số 1-25 (bảng 2.1)
Hình 3.5. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM17 với các
mẫu lúa DS1 – DS60 tương ứng với số 1-60 (bảng 2.1)
125 bp
150 bp
175 bp
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Cặp mồi RM17 cho tỷ lệ đa hình khá cao với 6 alen, kết quả đƣợc thể hiện trên hình 3.5. Dựa vào hình 3.5 cho thấy, kích thƣớc các băng DNA phân tách khá rõ ràng dao động trong khoảng từ 164 bp đến 189 bp. Có 5 giống có alen hiếm nằm ở giếng số 28, 35, 8, 20, 42 tƣơng ứng với các giống Jasmin 85 (DS28), nàng hoa 9 (DS35), nếp rồng Hà Bắc (DS8), khẩu nu na (DS20), Q5 (DS42).
Hình 3.6. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM223 với các
mẫu lúa DS1 - DS25 tương ứng với số 1-25 (bảng 2.1)
Cặp mồi RM223 cho 6 alen, trong đó có 1 alen đặc trƣng giúp nhận dạng giống nếp bồ hóng Hải Dƣơng (DS1) trong tổng số 60 giống lúa nghiên cứu, băng DNA tƣơng ứng với alen đặc trƣng này nằm ở giếng số 1 trên hình 7 và có kích thƣớc khoảng 165 bp. Alen đặc trƣng là công cụ hữu hiệu giúp nhận dạng các giống lúa hiện nay.
Hình 3.7. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM19 với các
mẫu lúa DS30 – DS55 tương ứng với số 1-25 (bảng 2.1) (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
150 bp
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Hình 3.8. Ảnh điện di trên gel polyacrylamide của cặp mồi RM72 với các
mẫu lúa DS1 – DS60 tương ứng với số 1-60 (bảng 2.1)
Cặp mồi RM72 là cặp mồi cho nhiều băng DNA đa hình nhất với 10 alen. Kích thƣớc các băng DNA dao động từ 162 bp đến 210 bp. Dựa vào kết quả điện di trên hình 7 cho thấy, giếng số 34, 36, 37, 40, 44 tƣơng ứng với các giống Basmati 370 (DS34), thái Bonet thơm (DS36), OM4101 (DS37), FL478 (DS40), KDĐB (DS44), xuất hiện cùng lúc hai băng DNA, điều đó chứng tỏ trên locus này có kiểu gen dị hợp tử. Kiểu gen dị hợp tử sẽ làm tăng tính đa dạng di truyền trong các giống lúa đồng thời cũng là nguồn vật liệu quan trọng cho công tác chọn tạo giống sau này. Ngoài ra cặp mồi RM72 còn cho 1 alen đặc trƣng kích thƣớc khoảng 173 bp giúp nhận dạng giống nếp Hải Phòng (DS6) của Việt Nam (giếng số 6 trên hình 3.8).