- Nhiều diện tích cà phê đã chuyển sang giai đoạn già cỗi.
Theo số liệu thống kê của Hiệp hội cà phê - Ca cao Việt Nam thì trong tổng số trên 500.000ha cà phê của cả nước hiện nay chỉ có khoảng 274.000ha, chiếm 54,8% được trồng ở giai đoạn từ năm 1993, trong độ tuổi từ 10 - 15 năm; 139.600 ha được trồng trong giai đoạn từ 1988 - 1993, đến nay ở tuổi từ 15 - 20 năm và 86.400 ha trồng từ trước năm 1988 đến nay đã trên 20 năm tuổi. Như vậy, trong thời gian 5 - 10 năm tới sẽ có trên 50% diện tích cà phê của Việt Nam đã hết thời kỳ kinh doanh có hiệu quả, phải cưa đốn phục hồi hoặc phải trồng lại.
- Trồng, chăm sóc không đúng quy trình kỹ thuật.
Trong thời gian qua nhiều năm giá cà phê lên cao, người trồng cà phê đã loại bỏ hoàn toàn cây che bóng, đồng thời tăng cường bón phân hóa học, tăng lượng nước tưới nhằm mục đích đạt được năng suất tối đa. Những biện pháp thâm canh cao độ này không những đã làm cho cây nhanh chóng bị kiệt sức, mau già cỗi, kích thích quả chín sớm làm giảm chất lượng mà còn làm cho môi trường đất bị ô nhiễm nghiêm trọng, phát sinh nhiều loại sâu, bệnh hại, trong đó đặc biệt là nấm bệnh và tuyến trùng hại rễ. Hiện nay, tuyến trùng hại rễ đang là một trong những đối tượng gây hại nghiêm trọng nhất đối với cây cà phê được trồng lại trên diện tích cà phê sau khi được thanh lý.
- Sản xuất nhỏ lẻ, phân tán, thiếu sự liên kết giữa "4 nhà'?
Trên 80% diện tích cà phê cả nước do các hộ nông dân trực tiếp quản lý diện tích nhỏ, lẻ trung bình từ 0,5 - 1ha và mang tính tương đối độc lập. Số hộ gia đình có diện tích lớn và sản xuất dưới hình thức trang trại chiếm một tỷ lệ không đang kể. Do hình thức tổ chức sản xuất dưới dạng hộ gia đình phân tán, nhỏ lẻ và tương đối độc lập dẫn đến chi phí đầu tư tăng cao, sản phẩm làm ra không đồng đều và kém ổn định. Người nông dân khó tiếp cận được với những tiến bộ khoa học công nghệ, thị trường cũng như các dịch vụ khác như vay vốn tín dụng, ngân hàng v.v. . từ đó dẫn tới việc xây dựng thương hiệu, chứng chỉ chất lượng hàng hóa v.v.. khó có thể thực hiện được.
- Các doanh nghiệp thiếu sự liên kết với nhau.
Nguyên nhân chính cơ bản là các doanh nghiệp Việt Nam chưa xác định được biện pháp nào để chống rủi ro trong quá trình tham gia vào hoạt động kinh doanh mà lấy cái giá của sàn Luân Đôn làm cơ sở kinh doanh. Do họ tham gia vào sàn kỳ hạn mà khi mua cà phê thì có tình trạng rất kém, thường họ theo một nguyên tắc kinh doanh là muốn đầu cơ khi giá lên để chờ lên cao hơn nữa mới chốt, nhưng trên thực tế khi chúng ta nghĩ nó lên thì nó lại xuống. Khi giá xuống các doanh nghiệp ôm lượng hàng rất lớn, có doanh nghiệp đến vài chục ngàn tấn. Cho nên chỉ cần một đêm mà giá xuống từ 100 đến 200 đô/tấn thôi thì rủi ro đã rất cao. Hầu hết các doanh nghiệp Việt Nam chết là vì nội dung này.”
Bên cạnh đó, mặc dù Nhà nước đã có quy định tiêu chuẩn chất lượng cà phê xuất khẩu, nhưng trên thực tế, một số DN xuất khẩu cà phê vẫn chưa thực hiện nghiêm tiêu chuẩn. Sản phẩm cà phê sơ chế sau khi bán cho các công ty nước ngoài, các công ty này tuyển chọn, chế biến lại và đóng tên sản phẩm của công ty đó để bán cho các nhà rang xay hoặc trực tiếp chế biến, dẫn đến thiệt hại về giá trị kinh tế. Riêng thị trường trong nước lại có tình trạng cạnh tranh không công bằng giữa các DN sản xuất cà phê bảo đảm chất lượng và các DN, cơ sở sản xuất cà phê giả, không bảo đảm chất lượng với giá thành rẻ hơn nhiều so với sản phẩm nguyên chất.