Trong thời gian cuối Mezozoi cho đến đầu Kainozoi, vùng Đông Nam Á nói chung và thềm lục địa Việt Nam nói riêng là một khối thống nhất, phân bố trong không gian rộng, đang phát triển ổn định theo chế độ kiến tạo của miền nền. Chế độ kiến tạo này còn kéo dài đến đầu Eoxen. Bước vào đầu Eoxen, xảy ra sự va chạm mạnh giữa lục địa Ấn Độ và lục địa Âu – Á. Do ảnh hưởng mạnh của các hoạt động kiến tạo mang tính khu vực, đặc biệt là hoạt động tạo núi Hymalaya, trên phạm vi Đông Nam Á nói chung và thềm lục địa Việt Nam nói riêng tồn tại chế độ kiến tạo rất phức tạp: song song tồn tại các chuyển động tách giãn, chồng lấn, cuốn hút, tạo rift. Các đứt gãy sâu hình thành trước đây tái hoạt động, kéo theo sự hình thành hàng loạt các hệ thống các đứt gãy với quy mô nhỏ hơn, phân cắt địa hình nền tương đối ổn định thành các khối. Các khối nâng lên, sụt xuống với biên độ rất khác nhau, đặt nền móng cho việc hình thành các đơn vị cấu trúc lớn như các bể trầm tích Cửu Long, Nam Côn Sơn, Đới nâng Côn Sơn...
Vào thời kỳ Eoxen giữa, xuất hiện vành đai magma dài tới rìa mảng Đông Dương và dẫn đến hàng loạt các đứt gãy cũ tái hoạt động, đồng thời xuất hiện thêm các đứt gãy mới. Các dung dịch magma dưới sâu theo các đứt gãy xuyên lên phía trên, lấp đầy, tạo thành các đai mạch, góp phần làm phức tạp hoá các cấu trúc có trước. Thềm lục địa Sunda cũng như toàn thềm lục địa Đông Nam Á chịu ảnh hưởng nhiều lần của các quá trình kiến tạo (uốn nếp và magma) cho nên móng trước Kainozoi bị vò nhàu và bất đồng nhất về tuổi cũng như thành phần vật chất.
Hình 3.12: Quá trình phát triển địa chất bể Cửu Long
(Địa chất và tài nguyên dầu khí Việt Nam)