Ở bể Cửu Long tồn tại các hệ thống đứt gẫy theo phương Đông Bắc - Tây Nam, Á Đông - Tây, Tây Bắc - Đông Nam và Bắc - Nam trong đó hướng Đông Bắc - Tây Nam là phương chủ đạo.
+ Hệ thống đứt gẫy phương Đông Bắc - Tây Nam: Gắn liền với quá trình tạo Rift,
là yếu tố chính khống chế đới trung tâm Rồng - Bạch Hổ. Các đứt gẫy có biên độ dịch chuyển trong Oligocen dưới trong khoảng 2001000m và tăng dần 6001500m vào đầu Oligocen muộn rồi lại giảm xuống 100200m vào cuối Oligocen và đầu Miocen.
+ Hệ thống đứt gẫy Đông - Tây: Hệ thống này có tuổi hoạt động trẻ hơn phân cắt
các đứt gẫy của hệ thống Đông Bắc - Tây Nam. Nhiều chỗ đã quan sát rõ hiện tượng dịch chuyển ngang theo mặt trượt Đông Tây. Các đứt gẫy hệ thống này phổ biến ở các lô 16 và 17, biên độ dịch chuyển có thể đạt tới 2001000m vào Oligocen và giảm dần vào Miocen.
Ngoài các hệ thống đứt gẫy chính trên, bể Cửu Long còn tồn tại các hệ thống đứt gẫy mang tính địa phương sau:
+ Hệ thống đứt gẫy Tây Bắc - Đông Nam: Hệ thống này chỉ phát hiện ở lô 15 với
biên độ nhỏ 200800m vào trước Miocen sau đó giảm dần.
+ Hệ thống đứt gẫy Bắc - Nam: Là các đứt gẫy nằm ở khu vực Bắc của bể với biên
độ nhỏ và chiều dài thường dưới 10km.
+ Hệ thống đứt gẫy đồng trầm tích: Thường xẩy ra cùng thời gian với quá trình
trầm tích, các đứt này có chiều dài không quá 45km.
+ Hệ thống đứt gẫy sau trầm tích: Chiếm đa số ở bể Cửu Long, chúng có chiều dài
lớn và biên độ từ vài trăm mét đến 2000m. Các đứt gẫy này tập trung phía Tây bể Cửu Long ít hơn phía Đông và Đông Bắc.
Các hệ thống đứt gẫy chính có biên độ lớn tạo nên các đới nứt nẻ trong khối nhô móng làm tăng độ rỗng, độ thấm của tầng móng và tầng móng trở thành tầng chứa quan trọng của bể Cửu Long. Ngoài ra, sau khi tích tụ dầu khí đã được hình thành nhưng do quá trình kiến tạo, các đứt gẫy hoạt động mạnh mẽ xuyên cắt qua bẫy nên dầu khí trong bẫy sẽ dịch chuyển đi chỗ khác, nơi có điều kiện thuận lợi để chứa nó.
Tóm lại, đứt gẫy vừa có thể đóng vai trò trong tạo bẫy chứa và chắn dầu khí, nhưng nó lại vừa có thể đóng vai trò phá huỷ. Do đó việc nghiên cứu kiến tạo cho vùng hay một cấu tạo là công việc hết sức quan trọng, phục vụ cho công tác tìm kiếm - thăm dò.