Để nâng cao hiệu quả của thanh tra ngân hàng cần:
Cùng với sự hội nhập ngày càng giă tăng của nền kinh tế nước ta vào nền kinh tế thế giới, buộc hệ thống ngân hàng Việt Nam phải có những chuyển biến mạnh mẽ và nhanh chóng để có thể nắm bắt được các cơ hội và đối phó có hiệu quả với những nguy cơ; đảm bảo các điều kiện cần thiết cho sự tồn tại và phát triển vững mạnh cho hệ thống tài chính, tiền tệ nước nhà trong mội trường mở cửa và tự do hoá hệ thống tài chính.
Là công cụ quan trọng trong quản lý nhà nước về lĩnh vực tài chính ngân hàng, do đó yêu cầu đổi mới tổ chức và hoạt động thanh tra ngân hàng là hết sức cấp bách khẩn trương, đòi hỏi một sự thay đổi sâu sắc và toàn diện để có thể ngang tầm với khu vực và quốc tế. Tại thông báo kết luận số 191-TB/TW của Bộ chính trị về mục tiêu, giải pháp phát triển ngành ngân hàng đến năm 2010, định hướng đến năm 2020, đã khẳng định: “nghiên cứu hệ thống thanh tra trực thuộc NHNN về lâu dài, có thể trực thuộc chính phủ để làm nhiệm vụ thanh tra cho cả lĩnh vực tài chính, bảo hiểm, chứng khoán và hoạt động tín dụng”
Mục tiêu đổi mới là phải tạo ra một tổ chức thanh tra chuyên ngành độc lập và hiệu lực. Tổ chức mới này phải khắc phục được những nhược điểm đã nêu trên của mô hình tổ chức, của cơ chế chỉ đạo điều hành trong hoạt động thanh tra giám sát đối với lĩnh vực tiền tệ và hoạt động không chỉ của hệ thống ngân hàng mà tiến tới đối với cả hệ thống tiền tệ quốc gia. Ngoài ra, xu thế toàn cầu hoá và hội nhập với khu vực và với thế giới trong lĩnh vực ngân hàng cũng đòi hỏi đổi mới của thanh tra ngân hàng Việt Nam về tổ chức bộ máy, nội dung nghiệp vụ, cách thức phương pháp cũng như cơ chế điều hành, giám sát của thanh tra ngân hàng phải phù hợp với chuẩn mực và thông lệ quốc tế.