Luật các TCTD và các quy định có liên quan hiện nay đã tạo khung pháp lý tương đối hoàn thiện về an toàn hoạt động ngân hàng. NHNN là cơ quan duy nhất chịu trách nhiệm giám sát an toàn hoạt động ngân hàng. Trong Luật NHNN có quy định NHNN cần phối hợp với các cơ quan Chính phủ khác, nhưng dường như việc hợp tác này mới dừng lại ở những khía cạnh kinh tế và tiếp cận dịch vụ ngân hàng chứ chưa đi vào các vấn đề an toàn hoạt động.
Ngoài ra, khung pháp lý ở Việt Nam hiện nay cũng chưa có các quy định về việc bảo vệ đối với đội ngũ thanh tra, giám sát ngân hàng khi thực thi nhiệm vụ của mình một cách đúng đắn và hợp lý.
Các quy định để hỗ trợ áp dụng phương pháp thanh tra trên cơ sở rủi ro đến nay vẫn chưa có, như các quy định về các loại rủi ro, cơ chế đánh giá, đo lường rủi ro mà hiện các TCTD đang phải đương đầu và thực tế các TCTD đã phải chịu những tổn thất như rủi ro
hoạt động, rủi ro thị trường, rủi ro công nghệ..., các quy định về quản trị rủi ro nội bộ của TCTD. Bên cạnh đó, các quy định làm nền tảng cho hoạt động thanh tra hiện nay cũng chưa được ban hành đầy đủ như quy trình thanh tra phúc tra, quy chế xét giải quyết khiếu nại tố cáo trong ngành ngân hàng, các quy định đảm bảo quyền lợi vật chất, tinh thần cho cán bộ thanh tra cả trước mắt và lâu dài để cán bộ thanh tra an tâm phấn đấu và chuyên tâm với nghề.
Hoạt động của TCTD được điều chỉnh bởi nhiều văn bản pháp luật và các văn bản dưới luật. Tuy nhiên, những văn bản này có nhiều trường hợp chưa rõ ràng, thiếu đồng bộ làm cho việc áp dụng của các TCTD chưa thống nhất; căn cứ để thanh tra ngân hàng kết luận vi phạm của TCTD không đầy đủ, chặt chẽ làm cho hiệu lực thanh tra bị hạn chế.
Hiện tại, việc ghi nhận trong công tác kế toán của các TCTD Việt Nam chưa thật phù hợp với chuẩn mực và thông lệ quốc tế. Điều này dẫn đến những đánh giá của các thanh tra viên về một TCTD trên các khía cạnh vốn, dự phòng, tỷ lệ an toàn, thu chi tiền mặt, có một sự khác biệt so với những đánh giá dựa trên những chuẩn mực quốc tế. Đây thực sự là thách thức cho hoạt động của thanh tra ngân hàng, đặc biệt khi lĩnh vực tài chính ngân hàng được mở cửa mạnh mẽ.