Tỡnh hỡnh ỳng ngập trong hệ thống đang là vấn đề nan giải cần giải quyết kịp thời. Nguyờn nhõn ỳng ngập phải kể đến diễn biến thời tiết bất thường trong những năm gần đõy, địa hỡnh của hệ thống cao thấp xen kẽ nhau chưa đảm bảo tiờu cho những vựng đất cú cao độ đất thấp, mạng lưới sụng ngũi dày đặc nhưng toàn bộ lượng nước trong đồng tiờu được là phụ thuộc hoàn toàn vào thủy triều.
Một trong những nguyờn nhõn nữa là một số cỏc cụng trỡnh đó được xõy dựng từ những năm 1960 vớimứcđảm bảo tiờu thấp. Những cụng trỡnh tiờu thiết kế trong những năm 90 của thế kỷ trướcđược thiết kế với hệ số tiờu 5,75 l/s/ha nay vẫn hoạt động. Nhiều cụng trỡnh tiờu cú thời gian phục vụ dài nay đó bị xuống cấp nhưng vẫn chưa được duy tu bảo dưỡng kịp thời, khụng đỏp ứng được yờu cầu tiờu nước ngày càng cao nhưđó giới thiệuở phần đỏnh giỏ thực trạng cụng trỡnh.
Trong những năm gần đõy do tỏc động của biến đổi khớ hậu toàn cầu gõy mưa lớn, mưa tập trung với cường độ cao đó xảy ra thường xuyờn hơn, mực nước chõn triều cao hơn, thời gian tiờu bị rỳt ngắn trong khi đú cõy trồng nhất là lỳa gieo
cấy trong hệ thống đều là giống thấp cõy, ngắn ngày cho năng suất cao nhưng khả năng chịu ỳng, chịu ngập rất kộm.
Cựng với quỏ trỡnh phỏt triển kinh tế - xó hội, quỏ trỡnh cụng nghiệp hoỏ và đụ thị hoỏ trờn hệ thốngđang diễn ra với cườngđộ mạnh đó cú những tỏc động tiờu cựcđến kết cấu hạ tầng cụng trỡnh thủy lợi. Đú là yờu cầu sử dụng nước và yờu cầu tiờu nước ngày một tăng trong khi đú năng lực hoạt động của cỏc cụng trỡnh tiờu đó xõy dựng chỉ cú hạn. Mặt khỏc, tỡnh trạng lấn chiếm lũng kờnh, bờ kờnh để sản xuất kinh doanh cựng tỡnh trạng xả thải tự do xuống dũng chảy của kờnh mương làm cho mặt cắt kờnh bị biến dạng, bị bồi lắng và gõy tắc nghẽn dũng chảy, làm hạn chế khả năng dẫn nước và chuyển nước của kờnh.