1. Do đặc điểm kinh doanh của khu vực kinh tế NQD
Một là: Khu vực NQD là khu vực kinh tế có số lượng đối tượng kinh doanh
doanh nghiệp và 70% hộ cá thể thuộc khu vực kinh tế NQD hoạt động trên lĩnh vực thương mại và dịch vụ để kiếm chênh lệch giá, không tạo ra giá trị hàng hoá. Do thiếu vốn để sản xuất và mở rộng sản xuất kinh doanh là phổ biến đối với khu vực này.
Hai là: Trình độ văn hoá, trình độ quản lý, trình độ công nghệ còn thấp so
với khu vực kinh tế Nhà nước và khu vực đầu tư nước ngoài nên chưa chịu đi sâu tìm hiểu luật thuế để thực hiện mà còn chông chờ để được phổ biến nên khi áp dụng không tránh khỏi lúng túng dẫn đến thực hiện sai luật ngoài ra năng suất lao động và GDP bình quân một lao động tạo ra cũng còn thấp so với hai khu vực kinh tế trên.
Ba là: Khu vực kinh tế NQD có một bộ phận lớn người kinh doanh có doanh
thu, có thu nhập nhưng đối tượng được miễn giảm thuế như: Hộ sản xuất mới thành lập, hộ kinh doanh có thu nhập thấp, đánh bắt hải sản xa bờ, kinh doanh vận tải thô sơ (xe ôm, xe lôi, xe xúc vật kéo). Năm 2000 và năm 2001 số lượng các doanh nghiệp thành lập nhiều, thuộc đối tượng được ưu đãi miễn giảm thuế, ngoài ra còn một bộ phận những người làm kinh tế tư nhân và vệ tinh tham gia vào các quá trình sản xuất của doanh nghiệp Nhà nước hoặc doanh nghiệp đầu tư nước ngoài, nghĩa vụ nộp ngân sách được tính chung cho khu vực kinh tế Nhà nước và khu vực đầu tư nước ngoài.
Bốn là :Do khu vực này vẫn còn một số trường hợp cố tình làm sai nhằm trốn thuế, giảm thuế phải nộp bằng cáng hạch toán sai với qui định.
2. Do quản lý của cơ quan thuế còn yếu kém
Một là: Nhiều địa phương chưa tranh thủ được sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp
uỷ và chính quyền địa phương, sự phối hợp của các ngành chưa hình thành bộ phận cưỡng chế, thiếu những biện pháp kiên quyết trong việc xử lý các sai phạm từ phía cơ quan thuế dẫn đến hiệu quả của công tác quản lý còn hạn chế.
Hai là: Nhiều địa phương chưa triển khai nghiêm túc các quy trình và biện
pháp nghiệp vụ do ngành thuế đề ra như quy trình quản lý đối tượng kinh doanh, xác định doanh số đối với hộ khoán; quy trình duyệt bộ tổng hợp.
Ba là: Đối với một số ngành thất thu lớn như kinh doanh xe máy, vận tải tư nhân, kinh doanh khách sạn nhà hàng nhiều địa phương chưa triển khai theo biện pháp chỉ đạo của Tổng cục việc triển khai các biện pháp quản lý không đồng bộ giữa các địa phương đang bị lợi dụng nên thất thu còn rất lớn.
Bốn là: Trong quản lý doanh nghiệp chưa thường xuyên kiểm tra, giám sát
tình hình kinh doanh, chủ yếu để cho doanh nghiệp tự khai báo doanh số kinh doanh, số thuế phải nộp, dẫn đến nhiều cơ sở bán hàng không xuất hoá đơn, lợi dụng lập hoá đơn bán hàng ghi không đúng giá thực tế thanh toán, lập chứng từ khống đầu vào, kê khai xin hoàn thuế không đúng quy định, kê khai kết quả kinh doanh không trung thực để trốn thuế thu nhập.
Năn là: Bố chí công tác quản lý cán bộ chưa hợp lý giao một cán bộ thuế
quản lý quá nhiều doanh nghiệp, thời gian quản lý lâu sẽ dẫn đến tiêu cực giữa cơ quan thuế và đối tượng nộp thuế.