- Với doanh nghiệp: Quản lý doanh thu nộp thuế cũng còn nhiều tồn tại làm ảnh hưởng công tác quản lý thu thuế nhiều doanh nghiệp chưa thực hiện đúng các quy trình quản lý thu, việc thực hiện chế độ kế toán, không xuất hoá đơn khi bán hàng … làm ảnh hưởng lớn đến việc xác định doanh thu tính thuế của doanh nghiệp.
- Với hộ kinh doanh cá thể:
Nhìn chung việc điều chỉnh doanh thu đối với hộ khoán, ổn định 6 tháng đầu năm của các địa phương chưa đạt yêu cầu, chưa tương xứng với mức độ kinh doanh và tăng trưởng kinh tế, mức thuế bình quân hộ khoán tháng 6 năm 2001 so với tháng 12 năm 2000 tăng rất thấp, trong đó nhiều địa phương không tăng.
Theo số liệu của 48 địa phương, 20 địa phương có số thuế bình quân hộ khoán tháng 6 năm 2001 cao hơn hoặc bằng bình quân tháng 12 năm 2000. Còn lại đều thấp hơn bình quân hộ khoán tháng 12 năm 2000 trong đó nhiều địa phương bình quân hộ khoán giảm liên tục trong 6 tháng đầu năm như Hải Phòng thuế bình quân hộ khoán tháng 12 năm 2000 là 135.000 đ/hộ, tháng 3 năm 2001 là 125.000 đ/hộ, tháng 6 năm 2001 là 98.000 đ/hộ, Phú Thọ tháng 12 năm 2000 là 65.000 đ/hộ, tháng 3 năm 2001 là 60.000 đ/hộ, tháng 6 năm 2001 là 62.000 đ/hộ...
+ Về triển khai chế độ kế toán hộ kinh doanh
Qua kiểm tra tình hình triển khai cụ thể ở một số địa phương, Tổng cục Thuế nhận thấy, nhìn chung kết quả đạt được còn rất hạn chế và mang tính hình thức.
Theo số liệu tổng hợp của 48 địa phương, số hộ triển khai kế toán đến 31 tháng 5 mới đạt 82% số hộ được giao phải triển khai trong năm 2000. Bên cạnh một số địa phương đã triển khai đạt chỉ tiêu Tổng cục giao như Hà Tây, Hải Dương, Bạc Liêu, Bắc Ninh, Bắc Giang, Phú Thọ, Bình Thuận, Quảng Ngãi... thì có nhiều địa phương có số hộ triển khai đạt thấp như Long An, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang, Cần Thơ, Ninh Bình, Tây Ninh, Lạng Sơn...
Qua kiểm tra triển khai chế độ kế toán hộ kinh doanh ở một số địa phương Tổng cục Thuế thấy rằng việc triển khai vẫn còn mang tính hình thức, cơ quan Thuế mới chỉ chú ý đến số lượng hộ triển khai, chưa quan tâm đến thực chất ghi chép, phản ánh vào sổ sách kế toán của hộ kinh doanh, chưa áp dụng các biện pháp cương quyết buộc các hộ kinh doanh phải thực hiện, phải hạch toán kế toán, lập hoá đơn chứng từ trung thực: Tại Chi cục Thuế quận Đống Đa và quận Hai Bà
Trưng, Tổng cục Thuế đã kiểm tra một số hộ phải thực hiện chế độ kế toán, có nhiều hộ bán hàng nhiều ngày không lập hoá đơn, không hạch toán kế toán.
Nguyên nhân chính của việc trên là do cơ quan Thuế chưa chỉ đạo các đội thuế và các cán bộ Thuế kiểm tra, giám sát chặt chẽ các hộ kinh doanh phải mở sổ sách kế toán, nên chưa phát hiện và xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm, các hộ kê khai không trung thực đối với những đội thuế, cán bộ thuế thiếu tinh thần trách nhiệm, không hướng dẫn hoặc hướng dẫn không đến nơi đến chốn, không kiểm tra giám sát thực hiện... chưa kịp thời xử lý.