Những năm gần đây, công tác quản lý thu thuế đối với hoạt động sản xuất kinh doanh CTN và dịch vụ NQD có nhiều chuyển biến tích cực đặc biệt là từ khi triển khai luật thuế mới. Năm 2001 ước thực hiện đạt 103% so với dự toán tăng
13% so thực thu năm 2000. Kết quả thu như trên là do trong năm 2001 ngành thuế đã triển khai đồng bộ các biện pháp chung của toàn ngành và biện pháp quản lý cụ thể đối với khu vực kinh tế NQD.
Theo số liệu tổng hợp năm 2001 số hộ quản lý thu thuế môn bài tăng so năm 2000 là 35.000 hộ; số hộ quản lý thu thuế hàng tháng bình quân cũng tăng khoảng 20.000 hộ; nhiều địa phương số thuế bình quân hộ tăng cao như : Đà Nẵng, Vĩnh Long, Hải Dương, Bắc Ninh... Nhiều địa phương đã triển khai có kết quả chống thất thu thuế đối với kinh doanh xe máy, vận tải tư nhân, kinh doanh khách sạn, nhà hàng như: Nghệ An, Quảng Ninh, Bình Định, Khánh Hoà... Đối với hộ kinh doanh lớn đã triển khai được trên 135.000 hộ thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ bằng xấp xỉ 90% chỉ tiêu Tổng cục Thuế giao; trong đó có nhiều địa phương triển khai có kết quả góp phần tăng thu ngân sách như Quảng Ninh, Hải Phòng, Hải Dương, Bắc Giang, Quảng Ngãi, Bà Rịa - Vũng Tàu... Công tác quản lý các doanh nghiệp NQD cũng có những chuyển biến tích cực, cơ quan thuế các địa phương đã phối hợp chặt chẽ với sở Kế hoạch - Đầu tư nắm số doanh nghiệp được cấp đăng ký để đưa ngay vào diện quản lý, kiểm tra và phát hiện kịp thời nhiều doanh nghiệp kinh doanh không lành mạnh, hạn chế thất thoát hoá đơn, thất thoát hoàn thuế...
Kết quả thu năm 2001 của toàn ngành là tương đối tốt nhưng vẫn còn một số điểm cần lưu ý như sau:
- Kết quả thu vẫn chưa tương xứng với tốc độ tăng trưởng kinh tế khu vực NQD chung của cả nước và của mỗi địa phương. Theo số liệu của Tổng cục Thống kê năm 2001 GDP khu vực NQD tăng khoảng 17% đến 18% so với năm 2000 nhưng số thu chung chỉ tăng 13%. Một số địa phương có tốc độ tăng trưởng kinh tế cao như thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai... nhưng tốc độ tăng thu thấp hơn rất nhiều so với tốc độ tăng thu chung như thành phố Hồ Chí Minh tăng thu 10%, Bà Rịa - Vũng Tàu tăng thu 8%, Khánh Hoà tăng thu 2,5%, Đồng Nai tăng thu 6,5%, Hải Phòng tăng thu 4%...
Qua theo dõi liên tục trong 2 năm 2000 và 2001 có 11 địa phương số thu năm sau đều tăng cao hơn 10% so với thực thu năm trước là Yên Bái, Kon Tum. Quảng Ninh, Hà Tây, Hà Nam, Hải Dương, Hưng Yên, Hà Tĩnh, Bình Dương, Quảng Nam, Ninh Thuận. Nhưng cũng có nhiều địa phương 2 năm chỉ tăng dưới 5% như: Hải Phòng, Sơn La, Kiên Giang, Bình Thuận, đặc biệt có tỉnh Bắc Cạn cả 2 năm số thu đều thấp hơn so cùng kỳ năm trước.
- So với dự toán có 5 địa phươngvượt trên 20% là Hải Dương 28,1%, Long An là 24,5%, Lai Châu 24,8%, Cà Mau 35,3%, Bạc Liêu 36,2%. Có 8 địa phương vượt từ 15% đến 20% nhưng cũng có 7 địa phương không hoàn thành dự toán thu là Khánh Hoà, Bắc Cạn, Tây Ninh, Kiên Giang, Đồng Nai, Phú Yên, Đắc Lắc.
So với cùng kỳ có 10 địa phương tăng trên 20% so với năm 2000 như Hải Dương tăng 37%, Hưng Yên tăng 22%, Sóc trăng tăng28%, Thừa Thiên Huế tăng 33%, Lai Châu tăng 27%, Lạng Sơn tăng 23%... Có 6 địa phương tăng từ 10% đến 20%, nhưng có 8 địa phương số thu tăng dưới 5%, đặc biệt có 3 địa phương thấp hơn thực thu năm 2000 là: Bắc Cạn bằng 97,2%, Phú Yên bằng 98,85, Phú Thọ bằng 98,6%.
- Số thu của từng khu vực tăng cũng không đều, trong khi khu vực doanh nghiệp tăng trên 26% nhưng khu vực hộ kinh doanh cá thể chỉ tăng khoảng 3%.
- Số thu của từng sắc lệnh thuế tăng cũng không đều: thuế GTGT và thuế TNDN là hai khoản thu chủ yếu chỉ vượt từ 2% đến 3% thì khoản thu nhỏ và không ổn định lại vượt rất cao như thuế TTĐB vượt 39%, thu khác vượt 39%. So với năm 2000 chỉ tăng 8%, thuế tài nguyên và thu khác lại thấp hơn (thuế tài nguyên bằng 98%, thu khác bằng 84%).