Theo báo cáo điều tra do phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam thực hiện thì có tới 88% doanh nghiệp NQD bị kiểm tra, thanh tra về thuế, 48% bị kiểm tra về quản lý thị trường, 36% bị kiểm tra về lao động, 26% bị kiểm tra về môi trường... Trong đó nhiều doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra nhiều lần trong một năm, nhiều việc, nhiều nội dung có sự kiểm tra, thanh tra trùng lặp nhưng không cơ quan nào có trách nhiệm giải quyết... Mỗi cuộc kiểm tra, thanh tra đều lãng phí thời gian và tiền của các doanh nghiệp.
Tình trạng hình sự hoá các quan hệ kinh tế cũng đang là vấn đề cần chấn chỉnh, không ít các tranh chấp chỉ mang tính chất hành chính hoặc dân sự cũng được các cơ quan pháp luật can thiệp.
Trong việc cấp mã số thuế, bán hoá đơn, hoàn thuế, miễn giảm thuế cũng đang bị các doanh nghiệp kêu ca, đặc biệt là trong việc hoàn thuế. Theo quy định của ngành Thuế trong thời gian 15 ngày kể từ khi nhận được hồ sơ xin hoàn thuế, cơ quan thuế phải có quyết định hoàn thuế cho cơ sở kinh doanh. Tuy nhiên chỉ 30- 40% là thực hiện đúng, còn lại 60-70% chủ yếu của cơ sở kinh tế NQD là không được giải quyết đúng hạn. Nhiều trường hợp hoàn thuế yêu cầu cơ sở kinh doanh phải cung cấp hoặc giải thích những điều không có trong quy định, do vậy nhiều cơ sở kinh doanh đáng lễ được hoàn thuế họ cũng không xin hoàn mà để trừ vào phát sinh kỳ sau - dẫn đến ảnh hưởng đến sản xuất kinh doanh.
Theo các luật thuế, các doanh nghiệp được hoàn lại số thuế nộp thừa nhưng thủ tục và thời gian xin hoàn số thuế nộp thừa rất phức tạp. Các doanh nghiệp kêu ca nhiều nếu nộp thừa xin hoàn lại rất khó, muốn xin hoàn thuế phải xuất trình đủ loại chứng từ, gửi hồ sơ cho đủ cấp ngân sách... mới được trả lại, có những trường hợp kéo dài hàng năm.