Các liên kết (1→3) glucosid trong carrageenan rất dễ dàng bị axit và chất chống oxy hóa làm bẻ gãy . Sự phá vỡ liên kết gl ucosid tăng cùng với nhiệt độ và thời gian . Hệ thống cầu nối 3,6-anhydro thích hợp với sự thủy phân, trong khi đó nhóm sulphat tại vị trí C2 làm giảm tốc độ thủy phân . Thủy phân bằng axit đối với κ-carageenan xảy ra nhanh hơn đối với ι-carrageenan . Tự thủy phân cũng có thế xuất hiện trong giai đoạn làm khô lạnh hoặc khi carrageenan được lưu trữ thời gian dài ở điều khiện khô . Trạng thái gel giữ cho các liên kết trong mạch của carrageenan bề vững hơn, có tác dụng ngăn chặn sự thủy phân .
Khi thủy phân bằng axit yếu, các liên kết glucosid α(1-3) bị phá vỡ (↑), được tạo thành các đơn vị carrabiose.
Khi thủy phân carrageenan bằng enzyme , các liên kết glycosid β(1-4) giữa 3,6- anhydro-D-galactose bị phá vỡ (↓), các đơn vi được tạo thành không phải là carrabiose (galactobiose), mà gọi là neocarrabiose.
Các enzyme thủy phân carrgeenan được gọi là carrageenase . Quá trình thủy phân carrageenan để tạo thành các oligocarrageenan có thể có các carrageenase như : κ- carrageenase, ι-carrageenase, λ-carrageenase tham gia . Các enzyme này hoạt động như một enzyme nội bào, có thể tách chiết ra từ nhiều nguồn khác nhau, thí dụ như: vi khuẩn
Pseudomonas carrageenovora, escheria coli . Cấu trúc sinh học và sự tiến hóa phân tử của các enzyme, cũng như vai trò của nó trong công nghệ sinh học carrageenan gần đây được nghiên cứu nhiều . Sự thủy phân là một phản ứng thay thế nucleophyl một bậc, dẫn đến sự thay đổi cấu hình liên kết . Thí dụ, κ-carrageenase (EC 3.2.1.83), enzyme thủy
phân κ-carrageenan thủy phân liên kết 1,4-β-D giữa D-galactóe 4-sulphat và 3,6- anhydro-Dgalactose của carrageenan .
Trong trường hợp axit đậm đặc, lực ion lớn, liên kết glycosid β(1-4) trong phân tử carrageenan cũng bị phá vỡ .
Phản ứng thủy phân nói chun sẽ sản xuất ra các ologocarrageenan . Các ologocarrageenan có tính chất chức năng đặc biệt, có hoạt chất sinh học được sử dụng trong các nghành công nghiệp như: thực phẩm, mỹ phẩm, nông nghiệp, và đặc biệt là trong y dược .
