Về cơ cấu tổ chức bộ máy kế toán: Mặc dù bộ máy kế toán được tổ chức khá tốt, phân chia nhiệm vụ rõ ràng, tuy nhiên trên thực tế vẫn tồn tại tình trạng kiêm
nhiệm, các nhân viên thường làm chồng chéo nhiệm vụ của nhau, chính việc này có thể đã tạo ra những sai sót trong quá trình hạch toán ghi sổ.
Về sổ kế toán: Công ty sử dụng hình thức ghi sổ kế toán là nhật ký chung và ghi sổ bằng tay mà không sử dụng phần mềm kế toán. Điều này sẽ gây khó khăn trong việc làm sổ sách kế toán do khối lượng công việc nhiều dễ gây nhầm lẫn và sai sót trong công việc, ảnh hưởng đến tình hình hoạt động kinh doanh của công ty cũng như hình thức thanh toán lương của công nhân viên không được chính xác.
Do tình hình tài chính của công ty vẫn còn hạn hẹp, quy mô của công ty không được mở rộng. Bộ máy kế toán của công ty chưa được hợp lý mặc dù đã được phân cấp rõ ràng những trên thực tế khi làm việc các nhân viên hoàn toàn có thể thực hiện các phần hành kế toán khác. Điều này sẽ không thể tránh được những sai sót trong việc hạch toán các khoản thanh toán với người lao động, mất tính thận trọng và chính xác trong công việc. Hơn nữa do đặc thù công tác kế toán, các nhân viên kế toán trong công ty ít được đi đào tạo do đó họ thường thực hiện công việc theo những quy tắc riêng của họ. Chính điều này đã gây ra một số sai sót trong việc hạch toán. Từ đó dẫn đến ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của công ty, ảnh hưởng đến doanh thu và lợi nhuận.