Bờn cạnh những ưu điểm kể trờn, cụng tỏc kế toỏn tiền lương và cỏc khoản trớch theo lương của Cụng ty cũn tồn tại một số nhược điểm cần khắc phục.
Thứ nhất, cụng tỏc tớnh lương hiện nay cũn tương đối phức tạp và nặng nề do chủ yếu thực hiện bằng tay và chỉ được hỗ trợ bằng mỏy tớnh thụng qua việc sử dụng phần mềm kế toỏn EXCEL. Chớnh vỡ vậy, những sai sút trong tớnh toỏn rất cú thể xảy ra. Việc thực hiện thủ cụng như vậy cú thể gõy sự nhầm lẫn, khú khăn đặc biệt trong việc tập hợp cỏc khoản chi phớ, kết chuyển chi phớ để xỏc định kết quả kinh doanh.
Về cỏch trả lương cho nhõn viờn, đối với nhõn viờn hành chớnh được trả theo số tiền đó được thoả thuận trong hợp đồng lao động. Cỏch trả lương là đơn giản nhưng gõy ra một số hạn chế đối với Cụng ty. Điều này dẫn đến ý thức lao động của nhõn viờn khụng cao. Người lao động khụng quan tõm đến chất lượng và hiệu quả cụng việc mỡnh làm vỡ dự làm thế nào họ cũng nhận được lương như trong hợp đồng.
Về tỷ lệ trớch cỏc khoản trớch theo lương vào chi phớ trong kỳ: Cụng ty hiện đang trớch 20% BHXH, 3% BHYT vào chi phớ trong kỳ, cỏc khoản trớch này được trớch toàn bộ vào chi phớ trong kỳ mà khụng cú phần trừ vào thu nhập của người lao động.
Theo quy định Cụng ty phải trớch 6% vào lương của nhõn viờn, đõy là phần mà nhõn viờn phải chịu. Xột về tài chớnh cỏch trớch này khụng làm thay đổi tổng chi phớ. Nếu trừ 6% vào thu nhập của người lao động thỡ kế toỏn lại ghi tăng chi phớ tiền lương. Như vậy chi phớ sẽ khụng thay đổi nhưng nếu làm như vậy sẽ khụng cho thấy được tổng thu nhập hàng thỏng của nhõn viờn chớnh xỏc là bao nhiờu.
Về thuế thu nhập cỏ nhõn: Hiện nay, tại Cụng ty khoản thuế thu nhập cỏ nhõn cũng được tớnh như một khoản chi phớ của Cụng ty, người lao động khụng phải đúng. Mà về thực chất đõy là khoản chi phớ mà những người cú thu nhập cao phải chịu. Cỏch làm này của Cụng ty tạo điều kiện thuận lợi cho nhõn viờn nhưng mặt khỏc lại khụng phản ỏnh chớnh xỏc bản chất của loại thuế này.
Hiện nay cỏc khoản ăn trưa của nhõn viờn trong Cụng ty khụng được hạch toỏn vào chi phớ của Cụng ty trong kỳ. Điều này phản ỏnh khụng đỳng tới kết quả kinh doanh của Cụng ty trong kỳ.
Cụng ty chưa trớch một khoản làm KPCĐ mà chủ yếu nhõn viờn trong Cụng ty vẫn sinh hoạt cụng đoàn tại Cụng ty chưa cú một quỹ cụng đoàn riờng khi mà Cụng ty đó tỏch ra hoạt động độc lập, điều này phần nào làm giảm tớnh độc lập của Cụng ty..