Bên cạnh những thành quả đạt được trong quá trình phát triển, PGD số 3 cũng còn tồn tại những hạn chế nhất định.
Tồn tại đầu tiên tại PGD chính là vốn. Nguồn vốn của quỹ tín dụng chưa được chủ động. Nhiều thời điểm phải chờ vốn từ cấp trên đưa xuống. Điều đó ảnh hưởng không nhỏ đến quy mô hoạt động cũng như uy tín của PGD.
Vốn PGD huy động chưa được sử dụng nhiều vào việc cho vay, nên hiệu suất sử dụng vốn là chưa cao, đồng thời tính thanh khoản của Chi nhánh cũng bị đe doạ do khối lượng dự trữ không được đảm bảo
Hoạt động cho vay, hoạt động cho vay trung và dài hạn của PGD chưa thực sự đạt hiệu quả cao. PGD mới chỉ quan tâm đến hoạt động cho vay ngắn hạn mà chưa có sự quan tâm đúng mức tới các khoản cho vay trung và dài hạn, quy mô cho vay trung và dài hạn chưa đáp ứng được nhu cầu khách hàng. Nhiều dự án trung và dài hạn mới chỉ dừng lại ở hợp đồng nguyên tắc chứ chưa thực sự dải ngân được. Nên quy mô cho vay còn hạn chế, do đó cũng ảnh hưởng tới tổng dư nợ cũng như kết cấu dư nợ và thu nhập từ hoạt động tín dụng của PGD.
Dư nợ của PGD giảm, tỷ lệ nợ quá hạn qua các năm có xu hướng tăng, nợ xấu và tỷ lệ nợ xấu so với tổng dư nợ vẫn còn ở mức cao, nợ đã xử lý rủi ro lớn. Đây là áp lực rất lớn cho PGD trong năm 2011. Đòi hỏi các cán bộ tín dụng phải nỗ lực rất lớn trong việc tăng trưởng dư nợ, cơ cấu lại các khoản nợ, giảm nợ xấu và thu hồi các khoản nợ đã được xử lý rủi ro, nhằm cải thiện hơn nữa chất lượng tín dụng của PGD.
Công tác Marketing PGD tuy bước đầu đã đạt được những kết quả nhất định nhưng so với yêu cầu thì vẫn còn nhiều hạn chế, do vậy cũng ảnh hưởng ít nhiều tới sự tăng trưởng của nguồn vốn huy động, doanh số cho vay, từ đó ảnh hưởng đến dư nợ tín dụng và chất lượng tín dụng của PGD trong thời gian vừa qua.
Công tác kiểm tra, thẩm định tài sản cho vay còn nặng nề về thủ tục.
Thành phần được vay vồn mới tập trung với một số doanh nghiệp, hộ kinh doanh vừa và nhỏ. Phần lớn người nông dân chưa được vay vốn tại PGD.
Yếu tố con người cũng còn tồn tại một số yếu kém như phong cách làm việc, trình độ trong công việc chưa cao: Trình độ của cán bộ chuyên môn còn có nhiều bất cập: Đội ngũ cán bộ có trình độ, nhanh nhẹn, nhiệt tình, hăng hái học hỏi nhưng còn thiếu kinh nghiệm, không lường hết được rủi ro trong hoạt
động kinh doanh trong nền kinh tế thị trường. PGD số 3 còn thiếu cán bộ được đào tạo theo chuyên ngành chuyên môn kỹ thuật để thẩm định tính khả thi hiệu quả của dự án. Khâu kiểm tra, kiểm soát nội bộ PGD vẫn chưa được thực hiện đúng mức, cán bộ làm công tác thanh tra còn thiếu về số lượng, kinh nghiệm thực tế và trình độ chuyên môn.
PGD số 3 vẫn chưa có một cơ chế động viên khuyến khích cán bộ tín dụng, chưa có một cơ chế trách nhiệm rõ ràng. Định mức giao cho một cán bộ tín dụng, ví dụ: 1 tỷ nếu cho vay đến 5 tỷ cũng không được khen thưởng gì, nhưng nếu có phát sinh nợ quá hạn lại bị chỉ trích, phê bình. Trong khi rõ ràng, khả năng phát sinh nợ quá hạn của một khoản vay 5 tỷ sẽ lớn hơn nhiều so với món vay 1 tỷ. Cơ chế thưởng phạt chưa rõ ràng đã làm giảm động lực làm việc cho cán bộ tín dụng.
Một số máy móc của PGD chạy chậm,vì vậy khách hàng thường phải chờ đợi, gây bức xúc cho khách hàng. Việc tuân thủ quy chế, quy trình, nội quy lao động của một số cán bộ chưa tốt, dẫn đến sai sót, gây hậu quả, ảnh hưởng đến uy tín của ngân hàng. Phong cách giao dịch của một số cán bộ chưa văn minh, lịch sự, văn hoá ứng xử kém, ý thức trách nhiệm chưa cao, kết quả công việc còn thấp. Qua đó, ảnh hưởng tới uy tín, chất lượng tín dụng của ngân hàng.