Tâm linh, tín ngưỡng là một bộ phận quan trọng đối với đời sống tinh thần của mỗi dân tộc. Từ xa xưa, lĩnh vực tâm linh, tín ngưỡng cùng với tôn giáo là những dạng thức được hình thành nhằm thoả mãn nhu cầu tinh thần của quần chúng nhân dân. Nếu sự tồn tại của một tôn giáo (như Phật giáo) gắn liền với giáo hội, cơ sở thờ tự, tín đồ… thì đời sống tâm linh, tín ngưỡng đơn thuần chỉ là niềm tin, sự ngưỡng mộ dẫn tới sự tôn thờ để cầu an, hạnh phúc.
Vì thế, bộ phận này ra đời sớm, tồn tại lâu dài và gắn liền với đời sống xã hội của con người.
Nền văn hoá của dân tộc Việt Nam sớm đã hình thành các hình thức tín ngưỡng nguyên thuỷ: tục thờ đá, thờ cây, tín ngưỡng phồn thực… Thời Lý – Trần, những tín ngưỡng đó không còn nguyên sơ như thời sơ sử, nhưng nó không mất đi mà đóng vai trò là những giá trị tinh thần nguồn cội, làm bản địa hoá nhiều giá trị văn hoá tư tưởng khác du nhập vào Đại Việt. Phật giáo với vai trò là một bộ phận của văn hoá tinh thần cũng không nằm ngoài xu thế đó. Trong quá trình du nhập từ Ấn Độ và Trung Hoa, Phật giáo nói chung và nhân sinh quan Phật giáo nói riêng đã được Việt hoá, tạo nên một học thuyết mang đậm màu sắc bản địa, đó là Phật giáo Việt Nam. Thời Lý – Trần, Phật giáo được coi là quốc giáo, triết lý nhân sinh của nó có sức lan toả rộng rãi trong mọi tầng lớp xã hội, nó dung hoà với những tín ngưỡng dân tộc để tạo ra những giá trị văn hoá mới mang màu sắc riêng của người Việt.
Nhân sinh quan Phật giáo đã tiếp thu tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên vào trong chùa tạo ra hình thức thờ Sư Tổ (như chùa Diên Phúc thời Lý). Khi Nho giáo được đề cao, với việc coi trọng gia đình, gia tộc, coi trọng chữ hiếu đễ, trong các ngôi chùa việc thờ cúng tổ tiên lại biến thành hình thức thờ Tổ. Điều này làm cho ngôi chùa trở thành những gia đình, gia tộc trong những ngày giỗ Tổ. Trong tục ngữ Việt có câu: “Phật trong nhà không thờ đi thờ Thích Ca ngoài đường”, cho thấy, người Việt đã đồng nhất cha mẹ, ông bà với Phật.
Do chủ yếu sống bằng nghề nông, bị ảnh hưởng trực tiếp từ các hiện tượng tự nhiên, người Việt Nam sớm nảy nở tín ngưỡng tôn thờ những vị thần gắn với thời tiết: mây, mưa, sấm, chớp. Phật giáo du nhập vào nước ta đã hỗn dung ngay vào tín ngưỡng này, dẫn tới hiện tượng thờ Tứ Pháp: Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện. Việt Nam còn có triết lý mẹ sinh, nên tứ pháp lại được gọi là các bà Pháp Vân, bà Pháp Vũ, bà Pháp Lôi, bà Pháp Điện. Và ở bất cứ
ngôi chùa nào đều thấy điện thờ Mẫu. Các vị Phật Ấn Độ với xuất thân là đàn ông, sang Việt Nam biến thành Phật Ông – Phật Bà. Bồ tát Quan Thế Âm đã biến thành Phật bà Quan Âm với nghìn tay, nghìn mắt. Qua triết lý nhân sinh Phật giáo về từ bi, hỉ xả, vô ngã, vị tha người Việt cũng xây dựng nên hình tượng những vị Phật của riêng mình: Quan Âm Thị Kính, Phật bà Chùa Hương, bà Trắng ở chùa Dâu, các thánh Mẫu… Phật giáo cũng tác động tới tục thờ trời, đất khiến trong các ngôi chùa đều có bàn thờ Thổ Địa, bàn thờ Thiên Lôi và bà La Sát.
Với triết lý từ bi, cứu khổ cứu nạn, độ lượng, vị tha, khi sang Việt Nam, Đức Phật cũng được đồng nhất với những vị thần trong tín ngưỡng truyền thống có khả năng cứu giúp mọi người thoát khỏi mọi tai hoạ, làm nên mây mưa, sấm, chớp, để mùa màng tươi tốt, ban cho người hiếm muộn có con, ban lộc cho người bình dân để quanh năm làm ăn phát đạt, cứu độ cho người chết và giúp họ siêu thoát… Vì vậy, từ nơi đô thị, kinh kỳ đến hang cùng ngõ hẻm, nhân dân Lý – Trần đua nhau xây chùa, dựng tháp và thường xuyên đến chùa đọc kinh niệm Phật, những mong có được cuộc sống bình an, hạnh phúc. Các vua, hoàng hậu, đại thần ra sức xuất tiền của dựng chùa. Lý Thánh Tông, Lý Thái Tổ, Lý Thái Tông đã xuất rất nhiều tiền bạc vào việc xây dựng chùa quán, đúc chuông. Nhiều chùa tháp có quy mô lớn với kiến trúc độc đáo được xây dựng trong thời kỳ này như: chùa Phật Tích, chùa Dạm, chùa Diên Hựu, chùa Phổ Minh, chùa Quỳnh Lâm… Các Thái hậu, Hoàng hậu cũng bỏ ra nhiều tiền của xây dựng bảo tháp để mong được siêu linh tịnh độ (Thái hậu Linh Nhân (Bà Ỷ Lan) xây tới 84.000 bảo tháp). Thời Trần, các vua chúa quý tộc dù vẫn mộ đạo Phật, nhưng không xuất tiền dựng chùa, chủ yếu chỉ mở rộng hoặc trùng tu những ngôi chùa, tháp có từ trước. Có thể là do đã tiếp thu được nhiều ngôi chùa từ thời Lý và cũng có thể do nhà Trần cần dồn công sức và tiền của cho ba lần chống quân Nguyên xâm lược. Việc xây chùa, dựng tháp, đúc chuông được họ coi là một biểu hiện của lòng từ bi, hỷ xả, tích đức
vì vậy, sẽ mang đến sự bình an, giải thoát… nên dù phải tiêu tốn rất nhiều tiền của nhưng vẫn cảm thấy mãn nguyện.
Trong các ngôi chùa còn tồn tại nhiều kiến trúc thể hiện tín ngưỡng phồn thực của cư dân nông nghiệp. Như Chùa Một Cột với một cột trụ tròn (biểu tượng của Linga), được đặt trong một hồ nước (biểu tượng của Yoni); Chùa Thầy cũng có một cột đá với kích thước tương đối hình Linga… Nguyên lý âm dương với khuynh hướng đề cao nữ tính, cũng bị ảnh hưởng của nhân sinh quan Phật giáo. Người Việt quan niệm cái gì cũng phải có đôi, có nam có nữ, có đực có cái, có âm có dương… thì sự vật mới sinh sôi nảy nở, mới ấm no, phồn thịnh. Đến thời Lý – Trần, nét đặc trưng đó được biểu hiện trong hình tượng điêu khắc rồng trên bệ đá hay các cột ở những ngôi chùa luôn đi sóng đôi. Như chùa Phật Tích, có chạm khắc những đôi rồng chầu, quấn quýt và đăng đối trong tư thế vờn ngọc. Sự hài hoà âm dương biểu hiện cho mong ước về sự sung túc, phồn thực, mùa màng tốt tươi và vương triều thịnh vượng. Đây là đặc trưng bản chất của văn hoá nông nghiệp lúa nước của cư dân Đại Việt.
Việt Nam còn có tín ngưỡng thờ Thiên Thần và Nhân Thần. Thiên thần là những vị thần có công giúp dân trong đấu tranh chống thiên tai, dịch hoạ. Nhân thần là những người thật việc thật, có công với làng nước và sau khi chết, được dân chúng cả nước hay thôn làng lập đền thờ hay miếu thờ, được coi là Thành hoàng. Khi Phật giáo truyền vào Việt Nam, khắp các làng quê đâu đâu cũng thấy kiến trúc: đền - đình - chùa. Đền thờ Thánh, đình thờ Thần (Thành Hoàng), chùa thờ Phật đã tạo nên một sắc thái văn hoá Việt Nam có sự hài hoà giữa dân gian và tín ngưỡng. Nhiều nhà sư thời kỳ này cũng được tôn làm Thần, Thánh và được thờ trong chùa. Nhà sư Từ Đạo Hạnh được tôn làm Thánh ở chùa Láng (Hà Nội) và chùa Thầy (Hà Tây). Sư Không Lộ có tài đi mây về gió, làm thuyền bằng chảo gang vượt biển, được thờ ở chùa Keo
(Thái Bình), chùa Cổ Lễ (Nam Định), chùa Quán Sứ (Hà Nội). Nhà sư Nguyễn Minh Không (có phép hoá hổ, chữa được bệnh của vua Lý Thần Tông, được phong làm Quốc sư) được lập đền thờ ở Kinh đô. Nhiều vị sư có công đánh giặc ngoại xâm như đức Thánh Bối Nguyễn Bình An, ông Đặng Tiến Đông, Trần Hưng Đạo cũng được tôn làm Thánh và thờ trong nhiều chùa.
Nhân sinh quan Phật giáo đã kế thừa và làm sâu sắc, phong phú hơn cho những đặc trưng của tâm linh, tín ngưỡng dân tộc. Sự hòa nhập với tín ngưỡng bản địa của nhân sinh quan Phật giáo đã góp phần đáng kể tạo nên sức mạnh của văn hoá Việt.