Nhằm nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ công chức hải quan, tổng cục Hải quan và các đơn vị trực thuộc cần chủ động giao cho nhiều cán bộ trẻ các trách nhiệm tương xứng với năng lực và trình độ. Cách làm này vừa tạo nguồn lãnh đạo trong tương lai vừa khuyến khích và thu hút nguồn nhân lực trẻ được đào tạo cơ bản phục vụ cho các đơn vị. Thực hiện phương châm “vì việc bố trí người”, các đơn vị cần chọn những cán bộ, công chức có năng lực vào tổ tư vấn, hướng dẫn thủ tục cho doanh nghiệp. Thông báo số điện thoại “nóng” rộng rãi tới các tổ chức, cá nhân trên địa bàn khắp các tỉnh để kịp thời giải quyết những vướng mắc, phát sinh trong quá trình làm thủ tục hải quan, nắm bắt kịp thời những biểu hiện tiêu cực (nếu có) của cán bộ, công chức trong từng đơn vị.
Bên cạnh đó, cần có chế độ đào tạo, nâng cao kiến thức chuyên môn nghiệp vụ cho các cán bộ nhân viên Hải Quan, xây dựng đội ngũ cán bộ nhân viên Hải Quan trong sạch, vững mạnh, đảm bảo thực hiện tốt chức năng nhiệm vụ của mình trong công tác kiểm tra, quản lý được hàng hóa xuất nhập khẩu mà không gây cản trở cho quá trình lưu thông hàng hóa hoặc gây phiền hà cho các doanh nghiệp.
Bộ phận tiếp nhận thủ tục tờ khai nên bố trí thêm người vì hiện nay có rất nhiều doanh nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu. Vì vậy, với số lượng hồ sơ ngày càng nhiều mà nhân viên tiếp nhận lại ít nên hồ sơ thường hay bị tồn
đọng tại bàn tiếp nhận, gây ách tắc cho quá trình khai báo, ảnh hướng đến quá trình kinh doanh của doanh nghiệp.
Chính phủ qui định một tuần làm việc 40 giờ nên các chứng từ làm thủ tục Hải Quan nếu không kịp trong ngày thứ sáu sẽ phải để dồn sang ngày thứ hai, làm trễ nải việc giao hàng hay nhận hàng. Thêm vào đó thái độ làm việc của nhiều nhân viên Hải Quan còn khá quan liêu, nhất là đối với nhân viên kiểm hóa, thời gian chủ hàng chờ xuống kiểm hóa rất lâu, thậm chí nhiều lô hàng được xuất sớm nhưng vì chờ đợi có khi kéo dài đến đêm mới có thể hoàn thành thủ tục được, ảnh hưởng đến thời gian giao hàng cho phía nước ngoài. Vì vậy, Chính phủ cần có chính sách và biện pháp cải tổ thiếu sót này trong bộ phận Hải quan.