Nhằm nâng cao năng lực quản lý Nhà nước về hải quan, tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp, tổng cục và các chi cục Hải quan trực thuộc cần tích cực cải cách, hiện đại hóa thủ tục hải quan, góp phần quan trọng giúp các đơn vị hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ được giao.
Việc đưa thủ tục hải quan điện tử vào thực hiện có thể giúp công tác kê khai các dữ liệu, làm thủ tục xuất, nhập khẩu hàng hoá của các doanh nghiệp được tiến hành từ xa thay vì trực tiếp đến Phòng Kê khai tại chi cục. Từ đó hướng tới cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hoá ngành hải quan. Để đạt được điều này, tổng cục hải quan cần phối hợp với các chi cục nhằm tổng kết kinh nghiệm bước đầu của việc kê khai dữ liệu từ xa và thông báo chủ trương
đến tất cả doanh nghiệp và bạn hàng; xây dựng mạng LAN thống nhất, bảo đảm các hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin, quản lý cơ sở dữ liệu tại các chi cục tập trung. Việc tiếp nhận, đăng ký và làm thủ tục hải quan cần thay đổi căn bản phương pháp từ “quản lý, giám sát thủ công truyền thống” sang
“quản lý rủi ro”; chuyển từ “tiền kiểm” sang “hậu kiểm”, nhằm rút ngắn thời gian thông quan hàng hóa qua cửa khẩu. Các lô hàng xuất khẩu đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định phân luồng kiểm tra (luồng xanh), thời gian thông quan chỉ từ 5 đến 10 phút; hàng nhập khẩu cũng chỉ khoảng 10 - 15 phút.
Đầu tư cơ sở vật chất là khâu quan trọng trong quá trình cải cách, hiện đại hóa thủ tục hải quan. Các hạng mục đầu tư như cải tạo, sửa chữa nhà làm việc, trang thiết bị phục vụ hoạt động chuyên môn cần được bố trí kịp thời, góp phần phục vụ doanh nghiệp thuận tiện hơn, đồng thời quản lý nghiêm hoạt động xuất nhập khẩu. Ứng dụng công nghệ thông tin trong các khâu nghiệp vụ, đơn vị thực hiện văn phòng phi giấy tờ bằng việc áp dụng hệ thống quản lý điều hành mạng Netoffice, qua đó bảo đảm 100% số văn bản được trao đổi trên mạng nội bộ, giúp cán bộ, công chức khai thác và sử dụng chính xác, nhanh chóng. Ðể làm được điều này, đơn vị quan tâm trang bị đầy đủ máy móc, nâng cấp đường truyền, bổ sung trang thiết bị cho các phòng, bộ phận chuyên môn duy trì phục vụ doanh nghiệp khai báo hải quan từ xa 24/24 giờ mỗi ngày; thiết lập hệ thống xử lý công việc trực tuyến giữa đơn vị và doanh nghiệp.
Các đơn vị cũng cần tiến hành tăng cường kiểm tra sau thông quan, , qua đó chấn chỉnh và rút kinh nghiệm những thiếu sót trong các khâu nghiệp vụ trước. Đẩy mạnh hoạt động triển khai thực hiện tốt chương trình quản lý chất lượng ISO 9001-2000; nâng cao công tác quản lý, điều hành qua mạng Netoffice; công tác thu thập thông tin thông qua hoạt động XNK; nắm bắt, xử lý kịp thời các thông tin về hàng hoá để phục vụ tốt công tác quản lý rủi ro,
đẩy mạnh việc tuyên truyền các chính sách mới về hải quan tới các tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động XNK. Tập trung chuẩn bị các điều kiện để triển khai thủ tục hải quan điện tử đến tất cả các doanh nghiệp, nhằm hạn chế việc giao dịch giữa chủ hàng và cán bộ hải quan, tăng cường hiệu quả kiểm soát các hành vi tiêu cực phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hành chính.