Việc phát triển nông nghiệp làm cho sinh cảnh sống của nhiều loài bị đe dọa. Đến nay, nhiều diện tích bãi triều là nơi sinh trưởng và phát triển của nhiều loài hải sản bị biến thành các đầm tôm. Do sản lượng tôm nuôi ngày càng giảm sút, nhiều
nơi cư trú, sinh sản của nhiều loài thủy hải sản. Để tăng sản lượng nuôi trồng thủy hải sản và đưa “thủy hải sản thành ngành kinh tế có vị trí xứng đáng trong kinh tế của tỉnh” như quy hoạch của tỉnh đặt ra thì diện tích bãi nuôi sẽ tăng lên và hình thức nuôi thâm canh và nuôi công nghiệp sẽ được đẩy mạnh. Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng các hình thức nuôi này hoàn toàn không bền vững và đe dọa đến sự thoái hóa đất, suy giảm về loài.
Việc khai thác gỗ trái phép và buôn bán vận chuyển động thực vật hoang dã vẫn xảy ra thường xuyên tại các khu vực vùng núi cao. Nhiều nguồn dược liệu quý trước đây rất phổ biến như ba kích, hoàng đằng, v.v… nhưng nay đã giảm đáng kể. Thay vì mỗi ngày người dân đào được vài kg ba kích thì nay chỉ đào được vài lạng.
Tại các vùng cửa sông, ven biển và các bãi bồi, do có quá nhiều người dân tham gia khai thác thủy hải sản nên số lượng cá thể của các loài đã bị suy giảm nghiêm trọng. Do lượng thủy hải sản khai thác ngày cáng giảm nên người dân sẵn sàng khai thác cả những con non, con chưa đến tuổi trưởng thành, thậm chí một số loài trước đây có giá trị kinh tế thấp, không phải đối tượng khai thác của người dân thì nay cũng được khai thác một cách phổ biến.
Việc khai thác bằng phương pháp hủy diệt làm chết ấu trùng, con non, những con cái đang mang trứng, làm cho quần thể không thể khôi phục được. Bên cạnh đó, phương pháp này còn làm ảnh hưởng đến cả những sinh vật không phải đối tượng khai thác nhưng sống chung môi trường với đối tượng khai thác, thậm chí còn gây nguy hiểm cho tính mạng của chính ngư dân.
Do diện tích đất trồng lúa ít, năng suất thấp, thóc sản xuất được không đáp ứng đủ nhu cầu về lưong thực và chăn nuôi của người dân, đặc biệt là khu vực có nhiều người dân tộc sinh sống nên tại các khu vực vùng cao Bình Liêu, Ba Chẽ, Hoành Bồ hiện tượng đốt nương làm rẫy vẫn xảy ra, gây suy giảm diện tích rừng, chủ yếu là rừng tự nhiên có giá trị ĐDSH.
Tính ĐDSH tại các vùng cao sẽ bị suy giảm do mở rộng diện tích rừng sản xuất và rừng trồng. Các dịch vụ sinh thái bị suy giảm do tăng diện tích rừng trồng và rừng sản xuất. Đặc biệt, chức năng phòng chống lũ lụt và xói mòn bị suy giảm.
Ở Quảng Ninh, sự xuất hiện của sinh vật ngoại lai không nhiều, nhưng đã xuất hiện rùa tai đỏ ở cả chợ bán sinh vật cảnh và ở các chù a chiền . Ốc bươu vàng có mặt ở hầu khắp các thửa ruộng, cá lau kính đã có mặt tại một số chợ bán cá cảnh, mọt đậu Mexico đã xuất hiện trên đậu trắng trong kho hàng ở cảng… Tuy m ức độ gây hại của các loài này chưa lớn, nhưng đây cũng là một mối đe dọa đối với ĐDSH của tỉnh.