Trước tiên chúng ta phải kể đến những nguyên nhân xuất phát từ phía Agribank và sau đó là những nguyên nhân từ phía khách hàng.
Nguyên nhân thứ nhất có thể kể đến là, việc đầu tư ban đầu của dịch vụ ngân hàng điện tử đòi hỏi phải đầu tư nhiều vốn vào cơ sở hạ tầng thông tin. Như chúng ta đã biết, dịch vụ ngân hàng điện tử có vai trò quan trọng trong việc cung cấp dịch vụ đạt chất lượng cao cho khách hàng. Để triển khai dịch vụ này, các ngân hàng phải đầu tư khá đồng bộ cho cả hệ thống. Công nghệ tin học phát triển đòi hỏi việc lựa chọn hệ thống quản lý thật sáng suốt. Công nghệ e-banking mang tính chuyên nghiệp cao, đòi hỏi các ngân hàng phải có thiết bị dự phòng nên chi phí đầu tư là rất cao. Tuy nhiên, đây lại là vấn đề tương đối khó đối với các ngân hàng Việt Nam nhất là những ngân hàng quốc doanh, vì rằng số vốn họ có là chưa đủ để tiến hành hiện đại hoá cả ngân hàng, do đó rất khó có thể tiến hành đồng bộ được mà phải tiến hành ở từng khâu, dần dần mới tiến hành ở mọi khâu, điều này sẽ gây ra trường hợp khâu này thì đã được hiện đại hoá, khâu khác vẫn chưa hiện đại hoá và cồng kềnh lại càng cồng kềnh hơn. Đồng thời, công suất sử dụng và khai thác các thiết bị công nghệ thông tin còn thấp và lãng phí, đôi khi các thiết bị này được sử dụng không đúng mục đích và chất lượng sử dụng của các nhân viên ngân hàng là chưa tốt. Điều này gây ra vấn đề là có thiết bị công nghệ thông tin nhưng việc sử dụng nó vào mục đích chính lại chưa được khai thác triệt để.
Riêng đối với Agribank, đây là một ngân hàng làm ăn rất có hiệu quả trong thời gian qua và lợi nhuận đạt được là tương đối cao. Chính vì vậy, Agribank có một nguồn vốn lớn để đầu tư cho ứng dụng công nghệ thông tin vào các hoạt động của ngân hàng. Ngân hàng đã có chiến lược phát triển cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin trong vòng 10 năm nữa để thúc đẩy mạnh mẽ hoạt động của mình. Tuy nhiên, ngân hàng vẫn phải tiến hành đầu tư dần dần
vì không một ngân hàng nào của Việt Nam có đủ năng lực tài chính để có thể đổi mới đồng loạt cả hệ thống được và còn phải xem xét sự đổi mới đó có hiệu quả như thế nào, do vậy nhiều khi đã xảy ra tình trạng đầu tư không đồng bộ và các phương tiện trang thiết bị phục vụ cho dịch vụ ngân hàng điện tử không tránh khỏi chưa theo kịp thời đại, chưa đi tắt đón đầu được công nghệ nên vẫn còn bị lạc hậu so với thế giới.
Nguyên nhân thứ hai xuất phát từ tình trạng cơ sở hạ tầng của quốc gia là phát triển chưa đồng bộ. Ngành ngân hàng không thể triển khai tốt dịch vụ ngân hàng điện tử nếu các khách hàng là các doanh nghiệp không có các phương tiên điện tử, hay khi muốn triển khai dịch vụ internet banking mà mạng internet của Việt Nam lại kém phát triển thì ngân hàng sẽ không thể thành công được. Trong khi đó, cơ sở hạ tầng của nước ta còn kém phát triển, đất nước ta đang trên đà đổi mới và nhiều khi công nghệ thông tin còn chưa được hiện đại, do đó khi phải duy trì một khối lượng lớn thông tin khi triển khai dịch vụ ngân hàng điện tử thì có thể dẫn đến những sự cố không mong muốn.
Cũng từ nguyên nhân này, như trên chúng ta đã phân tích, mạng internet của Việt Nam vẫn còn nhiều những hạn chế, do vậy khi phải duy trì một khối lượng thông tin lớn qua mạng thì có thể dẫn đến những sự cố máy tính, như trường hợp mà chính Agribank đã trải qua và đã phải khắc phục những sự cố đó.
Nguyên nhân thứ ba là trong quá trình tin học hệ thống ngân hàng của ngành ngân hàng nói chung và Agribank nói riêng, thì chúng ta chưa kết hợp chặt chẽ quá trình đó với cải cách hành chính. Khi tiến hành tin học hoá, chúng ta cần phải đào tạo lại cán bộ sao cho họ sử dụng tốt các thiết bị điện tử, phục vụ cho dịch vụ ngân hàng điện tử, đồng thời phải giảm bớt nhân lực ở các khâu đã được tự động hoá để có thể tinh giảm được khối lượng nhân
viên, qua đó có thể giảm được chi phí và tăng hiệu quả kinh doanh. Tuy nhiên, ngành ngân hàng nói chung và Agribank nói riêng đã chưa thực hiện được điều đó. Một mặt, họ tiến hành hiện đại hoá ngân hàng bằng các phương tiện điện tử mới nhưng nhân viên của họ lại chưa biết sử dụng thành thạo các phương tiện đó hay nhiều khi sử dụng không đúng mục đích mà lại không có sự quản lý chặt chẽ từ cấp trên gây ra lãng phí và làm cho công việc kém hiệu quả, còn bộ máy cồng kềnh vẫn hoàn cồng kềnh.
Nguyên nhân thứ tư là về trình độ của cán bộ ngân hàng hiểu biết về ngân hàng điện tử còn bộc lộ khá nhiều yếu điểm. Đối với lãnh đạo của một số ngân hàng, họ chưa dám mạnh dạn đầu tư vì có thể họ sợ những rủi ro của loại hình dịch vụ mới này. Còn đối với nhân viên, một số trong số họ bị hạn chế về cách sử dụng các phương tiện mới, một số sợ rằng việc làm của họ sẽ bị đe doạ khi ngân hàng tiến hành hiện đại hoá, chính vì vậy mà họ không nhiệt tình khi triển khai loại hình dịch vụ mới này. Đối với nguyên nhân này thì Agribank đã khắc phục được đáng kể. Trong thời gian qua, ban lãnh đạo của ngân hàng đã mạnh dạn đầu tư vào việc phát triển cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin, do đó ngân hàng đã cho ra đời hàng loạt các loại hình dịch vụ mới, mang lại rất nhiều hiệu quả và tiện ích cho khách hàng. Đồng thời, đối với cán bộ, ngân hàng đã cho phổ biến những kiến thức về ứng dụng công nghệ thông tin cho toàn nhân viên trong ngân hàng, do đó trình độ của họ được nâng cao đáng kể, hiểu biết về công nghệ thông tin cùng với các nghiệp vụ ngân hàng ngày càng sâu sắc, nên hiệu quả và năng suất làm việc của họ là cao. Chính điều này có thể khẳng định, Agribank đã làm được điều mà nhiều ngân hàng thương mại khác của Việt Nam chưa làm được đó là phát triển nguồn nhân lực trong ngân hàng cả về mặt lượng lẫn mặt chất, đổi mới tư duy làm việc trong họ làm cho họ làm việc có hiệu quả cao hơn rất nhiều.
Nam chưa mạnh dạn bỏ ra chi phí giới thiệu, quảng cáo, tuyên truyền cho sản phẩm mới để quảng đại quần chúng hiểu rõ về những tiện ích và những thuận lợi mà dịch vụ ngân hàng điện tử mang lại cho họ, làm cho họ cảm thấy thoải mái và tự tin khi sử dụng loại hình dịch vụ còn tương đối mới mẻ đối với họ, từ đó họ sẽ thích nghi dần dần và lựa chọn sản phẩm dịch vụ này.
Cùng với các nguyên nhân trên ta còn thấy rằng, với quá trình phát triển chưa lâu, còn thiếu kinh nghiệm chuyên môn, kém ưu thế về tài chính, hệ thống máy móc, các ngân hàng thương mại trong nước còn đang phải đương đầu với áp lực cạnh tranh rất mạnh từ những ngân hàng nước ngoài. Trong khi đó, một số doanh nghiệp Việt Nam lại có xu hướng tin cậy các ngân hàng nước ngoài hơn các ngân hàng trong nước nên càng gây áp lực cạnh tranh thêm cho họ.
Bên cạnh những nguyên nhân xuất phát từ thực trạng của đất nước và của Agribank, còn có nhiều nguyên nhân xuất phát từ chính những khách hàng, họ là yếu tố chính của việc triển khai dịch vụ e-banking. Mọi loại hình kinh doanh mới chỉ có thể thành công khi khách hàng nhiệt tình với nó, chính vì vậy khách hàng là nhân tố quyết định đến thắng lợi của e-banking. Ở đây, nguyên nhân của việc khách hàng của e-banking còn ít là do thói quen dùng tiền mặt tồn tại trong nhân dân đã quá lâu mà không phải có thể thay đổi một chốc, một lát. Ngày nay, trong khi trên thế giới việc nhận tiền lương hàng tháng đều thông qua việc chuyển tiền vào tài khoản của các cá nhân, thì ở Việt Nam việc này lại rất ít các cơ quan thực hiện, nó chỉ được thực hiện ở một số doanh nghiệp nước ngoài, ở các liên doanh và ở một số ngân hàng, tổ chức tài chính, tín dụng….Điều này thực sự là rất cồng kềnh và khó khăn cho bộ phận kế toán nhưng nó vẫn được tiến hành, do chính những người lao động muốn được cầm lấy, nắm lấy số tiền mà họ làm ra được trong tháng. Đây là một thói quen cố hữu, lâu đời, đã hình thành và bám rễ rất sâu và khó
thay đổi trong người dân. Có thể nói “độ sâu tài chính” của nền kinh tế Việt Nam còn rất thấp bởi tỷ trọng thanh toán bằng tiền mặt còn rất cao, trên 30% trong thanh toán bán buôn và hơn 95% trong thanh toán bán lẻ. Thực tế cho thấy, việc sử dụng tiền mặt trong thanh toán là rất bất tiện, tốn kém nhiều chi phí kiểm đếm, vận chuyển, bảo quản và lại không an toàn.
Bên cạnh đó, đời sống nhân dân ta mặc dù đã được cải thiên rất nhiều, nhưng mức thu nhập, tích lũy còn thấp, do vậy hệ thống tài khoản cá nhân ở Việt Nam chưa phát triển. Điều này cũng trái ngược với xu thế chung khi mà các nước trên thế giới đang tiến tới nền văn minh tiền tệ, ngân hàng trở thành người quản lý chính, là thủ quỹ của toàn xã hội, mỗi cá nhân đều có tài khoản tại ngân hàng.
Cùng với hai vẫn đề trên là chính tâm lý của khách hàng khi tham gia vào dịch vụ mới này. Đó là tâm lý e ngại, sợ rủi ro cũng như chưa hiểu hết được những tiện ích mà ngân hàng điện tử đem lại cho chúng ta. Đây là do người dân không được tiếp nhận những kiến thức này một cách chính thức mà thông qua những nguồn tin không chính xác nên chưa hiểu rõ, thậm chí còn hoang mang không dám sử dụng. Đồng thời mức thu nhập bình quân đầu người của Việt Nam còn thấp, nhiều người chưa quen với việc sử dụng các dịch vụ hiện đại của ngân hàng, khó thích nghi ngay và ngại tìm hiểu. Hơn nữa, nhiều người vẫn coi dịch vụ này là chỉ dành cho những người có thu nhập cao. Chính những điều trên đã hạn chế rất nhiều đến lượng người sử dụng dịch vụ ngân hàng điện tử .