Chất thải nguy hại cũng có thể xử lý bằng phươg pháp sinh học ở điều kiện hiếu khí và yếm khí như chất thải thông thường. Tuy nhiên, bổ sung chủng loại vi sinh phải thích hợp và điều kiện tiến hành được kiểm soát chặt chẽ hơn.
+) Quá trình hiếu khí. Quá trình xử lý sinh học hiếu khí là quá trình hoạt động của vi sinh vật chuyển chất hữu cơ thành các hợp chất vô cơ (quá trình khoáng hoá) trong điều kiện có oxy. Sản phẩm của quá trình là CO2, H2O.
+) Quá trình yếm khí. Quá trình xử lý sinh học hiếu khí là quá trình khoáng hoá nhờ vi sinh vật ở điều kiện không có oxy. Công nghệ xử lý sinh học yếm khí tạo thành sản phẩm khí CH4 chiếm phần lớn, CO2 và H2, N2, H2S, NH3.Thải bỏ chất thải nguy hại.
Sau khi xử lý, quá trình vẫn còn thải ra một lượng cặn không thể tận dụng hay xử lý được nữa như tro của quá trình đốt tiêu hủy… biện pháp cuối cùng để giải quyết các chất thải này là thải bỏ an toàn. Thải bỏ có nghĩa là chuyển chất thải từ nơi này đến nơi khác, từ môi trường này đến môi trường khác (từ khí, nước vào trong đất…). Thải bỏ an toàn phải hạn chế khả năng gây nguy hại của chất thải, đảm bảo không cho chất nguy hại rò rỉ, di chuyển, lan truyền trong môi trường.
Để đạt được yêu cầu nêu trên, có một số những quy định cần thiết đối với các đơn vị sản xuất hay quản lý chất nguy hại cần phải tuân thủ. Nơi phát sinh chất thải nguy hại phải kiểm tra chất thải của họ xem có bị cấm thải bỏ hay không.
+) Nếu chất thải là không thể thải bỏ thì chúng ta phải tìm kiếm một phương pháp xử lý thích hợp trước khi thải bỏ.
+)Nếu đơn vị tạo ra chất thải nguy hại đang quản lý một chất thải bị hạn chế hoặc không đạt tiêu chuẩn để xử lý, đơn vị này phải thông báo cho nơi lưu trữ xử lý về các tiên chuẩn xử lý cho mỗi chuyến chất thải..